孔林延时两千多年，埋葬子孙将近八十代，有历代墓葬十多万座。由于孔氏家族诗礼传家，名人辈出，因此林内保存着许多名人的墓葬。
一、始祖墓
孔子墓 位于孔林中部偏南。孔子去世后，弟子们将他埋葬在鲁国城北的泗水边上，弟子和鲁国人迁到孔子墓前居住的有100余家。他们岁时奉祀，并在孔子墓前讲论礼仪，举行乡饮酒、大射等礼仪活动。墓在宋建炎二年（1128年）曾遭女真骑兵挖掘，被金将完颜宗翰制止。蒙古乃马真后三年（1244年），五十一代衍圣公孔元措刻立墓碑，篆书“宣圣墓”，高 题书。明正统八年（1443年）五十九代衍圣公孔彦缙又刻立“大成至圣文宣王墓”，黄养正题书。墓前有祠坛，原来是弟子们用砖砌成的，东汉永寿二年（公元156年），鲁相韩敕改为石砌，唐代又改为泰山封禅石。碑前有供案，明代刻制，案前有香炉、奠酒池，清雍正十年（1732年）刻制。
二、长孙墓
孔鲤墓 位于孔子墓东，孔子为殷商后裔，以右为上，所以孔鲤葬在孔子墓之左，而孙子子思葬在前面，后人将这种埋葬方式称之为“携子抱孙”。墓前也立二碑，前碑题“泗水侯墓”，后碑题“二世祖墓”，刻制时间与孔子墓相同，题碑者也应该相同。泗水侯是宋崇宁元年（1102年）徽宗追封的封号。
子思墓 位于孔子墓前略东，墓前也刻立两块石碑，前碑刻“沂国述圣公墓”，明正统八年（1443年）五十九代衍圣公孔彦缙立，后碑刻“三世祖墓”，蒙古乃马真后三年（1244年）五十一代衍圣公孔元措立，墓碑也应分别为黄养正、高 题书。碑前也有供案、香炉、祠坛，再前有一对石人，原来在享殿前，是宋宣和元年（1119年）刻制的，清雍正十年（1732年）维修时新刻石人立于享殿前，将原来宋代石人移至子思墓前。
曲阜孔林子思墓
孔仁玉墓 孔子四十三代孙，墓位于孔子墓园外东北约100米。墓碑螭首，题刻“宋兵部尚书袭封文宣公之墓”，2行，篆书，明正统八年（1443年），五十九代衍圣公孔彦缙立，黄养正题书，碑前有石供案，是同时刻制。
孔宜墓 位于孔子墓园红墙以西，墓碑方首削肩，题为“宋袭封大殿丞墓”，隶书，书者不详。孔宜，孔子四十四代孙，袭封文宣公。
孔宗愿墓 孔子四十六代孙，首任衍圣公。墓位于孔子墓园外西南约50米，前立两块石碑。前碑题刻“宋故四十六代衍圣公尚书比部员外郎通判潍州事子庄先生墓”，清乾隆三十四年（1769年），七十一代衍圣公孔昭焕等刻立，后碑题刻“比部员外郎袭封衍圣公墓”，北宋时刻立。
孔元用墓 位于明墓群之南。墓碑圆首，题为“五十一世袭封衍圣公世袭曲阜县令墓”，篆书，2行。孔元用，孔子五十一代孙。金末，蒙古入侵，衍圣公孔元措南走汴京，孔元用被蒙古封为衍圣公。
孔之全墓 位于明墓群之南。神道碑圆首，额题“故五十二世袭封衍圣公墓铭”，篆书，3行，行4字，墓铭为楷书。孔之全，元用之子，蒙古太宗时接父袭封衍圣公。
孔治墓 位于明墓群之南。墓前原有石碑，圆首，题为“五十三世孙袭封衍圣公之墓”，篆书，赵孟 书，元大德三年（1299年）孔思诚立，1978年移入孔庙。墓前现存神道碑，圆首有额，额题“大元故中议大夫袭封衍圣公神道碑铭”，篆书，4行，行4字，杨僖篆。本文楷书，国子祭酒蔡文渊撰文，李庭实书。孔治，之全之子，元成宗时袭封衍圣公。
