宋代以前，重视门第甚至郡望，家谱官修，由于只收长支，子孙遗漏很多。《后汉书·孔昱传》记载“自霸至昱爵位相系，其卿相牧守五十三人，列侯七人”，而家谱所载，自孔霸至孔昱只有48人，从此可见家谱遗漏之多。宋以前孔氏家谱只有抄本传世，“家谱之法，世次承袭者一人而已，疏略之弊，识者痛之”。元丰八年（1085年），四十六代孙孔宗翰有感于族孙遗漏太多，将本族子孙一并收入，为广流传，刻版刊印。金代孔瓌、元代孔淑均曾重修。
金元时社会动乱，族人散走四方，曲阜族人较少，当时与外孔（即五代时杀害四十二代长孙孔光嗣的孔末的同宗）的矛盾异常激烈，因不让外孔入庙甚至发生外孔杀死里孔的惨剧。为分别里孔与外孔，孔子后裔将族人名字世系刻于碑上树立在孔庙内，现在孔庙崇圣祠院内还保存着元天历八年（1329年）和明永乐间刻立的家谱石碑。
明弘治二年（1489年），六十一代衍圣公孔弘绪再次重修，规定“六十年一大修，三十年一小修，大修以甲子为期，小修以甲午为期”，小修只进行登录，大修才刊印谱籍。天启二年（1622年），六十五代衍圣公孔胤植提前两年重修，其原因，孔弘颙在序中说得很清楚，“顷岁以来，宗盟废弛，射利之夫往往私录族谱转售异姓，冒认圣裔，紊淆宗系，其害殆有甚于兵燹”。明洪武元年给予孔氏子孙免除徭役的优待，曲阜族人并能减少土地租税的十分之一，享受优待的依据就是家谱，只有家谱有名，地方官府才予认可，这就难怪有人想混入孔氏以沾恩惠。为杜绝弊端，此次印谱时书版印后即毁。
清顺治十年（1653年），六十六代衍圣公孔兴燮提前31年再次重修。对于提前的原因，孔毓圻认为：“以子姓日繁，洊更鼎革，恐有散佚播迁，而缪种之附会窥伺蔓难图也。”经过改朝换代，族人散走外迁，担心伪孔趁机混入，所以提前刊印，以厘正流传。康熙二十三年（1684年）六十七代衍圣公孔毓圻、乾隆九年（1744年）七十一代衍圣公孔昭焕均循例重修。孔府档案中有嘉庆九年（1804年）《嘉庆甲子年开馆修谱榜示执事人员名单》和十一年至十六年的《孔氏族长、林庙举事会同申送修谱格册》等修谱档案，道光三十年（1850年）《开馆修辑孔氏谱牒通知各户族人呈送草谱告示》和《孔氏大宗户、旧县户世家谱格册》等档案，但这两次续修的家谱未见流传，很可能是曾经发起重修但未能成谱。
1928年再次发起重修，1937年告成。1984年甲子后，几经活动，1997年终蒙国际儒学联合会将孔氏家谱列为研究课题，先期进行族人调查登记，2009年将刊出新的《孔子世家谱》。
第一节 修谱历史
宋代以前，重视门第甚至郡望，家谱官修，由于只收长支，子孙遗漏很多。《后汉书·孔昱传》记载“自霸至昱爵位相系，其卿相牧守五十三人，列侯七人”，而家谱所载，自孔霸至孔昱只有48人，从此可见家谱遗漏之多。宋以前孔氏家谱只有抄本传世，“家谱之法，世次承袭者一人而已，疏略之弊，识者痛之”。元丰八年（1085年），四十六代孙孔宗翰有感于族孙遗漏太多，将本族子孙一并收入，为广流传，刻版刊印。金代孔瓌、元代孔淑均曾重修。
金元时社会动乱，族人散走四方，曲阜族人较少，当时与外孔（即五代时杀害四十二代长孙孔光嗣的孔末的同宗）的矛盾异常激烈，因不让外孔入庙甚至发生外孔杀死里孔的惨剧。为分别里孔与外孔，孔子后裔将族人名字世系刻于碑上树立在孔庙内，现在孔庙崇圣祠院内还保存着元天历八年（1329年）和明永乐间刻立的家谱石碑。
明弘治二年（1489年），六十一代衍圣公孔弘绪再次重修，规定“六十年一大修，三十年一小修，大修以甲子为期，小修以甲午为期”，小修只进行登录，大修才刊印谱籍。天启二年（1622年），六十五代衍圣公孔胤植提前两年重修，其原因，孔弘颙在序中说得很清楚，“顷岁以来，宗盟废弛，射利之夫往往私录族谱转售异姓，冒认圣裔，紊淆宗系，其害殆有甚于兵燹”。明洪武元年给予孔氏子孙免除徭役的优待，曲阜族人并能减少土地租税的十分之一，享受优待的依据就是家谱，只有家谱有名，地方官府才予认可，这就难怪有人想混入孔氏以沾恩惠。为杜绝弊端，此次印谱时书版印后即毁。
清顺治十年（1653年），六十六代衍圣公孔兴燮提前31年再次重修。对于提前的原因，孔毓圻认为：“以子姓日繁，洊更鼎革，恐有散佚播迁，而缪种之附会窥伺蔓难图也。”经过改朝换代，族人散走外迁，担心伪孔趁机混入，所以提前刊印，以厘正流传。康熙二十三年（1684年）六十七代衍圣公孔毓圻、乾隆九年（1744年）七十一代衍圣公孔昭焕均循例重修。孔府档案中有嘉庆九年（1804年）《嘉庆甲子年开馆修谱榜示执事人员名单》和十一年至十六年的《孔氏族长、林庙举事会同申送修谱格册》等修谱档案，道光三十年（1850年）《开馆修辑孔氏谱牒通知各户族人呈送草谱告示》和《孔氏大宗户、旧县户世家谱格册》等档案，但这两次续修的家谱未见流传，很可能是曾经发起重修但未能成谱。
1928年再次发起重修，1937年告成。1984年甲子后，几经活动，1997年终蒙国际儒学联合会将孔氏家谱列为研究课题，先期进行族人调查登记，2009年将刊出新的《孔子世家谱》。