孔庙存有西汉以来历代碑刻1172通，其中石碑242通（从庙外移入20通），刻石218块（从庙外移入22块），圣迹图及孔子画像石刻（均有文字）128块，玉虹楼法帖584块，尤以汉魏碑刻驰名中外。
一、两汉碑刻
孔庙保存西汉石刻6石（均为庙外移入），东汉石碑12通（庙外移入8通），刻字6石（均为庙外移入），是全国保存汉碑最多的地方。现在大都保存在西仓汉魏碑刻陈列馆。
北陛石 1941年出土于周公庙东的高地上，原存北京大学，1979年移存曲阜孔庙。石长95厘米，宽42厘米，高19.5厘米，石灰岩质。向上一面浅刻浮雕二璧纹，并刻“六五乙”三字，已有浓厚的隶书笔意。前侧面刻菱形纹，后侧未加工。文字刻于一端，文为“鲁六年九月所造北陛”，4行，篆书。近人多认为“鲁六年”为西汉鲁恭王六年。汉景帝三年（公元前154年）徙封淮阳王刘馀为鲁王，死后追谥“恭”（一作“共”）。刘馀好治宫室，起建了著名的建筑灵光殿。恭王六年（公元前149年），发掘者日本人关野雄、驹井和爱等认为此石即灵光殿的阶石。
五凤刻石 又名鲁孝王刻石。金明昌二年（1191年）出土于钓鱼池。当时工匠取石维修孔庙，提领修庙的开州刺史高德裔随即将石移入孔庙。石长71.5厘米，左高38厘米，右高40厘米，厚43厘米，石灰岩质。刻字为“五凤二年鲁卅四年六月四日成”，3行，隶书，带有篆书笔意，简质古朴。刻字处宽25厘米，高24.5厘米，凿成龛形。五凤二年即公元前56年，鲁孝王三十四年。左侧刻高德裔发现此石的题记。
祝其卿坟坛刻石 又名汉居摄坟坛刻石、孔子墓前石坛刻文等，原存孔林内孔子墓前，清雍正十年（1732年）移入孔庙。石长99厘米，宽50厘米，高25厘米，石灰岩质。中部阴刻成龛，文字刻于龛内，龛长20厘米，高14厘米。文为“祝其卿坟坛居摄二年□月造”，5行，行以阴线界开，篆书。居摄二年即公元7年。
上谷府卿坟坛刻石 原存孔林内孔子墓前，清雍正十年（1732年）移入孔庙。石长69厘米，宽38厘米，高31厘米，石灰岩质。中部凿刻成龛，龛长20厘米，高14.5厘米。文为“上谷府卿坟坛居摄二年二月造”，4行，行以阴线界开，篆书。
王陵塞石 1970年出土于九龙山摩崖汉墓中，现存孔庙东庑。石宽92.5厘米，长229厘米，厚47厘米，石灰岩质。塞石原为墓道口的封门石，上刻“王陵塞石广四尺”，2行，刻字处宽29厘米，高60厘米，下刻横书“二尺”，均为隶书，但带有篆书笔意。除此石外，其他石上分别刻有“得于文”、“胡纪国”、“问”、“兜”、“尺八寸”、“一尺八寸”、“一尺九寸”、“二尺九寸半”等文字，仍在原地保存。考古界定其为西汉刻石，墓主为西汉鲁王。
安汉里画像石刻字 1937年韩家铺出土，后移入孔庙，原石现存神庖汉画像石陈列馆。出土共8石，四侧石分刻青龙、白虎、朱雀、玄武四灵，中石两面刻。文字刻于中石顶部，石长250厘米，高85厘米，厚27厘米，石灰岩质。文为“山鲁市东安汉里禺石也”，1行，篆书，“山”字双钩，其他九字单钩。根据画像及刻字风格，考古界定为西汉所刻。
新富里渎石 1992年2月23日发现于小北关村北104国道西侧高地。石长114厘米，宽39厘米，厚18.5厘米，石灰岩质。从出土现场看，当为汉城北墙下排水沟的盖石。字刻于向南一侧，文为“建武廿二年十月作渎新富里”，“建武”“渎新富里”为大字，1字1行，“廿二年十月作”为小字，2行，行3字。文隶书。建武二十二年即公元46年。
两城山永和二年食堂题记 微山两城出土，1957年移入曲阜孔庙，现存神庖。石高、宽均为92厘米，厚23.5厘米，石灰岩质。字刻于正面右侧，高92厘米，宽8厘米，下角已残去10厘米。文2行，隶书，错落有致，笔势开张，东汉永和二年（公元137年）刻。画像主图为树，缀刻飞鸟、人面鸟、弯弓仰射之人、牵马人等，分刻“山鹊”、“蜚鸟”、“乌生”、“长卿”、“伯昌”、“女黄”等字，为隶书。
乙瑛碑 全称《汉鲁相乙瑛请置孔庙百石卒史碑》，又称《孔庙置守庙百石卒史碑》、《鲁相乙瑛碑》。文为东汉元嘉三年（公元153年）三月二十七日司徒吴雄、司空赵戒就鲁国前国相乙瑛请求为孔庙设置守庙百石卒史的奏书及司徒、司空府和鲁相选任百石卒史公文。碑宽91.5厘米，高198厘米，厚22厘米，刻字18行，每行40字。隶书，笔势刚健，书法雄劲，结构严密，中敛旁肆，是汉隶的代表碑之一。
孔谦墓碑 又名《孔谦碣》、《孔德让碑》，约东汉永兴二年（公元154年）刻。原在孔林，清初移入孔庙。碑高83厘米，宽52厘米，厚22.5厘米，石灰岩质。圆首，有穿，无额无题。文8行，每行10字，隶书。波磔较长，虽磨损严重，仍能窥见其淳厚的风格。孔谦（公元121—154），字德让，曾官郡曹史，为孔子二十代孙。
孔君墓碑 东汉永寿元年（公元155年）立。见载于《金石录》，清乾隆五十八年（1793年）重新发现于孔子墓红墙外，当即移入孔庙。碑圆首，宽47.5厘米，高120厘米，文字刻于碑上部，高103厘米。下半部未细加工，右下角磨光刻清翁方纲题记。碑有额，刻“孔君之墓”，2行，行2字，篆书。文隶书，8行，每行15字。墓主名已蚀，字少垂，孔子十九代孙。
礼器碑 又称《鲁相韩敕造孔庙礼器碑》、《汉韩明府孔子庙碑》、《韩敕碑》，东汉永寿二年（公元156年）立。高170厘米，宽78.5厘米，厚20厘米。有额，无字。四面刻，碑阳16行，其中正文13行，每行36字，赞颂鲁相韩敕造立孔庙礼器、修复孔子车舆、修饰孔庙、免除孔子母族颜氏和妻族并官氏邑中差徭等功绩，后三行及碑阴、碑侧均刻捐款人姓名及钱数。隶书，捺脚粗壮斜行，长波尾部尖挑，结体宽博疏放，风格质朴淳厚，古人曾推为汉碑的第一杰作。
