孔氏族谱虽然迭经重修，但保存下来的并不是很多。明以前只有一个宋代残卷的抄本，明以后也只有明天启残谱和清康熙、乾隆、民国三部全族家谱，保存最多的是各地的支谱。
明天启《孔氏族谱》 天启二年（1622年）纂修，孔弘灏主纂，八卷。卷首有衍圣公孔胤植、洙泗书院学录兼林庙举事孔弘颙、曲阜世职知县孔闻简三篇序文和《孔氏宗传总论》、《阙里孔氏谱系引》、《伪孔考》和凡例等内容。卷一收录为孔子至第四十二代孙，孔子并有姓源、年谱等项；二代以下多有小传。卷二收录从四十三代孔仁玉到五十五代孔克坚。卷三至卷八收录五十七户族人。
本谱共刊印98部。开印时，衍圣公和曲阜知县到场督印14页，为防止私印，每页印98张后立即毁掉印版。装订成书后，捧到孔庙诗礼堂加盖衍圣公官印，曲阜知县官印和孔氏家庭族长、林庙举事关防印后择日分发。
清康熙甲子《孔子世家谱》 孔尚任主纂，衍圣公孔毓圻鉴定，二十四卷，九册。卷首有衍圣公孔毓圻、世职知县孔兴认的两篇序文和修谱凡例等。卷一为姓源，卷二为孔子年表，卷三、卷四分别为世系上下，卷五至卷二十四收录二十派六十户族人。卷末附有《流寓记》和《跋》。《流寓记》收录了外徙的十个支派，指出浙江衢州西安县族人是四十七代孔传的子孙，河南开封仪封县族人是三十八代孔惟时的子孙，镇江府丹阳县族人是四十代孔绚的子孙，应天府句容县族人是四十八代孔端隐的子孙，松江府华亭县族人是三十四代孔桢的子孙，浙江温州府平阳县族人是四十二代孔桧的子孙，江西临江府新喻县族人是四十代孔绩的子孙，广东南雄府保昌县族人是三十八代孔戣的子孙，真定府衡水县族人是三十二代孔颖达的子孙，定陶县族人是五十四代孔思本的子孙，但没有收录子孙情况。《跋》记述了修谱的艰辛：“开修于壬戌之秋，竣工于癸亥之冬，用度浩繁，实愧厥心。但其间名字之舛谬，支派之错讹，事迹之纷纭，官爵、里居、生卒之变迁，册籍互有参差，人数每多增减，改之又改，定未敢定，凡两历寒暑，无时不在书算丛杂辩议喧聒之中，穷日讨订，待旦思维，心身耳目殆有不能分给者矣。始而得其梗概，再而详其支委，又不知几易笔墨，而今始有成书。噫，难矣哉！”
此谱将《孔氏族谱》改为《孔子世家谱》，从此孔氏家谱均以此为名。本谱共印刷了一百部。
清乾隆甲子《孔子世家谱》 乾隆九年（1744年）修。衍圣公孔昭焕任总裁，孔传斌、孔继儒、孔继汾、孔毓佶编次。全谱共二十四卷，刊印120部。纂修时未注意避讳，“故书中有触犯处甚多”，乾隆四十七年进行改刊，抽去原本大部分旧序和跋，删去姓源和年表两卷，孔子事迹及名人传略也作了核实精简。改刊本减至二十二卷，刊印165部。本谱纂修之初的修谱榜示中就要求“表彰懿行”，族长又告示搜求科第显宦、道德硕儒、孝子、悌弟、义士、仁人、高隐、名流、词林、艺苑等名人行状、志铭、墓表、生平著作等，所以许多族人有小传。
民国《孔子世家谱》 1930年10月开馆纂修，1937年11月告成。奉祀官孔德成任总裁，孔广彬、孔广梅、孔广虔等13人编次。
本谱分卷首和初、二、三、四集，共108卷。卷首有奉祀官孔德成和家族长孔传堉的两篇序文，收录旧谱中的孔宗翰和天启、顺治、康熙、乾隆数次修谱序文十篇，此次修谱的布告、开馆仪注、誓词、谱成仪注等，修谱凡例、姓源、宗派总论、圣祖至四十二代图、中兴祖至二十派图、二十派至六十户图、嫡系考、嫡系相承图、南宗相承图、伪孔辨、内院真孔图与外院伪孔图，以及此次修谱各户、支派捐输、领谱等情况。初集共六十二卷，卷一、卷二从始祖至分六十户，卷三至卷六十二为六十户，每户一卷。二集三十四卷，收录中兴祖之后外迁的南宗派、江西新建支、四川阆中支等三十四个支派，每支派一卷。三集十卷，收录中兴祖之前外迁的平阴、郏县、宁陵、献县、丹阳、岭南等十个支派，每派一卷。四集二卷，收录历代外迁而前谱失叙的山西赵城县、四川会理县、江苏靖江县、贵州兴文县等七十七支族人。全谱共印325部，支谱1813部，铅印。此谱成书后，恰逢日本侵略者入侵，许多谱书未能发出，大多存在孔府内，“文化大革命”中，大部分被卖为废纸。
