建国前，由于黄、泗决口泛滥，境内河道淤积，水系紊乱，堤防残缺，水患频繁。
建国后，市(县)人民政府带领全市(县)人民对境内泗河、府河、杨家河、蓼沟河等16条河道进行了大规模治理。至1995年，共投入工日152万余个，完成土石方3368万立方米，国家累计投资1694万余元。建桥、涵、闸等314座，经过治理，境内河道疏通，沟渠相连，水系统一有序，提高了防洪除涝能力。全市利用河道引、蓄水灌溉和补源面积达40万亩。
泗河治理 泗河古称泗水，是流经境内最大河道。境内段长32公里，河床宽150～300米。每到雨季，山洪暴发，水大流急，易于决口成灾。1926年(民国15年)8月24日，泗河决口，水淹县城，城西北隅水深数尺。1940年夏，泗河大桥桥西右岸决口，城南滋阳、济宁之间，洪水会流，一片汪洋，灾民10数万。
民国年间对泗河境内段曾进行几次治理。1927年，堵塞决口，培复堤防。1932年，中央水灾救济委员会拨麦3000吨，对泗河进行治理，疏通河道，培筑大堤。泗河大堤境内段培高约3米，顶宽约2米。1941年，在堵口同时，加高培厚白家店至马家桥段大堤，并在南关泗河转弯处砌石护岸1公里，岸边打木桩，桩间插柳、填石块。另从右岸岸边深入河床水道2米打木桩,桩顶束连格木,边缘别柳,柳枝发芽堵淤,用以挡水阻止河床西滚，以保弯道处内滩不再坍塌。
建国后，在党和人民政府的领导下，对泗河境内段进行多次治理。1953年，对河口、南许、柳沟、大雨住4处险工堤段砌石护岸1024米。1955年，泗河治理工程3项：(1)铁路桥至南大桥西1公里段退堤200米，搬旧堤筑新堤，加高培厚，桥南村百余户全部迁居堤外；(2)右岸从马家桥至郭家营段12公里退堤，扩展外洪堤，挖压土地496亩，占青117亩，拆民房800间，迁坟1000座；(3)左岸小沂河入口处至铁路桥进行培高加固。3项工程国家投资160.18万元，工日15.7万个，完成土石方26.6万立方米，保证2000立方米/秒的洪水安全渲泄。1956年，完成郭家营至沿河庄段退堤3.5公里，左岸从桥南村至鲍家店段培堤加固11.6公里。
1957年春，按行洪流量2600立方米/秒标准(10年频率)，在马家桥村附近右堤开设分洪口门，分洪流量500立方米/秒，筑左右分洪堤2.5公里，洪水入蓼沟河下泄。在郭家营分洪口门，修筑左右行洪堤3.5公里和3公里，防止了在侯家营、丁家庄、田家庄等村河水入村，并在北许村打围堰1道，以防回水入村。
1958年，泗河治理工程6项：(1)堵复郭家营分洪口及行洪堤决口，底部浆砌块石，口门宽400米，分洪流量1300立方米/秒，分洪水位47.6米，口门以下建左右行洪堤总长12公里。右堤至堌城村蓼沟河畔顺堤两侧挖沟，左堤至仁美庄、侯营段乱石干砌800米；(2)在大桥北首开溢洪道，该处19户村民迁至诸天寺村；(3)铁路桥至大桥西段大堤裁弯取直1公里，堤顶宽4米，边坡1∶2.5；(4)泗河退堤5处:右岸南许村段2公里，沿河庄、长庆屯村段1公里，大雨住村段1.15公里，马家桥段1.1公里。左岸鲍家店段1.15公里。(5)马家桥至郭家营段，左右岸培堤20公里，顶宽4米，背河坡1∶20，临河坡1∶2.5。新堤加筑戗堤，郭家营以上段，在堤顶下2米筑戗堤，郭家营以下段堤顶下3米筑戗堤，顶宽2米，边坡1∶2.5～1∶3。(6)大雨住至史家营段进行滩切除，郭家营、河口段清除河滩阻水树株。
1967年3月，泗河铁路桥至大石桥段，左岸大堤展宽取直648米，削切滩地障碍300米，堤顶高程达56米，宽5米，以干幺重1.55～1.60吨/立方米土夯实。拆民房40间，迁坟40座，计完成土方6.6万立方米，用工5.95万个。
泗河境内段岁修工程年年都有。至1995年，对白家店、龙湾店、田家村、金口坝、南大石桥、马家桥、凉水井、长庆屯、郭家营、河口等堤段国家投资738.99万元，工日395.6万个，完成石护坡87段次，护堤总长7.4万米，计完成土石方714.4万立方米。