徐家村延熹元年藏堂题记 东汉延熹元年（公元158年）刻，1968年防山徐家村出土，后移入孔庙。石高103厘米，宽22厘米，厚度不均，上顶处厚56.5厘米，石灰岩质。题记4行，满行19字，隶书，结体方整，用笔浑厚。同时出土画像石3块，分别高103.5厘米、100厘米、104.5厘米，多刻人物，浅浮雕，刻制较粗。
孔宙碑 又称《泰山都尉孔宙碑》。东汉延熹七年（公元164年）孔宙故吏门人立，原在孔林孔宙墓前，清初已移入孔庙。碑通高302厘米，宽107厘米，厚24厘米。圆首，有穿，额分刻于穿两侧，文有题，正文14行，行28字，记叙孔宙生平功绩。碑阴也有碑首，刻弟子、门生、故吏等62人题名。隶书，碑阳波磔饱满，横画斜长，圆浑流丽，风神逸宕，碑阴字体紧密，端庄凝重。汉隶代表碑之一。
史晨碑 东汉建宁二年（公元169年）立，通高207.5厘米，宽85厘米，厚22.5厘米，有碑首，无穿无字。碑身高173.5厘米，前后刻，前刻鲁相史晨、长史李谦请求鲁国孔庙“依社稷，出王家谷，春秋行礼”的奏文，因此称《鲁相史晨奏祀孔子庙碑》、《鲁相史晨祀孔子奏铭》，又名《史晨前碑》。碑阴记史晨祭庙的盛况及修治孔子遗迹的功绩，因此称《鲁相史晨飨孔子庙碑》，又名《史晨后碑》。隶书，笔法含蓄蕴藉，结构疏密匀称，风韵自然跌宕，为汉隶代表碑之一。
孔彪墓碑 又称《博陵太守孔彪碑》。东汉建宁四年（公元171年）立，原立于孔林孔彪墓前，清康熙年间移入孔庙。碑高283厘米，宽99厘米，厚27厘米。圆首有穿，额刻于穿上，篆书。正文18行，每行46字，记述孔彪生平事迹。孔彪（？—171），字元上，孔子十九代孙，举孝廉，曾官郎中、博昌长、尚书侍郎、治书侍御史、博陵太守、下邳相、河东太守等职，在官有清政，死后博陵太守任内故吏等刊石铭文。碑阴刻故吏籍贯姓名。前后均为隶书，字体较小，结构谨严，笔画精劲，风格秀润清逸，是汉代名碑之一。
熹平残碑 清乾隆五十八年（1793年）黄易访得于曲阜东关外，阮元将其移于孔庙。碑应为墓碑，仅残存中部左侧，墓主不详，文有“熹平二年”字样，故称熹平残碑。残石不规则，最高处69厘米，最宽79厘米，厚21厘米，文7行，后有阮元题记、翁方纲题名等4则刻字。碑隶书，结体方健，风格淳厚。
孔褒碑 始立年代不详，清雍正三年（1725年）出土于周公庙东侧，随即移入孔庙。碑高235厘米，宽101厘米，厚27厘米。有额，篆书，位于穿上。文剥蚀严重，约14行，每行30字，隶书，书体严整，书风苍厚。
鲁相谒孔庙残碑 又名《吉日令辰碑》。始立年代不详，宋代即定为汉碑。碑仅存下段，残高105厘米，宽85厘米，厚26厘米。文字自宋代即剥泐严重，后又损去碑阳上部及碑阴文字。现存字8行，每行11字，右下部字较清晰。隶书，结体丰肥，宽博厚重。碑侧有唐贞元七年（公元791年）殿中侍御史杜兼等人的题记。
竹叶碑 始立年代不详，因石纹如竹叶故名，出土时间约在清康熙晚期至乾隆年间。初以为阳面无文字，乾隆五十四年（1789年）何元锡洗碑精拓始见阳面有“少昊之胄”等字，因此又名《少昊之胄碑》。碑原归曲阜颜懋伦，后存曲阜孔庙。清同治三年（1864年）毁为三段，后裂为四段，再裂为六段，以水泥固结成碑形。现碑阳字已不存，碑阴三石，上石字已不清，下石可见十余字，字隶书，左上石无字。
汉石人麃君亭长刻字 石人高254厘米，胸围290厘米，字刻于胸腹间，文为“汉故乐安太守麃君亭长”，篆书。石人原在张曲村南大墓前，始见于杨奂《东游记》（1252年成书），清乾隆五十九年（1794年）阮元移入城内矍相圃，1953年移入孔庙，并建碑亭保护，现存孔庙西仓。石人刻制时间不详，但乐安国始设于永元七年（公元95年），汉永寿二年（公元156年）立《礼器碑》有“故乐安相季公”捐钱题名，刻字当在东汉后期。
汉石人府门之卒刻字 石人高220厘米，胸围254厘米，胸腹间阴刻“府门之卒”四篆字。其他同君亭长刻字。
陶洛残汉碑 1957年发现于陶洛村南，1959年发掘出土碎石90余块，其中有字者24块，文字最多者32字，少者仅1字。碑阳有字者10石，界格4.5厘米；碑阴有字者24石，界格4厘米。文意难贯，立碑时代不详，从书体风格、碑型、门生故吏籍贯地名及碑石附近出土石人看，当为东汉无疑。字隶书，笔划刚健，字体清秀，书风隽逸。1998年以砖石固结为碑形，展出于西仓。
舞雩台刻石 1979年舞雩台附近出土，当即移入孔庙。刻石长、宽均为64厘米，厚28厘米，刻2字，一立一横，近人多释为“麃”字，隶书，一字高32厘米、宽25厘米，一字高23厘米、宽16厘米。刻石时代约为东汉。
二、魏及北朝石碑
鲁孔子庙碑 又名《封孔羡碑》、《孔羡碑》。魏黄初元年（公元220年）刻。碑额呈三角形，有穿，高234厘米，宽93厘米，厚25厘米。篆书题额“鲁孔子庙之碑”6字，碑文隶书22行，行20字，记曹魏封孔子二十一世孙、议郎孔羡为宗圣侯使奉祀孔子、修理孔庙等事。
贾思伯碑 又名《贾使君碑》。北魏神龟二年（公元519年）刻。原存兖州，宋绍圣三年（1096年）、元至正二十二年（1362年）两度湮而复出，1951年移入曲阜孔庙。碑高215厘米，宽84厘米，厚20厘米。额饰浮雕龙纹，题“魏兖州贾使君之碑”，正文记贾思伯兖州任内政绩，24行，每行40字，均为楷书，笔法高古，结构精绝，为北魏名碑。碑阴上刻宋温益题记，下刻元人题记，右侧有清兖州太守金一凤移立庑下题记，又有翁方纲辨非三国魏题记，均为楷书。
