太祖洪武元年（１３６８年）二月，太祖朱元璋诏以太牢祭孔子，并遣官
到阙里致祭。
三月，孔克坚遣子希学入觐。帝复召克坚。十一月十四日，克坚入朝，在
谨身殿受面谕。
十一月，孔希学袭封衍圣公。授正二品阶资善大夫。次年，置官属，设管
勾、掌书、典籍、司乐、知印、奏差、书写各一人。
定庙学名“三氏子孙教授司”。
赐祭田２０００大顷，分为五屯四厂十八官庄，拨田承种，供庙祭及属官
廪给，余者为衍圣公俸禄。置林庙洒扫１１５户，令曲阜等州县选民间俊秀无
过者充当，其“杂泛差徭，一概蠲免”。敕孔氏子孙皆免差发税粮。
是年，以翰林院检阅官孔泾齿行俱尊，特令返还乡里，为孔氏族长。钦赐
藤杖一枝，令世守主领家族事。
洪武三年（１３７０年）六月，诏革诸神封号，唯孔子封爵仍旧。
洪武四年（１３７１年），更定孔子庙祭器乐舞。改笾豆八为十；祭器由
木易以瓷；牲用熟，各设高案。乐舞生设１１０人。
洪武六年（１３７３年）八月，钦定衍圣公专主孔子祀事，不再兼任地方
官。
洪武七年（１３７４年），始改孔氏世袭知县为世职知县。
洪武十年（１３７７年），阙里孔庙兴工，至次年工竣。重建正殿东西回
廊、东西庑及三氏学生员房舍７０余楹，补塑圣像。
是年，鲁民居文约等以地５６亩增广孔林。
洪武十五年（１３８２年）三月，命郡县通祀孔子。每岁春秋二仲丁行释
奠礼。
洪武十七年（１３８４年）春，孔希学之子孔讷入朝。诏袭封衍圣公每岁
入觐，得给符乘传，班序授列文臣之首。
成祖永乐五年（１４０７年）二月，赐衍圣公赡庙田滋阳县、兖州、济宁
州等处四段７３大顷。
永乐十年（１４１２年），大修阙里孔庙，至永乐十五年竣工。重建楼阁
廊庑２７０余楹，增建棂星门、德侔天地及道冠古今二牌坊、庙门３洞、石桥
３座。
永乐十五年（１４１７年），衍圣公孔彦缙重修尼山孔庙。
永乐二十一年（１４２３年），孔林围墙岁久倾坏，曲阜知县孔克中复修
并增拓之，周十余里。建铺舍以居巡卫者。
宣宗宣德九年（１４３４年），工部侍郎周忱等谒阙里林庙，捐俸修建孔
庙金丝堂，又于庙外西南隅筑堂３间。
英宗正统四年（１４３９年）八月，定孔府佃户人丁。户部奏准存５００
户、２０００丁，专以办纳籽粒，供祭祀。
正统八年（１４４３年），衍圣公孔彦缙增立孔林文宣王、泗水侯及沂国
公墓碑各一通。
正统九年（１４４４年）三月，衍圣公孔彦缙奏准，三氏学照郡县学例置
立生员，听提学官考选，应山东布政司乡试。
代宗景泰三年（１４５２年），衍圣公孔彦缙举颜子、孟子后裔颜希惠、
孟希文赴京，俱授翰林院五经博士，子孙世袭。颜、孟二氏袭职自此始。
是年，修葺颜子庙，给祭田２０顷。
宪宗成化元年（１４６５年），颁给三氏学官印。命三氏学“三岁贡一人
”。
是年，孔氏名下续买民间征粮地，“蠲免税粮三分之二”。
成化十二年（１４７６年），祭酒周洪谟请增孔子庙礼乐。定笾豆十二，
舞用八佾。
成化十六年（１４８０年），从衍圣公孔弘泰之请，增广阙里庙制，至成
化二十三年（１４８７年）告成。增广正殿为９间，其余“凡殿堂廊庑门庭厨
黉宫等三百五十八楹，规制一新”。“耗公帑货财十余万金”。
孝宗弘治六年（１４９３年），兴建颜母祠。
弘治七年（１４９４年），六十一代衍圣公孔弘泰以修文庙余资修葺尼山
书院和洙泗书院；重修孔林驻跸亭、孔子墓享殿、林墙及门楼，建洙水左右二
桥，植柏桧数百株。
弘治九年（１４９６年），增祭孔子乐舞生２６人，与天子乐舞７２人相
等。
弘治十一年（１４９８年），兖州知府龚宏重修三氏学舍１１０楹，缭以
