建国后，境内水资源开发利用有较大进展。但是，随着经济建设的不断发展，行业用水增多，任意开采，争水矛盾越来越突出。1980年，县政府组织力量对境内水资源进行了调查，基本查清了地表水和地下水的形成、分布、储量等，为水资源管理和合理开发利用提供了依据。
1985年，县政府成立水资源管理委员会，下设办公室，编制3人，设在水利局，开始对境内水资源进行管理和征收部分企业水资源费。1987年春、秋，由水利局牵头，分两批开展了水平衡测试，并举办了水平衡测试工作人员培训班，为用水单位培训用水管理人员150余名。1990年9～12月，在全县进行了取水登记工作。登记包括工矿企业、事业及乡镇企业用水户181个，自备水井260眼，年总取水量2901.7万立方米。1991年，对全县城镇规划区内的工矿企业和乡镇企业取水、用水情况，农村水源状况、生活用水、农田灌溉用水等情况进行了调查，根据调查结果，编制了《兖州县“八五”期间供水规划》。1992年，在对境内工矿企业用水现状全面调查审核，基本完成取水登记工作的基础上，对地下水的开采，实行了《凿井许可证》、《取水许可证》、《钻井资质证》“三证”管理制度。
1993年，国务院《取水许可证制度实施办法》颁布实施。全市具有自备水源井的用水单位取水许可证审查发放工作基本完成。同年12月，市政府14号令公布了《兖州市水资源管理办法》，兖州市水资源管理工作走上法制化轨道。水资源费的征收亦由部分工矿企业扩大到所有具备水源井的单位。至1995年，由中华人民共和国水利部统一印制的《中华人民共和国取水许可证》已在全市范围内发放完毕，换证和审批工作开始正常运转，全年由水行政主管部门直接征收的水资源费达90万元。