支谱 除宗主衍圣公主持纂修的孔氏全谱外，各户、支、派还有各自纂修的支谱，特别是那些留寓外地的族人，他们要享受国家优待，就必须得到衍圣公的认可，他们纂修的支谱必须到孔府加盖衍圣公的官印，孔府内因此保存了大量的支谱。除六十户支谱外，还有寓居河南永城华店户支谱，寓居东明和菏泽鲁城户支谱，山东长清、泰安、历城、莱芜、淄川、邹平、肥城等地寓居族人支谱，奉天省奉天府、辽阳州、义州、广宁县、宁远州、兴京城、安东县、昌图厅、榆树城、康平县等地寓居族人支谱，黑龙江省绥化府寓居族人支谱，吉林吉林府、长春府、农安县、双城厅、阿什河等地寓居族人支谱，内蒙古赤峰县寓居族人支谱，河北朝阳县、建昌县、平泉州、霸州等地寓居族人支谱，今北京大兴、通州、天津武清寓居族人支谱，江苏泰兴、高淳、金坛、吴县、丹阳、沭阳等地寓居族人支谱，安徽寿州、皖江、合肥、庐江、怀远等地寓居族人支谱，江西新城、临川、宁都塘、贵溪、义宁州等地寓居族人支谱，福建长乐、永定、建宁等地寓居族人支谱，湖北孝感、枣阳、钟祥、安陆、江陵、监利、枝江等地寓居族人支谱，湖南益阳、平江、浏阳、武冈、桃源等地寓居族人支谱，河南尉氏、仪封、中牟、鹿邑、睢州、虞城、滑县、邓州等地寓居族人支谱，山西长子、襄垣、黎城寓居族人支谱，四川蓬州、泸州、大竹、阆中等地寓居族人支谱，广东番禺、南海、清远、恩平、潮州、归善等地寓居族人支谱，海南琼州寓居族人支谱，云南通海、罗平寓居族人支谱，贵州大定、毕节寓居族人支谱等，总共有数百种。
支谱各具特色，最为详细的是《大宗支谱》，每人名下收录有字号、生卒年月日时、功名官职、妻妾母家、子媳母家、女儿夫家等情况。这些支谱都保存了大量珍贵的历史资料，对于研究人口的流动、繁衍，地域的文化、经济发展等都具有重要价值。
第三节 现存谱书
孔氏族谱虽然迭经重修，但保存下来的并不是很多。明以前只有一个宋代残卷的抄本，明以后也只有明天启残谱和清康熙、乾隆、民国三部全族家谱，保存最多的是各地的支谱。
明天启《孔氏族谱》 天启二年（1622年）纂修，孔弘灏主纂，八卷。卷首有衍圣公孔胤植、洙泗书院学录兼林庙举事孔弘颙、曲阜世职知县孔闻简三篇序文和《孔氏宗传总论》、《阙里孔氏谱系引》、《伪孔考》和凡例等内容。卷一收录为孔子至第四十二代孙，孔子并有姓源、年谱等项；二代以下多有小传。卷二收录从四十三代孔仁玉到五十五代孔克坚。卷三至卷八收录五十七户族人。
本谱共刊印98部。开印时，衍圣公和曲阜知县到场督印14页，为防止私印，每页印98张后立即毁掉印版。装订成书后，捧到孔庙诗礼堂加盖衍圣公官印，曲阜知县官印和孔氏家庭族长、林庙举事关防印后择日分发。
清康熙甲子《孔子世家谱》 孔尚任主纂，衍圣公孔毓圻鉴定，二十四卷，九册。卷首有衍圣公孔毓圻、世职知县孔兴认的两篇序文和修谱凡例等。卷一为姓源，卷二为孔子年表，卷三、卷四分别为世系上下，卷五至卷二十四收录二十派六十户族人。卷末附有《流寓记》和《跋》。《流寓记》收录了外徙的十个支派，指出浙江衢州西安县族人是四十七代孔传的子孙，河南开封仪封县族人是三十八代孔惟时的子孙，镇江府丹阳县族人是四十代孔绚的子孙，应天府句容县族人是四十八代孔端隐的子孙，松江府华亭县族人是三十四代孔桢的子孙，浙江温州府平阳县族人是四十二代孔桧的子孙，江西临江府新喻县族人是四十代孔绩的子孙，广东南雄府保昌县族人是三十八代孔戣的子孙，真定府衡水县族人是三十二代孔颖达的子孙，定陶县族人是五十四代孔思本的子孙，但没有收录子孙情况。《跋》记述了修谱的艰辛：“开修于壬戌之秋，竣工于癸亥之冬，用度浩繁，实愧厥心。但其间名字之舛谬，支派之错讹，事迹之纷纭，官爵、里居、生卒之变迁，册籍互有参差，人数每多增减，改之又改，定未敢定，凡两历寒暑，无时不在书算丛杂辩议喧聒之中，穷日讨订，待旦思维，心身耳目殆有不能分给者矣。始而得其梗概，再而详其支委，又不知几易笔墨，而今始有成书。噫，难矣哉！”