张猛龙碑 全称《魏鲁郡太守张府君清颂之碑》，立于北魏孝明帝正光三年（公元522年）。碑高226厘米，宽91厘米，厚21厘米。额刻正书魏体。碑文26行，行46字，记颂魏鲁郡太守张猛龙兴办学校功绩。碑阴为题名。字用方笔，右肩上挑，横画主线横长，结体紧密且富有变化，笔法刚劲有力，遒劲雄奇，碑阴尤为恣肆，古人评价为“正法虬健，已开欧、虞之门户”，实为国内魏碑珍品。
李仲璇修孔子庙碑 又称《鲁孔子庙之碑》，东魏兴和三年（公元541年）刻。碑额饰晕状龙纹，篆书“鲁孔子庙之碑”。碑通高220厘米，宽86厘米，厚14厘米。碑文隶书而有楷书笔意，25行，行51字，记兖州刺史李仲璇修孔子庙及塑孔子弟子像配祀孔子事。碑阴字39行，前7行在额后，余32行在碑阴下截，记60余人的姓名、官职。碑侧一行为“内□书任城王长儒书碑”，书体与碑文不类，疑为后人所增。
北齐夫子庙碑 北齐乾明元年（公元560年）兖州刺史郑述祖立。碑呈圭状，有穿，高205厘米，宽93厘米，厚23厘米。碑文19行，行24字。石残已甚，仅存140余字。额题篆书“夫子之碑”，正文隶书，书法与郑述祖所题“天柱山铭”相似。
三、隋唐碑刻
据宋孔传《东家杂记》载，孔庙原有隋碑一，唐碑十四，由于种种原因，见于著录的唐碑现仅存4通，另有不见于《东家杂记》、《孔氏祖庭广记》的裴孝智撰《文宣王庙门记碑》和唐睿宗《孔颜赞》刻石。1957年以后又将新近出土的墓志及散存于农村的碑刻移入孔庙。现共有隋碑1通，唐碑6通，墓志5石。
陈叔毅碑 又称《陈叔毅修孔子庙碑》。仲孝俊撰文，隋大业七年（公元611年）立。碑高214厘米，宽82厘米，厚21厘米。圆首，有额，篆书阳文“修孔子庙之碑”。正文21行，每行47字，记颂曲阜县令陈叔毅维修孔庙功绩，隶书，笔法严整。
大唐赠太师鲁先圣孔宣尼碑 唐仪凤二年（公元677年）七月立，崔行功撰文，赞颂孔子功绩并记维修孔庙事迹，孙师范书，隶书。碑阴刻武德九年（公元626年）十二月二十九日唐太宗封孔子后裔为褒圣侯诏书、乾封元年（公元666年）赠孔子太师诏书、遣扶余隆致祭祝文和皇太子李弘请立碑孔庙奏文。碑通高364厘米，宽127厘米，厚32.5厘米。圆首，有额，篆书。原有龟趺，金明昌二年（1191年）因树折压倒石碑，龟趺断裂为二，改易方座。碑今存孔庙十三碑亭南排西起第三亭内。
鲁孔夫子庙碑 唐开元七年（公元719年）立。碑高402厘米，长145厘米，厚61.2厘米。李邕撰文，张庭珪书，隶书。圆首，有额，篆书。正文19行，每行60字，记述孔子三十五代孙褒圣侯孔璲之建庙墙、立碑事。存孔庙十三碑亭南排西起第三亭内。
孔颜赞刻石 唐睿宗撰文，楷书，开元十一年（公元723年）刻。石已残，高、宽均为49.5厘米，厚14厘米。碑阴有宋政和六年（1116年）夏鳍恭拜孔庙题记，但不见于宋金时孔庙唐碑记载。
兖公之颂碑 曲阜知县张之宏撰文，包文该书，唐天宝元年（公元742年）立。碑高200厘米，宽84厘米，厚16厘米，楷书。有额，隶书。碑文21行，每行49字，赞颂颜回德行。现存孔庙东庑。
文宣王庙门记碑 裴孝智撰文，裴平书丹并篆额，唐大历八年（公元773年）立。碑高168厘米，宽72厘米，厚14厘米，碑首浮雕龙纹，有额，篆书。碑文隶书，20行，每行35字，记述兖州刺史孟休鉴、曲阜知县裴有象新修孔子庙门事迹。碑阴刻有贞元十五年（公元799年）、咸通九年（公元868年）两则题记。碑不见于宋、金志书，却见于宋《金石录》。
新修庙记碑 贾防撰文，唐咸通十一年（公元870年）立。记述孔子三十九代孙、郓曹濮等州观察使孔温裕维修孔庙事迹，并录刻孔温裕修庙奏文及中书门下省准孔温裕奏请牒文。正书，27行，每行44字。
四、宋金元碑刻
从宋代开始，孔庙出现了大量的谒庙题诗、题名、题记，虽然仍有刻于前代碑石上的现象，但已经以专门的刻石为主。现孔庙存有宋碑9通、刻石10块、孔子画像刻石4块，明代重刻宋碑5通，另有宋人题记16则。其中孔舜亮《祖圣手植桧诗碑》不知何故被砸碎埋于地下，《诸公诗碑》不知何故磨去碑文重刻“孔子故井”，也埋于地下，此二碑1988年、1989年分别出土于故井之东和十三碑亭东南。
孔庙现存金碑3通，金代刻石3块，另有明代重刻金党怀英诗刻石1块。《大乘寺铸钟铭碑》由庙外移入。
元代文人、学士谒庙题记之风颇盛，孔庙现存元代题记刻石57块（其中明代重刻1石），题记39则（未刻墨书2则），碑刻34通（从庙外移入3通、明代重刻1通），刻文7条（从庙外移入1条）。孔庙元代碑刻水平较高，有赵孟 、虞集、揭傒斯、欧阳玄、巎巎、周伯琦、张起岩等著名书法家书写的碑刻，也有元好问、杨奂、郭守敬、郝经等著名学者的题诗、题记。
宋重修文宣王庙碑 宋太平兴国八年（公元983年）立，吕蒙正撰文，白崇矩书丹并篆额。碑文行书，记颂宋太宗命修孔庙功绩，计29行，每行72字。碑龟趺螭首，位于十三碑亭内。
杜衍书札刻石 石高100厘米，宽66厘米，杜衍草书，孔舜亮命刻于石上，宋元祐二年（1087年）刻。现嵌于西斋宿东墙上。
米芾《孔圣手植桧赞》碑 宋崇宁二年（1103年）刻。碑圆首，高148.5厘米，宽61厘米。刻文6行，题、款各1行，正文4行，米芾撰文并书，行草。原位于孔子手植桧侧，后移入十三碑亭院内，现存西仓。
米芾篆书《玄圣文宣王赞》碑 文为宋真宗御制，米芾篆书，宋崇宁四年（1105年）刻。碑方首方趺，高202.5厘米，宽68.5厘米。文以小篆为主，间或有金文。原存碑亭内，现存西仓。
