明朝，山东佛教仍盛。青州城内“益之寺观，较房舍十之二”。明衡王分封青
州后，喜佛尊经，亲自主持修建佛寺。明万历三十五年(1607)竣工的五莲山万寿护
国光明寺，是一座由皇帝赐名、内库直接拨款、太监亲自监工的御建寺院。此寺最
兴盛时期有僧300余名，寺田千亩全部免征田赋。天启年间有西域僧闻名而来，留
有贝叶经7片。明宣德三年(1428)，高丽僧满空登泰山，先后在竹林寺、普照寺住
持20余年，并为高丽翻译大批佛经。明嘉靖年间《山东通志》记载明初以来山东兴
建和重修的著名佛寺152座，其中济南府47座，兖州府38座，东昌府23座，青州府
19座，登州府13座，莱州府12座。明朝中央设僧录司，掌管全国僧务；府设僧纲司，
有都纲(从九品)、副都纲各1人；州设僧正司，有僧正1人；县设僧会司，有僧会1
人，分管地方僧务。
明代道教式微，山东许多道教场所被僧人占用。王重阳创修的槎山全真洞内，
被雕刻石佛像千尊，俗称“千佛洞”。
清朝统治者崇奉佛教，沿袭明制，逐级由僧录、僧纲、僧正、僧会掌管僧尼事
务，迄清亡废止。雍正年间，在青州城北满州营内建普恩寺并赐额。清乾隆幼年时
因常生疾病，在光明寺许愿出家，光明寺遂大兴土木，五莲山一带建有大小寺庙40
余座。宣统年间《山东通志》记载全省寺院377座；济南府58座，泰安府33座，武
定府21座，兖州府33座，济宁直隶州15座，沂州府25座，曹州府33座，东昌府51座，
临清直隶州18座，青州府32座，登州府35座，莱州府14座，胶州直隶州9座。其中，
长清灵岩寺、益都法庆寺、诸城侔云寺和光明寺，并称山东四大禅寺。
清代山东民间佛事活动普遍，成为民风民俗组成部分。济南有“五里一庵，十
里一寺”之说，村村有庙。泰山一带，佛教则明显衰弱。泰山尊崇碧霞元君极盛，
清代几乎未修建一座佛教寺庙。
清末，太平天国运动中，农民起义军所到之处，拆除佛像，摧毁寺庙。随着急
剧的社会变革，山东佛教衰落。