威海设卫后,即建立威海卫指挥使司(衙门座落在卫城东街,今和平路偏东), 统辖卫内军政事务。其中,主管卫内行政事务的机构和官员是:镇抚司(镇抚二人, 从五品),处理刑事案件及管理监狱;经历司(经历一人,从七品),管理文牍及 军民词讼;儒学教授(正七品),掌学校课试等;此外,设吏目、仓大使等官员, 分别管理出纳文书、仓储等项事务。 卫指挥使、指挥同知、指挥佥事以及镇抚、经历、千户、百户等大小官吏,大 都实行世袭。第一任指挥使刘得去职后,子孙九代承袭其职。除刘姓指挥使以外, 尚有王、周、徐、魏等四家先后任过威海卫指挥使。指挥同知、指挥佥事及千户、 百户等官吏的袭替与指挥使的承袭大体相同。由于不断的封官进阶和世代袭替,至 明代中叶,威海卫在任职官已大大超过国家官制的限额。1489年(明弘治二年), 威海卫在职指挥使、指挥同知、指挥佥事计21人。至明王朝灭亡,先后任过卫指挥 使、指挥同知、指挥佥事的增至25家。今流传的威海卫“十八家指挥”一说,虽难 确考,但也足证威海卫指挥数量之多。 卫内各级官吏也有考升制度。山东都指挥使司对卫指挥使、指挥同知、指挥佥 事,五年进行一次考察,“考选其才者”,担任掌印指挥(简称“掌印”)和佥书 指挥(简称“佥书”),“分理屯田、验军、营操、巡捕、漕运、备御、出哨、入 卫、戍守、军器诸杂务”,称“见任管事”。余者保留原有俸禄,编入卫属军队, 称“带俸差操”。镇抚、经历、千户等官吏,则由卫指挥使司负责,五年进行一次 政绩考察,择贤能者主持所属军政事务;百户无升降制,由巡按考察后决定继任或 免职。 1644年明王朝灭亡,威海卫指挥使司随废。