经过综合治理，境内泗河左岸堤防自兴隆庄镇小疃村至后李村段长12.6公里，堤顶高程49.0～56.2米，宽3.0～4.0米。右岸堤防自王因镇柳沟村至谷村镇白家店段长32.1公里，堤距1300～320米，堤顶高程46.20～61.00米，宽3.0～4.5米。津浦铁路桥水准基面堤顶高程56.3米，背河地面高程50.3米，临河滩地高程52米，设计水位54.58米。50年一遇流量4580立方米/秒,校核水位54.83米。小沂河三角地带分洪后(540立方米/秒)50年频率、百年一遇频率流量5120立方米/秒，警戒水位54.124米，保证水位53.6米,保证流量2890立方米/秒。
洸府河治理洸府河由洸河、漕河、府河交会而得名。明末清初，济宁东关杨家坝改建，水位壅高，致使府河南岸筑堤，漕河淤垫，水系紊乱，、漕河上游诸支流亦因洪水顶托，渲泄不畅，酿成河水泛滥。
1953年，修复了洸、漕河部分险工堤防。1965年，兖州县洸府河治理工程指挥部成立，对洸河、漕河、府河进行治理，调整水系。在北跃进沟北，将洸、漕河合并。开挖高吴桥东至汉马河与罗河会合口洸河干流，全长25.8公里，并将洸河上游在高吴桥北改道，杨家河上游段在张家楼西北改道入洸府河，下游段疏浚至济宁边界，在兖济公路桥北复入洸府河。
1970年对洸府河按3年一遇除涝、20年一遇防洪标准进行扩大治理，在干流20公里以下并结合引湖灌溉套挖了子河。兖州县施工指挥部动员民工2万人，国家投资145.2万元，用工日172万个，工段全长27.7公里，完成土石方258万立方米，兴建生产交通桥7座。河道防洪除涝能力，中原沟口至洸府河口安全流量1100～1400立方米/秒，相当于20年一遇防洪标准。
府河治理 府河系隋代为引泗、沂河水西流灌溉而开挖的人工河道，称“丰兖渠”。元代疏凿。明代称府河。该河自泗河金口坝北引水穿城西南流入洸河，后改入杨家河，全长15.1公里。清末民国年间，随着铁路、公路交通事业的发展，漕运、济运渐衰，河道失于治理，河槽淤积垫高，有碍防洪、排涝。
建国后为提高防洪排涝能力，改善城市环境，进而引泗河水发展农田灌溉，对府河曾多次进行了疏浚、裁弯、护岸治理。1952年整修河槽，清淤疏浚，修筑中下游堤防，计完成土方44.6万立方米，实用工日20.6万个，补助工资6.57万元。1958年，对府河从五里庄至土楼闸段清淤5000米，加宽切滩2米。从易家村至土楼闸改道383米。程家村至张家行村清淤3600米，加宽切滩2米。于家屯至孙氏闸府河入口处清淤3940米，于家屯至丁庄八夹沟桥筑堤400米，计用工日1.38万个，完成土方4.2万立方米。1964年冬至1965年春，组织驻城机关、厂矿企事业单位分两期挑挖疏浚府河上游段3100米，计用工日5万个，完成土方4.5万立方米。
1965年，统一规划，对府河进行综合治理。按3年一遇除涝，20年一遇防洪标准规划设计，废除府河下游段，并改道、取直赵庄村北入杨家河段。改道工程长15.1公里，计实用工日10.98万个，完成土方35.47万立方米，石方1156立方米。
1988年汛前，为疏通城市排水，由城市防汛办公室主持，动员驻城机关、厂矿干部、职工500余人，以出义务工的形式，按系统分工包干，对府河城区段进行疏通清淤，平均下挖0.2米。1991年5月15日～6月15日，再次进行清淤。由城乡建设委员会负责组织实施，县有关部门分段包干，主要治理了泗河黑风口至城郊乡段，长2700米，完成土石方1万立方米。府河城区段河床平均下挖1米，河底宽3～4米，解决了府河河道污淤过多，垃圾成堆和违章建筑等诸多问题，为畅通城市排水，改善城市环境奠定基础。
