山脉
全县共有山头218个，其中海拔400米以上的5个；300米-400米的13个；200米-300米的62个； 200米以下的138个。许多山头受到风化等外力作用影响，山形奇特，峭壁高耸。很多山上至今仍留存着庙宇、石窟造像和摩崖石刻，其中不乏国家级、省市级重点文物保护对象。
白佛山
又名峗山、金螺山，俗名“白虎山”，位于东平街道焦村北侧，海拔370.6米，南北走向。白佛山历史文化遗迹众多，主要有峗峰云洞、幽谷佛窟、摩崖题刻、三教寺、天仙圣母洞、祥云洞、大雄宝殿、玉皇阁、圣水观音等主要景点。白佛山石窟造像为国家级重点文物保护单位。
腊山
位于东平湖西岸，银山镇东南2.5公里。5个山头，主峰海拔258.4米。东西走向，为国家级森林公园。
昆山
位于东平湖西岸，腊山南1公里，有4个山头，海拔229米，东南西北走向。“昆岩瀑雪”为东平古八景之一。
六工山
位于斑鸠店镇境内，距县城29.2公里。由12个山峰组成，每2个山峰自然连成一个“工”字形，共6个工字形，故名六工山。面积约4.5平方公里。主峰海拔189米。
司里山
即棘梁山，又名立良山。位于东平湖一级湖西南部戴庙镇境内。因荆棘丛生、树木稀少，亦名荆棘山。
白石峪山
俗名王八顶。位于县城西北19公里，梯门镇石河王村西北。海拔369米，南北走向。
牛鼻子山
位于县城西北18.5公里，梯门镇西沟流村西北1.5公里，东接歪老婆顶。海拔315.5米，东西走向。
歪老婆顶
以山头偏歪故名，旧称风山。位于县城西北18.5公里，梯门镇东沟流村北1.5公里，西接牛鼻子山。东西走向，海拔451米，为全县最高山。山前有灵泉寺，旧址尚存。
荆山
位于县城西北22公里，老湖镇马凉庄村北。4个山头。是东平县与平阴县的分界山。西端包括大王峪山，北接平阴玉皇山。海拔411.7米，东西走向。
蚕尾山
又名卧牛山，水牛山，海拔407米，位于梁林村西。因清代著名诗人王士祯（即王渔洋）用《蚕尾山》作为他的诗集出版面世，使此山名扬四海。山势挺拔，与小王山，偏山，大王山等山山相连，宛如一条弯曲蠕动的春蚕，蚕头十分逼真，蚕尾更加形象，蚕刺向西南而指。山路崎岖蜿蜒，山势嶙峋突兀，沟壑纵深陡峭，松柏苍劲蓊翳。登此山，可西眺平湖碧波，北览黄河泛涛，南瞰鲁西平原，一马平川，堤坝纵横，河道如白练。与此山相连黄石悬崖，石窟浮雕，高悬于陡壁间，鳞次栉比，楼阁亭榭鹤立山岩，青砖绿瓦与松柏相辉映。十数年前，山上驻军修建的登山盘道犹如一条玉带缠绕而上，方便旅客，现今妇弱老幼均可乘车登顶，一览蚕尾山风光。
龙山
以两山环向如蟠龙状故名。位于县城东南6.5公里，东平街道大清河北无盐村西、牌子村北。12个山头，海拔238米，东北西南走向。山之南麓旧有“龙山圣井”，水甘冽似惠泉。
河流
大汶河
古汶水发源于泰莱山区。汇泰山、蒙山山脉诸水，自东向西流经莱芜、新泰、泰安、肥城、宁阳、汶上、东平等县（市），又经东平湖注入黄河，全长208公里，流域面积8735平方公里。自泰安大汶口至东平戴村坝为中游，戴村坝以下为下游，下游称作“大清河”。 1958年，东平湖水库建成后，汶水漫戴村坝汇大清河水入东平湖，经陈山口出湖闸泄入黄河。大汶河两岸绿树成荫，水草茂盛，阡陌百里，自古即被视作岱南美景。
小汶河