大金重修至圣文宣王庙碑 金承安二年（1197年）立，党怀英撰文、书丹并篆额。碑龟趺螭首，高约360厘米，宽158厘米。隶书，文19行，每行75字，记颂金章宗维修孔庙功绩。位于金代碑亭内。
元好问题记 蒙古乃马真后四年（1245年）题，刻于党怀英《大金重修至圣文宣王庙碑》碑阴。题记长42厘米，高35厘米，楷书，间有行书，字体欹侧。
杨奂谒庙诗 刻于党怀英《大金重修至圣文宣王庙碑》碑阴。题诗长24厘米，高36厘米，行书，用笔清劲、朴拙。诗为七律，无年代，从其《东游记》看，诗当题于蒙古宪宗二年（1252年）。
郭守敬题记刻石 位于西斋宿南墙上，石宽60厘米，高51.5厘米。题记隶书，笔画瘦劲，风格雄健，前至元十二年（1275年）刻。
元武宗加封孔子诏书碑 刻元大德十一年（1307年）七月武宗加封孔子为“大成至圣文宣王”诏书。碑龟趺螭首，螭首高88厘米，高浮雕云龙。碑身高247厘米，宽100.5厘米。诏书为汉文、八思巴文逐字对刻，汉字正书，字体秀美。碑现位于十三碑亭内。
揭傒斯书敕赐孔庙田宅碑 欧阳玄撰文，赵期颐篆额，揭傒斯书文，晁本深刊石。碑楷书，圆首方趺，通高102厘米，宽95厘米，元元统二年（1334年）立。现位于奎文阁西掖门下。
巎巎书敕修曲阜宣圣庙碑 欧阳玄撰文，张起岩篆额，巎巎书文，詹献刊石，元至元五年（1339年）立。碑楷书，螭首龟趺，高700厘米，宽188厘米。现位于十三碑亭内。
五、明清碑刻
孔庙有明碑70通（其中庙外移入1通），刻石94块（其中一文三石），石坊额2块，题记等41条。明代碑刻内容丰富，最具特色的是谒庙诗，著名的有洪武、永乐、成化、弘治4通御制巨碑和董其昌题跋、李东阳诗赋刻石、周天球谒庙题诗题记等，史料价值较高的还有记录刘六、刘七农民起义和白莲教起义的碑刻。
孔庙存清代碑刻108通，刻文100则；刻石32块，刻文19则；附属刻文69则，墨书4则；石坊额3处。碑刻中重刻明文1通，庙外移入4通。附属刻文中，庙外移入4则。清代碑刻的特点是帝王御祭碑多，凡皇帝登基、平叛、修庙、祝寿、立正宫、立国储等，均派员到曲阜孔庙致祭，大多刻碑为记。另一特点是御碑多，清圣祖、高宗都曾亲到曲阜孔庙祭祀，留下很多碑刻。
成化碑 即明宪宗御制重修孔子庙碑，明成化四年（1468年）立，龟趺螭首。碑额高约160厘米，宽228厘米，浮雕云龙，碑身高约460厘米，龟趺高125厘米。碑文为朱见深御制，为修庙而立，认为“天不生孔子”，“万古如长夜”，“天生孔子实所以为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平者也”，“孔子之道之在天下，如布帛菽粟民生日用不可暂缺”，“有天下者一日不可无焉”。正书，结体方整，书法刚劲，明代名碑之一。
李东阳诗赋文碑刻 明弘治十七年（1504年）李东阳受遣至曲阜代祀孔庙，赋诗《新庙告成》、《望阙里》，作《金丝堂铭》、《诗礼堂铭》、《奎文阁赋》、《南溪赋》及《代告阙里孔子庙记》等，均刊于石上，楷、隶、篆、行、草诸体皆备。
城阙里记碑 明嘉靖四年（1525年）立，费宏撰文并书丹，记述移建曲阜城经过，有对正德六年（1511年）刘六、刘七农民军攻占曲阜城、焚烧县衙、驻军孔庙的记载。正书。碑额高约105厘米，浅雕麒麟纹，碑身高240厘米，宽118厘米。
周天球谒庙诗 约刻于明嘉靖四十五年（1566年），位于十三碑亭院东南部的朱衡谒庙题记碑下部。题诗处长45厘米，高34厘米，行书，笔势刚健，结体端谨，风神清峻。
董其昌题跋 明万历三十九年（1611年）跋并书，刻于吴尔成诗后。刻文长64厘米，高33厘米，行书，笔意潇洒，丰润逸畅。石位于启圣门东榜棚内。
赵彦镇压徐鸿儒白莲教起义题记 明天启二年（1622年）记，刻于李东阳《代告阙里孔子庙记碑》碑阴。题记处高210厘米，宽65厘米，刻字6行，满行21字。正书，记述赵彦派兵护卫孔子林庙，镇压徐鸿儒起义事，有很高的史料价值。
清圣祖《过阙里》诗碑 清康熙二十三年（1684年）十一月作。孔毓圻刻成两碑，一置孔庙圣迹殿内，一置孔府宸翰阁内。孔庙碑有额，浮雕云龙，额高80厘米，宽89厘米，中刻“御笔”二字；碑身高175厘米，宽84厘米，碑边也浮雕云龙，诗为五律，行书。
清高宗御制碑刻 清高宗先后八次亲临曲阜祭祀孔子，每次必有诗作，并书匾额对联。先后刻碑14通、额坊2处、刻石3块（一副对联2块），计有对联1幅、匾额1则、额坊2则、碑文2篇、赞诗8首、诗27首（一首两刻），均为御笔，其中正书12幅，其他均为行书。
清高宗御制平定金川告成太学碑 清乾隆十四年（1749年）立，高宗撰文，梁诗正书，前为汉文，正书，后为满文。碑高82厘米，宽165厘米。
清高宗御制平定准葛尔告成太学碑 清乾隆二十年（1755年）立，高宗撰文并书丹，正书，碑高330厘米，宽163厘米。
阮元《中庸说》刻石 阮元撰文并书丹，有跋，为清道光十八年（1838年）应孔宪彝之嘱书录旧文，刻后存于孔庙，隶书。刻石2块，前石长61.5厘米、高32.2厘米，后石长47.5厘米、高32.6厘米。
重修三圣堂序碑 孔尚斌撰文并书丹，行书。清康熙八年（1669年）立。题“大清”二字，残高106厘米，宽62.5厘米。碑文中有关于地震的记载：“……年六月间地震百余日，初震时平地裂泉，深井冒水。人间房屋倾者九，存者一。”考之史书，当为康熙七年（1668年）地震。
六、民国碑刻