洸河治理 历史上，洸河是沟通汶、泗的主要河道。1283年(元至元二十年)，在洸河上建吴太、宫村两闸，会同当时府河上的土楼闸、杏林闸，调节水位，使洸、府两河输水济运，“且以灌济、兖田间”(《山东全河备考》)。建国前百余年间，连年战乱，河道失于治理，横向冲宽，纵向冲淤，河床淤塞增高，一经汛涨，洪水漫溢，冲决堤岸频繁。1936年，山东省建设厅厅长张鸿烈发训令，责成运河工程局工程师阎锡恩指挥宁阳、滋阳、济宁3县出工进行了疏浚，至1949年未再治理。
建国后，1953年济宁专署组织在开挖洸河干流的同时，从新河口夏营起往上清障、疏挖河槽，增筑堤防3.5公里。1963年，按3年一遇50%除涝治理，对济宁北跃进沟口至中原沟2.25公里段进行治理。
1965年春，对洸河进行挖河复堤，并在高吴桥村北改道入洸府河。
1970年，洸河管家口段险工石护坡640米，于堤顶下挖1米护砌，因系砂堤，基宽增至2米，厚0.7米，封顶1米，边坡1∶2。1976年，洸河梅家营险工段砌石护坡115米，由小孟公社组织施工。同年7月20日竣工。1981年，对位于侯家店闸下左岸弯道处的洸河歇马亭险工石护坡段工程，按3年一遇除涝标准，夯实修坡，乱石护砌长150米。1983年春，在洸河谢家楼弯道处做石护岸，国家投资1.7万元，用工日1785个，工段长105米，完成土方1323立方米，砌石367立方米。
经过治理，洸河已达3年一遇除涝、20年一遇防洪标准。
漕河治理 漕河为明代成化年间由张盛主持开挖的济运河道。因漕河自甄家桥与汉马河会合后流量倍加，过铁板桥段河段狭窄，张家楼、西北店及大徐村以下频罹水患。
1953年，为预防洸、漕两河洪水外溢，整修疏浚漕河，在入洸河口上筑堤3公里。1955年，按山东省沂、沭、汶、泗区治淮指挥部关于《漕河、杨家河治理工程技术设计》要求，在济宁专署杨家河治理工程处领导下，县施工指挥所按10年一遇防洪标准实施漕河两岸筑堤工程。计完成土方20万立方米。1965年春，在济宁专署统一规划下，从济宁北跃进沟口以上将原洸、漕河合并治理，开挖筑堤，形成洸府河干流。洸河上段从高吴桥北改道入洸府河，漕河弯曲，故道大部成为农田，漕河废止。
杨家河治理 杨家河原为上元沟，是贯穿境内排涝主要干沟之一。由于堤防矮小，河槽窄浅、弯曲，排泄不畅，水患较多。
1953、1954年,对杨家河进行两次治理，国家投资32.8万元，用工日46.7万个，完成土石方99.2万立方米，筑堤18.5公里，建石板漫水桥及生产桥4座，双孔箱型涵洞4座。
1955年，按照治淮委员会关于山东省沂、沭、汶、泗区治淮指挥部《1955年漕河、杨家河治理工程技术审核意见》，由泰安、济宁两专署组建杨家河治理工程处(设在滋阳县西北店村)，滋阳、济宁、宁阳指挥部(所)，分别承担本县段工程治理任务。滋阳县3月25日开工，5月29日竣工，开挖疏浚主河道17.31公里，两岸筑堤。在左岸开挖田间排水沟4条，修建生产桥2座。同时还分别治理了小泥河、罗河、汉马河、漕河及其所属支流，改道入杨家河，并新建桥梁7座。工期60天，工日29.0万个，完成土方51.68万立方米。
1965年，在开挖洸府河干流的同时，将杨家河上游从张家楼西北改入洸府河干流。
1970年，自杨家河入洸府河口至小徐村清淤20公里，按3年一遇除涝、20年一遇防洪标准开挖河槽。同时，建生产桥2座，整修加固旧桥6座，国家投资15.9万元，工日21.43万个，完成土石方35.31万立方米。1976年，按照大地园林化总体工程规划，对杨家河及支流朝阳沟、吴家沟、牛厂沟、徐营沟、大安沟、八夹沟疏浚清淤，全长74公里，国家投资53.9万元，工日46.69万个，完成土方150.8万立方米。工程完成后，旧府河至朝阳沟口段除涝能力达到40～60立方米/秒，相当于3年一遇的80%,安全泄洪量150～230立方米/秒，接近于20年一遇防洪标准。
蓼沟河治理 解放前，蓼沟河是一条长满红蓼草的排水沟，河床浅窄、弯曲，每逢汛期，坡水汇集，河水上涨，渍涝为害。