即戴村坝以南，沿县境东南边界，至南旺湖的一条引汶济运河道。明永乐九年（1411年），重开济宁至临清192.5公里会通河道时，在汶水下游筑戴村坝，改向南开小汶河，穿过南旺湖于南旺镇附近注入运河，并分水南北。至十六世纪，小汶河至南旺一段，成为汶水济运的唯一河道和分水点，又是分泄汶河洪水、减轻下游防洪负担的排洪河道。
小汶河自戴村坝至南旺，全长40公里。戴村坝至孙村一段，长12.5公里，分属东平、汶上管辖。1959年，兴修小汶河束水工程，遂将小汶河堵坝废除。
大清河
为大汶河之下游，又名北沙河。因自古运盐船只经常来往于该河道，故又俗称为盐河。大清河自戴村坝以下，向西流经南城子、龙崮、后亭、流泽、大牛村、古台寺、马庄、武家漫、单楼至马口入东平湖，全长37.7公里。河床宽在500米
-1500米之间，流域面积281平方公里。大清河沿岸地势平坦，土层深厚，通透性好，地下水丰富，为东平县主要井灌农业区。
大清河是县境内最大的排洪河道。新中国成立前，由于源短流急，含沙量大，加之堤防失修，连年决口成灾。1918年，最大洪水流量曾达到9450米3/秒。新中国成立后，国家多次斥巨资，逐年培修加固堤防，加宽河道过水断面。全河防洪标准由建国前3000米3/秒，提高到7000米3/秒，不仅减轻洪涝灾害严重威胁，而且开始兴利造福于人民。先后修建流泽引清灌溉工程，在无盐、路口、王台、马口等处修建机电排灌工程。在南城子、武漫、单楼、北桥有多处渡口，方便两岸群众过往。1958年7月，流泽漫水桥建成。1973年12月、1977年7月先后修建流泽大桥和东平大桥（又称王台大桥），大桥为双曲拱钢混凝土结构。后又在流泽大桥西侧修建大桥1座，与原来的大桥并列，分上下道，使105国道交通更加方便。2009年动工建设的大清河游乐园项目，位于流泽桥西侧，大清河北岸，属于运河文化旅游区，功能定位于城郊公园、休闲度假、竞技体育等。投资3000万元建设了码头、沙滩浴场、飘浮游泳池、水上摩托艇、手摇船、水上飞伞，可开展龙舟、皮划艇赛等竞技体育项目。配套有停车场、游客咨询服务中心、星级旅游厕所等基础服务设施。2010年6月，清河公园、清河码头均投入使用。
大清河是一道美丽的风景线，河堤两岸杨柳成带，绵绵数十里，防风固堤，蔚为壮观。北有白佛山、稻屯洼，站在白佛山顶，举目南眺，大清河犹如银蛇舞动。大清河不仅风景秀丽，资源亦十分丰富，除了盛产鱼、虾水产品，河沙储量大，约6000万吨。沿河两岸群众在河里取沙、运沙，沙场随处可见，年开采、储运量150万吨以上，经济收入十分可观。
小清河
一名南沙河，是大清河的分洪河道。原河道由龙崮村东，分大清河一支，西南流经岔河门南，彭集东，尹村北，西绕王圈南，又西经沙河涯、陈柳林、索桃园、南桥、陈堤、解河口至马口，与大清河会流。全长30公里，平均宽约100米。1946年报请上级主管部门批准，分别在龙崮进水口和马口出水口筑坝截流，河道废除。
汇河
古称坎河，俗称汇泉河（汇集诸泉之意），为汶、清河主要支流。发源于肥城县陶山、龙山，全长75公里。流经肥城、平阴，在丁坞西北3公里处入境。南经丁坞、下遂城、张河桥、口头、刘所至戴村坝东侧入汶河。中途有东金线河、西金线河、洪山河、独山河注入。境内汇河全长22公里，河宽50米-70米。建国后，在汇河下游，截弯取直，开凿加深，从姜沟改道，至戴村坝以下直入大清河。
