孔衍
《春秋 梁传训注》十三卷（又名《孔衍训注》）
《春秋公羊孔氏传》一卷 见《玉函山房辑佚书续编》
《春秋公羊传集解》十四卷
《春秋国语注》二十卷 见万历《兖州府志》
《春秋时国语》十卷
《春秋后语》一卷 《汉学堂丛书·子史钩沉·史部杂史类》
《春秋后国语》残存四卷（卷五至卷八） 见《鸣沙石室佚书初编》
《左传训注》十三卷
《凶礼》一卷 见《玉函山房辑佚书·经编仪礼类》 馆刊本
《汉尚书》十卷
《汉春秋》十卷
《后汉尚书》六卷
《后汉春秋》六卷
《魏尚书》八卷
《魏春秋》九卷
《后魏春秋》九卷
《国志历》九卷
《琴操》三卷凡五十九章
《孔氏说林》二卷
《兵林》六卷
孔伦
《集注丧服经传》一卷 见《玉函山房辑佚书》 馆刊
本
《仪礼注》一卷
孔晁
《尚书义问》三卷（亡佚）
《春秋外传国语孔氏注》一卷 见《玉函山房辑佚书》
《逸周书注》十卷 河南图书馆藏明刻本
《逸周书王会解》一卷 清乾隆五十年抱经堂刊本
《汲冢周书注》十卷 元至正十四年嘉兴路学宫刊本
《国语注》一卷 见《黄氏遗书考》
《晋明堂郊社仪》三卷
《圣证论》一卷 王肃撰孔晁答、马昭等评 见《玉函山房辑佚书》
馆刊本
《谥法（注）》三卷 （与刘熙合注）见《问经堂丛书》
孔愉
《晋咸和咸康故事》四卷
孔群
《奏议》二十二卷
孔严
《孔严集》五卷
孔汪
《孔汪集》十卷
《杂药方》二十九卷
孔坦
《孔坦集》五卷