孔思晦墓 位于孔林西北角，明墓群东侧，环林路北侧。墓碑圆首，浮雕云龙纹，碑文题作“宣圣五十四世孙通议大夫袭封衍圣公礼部尚书赠通奉大夫江北河南等处行中书省参知政事护军追封鲁郡公谥文肃孔公墓”。元至正十五年（1355年）立石。
孔克坚墓 位于孔子墓西北角，明墓群东侧，环林路南行东转初路北。墓前石碑圆首，篆书“五十五世孙前袭封衍圣公通奉大夫国子祭酒之墓”，3行，其子衍圣公孔希学书，明洪武十年（1377年）十月立。路南有神道碑，圆首，额为“元故袭封衍圣公国子祭酒孔公神道碑”，篆书，正文楷书，宋濂撰文，胡复性书。
孔希学墓 位于孔林西北部，明墓群东，环林路北侧。墓碑圆首，已残，题为“五十六世孙资善大夫袭封衍圣公之墓”，篆书，2行，明洪武三十年（1397年）九月立。
孔讷墓 位于孔林西北部孔希学墓之西，墓前石碑方首，上两角抹圆，浮雕云凤麒麟纹，题为“五十七世孙袭封衍圣公之墓”，篆书，2行。明永乐二十二年（1424年）立。
孔公鉴墓 位于孔林明墓群，环林路西侧。墓前两碑，西碑为墓碑，减底阴刻云凤麒麟纹，题为“五十八世孙袭封衍圣公之墓”，篆书，明永乐二十二年（1424年）孟春立。东碑为圣旨碑，方首抹圆，浮雕云蟒纹，额刻“奉天诰命”，碑身刻圣旨两道，为宣德二年（1426年）分别赐予孔公鉴夫妇的诰命。前有神道碑，碑方首，两上角抹圆，浮雕双凤朝阳纹，额题“宣圣五十八世孙袭封衍圣公神道碑铭”，篆书，4行，行4字，碑文有题，“故衍圣公孔公墓表”，楷书，华盖殿大学士杨士奇撰文，朱晖书，陈登篆额。碑边浅浮雕云鹤纹。明宣德元年（1425年）刻立。
孔彦缙墓 位于孔子墓西北部，孔公鉴墓西。墓碑题为“五十九代孙袭封衍圣公之墓”，楷书，一行，清乾隆四十一年（1776年）衍圣公孔昭焕重立。墓前有石人、石马、石羊、石虎、望柱各一对，神道碑一通，是第一位刻立全套石仪的衍圣公。神门一间，额上装饰火焰宝珠，一对石狮东西看护，石额题刻“荣禄大夫衍圣公神门”。神道碑龟趺螭首，额题“故袭封衍圣公孔公神道碑铭”，篆书，3行，行4字。本文有题，“故袭封衍圣公孔公神道碑”，文字楷书，内阁首辅王直撰文，吏部右侍郎李贤书，吏部尚书王翱篆，明天顺二年（1458年）立。
孔承庆墓 位于孔林明墓群内，孔彦缙墓之西。墓碑题作“六十代孙赠袭封衍圣公之墓”，楷书，2行，程南云书，明天顺五年（1461年）立。前有圣旨碑，龟趺螭首，刻诰命三道，圣旨碑东侧有御祭碑，刻皇帝遣官御祭的祭文。有正套石仪，石门额题“赠袭封衍圣公神道”。
孔弘绪墓 位于孔林西部明墓群。墓前石碑方首，浮雕云蟒纹，篆书“六十一代袭封衍圣公南溪先生墓”，2行，李东阳书，明正德二年（1507年）二月立。再前有一龟趺，不知原来是神道碑还是圣旨碑。两侧刻立石人、石马、石羊、石虎各一对。
孔弘泰墓 位于孔林明墓群内，孔弘绪墓之西。墓碑方首，高浮雕云蟒纹，题为“六十一世孙袭封衍圣公东庄先生之墓”，楷书。2行，乔宗书丹，明弘治十七年（1504年）七月立。刻立全套石仪、石门和圣旨碑。石门一间，额题“六十一代袭封衍圣公神道”。圣旨碑刻明成化十二年（1476年）加封孔弘泰为衍圣公和孙氏为衍圣公夫人的诰命。
孔闻韶墓 位于孔林明墓群内，孔弘绪墓之北。墓碑方首，浮雕云蟒纹，题为“六十二代袭封衍圣公成庵先生墓”，篆书，2行。内阁首辅严嵩篆，明嘉靖三十五年（1556年）三月立。墓前有全套石仪。