黄河东平段
从戴庙镇石洼村入境，朝东北方向流经十里堡、丁庄、肖庄、杨闸、前山、解山、八里汀，至旧县乡姜沟村出境而流入平阴县区段的黄河，全长33公里。此段黄河河道最宽处约5.5公里（肖庄一带），最窄处约1.4公里（艾山一带），入境处黄河大堤以东的十里堡一带地势低洼，较河底低3米左右，向东北趋于平衡。1996年汛期最大流量5540米3/秒。该段属黄河下游，河床高出地面数米，是名符其实的地上悬河。
黄河既是孕育中华民族的摇篮，又是中华民族的忧患。历史上黄河曾数次改道，多次决口，给两岸人民带来深重灾难。1938年6月9日，国民党军队为阻止日军西进，炸开河南省内的花园口黄河大堤，黄河改道南行入淮，致使东平湖干涸。至1947年3月15日，黄河花园口堵复工程合拢，黄河复归故道；3月18日，黄河水流入东平湖。从此，黄、汶二水复交，东平湖（老湖）重又蓄水。1958年前黄河发生较大洪水时，自然倒灌入湖，起到滞蓄洪水、削减洪峰的作用，使湖水位不断抬高，淹没面积扩大。
新中国成立后，党和政府领导人民整治黄河，加高加固黄河大堤，建设堤防、险工、控导工程和蓄滞洪工程。黄河东平段现有浮桥8座，连接东西两岸，大大方便交通运输，促进两岸经济交流与发展。为调节黄河水，在黄河东平段东岸修建雄伟壮丽的石洼进湖闸（此闸被称为“山东黄河第一闸”）、林辛进湖闸、十里堡进湖闸、徐庄进(出)湖闸和耿山口进（出）湖闸等大型水利设施。设计分洪流量为11340米3/秒。当汛期黄河水洪峰超过警戒线时，可以将黄河水及时排入东平湖，能够大大缓解黄河汛期对下游造成的巨大压力，确保下游安全。当黄河枯水时，东平湖水库还可以退水入黄，以供下游所需。为有效利用黄河水，还修建丁庄扬水站、马山头涵洞等排灌设施10余处，可引黄灌溉耕地20余万亩。今日之黄河，两岸大堤树木成荫，蜿蜒曲折，似巨莽，若长龙。站在黄河大堤上眺望，交通纵横，村舍井然，沃野广阔，令人心旷神怡。随着人类对黄河不断治理和开发，古老的黄河一定会焕发生机，造福人民。
京杭大运河东平段
京杭大运河，俗称运粮河，是世界上开发最早、河道最长的人工运河。它最早开凿于公元前486年的吴国王夫差时期，后经过历代劳动人民的开挖整治，到元代形成杭州至北京，流经浙江、江苏、山东、河北、天津，全长1794公里的南北大运河。2006年5月25日，国务院公布为第6批国家重点文物保护单位。
自元代开通由东平至临清的会通河后，京杭大运河便流经东平，使东平成为漕运要枢，历时600余年。江淮一带漕粮每年400万石皆取道于此运往京都。古时运河沿岸集镇曾商旅云集，店铺遍布。河道上下，白天船只云集，往来不断，樯桅林立，船帆蔽日；夜间桅灯高挂，渔火满天，人们把这一壮观景象称之为“会河帆影”。
元朝时期，为沟通南北大运河，进行大规模建设工程。元世祖至元二十年（1283年），为解决江淮水运不通，命兵部尚书李奥鲁赤等自任城（今济宁）开渠达于须城（今州城）的安民山，计75公里，这一段为济州河。汇汶、泗之水于金山坝，经天井闸分流南北。其西北流到须城安民山，出大清河由利津入海。后因海口沙淤，船运受阻，加之陆路困难，至元二十六年(1289年)又遣礼部尚书张孔孙、兵部尚书李处同漕运副使马之贞等，自安民山南开河，经袁口、安山闸、寿张、张秋、东昌（今聊城）至临清到达御河，计125公里，这一段为会通河。与此同时，沿河还建立闸坝31处，以控水流。京杭大运河东平段，后因水源不稳定，水浅河窄，不胜重载，故漕粮北运仍以海运为主，至元末基本废弃不用。
