中华民国成立后,名为巨野县公署,首官有知事一人,行使大权。下设总务和 财务两科,各设科长一人,后又设立吏、户、礼、兵、刑、工六房,分理民政、财 政、教育、兵役、司法、工商等各项事宜,并有皂(头皂、二皂)、壮(头壮、二壮)、 快(头快、二快)、捕、夫等八个班。这些班中,除夫班没有“总役”(俗称老总)外, 其他班都有“总役”一名,“班役”三四十名,至七八十名。1928年,国民党将县 公署改为县政府,县知事改为县长,并将“六房”撤销,改总务科为第一科,改财 政科为第二科,各设科长一人,科员和录事若干人,另设秘书一人。同时也撤销了 皂、快、壮、捕、夫等班,改设政务警察队,办理催征传递等事宜。附属县政府的 机关,设有财政局、公安局、建设局、教育局和民团大队部。各局设局长一人,县 长兼任民团大队长,另设大队副一人。1933年,县政府除一、二两科和公安局不变 外,将财政科改为第三科,建设局改为第四科,教育局改为第五科,局长一律改称 科长,所有各科行文,概以县政府名义。1934年,巨野县被划为“乡村建设实验县”, 县政府改组,第一科和秘书仍旧,将第三科并入第二科,四、五两科合并为第三科, 实行合署办公;另设“指导室”,职掌设计、督促教育和建设事业;“县金库”掌 握现金保管;撤销公安局、国民大队部和政务警察队,在县政府内设警卫队。 日伪时期县政府机构,与国民党县政府大体一致,只增加宣传科。行使政权的 主要是县长。 民国时期历任县知事、县长: 田士懿:高唐州人,癸卯举人,1912年8月任。 张以诚:1913年2月任。 左汝霖:1913年3月任。 张以诚:1913年8月再任。 胡子英:1913年12月任。 郁漕生:安徽天长县人,光绪癸卯优贡,1915年6月任。 陈棱:江西犁川县人,附贡,1917年7月任。 王文彪:河南淮阳县人,监生,1917年9月任。 郁溶生:1919年6月再任。 吴履泰:1921年11月任。 孙淑达:1925年下半年任。 赵忠兴:1925年5月任。 王士绅:1926年1月任。 张兴诗:1926晖8月任。 王经文:1927年6月任。 徐月庄:1927年8明任。 段毓秀:1928年1月任。 梅道周:1928年5月任。 张善浚:1928年6月任。 赖执中:1928年8月任。 吴忠惠:1928年11月任。 邓中离:1929年5月任。 索骏骧:1929年6月任。 宋厚杰:1930年2月任。 许永建:1930年任。 卢国珍:1930年9月任。 靳文奚;1930年11月任。 张文炜:1931年2月任。 梁建章:1933年秋任。 徐中晟: 薛鹤岭:1934年9月任。 史景洲:1936年春任。 袁风玺:韩复榘的军法处长,1940年初任。 郝砚农:1938年春任。 王宜之:1939年春任日伪县长。 杨睦清:1939年秋任日伪县长。 邱国瑞:1939年春任。 万恒祥:1939年夏任。 杨庚亭:1931年秋任。 闰冠英:1940年秋任日伪县长。 曾子南:1944年冬任日伪县长。 梁建业:1946年11月任。