建国后，党和人民政府十分重视对蓼沟河的治理。1953年，济宁专署统一规划，按3年一遇的20%除涝，5年一遇防洪标准，从兖济公路桥下至兖济边界的茅营村开挖河槽长9.1公里。沿岸低洼地渍涝有所减轻。1962年，按照1953年设计标准，对蓼沟河再次进行疏浚治理。1963年，按3年一遇除涝，20年一遇防洪标准挖河筑堤，新建洸城、杨厂、竹亭桥涵6座，改变了“两岸茅草荒，涝洼连片不收粮”的状况。
1972年，由济宁专署统一领导、规划和设计，兖、济(宁)两县分工作业，兴建蓼沟河防洪排涝及引湖灌溉工程。从济宁关庄公路桥下至兖州县高刘屯桥下，深挖引湖倒灌引河长7.5公里，新建仁美、 城、高刘屯3座电力提灌站，总装机11台、1122千瓦。1976年，对高刘屯下至兖济公路桥长8.55公里一段，按5年一遇排涝标准裁弯取直，增厚大堤，加宽加深河槽，同时对8条支流(边界沟、李屯沟、中心沟、幸福沟、北行洪沟、十二斗渠、二支渠、苏家沟)作整修治理。兴建杨厂、东岗、黄金屯交通桥。土方工程由王因、黄屯、前海3处人民公社组织民工1.1万人施工，国家补助投资20万元，实用工日104万个，完成81万立方米。
蓼沟河几经治理后，河口宽46米，河床一般9米，堤内距78米，河底高程31.7米，滩地高程38.1米，堤顶高程41米，防洪水位38.9米，流量199立方米/秒，达到20年一遇防洪标准，排涝水位37.3米，流量67立方米/秒。
中原沟治理 中原沟系境内排涝骨干工程，过去因受漕、 河水顶托，排泄不畅，淤塞严重，两岸农田多积涝为害。1963年，按3年一遇排涝标准，开挖河槽，裁弯筑堤19.5公里。治理后，河槽水位线低于地面0.2米，坡水能排入。1964年在大滋阳、翟村、中袁庄、堰头和东顿村新建生产桥5座，施工期175天，国家投资4.64万元。1965年，按3年一遇除涝，开挖河槽，按20年一遇防洪标准筑堤，堤长19.5公里，并相应开挖小中原沟和鸟儿洼排水沟，新建堰头、翟村、屯头、袁庄、故县5座生产桥，由小孟、新驿、颜店3公社出工5400人，10月15日开工，土方工程11月15日竣工，桥涵次年春竣工。治理后，免除了农田渍涝。1967年，在治理 府河的同时,对中原沟清淤疏浚,挖河筑堤长15.2公里。
黄狼沟治理 建国前，黄狼沟年久失修，河槽淤积严重，每逢雨季，积涝面积达3万亩。1955年，对黄狼沟进行治理，清淤疏浚23公里。1965年，按照济宁专署统一部署，由济宁、汶上、兖州3县对黄狼沟按3年一遇20%除涝，20年一遇50%防洪标准进行统一治理，并在黄狼沟中游段兴建杨家营滞洪区，围堤高程48.5米，围堤长5.12公里，控制杨家营以上流域面积4.4平方公里，10年一遇洪水位高程47.10米，滞洪量200万立方米，削减10年一遇洪峰60%，滞洪区建成后，未曾滞洪，近年来围堤已被当地群众取土损坏，平除耕田，失去滞洪效能。
小泥河治理 建国前，小泥河因多年失修，排涝能力低,每至汛期,常发生洪涝灾害。建国后，对小泥河进行多次治理。1954年5～6月,首次进行疏浚，国家投资0.95万元，工日1.01万个，计完成土石方2.7万立方米。1958年春，对小泥河裁弯取直，工段长7000米，完成土石方1.39万立方米。1965～1967年，分3期对小泥河进行治理，完成复堤工程长9.4公里。1977年冬，县社统一规划，由谷村人民公社出工，对小泥河进行退堤改道。右堤北移后谷村段300米，房家庄段220米，白家楼段250米。改道河段长5700米，河底宽20米，上口宽38～45米，挖深3～3.7米。计完成土方29万立方米，工日33.8万个，总投资40.5万元。其中，县、公社投资13.5万元，生产大队(村)级投资27万元。小泥河几经治理已达3年一遇除涝、20年一遇防洪标准。
