世祖顺治元年（１６４４年）三月，李自成率农民起义军领有北京后，遣
部属到山东。知县孔贞堪差人投归顺文书，献马１０匹、银１０００两。起义
军至兖州，贞堪着青衣小帽跪于道旁迎接，呈献印信，被任命为大顺国曲阜县
令。
六月，清兵领有山东，曲阜归清。
九月，衍圣公孔衍植向清廷上《初进表文》，“恭惟皇帝陛下承天御极”
，“伏愿……金瓯巩固，式庆社稷之灵长”。
十月，世祖福临准山东巡抚方大猷奏，孔子庙释奠及对圣裔的优渥均相沿
前朝。题准衍圣公为正一品阶，班列尚书上。
顺治二年正月，祭酒李若琳奏准文庙谥号，称大成至圣文宣先师孔子。
是年，衍圣公孔衍植入朝，赐第于太仆寺街。
顺治七年（１６５０年），晋衍圣公孔兴燮为太子少保。次年又兼太子太
保。
顺治十年（１６５３年），诏以山东德、鲁废藩庄地拨补衍圣公。
顺治十四年（１６５７年），钦定文庙尊称至圣先师孔子。
圣祖康熙十年（１６７１年），衍圣公重建梁公林享殿、林门及墙垣等。
康熙十四年（１６７５年），重修尼山孔庙兴工，至康熙十七年告竣。重
修殿祠房舍３０余间。
康熙二十三年（１６８４年）二月，《孔子世家谱》颁行。孔尚任纂修，
衍圣公孔毓圻鉴定。
十一月，圣祖玄烨南巡过阙里，亲祀孔子庙，行三跪九叩头礼；谒先圣墓
，行一跪三叩头礼。留曲柄黄盖于庙庭，赐御书“万世师表”匾额悬于殿中。
遣官祭告周公庙、少昊陵。封衍圣公孔毓圻祖母陶氏为一品太夫人，赐额“节
并松筠”。命扩林地１１４１．９亩。
康熙二十六年（１６８７年），立御制《阙里孔子庙文碑》、《孔子赞碑
》及《周公庙文碑》。
康熙二十八年（１６８９年）六月，衍圣公奏请大修阙里孔庙，三十年四
月兴工，三十二年八月告成。先后修葺大成等殿５４间，大成等门６１间，两
庑８８间，棂星门一，牌坊二，用帑银８．６５万余两。御制碑文记成，并遣
皇三子至阙里祭告孔子，诏皇四子、皇八子陪祀。
康熙二十九年（１６９０年），立孔庙门前文武官员下马碑。
康熙五十一年（１７１２年），升先贤朱熹于大成殿十哲之次。
康熙五十三年（１７１４年）五月二十二日，大风拔树，屋瓦皆飞；雹大
如梨，其厚盈尺。孔林树死千余株，洙泗书院坊塌树折。
世宗雍正二年（１７２４年）四月，册封孔子先世五代为王。木金父公为
肇圣王，祈父公为裕圣王，防叔公为诒圣王，伯夏公为昌圣王，叔梁公为启圣
王。以启圣祠合祀五代，更名为崇圣祠。
六月九日，阙里孔庙遭雷击，焚毁大成殿、寝殿、两庑等建筑１３３间。
皇帝闻报，遣礼部侍郎王景曾到阙里慰祭孔子。
雍正三年（１７２５年）八月，重修阙里孔庙，至雍正八年竣工。重建被
焚建筑，维修幸存建筑。正殿、正门改用黄琉璃瓦；两庑用绿琉璃瓦，以黄瓦
镶脊。总计耗银１５．７万余两。颁御书“大成殿”匾额及对联。七年，颁内
府新制大成殿祭器、镇圭、曲柄宝盖及二十四戟。八年，遣皇五子至阙里祭告
孔子庙，立御制《重修阙里孔子庙文碑》。
雍正八年（１７３０年）八月，阙里孔庙大成殿圣像塑成。
是年，诏设圣庙执事官４０员。
雍正九年（１７３１年）七月，孔林兴工，至次年九月告竣。重修孔子墓
享殿、门坊及林垣，计用帑银２．５３万余两。
高宗乾隆九年（１７４４年），《孔子世家谱》颁行。孔继汾等纂修，衍
圣公孔昭焕鉴定。
乾隆十三年（１７４８年）二月，高宗弘历东巡过阙里，亲祀孔子庙，诣
