粉丝生产用水量较大，每吨粉丝用原料2.5～2.6吨，每吨原料用水2.6～2.8吨，每吨废水COD（化学需氧量）综合含量3公斤左右。具体计算公式是日产量×2.5～2.8等于废水排放量。排放的废水大致可为泡原料、捞原料的水占原料的4～5倍，每吨废水COD综合含量6公斤左右；蛋白车间排放的废水，占原料的13～16倍,每吨废水COD含量3公斤左右；漏粉水、洗粉水占原料的8～10倍，每吨废水COD含量0.8公斤左右。
1980年以前，粉丝生产没有大的规模，属于作坊式，排放的泼渣、废浆统一贮存，直接作为猪、鸡饲料或者作为种庄稼的肥料，生产企业和附近的农户还没有污染这个概念。1980年后，粉丝生产的规模急剧扩大，形成了工厂化生产，原废水处理的方法已适应不了企业发展的要求，造成环境污染。有的企业因排放污水，同附近的生活用水区域内的居民产生了矛盾，相互之间的关系非常紧张。粉丝生产在带来社会效益和经济效益的同时，也造成周边水质下降，危害了人民的身心健康，污水治理被提到了政府部门工作的重要日程。
1999年，环保部门开始要求粉丝企业增上污水治理设施。2000年，污水治理科研单位协同粉丝生产企业，对污水进行治理，取得理想的效果。原认为粉丝生产的废水，没有办法治理，只得任其污染。其实，粉丝生产的过程，是生物发酵的过程，没有使用添加剂，没有化学成份，生化性能好，采用厌氧、好氧的办法就可以达到国家二级排放标准（COD在150克以下）。2000年，烟台金华粉丝有限公司、山东金城股份有限公司、招远市三嘉粉丝蛋白有限公司等骨干粉丝企业污水处理设备投入运转，利用“厌氧—好氧”生物法处理技术，污染物去除率95%以上，达到国家污水综合排放二级标准，且运行成本低，被企业广泛接受。2006年，全市有70多家粉丝企业增上污水处理项目。
综合排放的污水呈酸性，pH值在5左右，污水处理的设备和设施，要采用耐腐蚀的材料。预沉池、调节池、厌氧池、生物接触氧化池等采用混凝土制作，容积根据各企业日排放量设计。布水器管路、曝气管路应采用PVC或者ABS材料制作，防止因腐蚀生锈而失去使用价值。
用塑料管或者棒制作的格栅，放在车间排放污水的汇集处，或者预沉池的进水口，挡住漂浮物或者大的块状物体进入预沉池。每天清理一次，防止堵塞。
预沉池用混凝土制作，深2～3米，容积40～50立方米为宜，底部有沉降物集水渠，顶部有活动的污泥泵装置。污水经过预沉淀池时，比重大的颗粒，沉降到渠内，然后用污泥泵每天清理一次。清理的颗粒状物料可返回蛋白车间做饲料用。
粉丝生产排放污水时间比较集中，为了保证厌氧池24小时不间断地供水，企业根据日排放量建造一个可溶纳排水量80%混凝土调节池。厌氧池为圆形，混凝土制作，一般情况地面以上4米，地面以下4米，由水泵、布水器、三相分离器等组成，进水时pH值5.5左右，COD综合含量3公斤左右，利用培养的甲烷菌体分解COD，生产沼气。一般情况下，产生的沼气可供企业洗澡和烧水用，是很好的废物再利用途径。COD总去除量可达70%左右。随着污水的常年处理，污泥逐渐增多，当顶部能见到漂浮的颗粒状污泥时，可以从底部的排放口将污泥排放出一部分。厌氧池的容积，基本上等于日排放量。当废水从底部按顺序由布水器进入时，已处理好的废水逐步上升，从顶部的排放口进入生物接触氧化池。排放口每吨废水COD可达到200克，pH值7左右。甲烷菌最佳的生长、繁殖的pH值是7～9。在停产期间，不用补充废水，菌体照样存活，一旦菌体死亡达不到处理效果，可以停止进水3～4天在采用循环的方式同时，用火碱将水的pH值调到7～9之间，经过化验COD达到200～300克就可以逐步由少到多注入废水。
生物接触氧化池混凝土制作，由生物膜和曝气管组成，在好氧情况下利用生物膜，去除大部分COD，去除率可达50～60%，容积根据企业的日排水量设计，一般情况下占60～80%，废水停留时间18～20小时。生物接触氧化池的菌体，属好氧菌，要每隔2小时充一次氧，一般需40～60分钟。COD含量达不到要求时，要适当增加充氧时间，甚至24小时连续充氧，直到出水达到要求为止。
絮凝沉淀池，由混凝土制作，底部有集泥渠，上面安装活动式污泥泵。接触氧化池的出水中，有脱落的部分生物膜，在絮凝沉淀池中沉淀到底部，每间隔8～10小时启动污泥泵抽到干化场。处理好的水由排水渠排放到养鱼池，补充养鱼池的水源。
干化场，用砖同混凝土制作，下面有渗水渠。厌氧池中多余的污泥、絮凝沉淀池中定时抽取的污泥，存到干化场，多余的水份随渗水渠回流到调节池，固体废渣可直接做为肥料，定期清除。