威海设卫后，即建立威海卫指挥使司（衙门座落在卫城东街，今和平路偏东），
统辖卫内军政事务。其中，主管卫内行政事务的机构和官员是：镇抚司（镇抚二人，
从五品），处理刑事案件及管理监狱；经历司（经历一人，从七品），管理文牍及
军民词讼；儒学教授（正七品），掌学校课试等；此外，设吏目、仓大使等官员，
分别管理出纳文书、仓储等项事务。
卫指挥使、指挥同知、指挥佥事以及镇抚、经历、千户、百户等大小官吏，大
都实行世袭。第一任指挥使刘得去职后，子孙九代承袭其职。除刘姓指挥使以外，
尚有王、周、徐、魏等四家先后任过威海卫指挥使。指挥同知、指挥佥事及千户、
百户等官吏的袭替与指挥使的承袭大体相同。由于不断的封官进阶和世代袭替，至
明代中叶，威海卫在任职官已大大超过国家官制的限额。1489年（明弘治二年），
威海卫在职指挥使、指挥同知、指挥佥事计21人。至明王朝灭亡，先后任过卫指挥
使、指挥同知、指挥佥事的增至25家。今流传的威海卫“十八家指挥”一说，虽难
确考，但也足证威海卫指挥数量之多。
卫内各级官吏也有考升制度。山东都指挥使司对卫指挥使、指挥同知、指挥佥
事，五年进行一次考察，“考选其才者”，担任掌印指挥（简称“掌印”）和佥书
指挥（简称“佥书”），“分理屯田、验军、营操、巡捕、漕运、备御、出哨、入
卫、戍守、军器诸杂务”，称“见任管事”。余者保留原有俸禄，编入卫属军队，
称“带俸差操”。镇抚、经历、千户等官吏，则由卫指挥使司负责，五年进行一次
政绩考察，择贤能者主持所属军政事务；百户无升降制，由巡按考察后决定继任或
免职。
1644年明王朝灭亡，威海卫指挥使司随废。