孔林酹酒。此后，又于乾隆二十一年（１７５６年）三月、二十二年（１７５
７年）二月、二十七年正月、三十六年（１７７１年）二月、四十一年（１７
７６年）三月、四十九年（１７８４年）二月、五十五年（１７９０年）三月
幸阙里，均释奠孔子。
乾隆二十年（１７５５年），衍圣公孔昭焕初建古泮池行宫；改建梁公林
享殿、林门；重修尼山书院。
乾隆二十一年正月，改孔氏曲阜世职知县为流官制。曲阜所缺知县由吏部
在外地调补。
乾隆二十四年（１７５９年）六月二十九日，孔府滕县孙家庄佃户宋之荣
、宋珍等聚众４０余户注册盟誓，抗租不交。
乾隆二十七年（１７６２年）五月，孔继汾著《阙里文献考》一书纂定付
梓，衍圣公孔昭焕携书率各博士及其子孙入朝奏呈皇帝。
乾隆三十五年（１７７０年）十月，重修孔庙、孔林、少昊陵、周公庙及
颜子庙等。
乾隆三十六年（１７７１年），谕颁周范铜器于孔子庙。
乾隆三十七年（１７７２年）五月，创建颜子墓享殿，修林门。
乾隆三十九年（１７７４年），重修《曲阜县志》刊行。原知县潘相主修
，李中简作序。
乾隆五十一年（１７８６年），定陪祀各氏后裔条例。至圣孔子后裔曲阜
５人，衢州２人；元圣周公后裔曲阜东野氏２人，陕西姬氏２人。
仁宗嘉庆十二年（１８０７年）四月，孔府郓城屯屯户高化龙、高化显、
霍士选等人抗拒服差，并率众殴打孔府差员。
嘉庆十三年（１８０８年）五月，谕山东巡抚吉纶亲往曲阜勘估孔庙工程
。钦拨帑银１５．９３余万两，将孔庙维修一新。次年十月，遣内阁学士兼礼
部侍郎王绶祭告阙里孔子庙。
宣宗道光五年（１８２５年），赐衍圣公孔庆之母于氏御祭，在其墓前
建“鸾音褒德”坊，置石仪。
道光二十三年（１８４３年），大修衍圣公府，用银６．６４万两。
道光二十六年（１８４６年），重修尼山孔庙，至道光二十九年竣工。计
修殿祠、书院房舍４０余间，门８座，围墙２００余丈，用银３．１５５万两
。
文宗咸丰二年十二月，为镇压太平军，衍圣公向清廷捐助剿银３０００两
。
咸丰八年十二月，孔府东阿屯屯民萧九章抗交祀银，并殴打甲首，撕毁粮
单。
咸丰九年十二月，孔府羊厂屯户曹会川抗交祀银，并率众到总甲家搜走历
年地亩花名银两册。
穆宗同治七年（１８６８年），谕两江、湖广、山东筹银６万两，修葺阙
里孔庙大成殿及坍毁各建筑。同治八年八月兴工，至十一年春告竣。
德宗光绪十一年十二月十六日，孔府遭火灾，内宅前区建筑被焚。次年，
山东巡抚张曜募捐银８．１万余两重修。
光绪二十四年（１８９８年），为抵制西方传教士在城内兴建教堂，衍圣
公孔令贻会同地方官绅在古泮池行宫旧址兴建文昌祠。
光绪三十年（１９０４年），津浦铁路勘测线路，原定由歇马亭向南经孔
林西侧直达邹县。衍圣公府以“破坏圣脉”、“震动圣墓”为由上奏朝廷，要
求西移１５里之外。后改道兖州。
光绪三十一年（１９０５年），在阙里孔庙东侧曲阜考院旧址筹建“曲阜
官立四氏初级完全师范学堂”。拨帑银１０万两以为筹资。次年正月开学。衍
圣公孔令贻任总理，孔昭曾任监督。
光绪三十二年（１９０６年）三月，谕学部以尊孔为教育宗旨，宣示天下
。
十一月，奉旨将孔子庙祭祀规格由中祀升为大祀，拟将孔庙建筑全部改为
黄瓦。次年，山东抚院拨库平纹银５万余两，维修清代碑亭，毓粹、观德二门
，德侔天地与道冠古今二坊，并改为黄瓦。至宣统二年（１９１０年）告竣。