明朝,山东佛教仍盛。青州城内“益之寺观,较房舍十之二”。明衡王分封青 州后,喜佛尊经,亲自主持修建佛寺。明万历三十五年(1607)竣工的五莲山万寿护 国光明寺,是一座由皇帝赐名、内库直接拨款、太监亲自监工的御建寺院。此寺最 兴盛时期有僧300余名,寺田千亩全部免征田赋。天启年间有西域僧闻名而来,留 有贝叶经7片。明宣德三年(1428),高丽僧满空登泰山,先后在竹林寺、普照寺住 持20余年,并为高丽翻译大批佛经。明嘉靖年间《山东通志》记载明初以来山东兴 建和重修的著名佛寺152座,其中济南府47座,兖州府38座,东昌府23座,青州府 19座,登州府13座,莱州府12座。明朝中央设僧录司,掌管全国僧务;府设僧纲司, 有都纲(从九品)、副都纲各1人;州设僧正司,有僧正1人;县设僧会司,有僧会1 人,分管地方僧务。 明代道教式微,山东许多道教场所被僧人占用。王重阳创修的槎山全真洞内, 被雕刻石佛像千尊,俗称“千佛洞”。 清朝统治者崇奉佛教,沿袭明制,逐级由僧录、僧纲、僧正、僧会掌管僧尼事 务,迄清亡废止。雍正年间,在青州城北满州营内建普恩寺并赐额。清乾隆幼年时 因常生疾病,在光明寺许愿出家,光明寺遂大兴土木,五莲山一带建有大小寺庙40 余座。宣统年间《山东通志》记载全省寺院377座;济南府58座,泰安府33座,武 定府21座,兖州府33座,济宁直隶州15座,沂州府25座,曹州府33座,东昌府51座, 临清直隶州18座,青州府32座,登州府35座,莱州府14座,胶州直隶州9座。其中, 长清灵岩寺、益都法庆寺、诸城侔云寺和光明寺,并称山东四大禅寺。 清代山东民间佛事活动普遍,成为民风民俗组成部分。济南有“五里一庵,十 里一寺”之说,村村有庙。泰山一带,佛教则明显衰弱。泰山尊崇碧霞元君极盛, 清代几乎未修建一座佛教寺庙。 清末,太平天国运动中,农民起义军所到之处,拆除佛像,摧毁寺庙。随着急 剧的社会变革,山东佛教衰落。