山东省县以上档案局自成立， 即与档案馆合署办公， 一个机构， 两块牌子。
1991年初，全省三级档案局(馆)编制为2041人，全省专兼职档案干部队伍超过5万人。
1990年10月，威海市环翠区档案局成立。至此，全省16个市(地)、133个县(市、
区)全部建立档案局。1993年1月，莱芜市档案馆成立，为副处级单位。1994年12月，
莱芜市档案馆增挂莱芜市档案局牌子。1996年4月，莱芜市档案局(馆)升格为处级。
1993年下半年到1994年上半年，在全省县(市、区)机构改革中，多数县(市、区)
撤销档案局，保留档案馆，有的档案部门降格，调整后的档案馆为事业单位，档案行
政管理职能收归县(市、区)委办公室。只有青岛、泰安、滨州等地县级档案局得以保
留。保留档案局的县(市、区)有的维持了原有机构设置，档案局、档案馆一个机构、
两块牌子，履行两种职能，如邹平县、滨州市(县级)等；有的改为以档案馆为主，挂
档案局牌子，授权行使行政管理职能，如博兴县、沾化县、无棣县、肥城县等。部分
档案局和党史、史志部门合并，成立新的机构，如淄博市博山区档案局、史志办合并
成立博山区史志档案局，合并后的史志档案局与区档案馆合署办公，一个机构、两块
牌子，为科级事业单位。
1993年9月，根据省编委要求，省档案局向省编委报送《关于县级档案行政执法
职能的报告》，进一步明确县级档案部门行政执法的职能是：在党委和政府的领导下
主管本行政区域的档案事业，对本行政区域的档案事业实行统筹规划，组织协调，统
一制度，监督指导。建议在机构改革中，县档案局、档案馆仍为党委的直属机构，不
列政府编制序列，县档案局、档案馆合一，一个机构、两块牌子，行使档案部门的行
政管理职能。
1994年5月，全省档案工作会议召开。会议指出，在机构改革中，档案工作要加
强。全省档案工作会议后，大部分市(地)、县(市、区)都确定了分管档案工作的领导。
1994年下半年开始，县级档案局陆续恢复，档案工作管理体制初步理顺。威海、潍坊、
烟台、枣庄、济南、淄博、德州、临沂、日照、莱芜、聊城、菏泽、东营、济宁等市
(地) 恢复了县(市、区)档案局。至1995年7月，保留和已恢复的县(市、区)档案行政
管理机构为122个。
1994年2月，日照市委办公室档案科改为日照市档案局。
1994年12月， 临沂、德州地区撤地建市，临沂、德州地区档案局分别更名为市
档案局。
1996年2月，根据《青岛市市级机构改革实施方案》，经青岛市编委审核批准，
设置青岛市档案馆，同时挂青岛市档案局的牌子，履行档案保管利用和档案行政管理
两种职能，为市委办公厅领导的市直事业单位。
此后，全省各市(地) 普遍参照省档案局(馆)机构改革模式，确定各市档案机构
为以档案馆为主，挂档案局牌子，行使行政管理职能，为市委办公室领导的市直事业
单位。
1996年12月，《山东省档案条例》颁布实施，《条例》规定，市(地)、县(市、
区) 档案行政管理部门主管本行政区域内的档案工作，对单位的档案工作实施监督和
指导。
1997年6-8月，省人大科教文卫委员会、省政府法制局、省档案局联合检查组对
淄博、潍坊、济宁、临沂、济南等市的10个县(市、区)、39个单位进行档案行政执法
检查，进一步健全了县以上档案行政管理机构和编制。
1999年，在各级政府执法主体清理整顿中，133个档案局的行政执法主体资格得
到确认，占档案局总数的85%，有的市(地) 、县(市、区)专门为档案局增加了行政编
制。
1998年3月，聊城地区撤地建市，地区档案局更名为市档案局。
2000年12月， 滨州、菏泽地区撤地建市，地区档案局分别更名为市档案馆，挂
市档案局牌子。
2001年，全省市、县档案机构改革陆续展开。各市、县(市、区) 相继出台机构
改革实施意见，明确档案机构职能，参照省档案馆、省档案局的改革方案，由局、馆
合一改为以馆为主体，挂档案局牌子，授权行使有关行政管理职能，列为党委直属事
业单位。
至2005年底，省、市、县三级均建立了档案行政管理机构，其中省级1个、市级
17个、县(市、区)级140个，共计158个，核定编制1001人。