汉马河及滞洪区治理 汉马河全长42.7公里，境内段长8.3公里，流域面积6.8平方公里。上游为较大山洪河道，源短流急，携沙多。为减轻杨家河、 府河负担，并使汉马河携沙在中游开阔处沉淀，1956年在济宁专署杨家河治理工程指挥部的统一安排下，利用漕河区大厂南、蔡家桥东北、谷村乡官庄西、垛庄北沿河低洼地修滞洪区，尚家庄南建泄水涵洞两孔。滞洪区围堤周长14公里，滞洪面积3670亩，滞洪量36.22万立方米，滞洪时间2天，小厂以上至官庄河段两岸筑堤2公里，堤顶高2.5米，边坡1∶2。县组织民工2500人于3月25日开工，6月5日竣工，计用工日18.25万个，完成土方29.18万立方米。1967年、1972年按10年一遇防洪标准修筑加固围堤，滞洪面积扩大到3900亩，滞洪量达460万立方米，泄水涵洞最大泄水量33.2立方米/秒。为减少滞洪面积和滞洪时间，1975年4月7日动工，将原两孔2×2米的泄水洞扩建至5×2.5米，配砼闸门两扇，双吊点2×2.5吨启闭机2台，吊点距2.55米。泄水洞扩建后，泄水量由原33.2立方米/秒增加到40立方米/秒。汛前竣工。计国家投资25万元，工日4.1万个，完成土方3.1万立方米，砌石3180立方米，砼270立方米。
汉马河滞洪区堤高54.5米，顶宽2米，洞底高49.45米，堤内耕地0.43万亩，已达10年一遇防洪标准。滞洪区最高水位54.55米，最大泄量40立方米/秒。
罗河治理 罗河全长20公里，境内段长3.9公里，流域面积9平方公里。1955年，按照山东省沂、沭、汶、泗区治淮指挥部规划设计，在治理漕河、杨家河的同时，对罗河进行首次治理。自宁阳县金马庄至滋阳县大厂段进行疏浚、裁弯，大厂段以下改道筑堤，于十一孔桥下入汉马河，改道段长2100米。1965年，在治理 府河、漕河、杨家河的同时，对罗河境内段疏浚复堤8公里，增强了滞洪排涝能力。
宁阳沟治理 为减轻漕河客水压力，1955年滋阳县将东宁阳沟加以疏浚(漕河铺村西)，限制下泄流量为30立方米/秒，至漕河铺南改道入杨家河，改道段长800米。1965年，从兖、宁(阳)边界至入河口疏浚筑堤3077米，出工4000人，计用工日10.4万个，完成土方19.3万立方米。同时，修建漕河铺两孔立交桥，桥长12.92米，净跨6米。1971年，开挖河槽长10.6公里，搬旧堤6.5公里，筑新堤10.5公里，实用工日11.49万个，完成土方22.8万立方米。
白马河及其支流治理 白马河主河道属邹城管辖，兖州境内有赵王河、大马沟、南泥河3条支流汇入。
赵王河 又名小马沟，全长17公里，境内段长12公里。因年久失于治理，淤塞严重，每至汛期，排水不畅，3万亩农田多受积涝。1952年，按照滕县专署统一规划，为使南张村、凡庄一带坡水及时排入白马河，自津浦铁路李家村涵洞至滋、邹边界全长14公里河段，按3年一遇除涝，疏浚河槽，按10年一遇防洪标准筑堤培厚。同时兴建生产桥3座。1965年，按5年一遇除涝，20年一遇防洪标准疏浚、筑堤，并新建生产桥3座，改建铁路桥2座，新建排水涵洞2座。1970年，道沟人民公社组织民工，北自李家村南至县边界，进行疏浚治理长12.6公里，计用工日2.5万个，完成土方9.7万立方米。1976年春，根据南四湖流域工程指挥部批复，由济宁地区水利建设指挥部施工，在治理白马河的工程中，同时对赵王河进行了挖深筑堤，工程段南自白马河口，北至大南湖长7公里，新建生产桥4座，涵洞4座，计完成土石方13.2万立方米。津浦铁路两侧，道沟公社及曲阜陵城一带坡水排泄得到较好解决。
大马沟 系东部村庄排坡水骨干工程。1952年，在治理白马河干支流的同时，对其作了相应的疏浚治理，提高了排涝能力。1970年，从小施村东至兖、邹两县界河段开挖河槽，裁弯取直8.5公里，河底宽5米，大施村改道段长331米。1976年，在治理白马河的同时，从小马沟口至后樊庄生产桥段挖深筑堤6公里，建生产桥1座，涵洞3座，用工日1.97万个，完成土方6.34万立方米。