崇垣，规制焕然。
弘治十二年（１４９９年）六月十六日夜，阙里孔子庙遭雷击起火，焚毁
殿庑等建筑１２３间。七月，孝宗朱樘遣太常寺少卿李杰至阙里慰祭孔子。
弘治十三年（１５００年）二月，重修阙里孔子庙，至弘治十七年正月告
成。重建被焚建筑，扩建奎文阁、大门、二门及大中门，增建仰高、快睹二门
及前三院墙垣。用银１５．２６万余两。
弘治十六年（１５０３年），加封孔氏世袭翰林院五经博士、太常博士各
一人。
敕重修衍圣公府第，形成前官衙后内宅，三路布局、八进院落的基本格局
。
弘治十八年（１５０５年），敕免孔氏子孙差税。
是年，《阙里志》告成，共１３卷。提学副使陈镐著，光禄大夫、户部尚
书、谨身殿大学士李东阳作序。
武宗正德元年（１５０６年）冬，免除孔氏田赋。前后免粮地共３６９顷
余。
正德二年（１５０７年），敕孔氏税粮尽行蠲免。
正德四年（１５０９年），更正三氏学岁贡。令贡孔氏三名之后，其年同
贡颜氏一名；孔氏又贡三名之后，其年同贡孟氏一名。著为例。
正德六年（１５１１年）二月二十七日晨，刘六（宠）、刘七（宸）领导
的农民起义军攻占曲阜城（今曲阜城东旧县村）。是夕，移营阙里孔庙，“秣
马于庭，污书于池”。翌日，义军向泗水县进发。
正德八年（１５１３年）七月，“移城卫庙”工程兴工，至嘉靖元年（１
５２２年）三月竣工。新建砖城周长４．８公里，高６米，每面城门各１座，
上筑重檐城楼，外环以河。总计耗银３．５８万两。
正德十五年（１５２０年），衍圣公孔闻韶奉旨收集民间藏书置奎文阁中
。对献书之人，“量加奖赏”。
世宗嘉靖二年（１５２３年），山东巡抚陈凤梧重修孔林洙水桥，建石坊
及庐墓堂。
嘉靖六年（１５２７年），定三氏学生员岁贡之例。照州学例设禀、增生
各３０名，以廪膳名次起贡，每三年贡二人。
嘉靖九年十二月，更定孔庙祀典，尊孔子为至圣先师。
是年，巡抚刘节奏请曲阜县立家塾２０处，以教养三氏子孙。
嘉靖十三年（１５３４年），定孔氏续买民田征七免三。
嘉靖十七年（１５３８年），巡抚胡缵宗创建孔子庙前金声玉振坊。
嘉靖四十五年（１５６６年）春，初令衍圣公从孔氏中遴选举荐二人送抚
按考试，题授知县。
神宗万历十五年（１５８７年），三氏学增收嘉祥曾氏子孙，改名为四氏
学。
万历二十年（１５９２年），巡按御史何出光创建孔庙圣迹殿，立石刻圣
迹图１２０幅于殿中。
万历二十一年（１５９３年），初修《曲阜县志》刊行。知县孔弘复主修
，监察御史何出光作序。
万历二十二年（１５９４年），山东巡抚郑汝璧、巡按连标修孔子墓享殿
、斋室，树石阙５楹，题额“万古长春”，筑碑亭２座，植柏桧数百株。
万历二十八年（１６００年）春，巡盐御史吴达可在曲阜县城北和泗水县
城西置四氏学田７顷５４亩余。
万历四十年（１６１２年），照府学例，四氏学禀、增生名额各增１０名
，分别达４０名。岁贡每年贡１人。
万历四十二年（１６１４年）春，迁四氏学于阙里孔子庙西观德门外。
熹宗天启元年（１６２１年），初定孔子后裔乡试另编耳字号。填榜时总
查各经房，如无孔氏中试者，通取孔氏试卷，当堂公阅，取中一名，加于山东
省原额之外，但不必拘定一人。
天启二年（１６２２年），《孔氏族谱》颁行。孔弘纂修，衍圣公孔衍
植等作序。
天启七年（１６２７年），加封衍圣公孔衍植为太子太保。
是年，世职知县孔闻简捐资修葺洙泗书院。
思宗崇祯三年（１６３０年），晋衍圣公孔衍植为太子太傅。
崇祯七年（１６３４年），兖东兵备道李一鳌修圣林门楼、享殿及各亭堂
，镌林门二石狮。