孔庙有民国碑刻2通，刻石2块，题记1则。其中《重修尼山祠庙记功碑》记载维修尼山孔庙事迹，一碑两刻，一置于尼山，一置于孔庙，冯恕书。
七、玉虹楼丛帖刻石
玉虹楼丛帖是孔子六十九代孙孔继涑摹刻的书法丛帖。刻石共584块，分为14类，有“玉虹楼帖”、“玉虹鉴真”、“玉虹续鉴真”、“谷园摹古”、“国朝名人”、“瀛海仙班”、“金人铭”、“隐墨斋”、“黄涪州”、“米海岳”、“祝京兆”、“临《中兴颂》”、“张文敏小楷”、“张文敏书诗”等，编为101卷。其中玉虹楼帖16卷、瀛海仙班帖10卷、临《中兴颂》2卷、张文敏小楷1卷、张文敏书诗1卷，均刻张照书作；瀛海仙班帖专刻张照小楷，均为应制作品；临《中兴颂》刻张照，临摹颜真卿《大唐中兴颂》帖。玉虹楼帖广刻张照各种书体，是研究张照书法艺术的重要资料。玉虹鉴真帖、续鉴真帖各13卷，摹刻各种古代书法，计有王羲之、王献之、颜真卿、褚遂良、欧阳询、李白、苏轼、黄庭坚、米芾、蔡襄、赵构、赵孟 、吴宽、文征明、董其昌、祝允明、沈周、王铎等200余人的书法作品；谷园摹古帖20卷，摹刻旧拓石刻碑帖，汇拓钟繇、王羲之、智永、李邕、苏轼、黄庭坚、米芾、蔡襄、赵孟 等人的名碑书作；国朝名人帖12卷，专刻清人墨迹，计有顾炎武、高士奇、恽寿平、王澍、梁同书等49人的书作；隐墨斋帖8卷，全刻孔继涑书作；金人铭帖2卷，刻六十七代衍圣公孔毓圻书作；黄涪州帖、米海岳帖、祝京兆帖各1卷，分刻黄庭坚、米芾、祝允明书作。
玉虹楼法帖规模巨大，搜罗宏富，摹刻精细，是中国著名的大型书法丛刻之一。摹古帖中所刻南宋《群玉堂帖》1卷是该帖散佚后搜求存留的重要资料，《北魏崔敬邕墓志》在原石佚失后显得弥足珍贵。
第四节 碑刻
孔庙存有西汉以来历代碑刻1172通，其中石碑242通（从庙外移入20通），刻石218块（从庙外移入22块），圣迹图及孔子画像石刻（均有文字）128块，玉虹楼法帖584块，尤以汉魏碑刻驰名中外。
一、两汉碑刻
孔庙保存西汉石刻6石（均为庙外移入），东汉石碑12通（庙外移入8通），刻字6石（均为庙外移入），是全国保存汉碑最多的地方。现在大都保存在西仓汉魏碑刻陈列馆。
北陛石 1941年出土于周公庙东的高地上，原存北京大学，1979年移存曲阜孔庙。石长95厘米，宽42厘米，高19.5厘米，石灰岩质。向上一面浅刻浮雕二璧纹，并刻“六五乙”三字，已有浓厚的隶书笔意。前侧面刻菱形纹，后侧未加工。文字刻于一端，文为“鲁六年九月所造北陛”，4行，篆书。近人多认为“鲁六年”为西汉鲁恭王六年。汉景帝三年（公元前154年）徙封淮阳王刘馀为鲁王，死后追谥“恭”（一作“共”）。刘馀好治宫室，起建了著名的建筑灵光殿。恭王六年（公元前149年），发掘者日本人关野雄、驹井和爱等认为此石即灵光殿的阶石。
五凤刻石 又名鲁孝王刻石。金明昌二年（1191年）出土于钓鱼池。当时工匠取石维修孔庙，提领修庙的开州刺史高德裔随即将石移入孔庙。石长71.5厘米，左高38厘米，右高40厘米，厚43厘米，石灰岩质。刻字为“五凤二年鲁卅四年六月四日成”，3行，隶书，带有篆书笔意，简质古朴。刻字处宽25厘米，高24.5厘米，凿成龛形。五凤二年即公元前56年，鲁孝王三十四年。左侧刻高德裔发现此石的题记。
祝其卿坟坛刻石 又名汉居摄坟坛刻石、孔子墓前石坛刻文等，原存孔林内孔子墓前，清雍正十年（1732年）移入孔庙。石长99厘米，宽50厘米，高25厘米，石灰岩质。中部阴刻成龛，文字刻于龛内，龛长20厘米，高14厘米。文为“祝其卿坟坛居摄二年□月造”，5行，行以阴线界开，篆书。居摄二年即公元7年。
上谷府卿坟坛刻石 原存孔林内孔子墓前，清雍正十年（1732年）移入孔庙。石长69厘米，宽38厘米，高31厘米，石灰岩质。中部凿刻成龛，龛长20厘米，高14.5厘米。文为“上谷府卿坟坛居摄二年二月造”，4行，行以阴线界开，篆书。
王陵塞石 1970年出土于九龙山摩崖汉墓中，现存孔庙东庑。石宽92.5厘米，长229厘米，厚47厘米，石灰岩质。塞石原为墓道口的封门石，上刻“王陵塞石广四尺”，2行，刻字处宽29厘米，高60厘米，下刻横书“二尺”，均为隶书，但带有篆书笔意。除此石外，其他石上分别刻有“得于文”、“胡纪国”、“问”、“兜”、“尺八寸”、“一尺八寸”、“一尺九寸”、“二尺九寸半”等文字，仍在原地保存。考古界定其为西汉刻石，墓主为西汉鲁王。
安汉里画像石刻字 1937年韩家铺出土，后移入孔庙，原石现存神庖汉画像石陈列馆。出土共8石，四侧石分刻青龙、白虎、朱雀、玄武四灵，中石两面刻。文字刻于中石顶部，石长250厘米，高85厘米，厚27厘米，石灰岩质。文为“山鲁市东安汉里禺石也”，1行，篆书，“山”字双钩，其他九字单钩。根据画像及刻字风格，考古界定为西汉所刻。
新富里渎石 1992年2月23日发现于小北关村北104国道西侧高地。石长114厘米，宽39厘米，厚18.5厘米，石灰岩质。从出土现场看，当为汉城北墙下排水沟的盖石。字刻于向南一侧，文为“建武廿二年十月作渎新富里”，“建武”“渎新富里”为大字，1字1行，“廿二年十月作”为小字，2行，行3字。文隶书。建武二十二年即公元46年。
两城山永和二年食堂题记 微山两城出土，1957年移入曲阜孔庙，现存神庖。石高、宽均为92厘米，厚23.5厘米，石灰岩质。字刻于正面右侧，高92厘米，宽8厘米，下角已残去10厘米。文2行，隶书，错落有致，笔势开张，东汉永和二年（公元137年）刻。画像主图为树，缀刻飞鸟、人面鸟、弯弓仰射之人、牵马人等，分刻“山鹊”、“蜚鸟”、“乌生”、“长卿”、“伯昌”、“女黄”等字，为隶书。
