1986年,菏泽市辖37个乡、镇、办事处,其中乡21个、镇11个、城区办事处 5个。分别是牡丹乡、岳程庄乡、都司乡、吴店乡、大黄集乡、皇镇乡、胡集乡、 马垓回族乡、李庄集乡、佃户屯乡、庞王乡、新兴乡、侯集乡、二郎庙乡、解元 集乡、何楼乡、刘寨乡、贾坊乡、白虎集乡、马村集乡、杜庄乡、马岭岗镇、王 浩屯镇、李村镇、高庄镇、吕陵镇、小留镇、黄堽镇、安兴镇、沙土镇、辛集镇、 金堤镇、东城街道办事处、西城街道办事处、南城街道办事处、北城街道办事处、 丹阳街道办事处。区划总面积1399.6平方公里。 1989年2月, 经省政府批准,撤销菏泽市马垓回族乡,将其行政区划归胡集 乡,西马垓村划归都司乡。 1995年12月,经省政府批准,撤销牡丹乡、岳程庄乡,设立牡丹街道办事处、 岳程街道办事处,其管辖范围和机关驻地不变。 1996年2月,经省政府批准,撤销都司乡、吴店乡、大黄集乡,设立都司镇、 吴店镇、大黄集镇,其管辖范围及驻地不变。 2000年1月, 经省政府批准,撤销李庄集乡,设立李庄集镇,其管辖范围和 机关驻地不变。 2000年6月, 经国务院批复,撤销菏泽地区,设立地级菏泽市,原县级菏泽 市改设牡丹区,隶属菏泽市管辖。同年12月,新成立的地级中共菏泽市委决定, 撤销县级中共菏泽市委、纪委,设立中共菏泽市牡丹区委、纪委,原菏泽市人大、 政府、政协等机构同时更名为牡丹区人大、政府、政协等,其管辖范围和机关驻 地不变。 同年1月, 经省政府批准,牡丹区36个乡、镇、办事处改设为24个,撤销辛 集镇,将其行政区域并入岳程街道办事处;撤销庞王乡,将其行政区域并入牡丹 街道办事处;撤销二郎庙乡、解元集乡,将其行政区域并入马岭岗镇;撤销金堤 镇、何楼乡,以原金堤镇、何楼乡的行政区域设立何楼镇,镇人民政府驻原何楼 乡人民政府驻地;撤销侯集乡,将其行政区域并入黄罡镇;撤销马村集乡,将其 行政区域并入小留镇;撤销刘寨乡,将其行政区域并入吴店镇;撤销贾坊乡,将 其行政区域并入吕陵镇;撤销李庄集镇,将其行政区域并入李村镇;撤销白虎集 乡,将其行政区域并入高庄镇;撤销新兴乡,将其行政区域并入沙土镇。 2月, 经省政府批准,撤销佃户屯乡,设立佃户屯街道办事处,其管辖范围 和驻地机关不变。同时,将丹阳办事处、岳程办事处、佃户屯办事处纳入菏泽开 发区管理。牡丹区所辖乡、镇、办事处减少至21个,区划总面积由1399.6平方公 里减至1249平方公里。 2004年9月, 经省政府批准,撤销杜庄乡,以原杜庄乡的行政区域设立万福 街道办事处,办事处机关驻原杜庄乡人民政府驻地;撤销何楼镇,以原何楼镇的 行政区域设立何楼街道办事处,办事处机关驻原何楼镇人民政府驻地。 至2005年, 牡丹区下辖皇镇乡、胡集乡2个乡;大黄集镇、马岭岗镇、王浩 屯镇、李村镇、高庄镇、吕陵镇、吴店镇、小留镇、黄堽镇、都司镇、安兴镇、 沙土镇12个镇;东城街道办事处、西城街道办事处、南城街道办事处、北城街道 办事处、牡丹街道办事处、何楼街道办事处、万福街道办事处7个城区办事处。