此谱将《孔氏族谱》改为《孔子世家谱》，从此孔氏家谱均以此为名。本谱共印刷了一百部。
清乾隆甲子《孔子世家谱》 乾隆九年（1744年）修。衍圣公孔昭焕任总裁，孔传斌、孔继儒、孔继汾、孔毓佶编次。全谱共二十四卷，刊印120部。纂修时未注意避讳，“故书中有触犯处甚多”，乾隆四十七年进行改刊，抽去原本大部分旧序和跋，删去姓源和年表两卷，孔子事迹及名人传略也作了核实精简。改刊本减至二十二卷，刊印165部。本谱纂修之初的修谱榜示中就要求“表彰懿行”，族长又告示搜求科第显宦、道德硕儒、孝子、悌弟、义士、仁人、高隐、名流、词林、艺苑等名人行状、志铭、墓表、生平著作等，所以许多族人有小传。
民国《孔子世家谱》 1930年10月开馆纂修，1937年11月告成。奉祀官孔德成任总裁，孔广彬、孔广梅、孔广虔等13人编次。
本谱分卷首和初、二、三、四集，共108卷。卷首有奉祀官孔德成和家族长孔传堉的两篇序文，收录旧谱中的孔宗翰和天启、顺治、康熙、乾隆数次修谱序文十篇，此次修谱的布告、开馆仪注、誓词、谱成仪注等，修谱凡例、姓源、宗派总论、圣祖至四十二代图、中兴祖至二十派图、二十派至六十户图、嫡系考、嫡系相承图、南宗相承图、伪孔辨、内院真孔图与外院伪孔图，以及此次修谱各户、支派捐输、领谱等情况。初集共六十二卷，卷一、卷二从始祖至分六十户，卷三至卷六十二为六十户，每户一卷。二集三十四卷，收录中兴祖之后外迁的南宗派、江西新建支、四川阆中支等三十四个支派，每支派一卷。三集十卷，收录中兴祖之前外迁的平阴、郏县、宁陵、献县、丹阳、岭南等十个支派，每派一卷。四集二卷，收录历代外迁而前谱失叙的山西赵城县、四川会理县、江苏靖江县、贵州兴文县等七十七支族人。全谱共印325部，支谱1813部，铅印。此谱成书后，恰逢日本侵略者入侵，许多谱书未能发出，大多存在孔府内，“文化大革命”中，大部分被卖为废纸。
支谱 除宗主衍圣公主持纂修的孔氏全谱外，各户、支、派还有各自纂修的支谱，特别是那些留寓外地的族人，他们要享受国家优待，就必须得到衍圣公的认可，他们纂修的支谱必须到孔府加盖衍圣公的官印，孔府内因此保存了大量的支谱。除六十户支谱外，还有寓居河南永城华店户支谱，寓居东明和菏泽鲁城户支谱，山东长清、泰安、历城、莱芜、淄川、邹平、肥城等地寓居族人支谱，奉天省奉天府、辽阳州、义州、广宁县、宁远州、兴京城、安东县、昌图厅、榆树城、康平县等地寓居族人支谱，黑龙江省绥化府寓居族人支谱，吉林吉林府、长春府、农安县、双城厅、阿什河等地寓居族人支谱，内蒙古赤峰县寓居族人支谱，河北朝阳县、建昌县、平泉州、霸州等地寓居族人支谱，今北京大兴、通州、天津武清寓居族人支谱，江苏泰兴、高淳、金坛、吴县、丹阳、沭阳等地寓居族人支谱，安徽寿州、皖江、合肥、庐江、怀远等地寓居族人支谱，江西新城、临川、宁都塘、贵溪、义宁州等地寓居族人支谱，福建长乐、永定、建宁等地寓居族人支谱，湖北孝感、枣阳、钟祥、安陆、江陵、监利、枝江等地寓居族人支谱，湖南益阳、平江、浏阳、武冈、桃源等地寓居族人支谱，河南尉氏、仪封、中牟、鹿邑、睢州、虞城、滑县、邓州等地寓居族人支谱，山西长子、襄垣、黎城寓居族人支谱，四川蓬州、泸州、大竹、阆中等地寓居族人支谱，广东番禺、南海、清远、恩平、潮州、归善等地寓居族人支谱，海南琼州寓居族人支谱，云南通海、罗平寓居族人支谱，贵州大定、毕节寓居族人支谱等，总共有数百种。
支谱各具特色，最为详细的是《大宗支谱》，每人名下收录有字号、生卒年月日时、功名官职、妻妾母家、子媳母家、女儿夫家等情况。这些支谱都保存了大量珍贵的历史资料，对于研究人口的流动、繁衍，地域的文化、经济发展等都具有重要价值。