乙瑛碑 全称《汉鲁相乙瑛请置孔庙百石卒史碑》，又称《孔庙置守庙百石卒史碑》、《鲁相乙瑛碑》。文为东汉元嘉三年（公元153年）三月二十七日司徒吴雄、司空赵戒就鲁国前国相乙瑛请求为孔庙设置守庙百石卒史的奏书及司徒、司空府和鲁相选任百石卒史公文。碑宽91.5厘米，高198厘米，厚22厘米，刻字18行，每行40字。隶书，笔势刚健，书法雄劲，结构严密，中敛旁肆，是汉隶的代表碑之一。
孔谦墓碑 又名《孔谦碣》、《孔德让碑》，约东汉永兴二年（公元154年）刻。原在孔林，清初移入孔庙。碑高83厘米，宽52厘米，厚22.5厘米，石灰岩质。圆首，有穿，无额无题。文8行，每行10字，隶书。波磔较长，虽磨损严重，仍能窥见其淳厚的风格。孔谦（公元121—154），字德让，曾官郡曹史，为孔子二十代孙。
孔君墓碑 东汉永寿元年（公元155年）立。见载于《金石录》，清乾隆五十八年（1793年）重新发现于孔子墓红墙外，当即移入孔庙。碑圆首，宽47.5厘米，高120厘米，文字刻于碑上部，高103厘米。下半部未细加工，右下角磨光刻清翁方纲题记。碑有额，刻“孔君之墓”，2行，行2字，篆书。文隶书，8行，每行15字。墓主名已蚀，字少垂，孔子十九代孙。
礼器碑 又称《鲁相韩敕造孔庙礼器碑》、《汉韩明府孔子庙碑》、《韩敕碑》，东汉永寿二年（公元156年）立。高170厘米，宽78.5厘米，厚20厘米。有额，无字。四面刻，碑阳16行，其中正文13行，每行36字，赞颂鲁相韩敕造立孔庙礼器、修复孔子车舆、修饰孔庙、免除孔子母族颜氏和妻族并官氏邑中差徭等功绩，后三行及碑阴、碑侧均刻捐款人姓名及钱数。隶书，捺脚粗壮斜行，长波尾部尖挑，结体宽博疏放，风格质朴淳厚，古人曾推为汉碑的第一杰作。
徐家村延熹元年藏堂题记 东汉延熹元年（公元158年）刻，1968年防山徐家村出土，后移入孔庙。石高103厘米，宽22厘米，厚度不均，上顶处厚56.5厘米，石灰岩质。题记4行，满行19字，隶书，结体方整，用笔浑厚。同时出土画像石3块，分别高103.5厘米、100厘米、104.5厘米，多刻人物，浅浮雕，刻制较粗。
孔宙碑 又称《泰山都尉孔宙碑》。东汉延熹七年（公元164年）孔宙故吏门人立，原在孔林孔宙墓前，清初已移入孔庙。碑通高302厘米，宽107厘米，厚24厘米。圆首，有穿，额分刻于穿两侧，文有题，正文14行，行28字，记叙孔宙生平功绩。碑阴也有碑首，刻弟子、门生、故吏等62人题名。隶书，碑阳波磔饱满，横画斜长，圆浑流丽，风神逸宕，碑阴字体紧密，端庄凝重。汉隶代表碑之一。
史晨碑 东汉建宁二年（公元169年）立，通高207.5厘米，宽85厘米，厚22.5厘米，有碑首，无穿无字。碑身高173.5厘米，前后刻，前刻鲁相史晨、长史李谦请求鲁国孔庙“依社稷，出王家谷，春秋行礼”的奏文，因此称《鲁相史晨奏祀孔子庙碑》、《鲁相史晨祀孔子奏铭》，又名《史晨前碑》。碑阴记史晨祭庙的盛况及修治孔子遗迹的功绩，因此称《鲁相史晨飨孔子庙碑》，又名《史晨后碑》。隶书，笔法含蓄蕴藉，结构疏密匀称，风韵自然跌宕，为汉隶代表碑之一。
孔彪墓碑 又称《博陵太守孔彪碑》。东汉建宁四年（公元171年）立，原立于孔林孔彪墓前，清康熙年间移入孔庙。碑高283厘米，宽99厘米，厚27厘米。圆首有穿，额刻于穿上，篆书。正文18行，每行46字，记述孔彪生平事迹。孔彪（？—171），字元上，孔子十九代孙，举孝廉，曾官郎中、博昌长、尚书侍郎、治书侍御史、博陵太守、下邳相、河东太守等职，在官有清政，死后博陵太守任内故吏等刊石铭文。碑阴刻故吏籍贯姓名。前后均为隶书，字体较小，结构谨严，笔画精劲，风格秀润清逸，是汉代名碑之一。
熹平残碑 清乾隆五十八年（1793年）黄易访得于曲阜东关外，阮元将其移于孔庙。碑应为墓碑，仅残存中部左侧，墓主不详，文有“熹平二年”字样，故称熹平残碑。残石不规则，最高处69厘米，最宽79厘米，厚21厘米，文7行，后有阮元题记、翁方纲题名等4则刻字。碑隶书，结体方健，风格淳厚。
孔褒碑 始立年代不详，清雍正三年（1725年）出土于周公庙东侧，随即移入孔庙。碑高235厘米，宽101厘米，厚27厘米。有额，篆书，位于穿上。文剥蚀严重，约14行，每行30字，隶书，书体严整，书风苍厚。
鲁相谒孔庙残碑 又名《吉日令辰碑》。始立年代不详，宋代即定为汉碑。碑仅存下段，残高105厘米，宽85厘米，厚26厘米。文字自宋代即剥泐严重，后又损去碑阳上部及碑阴文字。现存字8行，每行11字，右下部字较清晰。隶书，结体丰肥，宽博厚重。碑侧有唐贞元七年（公元791年）殿中侍御史杜兼等人的题记。
竹叶碑 始立年代不详，因石纹如竹叶故名，出土时间约在清康熙晚期至乾隆年间。初以为阳面无文字，乾隆五十四年（1789年）何元锡洗碑精拓始见阳面有“少昊之胄”等字，因此又名《少昊之胄碑》。碑原归曲阜颜懋伦，后存曲阜孔庙。清同治三年（1864年）毁为三段，后裂为四段，再裂为六段，以水泥固结成碑形。现碑阳字已不存，碑阴三石，上石字已不清，下石可见十余字，字隶书，左上石无字。
汉石人麃君亭长刻字 石人高254厘米，胸围290厘米，字刻于胸腹间，文为“汉故乐安太守麃君亭长”，篆书。石人原在张曲村南大墓前，始见于杨奂《东游记》（1252年成书），清乾隆五十九年（1794年）阮元移入城内矍相圃，1953年移入孔庙，并建碑亭保护，现存孔庙西仓。石人刻制时间不详，但乐安国始设于永元七年（公元95年），汉永寿二年（公元156年）立《礼器碑》有“故乐安相季公”捐钱题名，刻字当在东汉后期。
