孔衍
《春秋 梁传训注》十三卷（又名《孔衍训注》）
《春秋公羊孔氏传》一卷 见《玉函山房辑佚书续编》
《春秋公羊传集解》十四卷
《春秋国语注》二十卷 见万历《兖州府志》
《春秋时国语》十卷
《春秋后语》一卷 《汉学堂丛书·子史钩沉·史部杂史类》
《春秋后国语》残存四卷（卷五至卷八） 见《鸣沙石室佚书初编》
《左传训注》十三卷
《凶礼》一卷 见《玉函山房辑佚书·经编仪礼类》 馆刊本
《汉尚书》十卷
《汉春秋》十卷
《后汉尚书》六卷
《后汉春秋》六卷
《魏尚书》八卷
《魏春秋》九卷
《后魏春秋》九卷
《国志历》九卷
《琴操》三卷凡五十九章
《孔氏说林》二卷
《兵林》六卷
孔伦
《集注丧服经传》一卷 见《玉函山房辑佚书》 馆刊
本
《仪礼注》一卷
孔晁
《尚书义问》三卷（亡佚）
《春秋外传国语孔氏注》一卷 见《玉函山房辑佚书》
《逸周书注》十卷 河南图书馆藏明刻本
《逸周书王会解》一卷 清乾隆五十年抱经堂刊本
《汲冢周书注》十卷 元至正十四年嘉兴路学宫刊本
《国语注》一卷 见《黄氏遗书考》
《晋明堂郊社仪》三卷
《圣证论》一卷 王肃撰孔晁答、马昭等评 见《玉函山房辑佚书》
馆刊本
《谥法（注）》三卷 （与刘熙合注）见《问经堂丛书》
孔愉
《晋咸和咸康故事》四卷
孔群
《奏议》二十二卷
孔严
《孔严集》五卷
孔汪
《孔汪集》十卷
《杂药方》二十九卷
孔坦
《孔坦集》五卷
孔衍
《春秋 梁传训注》十三卷（又名《孔衍训注》）
《春秋公羊孔氏传》一卷 见《玉函山房辑佚书续编》
《春秋公羊传集解》十四卷
《春秋国语注》二十卷 见万历《兖州府志》
《春秋时国语》十卷
《春秋后语》一卷 《汉学堂丛书·子史钩沉·史部杂史类》
《春秋后国语》残存四卷（卷五至卷八） 见《鸣沙石室佚书初编》
《左传训注》十三卷
《凶礼》一卷 见《玉函山房辑佚书·经编仪礼类》 馆刊本
《汉尚书》十卷
《汉春秋》十卷
《后汉尚书》六卷
《后汉春秋》六卷
《魏尚书》八卷
《魏春秋》九卷
《后魏春秋》九卷
《国志历》九卷
《琴操》三卷凡五十九章
《孔氏说林》二卷
《兵林》六卷
孔伦
《集注丧服经传》一卷 见《玉函山房辑佚书》 馆刊
本
《仪礼注》一卷
孔晁
《尚书义问》三卷（亡佚）
《春秋外传国语孔氏注》一卷 见《玉函山房辑佚书》
《逸周书注》十卷 河南图书馆藏明刻本
《逸周书王会解》一卷 清乾隆五十年抱经堂刊本
《汲冢周书注》十卷 元至正十四年嘉兴路学宫刊本
《国语注》一卷 见《黄氏遗书考》
《晋明堂郊社仪》三卷
《圣证论》一卷 王肃撰孔晁答、马昭等评 见《玉函山房辑佚书》
馆刊本
《谥法（注）》三卷 （与刘熙合注）见《问经堂丛书》
孔愉
《晋咸和咸康故事》四卷
孔群
《奏议》二十二卷
孔严
《孔严集》五卷
孔汪
《孔汪集》十卷
《杂药方》二十九卷
孔坦
《孔坦集》五卷