孔贞干墓 位于孔林明墓群内，孔闻韶墓西北。墓碑方首，浮雕云蟒纹，题为“六十三代袭封衍圣公可亭先生墓”，2行，篆书，吏部尚书袁炜篆，明嘉靖四十年（1561年）季春立。墓前有全套石仪和石门，石门一间，额题“六十三世袭封衍圣公神道”，残去额上宝珠、石狮等装饰。
孔尚贤墓 位于孔林明墓群内，孔闻韶墓之西。墓碑方首，浮雕云蟒纹，题为“六十四代赠太子太傅袭封衍圣公龙宇先生之墓”，篆书，2行，吏部尚书、中极殿大学士方从哲篆，明崇祯四年（1631年）立。碑后有石挡板三块，减底阴刻，中板刻云日山纹，西板刻云鹤纹，东板后配，无花纹。墓前有全套石仪，武石人顶盔贯甲，手捧宝剑，环目圆睁，非常传神。
孔胤植墓 位于孔林明墓群东北，东临和南对环林路，墓碑方首螭纹，题为“六十五代太子太傅袭封衍圣公对寰先生墓”，篆书，2行，礼部尚书李若琳书。清顺治六年（1649年）四月立。墓前有全套石仪和石门。石门一间，顶饰莲花宝珠和云朵，石狮残去，额题“六十五世诰封太子太傅袭封衍圣公神道”。石人武将顶盔贯甲，环目圆睁，拄剑而立。
孔兴燮墓 位于孔林东北部，环林路西侧。墓前石碑方首，碑额浮雕云螭纹，碑文题作“光禄大夫少保兼太子太保六十六代袭封衍圣公辅垣先生之墓”，篆书，边款楷书，工部尚书、东阁大学士李霨篆。清康熙八年（1669年）立。碑前有石供案、石鼎各一，石翁仲、石马、石羊、石虎各一对，再前有石门坊一座。
孔毓圻墓 位于孔林内东北部，孔兴燮墓东。墓前石碑方首，碑额浮雕云螭纹，碑文题作“光禄大夫太子少师六十七世袭封衍圣公恭悫先生墓”，篆书，王顼龄篆，清雍正四年（1726年）立。墓前碑后有石板三块阴刻云龙纹，碑前有石供案、石鼎、石仪、石门坊。神道西侧有御碑楼，内立清雍正二年（1724年）世宗圣旨碑，下满汉文对刻，碑龟趺螭首。清雍正元年（1723年），加封孔子上五代先人为王，孔毓圻入京谢恩，死于北京，世宗为其御制碑文。
孔传铎墓 位于孔林东北部，孔毓圻墓西。墓碑题为“光禄大夫六十八代袭封衍圣公振路先生之墓”，篆书，一行，大学士兼吏部尚书张廷玉篆。清雍正十年（1732年）十二月立。墓前有石供案、石香炉、全套石仪和石门。
孔继濩墓 位于孔林东北部，环林路之北。墓碑螭首，题字为“光禄大夫六十九代赠衍圣公体和先生之墓”，楷书，一行，文华殿大学士于敏中题。清乾隆三十九年（1774年）七月立。碑边、供案均浮雕云龙纹。前设供案、香炉和全套石仪，无石门。
孔广棨墓 位于孔林东北部，正对环林路。墓前石碑螭首，题字为“诰授光禄大夫七十代袭封衍圣公京立先生之墓”，篆书，一行，文渊阁大学士兼工部尚书陈世倌题，清乾隆十年（1745年）十一月立。碑前石供案、香炉、全套石仪和石坊。石坊三间，额枋刻“儒宗在念”四字。
孔昭焕墓 位于孔林东北部东墙根。墓碑螭首，题字为“诰授光禄大夫七十一代袭封衍圣公显文先生之墓”，楷书，太子少傅、户部尚书梁国治题，清乾隆四十八年（1783年）三月立。墓前有石雕云龙供案，但未刻制石仪。
孔宪培墓 位于孔林东北部，环林路之北。墓碑螭首，篆书“光禄大夫七十二世袭封衍圣公笃斋先生墓”，2行，文华殿大学士、军机大臣董诰题，清嘉庆十九年（1814年）三月立。墓前有石雕供案、香炉、全套石仪和牌坊。牌坊刻道光五年（1825年）皇帝遣官御祭孔宪培夫人于氏祭文。墓前原有享堂三间，“文化大革命”中被拆除。