汉石人府门之卒刻字 石人高220厘米，胸围254厘米，胸腹间阴刻“府门之卒”四篆字。其他同君亭长刻字。
陶洛残汉碑 1957年发现于陶洛村南，1959年发掘出土碎石90余块，其中有字者24块，文字最多者32字，少者仅1字。碑阳有字者10石，界格4.5厘米；碑阴有字者24石，界格4厘米。文意难贯，立碑时代不详，从书体风格、碑型、门生故吏籍贯地名及碑石附近出土石人看，当为东汉无疑。字隶书，笔划刚健，字体清秀，书风隽逸。1998年以砖石固结为碑形，展出于西仓。
舞雩台刻石 1979年舞雩台附近出土，当即移入孔庙。刻石长、宽均为64厘米，厚28厘米，刻2字，一立一横，近人多释为“麃”字，隶书，一字高32厘米、宽25厘米，一字高23厘米、宽16厘米。刻石时代约为东汉。
二、魏及北朝石碑
鲁孔子庙碑 又名《封孔羡碑》、《孔羡碑》。魏黄初元年（公元220年）刻。碑额呈三角形，有穿，高234厘米，宽93厘米，厚25厘米。篆书题额“鲁孔子庙之碑”6字，碑文隶书22行，行20字，记曹魏封孔子二十一世孙、议郎孔羡为宗圣侯使奉祀孔子、修理孔庙等事。
贾思伯碑 又名《贾使君碑》。北魏神龟二年（公元519年）刻。原存兖州，宋绍圣三年（1096年）、元至正二十二年（1362年）两度湮而复出，1951年移入曲阜孔庙。碑高215厘米，宽84厘米，厚20厘米。额饰浮雕龙纹，题“魏兖州贾使君之碑”，正文记贾思伯兖州任内政绩，24行，每行40字，均为楷书，笔法高古，结构精绝，为北魏名碑。碑阴上刻宋温益题记，下刻元人题记，右侧有清兖州太守金一凤移立庑下题记，又有翁方纲辨非三国魏题记，均为楷书。
张猛龙碑 全称《魏鲁郡太守张府君清颂之碑》，立于北魏孝明帝正光三年（公元522年）。碑高226厘米，宽91厘米，厚21厘米。额刻正书魏体。碑文26行，行46字，记颂魏鲁郡太守张猛龙兴办学校功绩。碑阴为题名。字用方笔，右肩上挑，横画主线横长，结体紧密且富有变化，笔法刚劲有力，遒劲雄奇，碑阴尤为恣肆，古人评价为“正法虬健，已开欧、虞之门户”，实为国内魏碑珍品。
李仲璇修孔子庙碑 又称《鲁孔子庙之碑》，东魏兴和三年（公元541年）刻。碑额饰晕状龙纹，篆书“鲁孔子庙之碑”。碑通高220厘米，宽86厘米，厚14厘米。碑文隶书而有楷书笔意，25行，行51字，记兖州刺史李仲璇修孔子庙及塑孔子弟子像配祀孔子事。碑阴字39行，前7行在额后，余32行在碑阴下截，记60余人的姓名、官职。碑侧一行为“内□书任城王长儒书碑”，书体与碑文不类，疑为后人所增。
北齐夫子庙碑 北齐乾明元年（公元560年）兖州刺史郑述祖立。碑呈圭状，有穿，高205厘米，宽93厘米，厚23厘米。碑文19行，行24字。石残已甚，仅存140余字。额题篆书“夫子之碑”，正文隶书，书法与郑述祖所题“天柱山铭”相似。
三、隋唐碑刻
据宋孔传《东家杂记》载，孔庙原有隋碑一，唐碑十四，由于种种原因，见于著录的唐碑现仅存4通，另有不见于《东家杂记》、《孔氏祖庭广记》的裴孝智撰《文宣王庙门记碑》和唐睿宗《孔颜赞》刻石。1957年以后又将新近出土的墓志及散存于农村的碑刻移入孔庙。现共有隋碑1通，唐碑6通，墓志5石。
陈叔毅碑 又称《陈叔毅修孔子庙碑》。仲孝俊撰文，隋大业七年（公元611年）立。碑高214厘米，宽82厘米，厚21厘米。圆首，有额，篆书阳文“修孔子庙之碑”。正文21行，每行47字，记颂曲阜县令陈叔毅维修孔庙功绩，隶书，笔法严整。
大唐赠太师鲁先圣孔宣尼碑 唐仪凤二年（公元677年）七月立，崔行功撰文，赞颂孔子功绩并记维修孔庙事迹，孙师范书，隶书。碑阴刻武德九年（公元626年）十二月二十九日唐太宗封孔子后裔为褒圣侯诏书、乾封元年（公元666年）赠孔子太师诏书、遣扶余隆致祭祝文和皇太子李弘请立碑孔庙奏文。碑通高364厘米，宽127厘米，厚32.5厘米。圆首，有额，篆书。原有龟趺，金明昌二年（1191年）因树折压倒石碑，龟趺断裂为二，改易方座。碑今存孔庙十三碑亭南排西起第三亭内。
鲁孔夫子庙碑 唐开元七年（公元719年）立。碑高402厘米，长145厘米，厚61.2厘米。李邕撰文，张庭珪书，隶书。圆首，有额，篆书。正文19行，每行60字，记述孔子三十五代孙褒圣侯孔璲之建庙墙、立碑事。存孔庙十三碑亭南排西起第三亭内。
孔颜赞刻石 唐睿宗撰文，楷书，开元十一年（公元723年）刻。石已残，高、宽均为49.5厘米，厚14厘米。碑阴有宋政和六年（1116年）夏鳍恭拜孔庙题记，但不见于宋金时孔庙唐碑记载。
兖公之颂碑 曲阜知县张之宏撰文，包文该书，唐天宝元年（公元742年）立。碑高200厘米，宽84厘米，厚16厘米，楷书。有额，隶书。碑文21行，每行49字，赞颂颜回德行。现存孔庙东庑。
文宣王庙门记碑 裴孝智撰文，裴平书丹并篆额，唐大历八年（公元773年）立。碑高168厘米，宽72厘米，厚14厘米，碑首浮雕龙纹，有额，篆书。碑文隶书，20行，每行35字，记述兖州刺史孟休鉴、曲阜知县裴有象新修孔子庙门事迹。碑阴刻有贞元十五年（公元799年）、咸通九年（公元868年）两则题记。碑不见于宋、金志书，却见于宋《金石录》。
新修庙记碑 贾防撰文，唐咸通十一年（公元870年）立。记述孔子三十九代孙、郓曹濮等州观察使孔温裕维修孔庙事迹，并录刻孔温裕修庙奏文及中书门下省准孔温裕奏请牒文。正书，27行，每行44字。
四、宋金元碑刻