明代，循元代运河故道，对局部河段进行改善疏浚，使运河上下畅通。明洪武二十四年（1391年)，黄河决原武（今郑州北）黑阳山，由郓城西河口漫过安山湖，会通河遂淤。漕粮由江淮运至原武，再由陆路运至卫辉入河，劳资昂贵。明永乐九年(1411年)，济宁州同知潘叔正上书永乐皇帝浚之通河通漕。永乐答允，命尚书宋礼及刑部侍郎金钝、都督周长发率山东六郡15万人夫疏通会通河。宋礼采纳汶上白英老人建议，筑戴村坝，遏汶水三分南流经汶上入南旺湖，建闸21座。七分北流，接济会通河，建闸17座。南北分流济运。又因袁口以北元运河被淤，安山、寿张等闸频受河患，乃由袁口北运道东迁，循金线岭东，又北经靳口、安山镇（今大安山）、戴庙西，北达于张秋。自张秋南至袁口，新开运道60公里多，此西距元代的寿张运道15公里之多。明代的运河南自靳口入东平境，又经安山入东平湖，至戴庙出境，全长30公里。
清初，由于实行海禁，南粮北运主要依靠运河运输。清嘉庆元年(1796年)以后，因运河逐渐失修，致不能全线通航，每年北运漕粮不过10万石。1855年，又因黄河夺清入海，运河堤一度冲毁，运道涸竭。清光绪二十七年(1901年)，漕运终止。不久，黄河至临清段不断淤为平陆。东平县境内的运河曾于安山镇西下渡口北，开新坡河以通盐艘，使其北经马庄、窦庄至张家口入大清河。
民国年间，京杭大运河仍南自靳口入县境，经安山镇至戴庙，抵阳谷县，共30公里。1940年始，从靳口至安山一段，共18公里，为东平与昆山县（今梁山）的分界河。1958年扩建东平湖水库之后，运河改走湖西围坝外郭那里村穿过黄河，将原运河在张坝口处截断。1963年水库改建，修复二级湖堤时，又在安山镇与刘口之间堵塞。
现存的运河东平段，基本上是明、清故道，全长34公里。该运河从汶上县张坝口进入东平，首先至新湖镇小河涯村，向北至梁山县靳口村，再入东平臧庄段运河，西北流经王思口、王仲口、鲁庄、常仲口、北王洼、安山段进入东平湖，再西北行经戴庙、五里堡、十里堡段进入黄河。总体流向是东北西南向，但其中河段多曲折，有许多河湾、河滩、堤湾。从现保存完好的情况看，原来河道宽窄不一，宽度在30米-100米之间。
新湖镇运河段，即小河涯段、臧庄一王思口段、王仲口一鲁庄段、常仲口一北王洼段。新湖镇属于东平湖二级湖，境内河道使用、废弃情况基本一样，1960年秋试用蓄洪前，村民迁出。1964年迁回后，沿运河村庄在废堤垫房台，部分运河堤遭到损坏。
商老庄乡段运河，即安山段、东平湖段运河。安山段运河堤，1958年修筑东平湖堤时大部分运河河堤被使用，少部分被村民夷为田地。东平湖段运河基本是现在的东平湖西南堤段内侧，已全被湖水淹没。
戴庙镇段运河，即戴庙一五里铺段、十里铺一黄河段运河。戴庙闸东、西一段运河河道保存较好，1958年修筑东平湖堤时有过维修。五里堡村庄坐落在运河堤上，河堤得以保存，其余河堤包括十里堡段基本不存，河道轮廓清晰。