孔庆镕墓 位于孔林北部偏东，孔宪培墓西。墓碑螭首，篆书“光禄大夫七十三世袭封衍圣公冶山先生墓”，2行，振威将军觉罗崇恩题，清咸丰六年（1856年）二月立。前设石供案、香炉和全套石仪。墓前原有享堂三间，“文化大革命”中被拆除。
孔繁灏墓 位于孔林内偏东北部，孔庆镕墓之西。墓碑螭首，题字为“光禄大夫太子太保七十四世袭封衍圣公端恪先生墓”，诰授资政大夫、兵部侍郎彭祖贤题，清光绪七年（1881年）九月立。前设供案、香炉和全套石仪，无神门。
孔祥珂墓 位于孔林内东北角，紧靠林墙。墓碑螭首，篆书“光禄大夫七十五世袭封衍圣公庄悫先生墓”，2行，赏用紫缰军机大臣、兵部尚书孙毓汶题，清光绪二十一年（1895年）三月立。墓前设石雕云龙供案和香炉，未设石仪。
孔令贻墓 位于孔林东北部环林路东侧。墓前石碑方首，高浮雕螭纹，碑边也服事云龙纹。题字为“孔子七十六代孙袭封衍圣公燕庭先生墓”，篆书，2行，前国务总理、外交总长孙宝琦题，1921年一月立。墓前设石雕供案、香炉、奠酒池，1996年刻制全套石仪。
三、族孙墓
孔彪墓 位于孔子墓园外西北。墓前汉代墓碑于清康熙年间移入孔庙，在墓前刻立新碑题为“汉博陵太守孔君之墓”，隶书。孔彪，字元上，孔子十九代孙，举孝廉，曾官郎中、尚书侍郎、博陵太守、下邳相、河东太守。
孔宗翰墓 位于孔子墓园之西，环林路西侧。墓碑方首削肩，题为“宋刑部侍郎墓”，楷书，一行。孔宗翰，字周翰，与兄舜亮同登进士，官至刑部侍郎。
孔宗彀墓 位于明墓群之南，孔子墓西，环林路西侧。墓碑圆首，题为“有宋阙里孔公志父先生之墓”，篆书，一行。孔宗彀，孔子四十六代孙，曾官国子监博士。
孔尚坦墓 墓在孔林中部偏北，东临、南对环林路。墓碑方首，浮雕云蟒纹，题为“六十四代诰赠衍圣公玄宇先生墓”，楷书，2行，建极殿大学士周延儒书，明崇祯十五年（1642年）立。孔尚坦（1572—1598），字安之，因儿子孔胤植过继给堂弟为袭封衍圣公被追赠衍圣公称号。墓前也有全套石仪和石门。
孔尚任墓 位于孔林东北部，于氏坊之东，环林路外侧。碑方首，浮雕云螭文，题为“奉直大夫户部广东清吏司员外郎东塘先生之墓”，楷书，陈世倌题。清雍正十三年（1735年）立。孔尚任（1648—1718），字聘之，号东塘，孔子六十四代孙，清代著名文学家，代表作为戏曲剧本《桃花扇》。
孔毓珣墓 位于孔林北部，环林路之北。墓前石碑正书“诰授光禄大夫兵部尚书都察院右副都御史总督江南河道提督军务加八级谥温僖孔公封一品夫人孔母徐氏之墓”，夫妇各一行，文渊阁大学士兼礼部尚书世弟陈元龙题。清雍正九年（1731年）十月立。墓前有石供案、香炉、全套石仪和石门坊。神道南端两旁原来各有一座御碑楼，东刻清世宗御制碑文，刻有汉、满两种文字，西碑刻御祭祭文。碑亭已倒塌，石碑于1986年修复。
孔继涵墓 位于孔林内东北角，六十九代赠衍圣公孔继濩墓东。墓碑圆首，隶书，题为“赐进士出身朝议大夫户部河南司主事加二级军功加一级孔子六十九代孙体生先生之墓”，正文3行，郑际堂题书。清乾隆四十九年（1784年）七月立。碑阴刻卢文弨“哀词”，行书。
孔祥柯墓 位于孔林内东北部，孔令贻墓以西。墓前石碑圆首，题为“孔子七十五代孙则君先生之墓”，楷书，一行，肖方俊题，1933年农历二月立。碑阴刻“曲阜孔则君碑阴记”，楷书。
