唐代，丹崖山巅有龙王庙，当地渔民所建。龙王庙东有三清殿，为道教
庙宇。僧人在山之南麓建弥陀寺。
宋嘉佑六年(1061)，登州郡守朱处约将龙王庙移至西偏，在庙址丹崖山巅
筑蓬莱阁， 以"为州人游览之所"， 奠定了庙宇与园林相间的基础。元丰八年
(1085)，一代文宗苏轼知登州军州事，虽匆匆5日，却为高阁留下许多不朽诗
文， 翰墨流传，遂使蓬莱仙阁得登龙门。宣和四年(1122)，于阁西建天后宫，
48间。
明洪熙元年(1425)、成化七年(1471)进行过两次修缮。至万历年间，山东
巡抚李戴发起捐资修缮增建， 乡宦戚继光赞助， 历时3年， 于万历十七年
(1589) 完工。同时约请曾任山东巡抚、时任兵部右侍郎的宋应昌作《重修蓬
莱阁记》，勒石阁中。宋记认为，此次增修"规画宏敞，视旧贯什倍之矣"。
之后又有3次小的修缮:一修于都督卫青，再修于永安侯徐康，三修于御史宋
应昌。
明崇祯四年(1631)登州参将孔有德奉命率部援辽，至吴桥叛明，回师窃据
登州。翌年，孔有德战败，从海上逃往东北，其残部王秉忠仍固守水城。明
军置火药轰城，城破，王部退据蓬莱阁。以此蓬莱阁遭严重破坏，"垣颓瓦断，
满目萧然"。崇祯九年(1636)新任登州太守陈钟盛又动工"葺治城垣，修建海神、
天妃诸庙"。
清嘉庆二十三年(1818)，总兵刘清、登州知府杨本昌又因"高阁欲坠， 危
梯不登"而倡议重修。杨本昌作《重修蓬莱阁记》，认为"壮丽逾前"，并详述
增修项目:"阁外有回廊，东偏作室如舫，为登降所由；前两翼对启数楹，为
憩息之所。 皆昔无而今增。阁之东西宾日楼、海市亭皆久废而更立。唯避
风亭不改旧贯。" 所述已近今日之规模。
清同治四年(1865)七月，"风雨暴作，阁前山城忽坠十余丈，阁亦岌岌欲
坠焉"，因此知府豫山又募资修缮。历时年余，于同治六年(1867)城工毕。城
工之外，此次修缮中将苏公祠由蓬莱阁前迁至三清殿后今址。又于避风亭西
建屋三楹，取名" 澄碧轩"。
清同治七年( 1868)登州府同知雷树枚倡建灯塔于阁东北丹崖绝壁之上，
取名"普照楼"，后圮。1958年重修，加高过阁。
光绪二十年十二月二十三日(1895年1月18日)，甲午中日之役中， 日舰炮
击蓬莱，弹中阁后壁外"海不扬波"刻石，"不"字受损，伤痕至今可见；内壁灰
皮震落，粉壁上南海才子招之庸所绘墨竹图从此绝迹于人间。
1929年春，军阀张宗昌、褚玉璞与刘珍年在胶东对峙，张、褚盘踞蓬莱
阁上，致使文物古迹遭受严重破坏。
1937年"芦沟桥事变"后，日军飞机轰炸蓬莱，炸毁天后宫前戏楼及龙王宫
前殿。
1947年秋冬，进攻胶东的国民党军队盘踞蓬莱阁上，因修工事和烧火造
饭，致阁中木匾、楹联损失殆尽。
建国后，国家多次拨款维修。至1965年，蓬莱阁古建筑群基本恢复原貌。
1966年"文化大革命"开始后，在"破四旧"的冲击下，蓬莱阁又遭劫难，塑
像全被拉倒，董其昌的手迹刻石被砸得漫漶不清，仅存的铁保书"蓬莱阁"三
字大匾额也被铲去上下款。
1973年开始，国家逐年拨款，陆续修葺。1982年2月23日，国务院公布"蓬
莱水城及蓬莱阁"为"全国重点文物保护单位"， 国家和当地政府对它的修缮投
资更是与日俱增。至1991年，先后拨款210多万元，重建"丹崖仙境"坊，翻建、
修缮三清殿、澄碧轩、避风亭、天后宫、弥陀寺、龙王宫、蓬莱阁、吴公祠、
八角亭、钟楼、鼓楼、戏楼等；塑像全部重塑。