戚继光回到浙江后，因为战功，于嘉靖四十一年(1562年)十二月升任副总兵，
分守台州、温州、福州、兴化、福宁中路等处，兼统水寨。戚继光又上《议处兵马
钱粮疏》，请募新兵，加旧部共需两万，并请备足粮饷器械。这次得到了朝廷的批
准。而此时的福建沿海，又因戚继光班师浙江而动荡不安起来。倭寇攻陷了兴化，
这是倭寇第一次攻破府治大城，福建告急。嘉靖四十二年(1563年)一月，朝廷急调
戚继光再次率军援闽。二月，戚继光前往义乌募得新兵1万多人。三月，戚家军沿
途一边训练，一边开往福建。
攻陷兴化的倭寇，听说戚家军又来福建，一月底便匆匆放弃兴化，往东南奔去。
都指挥欧阳深率军进剿，200余人中伏阵亡。倭寇乘机占领平海卫，企图夺船出海。
三月，戚继光率军抵达福建境内，戚家军联合俞大猷、刘显等部，在平海卫将倭寇
围得水泄不通。四月二十一日，在福建巡抚谭纶统一指挥下，戚继光率军从中路进
攻，俞、刘二军从左右翼侧应。在战斗中，戚家军的“鸳鸯阵”使倭寇胆战心惊，
大败溃逃。此战共计斩敌2451级，缴获器械3961件，解救被俘百姓3000多人，收复
了平海卫。平海卫之役是一次重要的歼灭战，影响很大。为此，明世宗特地举行了
一次隆重的告谢郊庙的典礼。
之后，戚家军又先后打退了连江等地的倭寇。六月，戚继光以功升为都督佥事，
不久又升为都督同知，十一月，戚继光被提为总兵官，镇守福建全省和浙江金华、
温州二府。