从宋代开始，孔庙出现了大量的谒庙题诗、题名、题记，虽然仍有刻于前代碑石上的现象，但已经以专门的刻石为主。现孔庙存有宋碑9通、刻石10块、孔子画像刻石4块，明代重刻宋碑5通，另有宋人题记16则。其中孔舜亮《祖圣手植桧诗碑》不知何故被砸碎埋于地下，《诸公诗碑》不知何故磨去碑文重刻“孔子故井”，也埋于地下，此二碑1988年、1989年分别出土于故井之东和十三碑亭东南。
孔庙现存金碑3通，金代刻石3块，另有明代重刻金党怀英诗刻石1块。《大乘寺铸钟铭碑》由庙外移入。
元代文人、学士谒庙题记之风颇盛，孔庙现存元代题记刻石57块（其中明代重刻1石），题记39则（未刻墨书2则），碑刻34通（从庙外移入3通、明代重刻1通），刻文7条（从庙外移入1条）。孔庙元代碑刻水平较高，有赵孟 、虞集、揭傒斯、欧阳玄、巎巎、周伯琦、张起岩等著名书法家书写的碑刻，也有元好问、杨奂、郭守敬、郝经等著名学者的题诗、题记。
宋重修文宣王庙碑 宋太平兴国八年（公元983年）立，吕蒙正撰文，白崇矩书丹并篆额。碑文行书，记颂宋太宗命修孔庙功绩，计29行，每行72字。碑龟趺螭首，位于十三碑亭内。
杜衍书札刻石 石高100厘米，宽66厘米，杜衍草书，孔舜亮命刻于石上，宋元祐二年（1087年）刻。现嵌于西斋宿东墙上。
米芾《孔圣手植桧赞》碑 宋崇宁二年（1103年）刻。碑圆首，高148.5厘米，宽61厘米。刻文6行，题、款各1行，正文4行，米芾撰文并书，行草。原位于孔子手植桧侧，后移入十三碑亭院内，现存西仓。
米芾篆书《玄圣文宣王赞》碑 文为宋真宗御制，米芾篆书，宋崇宁四年（1105年）刻。碑方首方趺，高202.5厘米，宽68.5厘米。文以小篆为主，间或有金文。原存碑亭内，现存西仓。
大金重修至圣文宣王庙碑 金承安二年（1197年）立，党怀英撰文、书丹并篆额。碑龟趺螭首，高约360厘米，宽158厘米。隶书，文19行，每行75字，记颂金章宗维修孔庙功绩。位于金代碑亭内。
元好问题记 蒙古乃马真后四年（1245年）题，刻于党怀英《大金重修至圣文宣王庙碑》碑阴。题记长42厘米，高35厘米，楷书，间有行书，字体欹侧。
杨奂谒庙诗 刻于党怀英《大金重修至圣文宣王庙碑》碑阴。题诗长24厘米，高36厘米，行书，用笔清劲、朴拙。诗为七律，无年代，从其《东游记》看，诗当题于蒙古宪宗二年（1252年）。
郭守敬题记刻石 位于西斋宿南墙上，石宽60厘米，高51.5厘米。题记隶书，笔画瘦劲，风格雄健，前至元十二年（1275年）刻。
元武宗加封孔子诏书碑 刻元大德十一年（1307年）七月武宗加封孔子为“大成至圣文宣王”诏书。碑龟趺螭首，螭首高88厘米，高浮雕云龙。碑身高247厘米，宽100.5厘米。诏书为汉文、八思巴文逐字对刻，汉字正书，字体秀美。碑现位于十三碑亭内。
揭傒斯书敕赐孔庙田宅碑 欧阳玄撰文，赵期颐篆额，揭傒斯书文，晁本深刊石。碑楷书，圆首方趺，通高102厘米，宽95厘米，元元统二年（1334年）立。现位于奎文阁西掖门下。
巎巎书敕修曲阜宣圣庙碑 欧阳玄撰文，张起岩篆额，巎巎书文，詹献刊石，元至元五年（1339年）立。碑楷书，螭首龟趺，高700厘米，宽188厘米。现位于十三碑亭内。
五、明清碑刻
孔庙有明碑70通（其中庙外移入1通），刻石94块（其中一文三石），石坊额2块，题记等41条。明代碑刻内容丰富，最具特色的是谒庙诗，著名的有洪武、永乐、成化、弘治4通御制巨碑和董其昌题跋、李东阳诗赋刻石、周天球谒庙题诗题记等，史料价值较高的还有记录刘六、刘七农民起义和白莲教起义的碑刻。
孔庙存清代碑刻108通，刻文100则；刻石32块，刻文19则；附属刻文69则，墨书4则；石坊额3处。碑刻中重刻明文1通，庙外移入4通。附属刻文中，庙外移入4则。清代碑刻的特点是帝王御祭碑多，凡皇帝登基、平叛、修庙、祝寿、立正宫、立国储等，均派员到曲阜孔庙致祭，大多刻碑为记。另一特点是御碑多，清圣祖、高宗都曾亲到曲阜孔庙祭祀，留下很多碑刻。
成化碑 即明宪宗御制重修孔子庙碑，明成化四年（1468年）立，龟趺螭首。碑额高约160厘米，宽228厘米，浮雕云龙，碑身高约460厘米，龟趺高125厘米。碑文为朱见深御制，为修庙而立，认为“天不生孔子”，“万古如长夜”，“天生孔子实所以为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平者也”，“孔子之道之在天下，如布帛菽粟民生日用不可暂缺”，“有天下者一日不可无焉”。正书，结体方整，书法刚劲，明代名碑之一。
李东阳诗赋文碑刻 明弘治十七年（1504年）李东阳受遣至曲阜代祀孔庙，赋诗《新庙告成》、《望阙里》，作《金丝堂铭》、《诗礼堂铭》、《奎文阁赋》、《南溪赋》及《代告阙里孔子庙记》等，均刊于石上，楷、隶、篆、行、草诸体皆备。
城阙里记碑 明嘉靖四年（1525年）立，费宏撰文并书丹，记述移建曲阜城经过，有对正德六年（1511年）刘六、刘七农民军攻占曲阜城、焚烧县衙、驻军孔庙的记载。正书。碑额高约105厘米，浅雕麒麟纹，碑身高240厘米，宽118厘米。
周天球谒庙诗 约刻于明嘉靖四十五年（1566年），位于十三碑亭院东南部的朱衡谒庙题记碑下部。题诗处长45厘米，高34厘米，行书，笔势刚健，结体端谨，风神清峻。
董其昌题跋 明万历三十九年（1611年）跋并书，刻于吴尔成诗后。刻文长64厘米，高33厘米，行书，笔意潇洒，丰润逸畅。石位于启圣门东榜棚内。
赵彦镇压徐鸿儒白莲教起义题记 明天启二年（1622年）记，刻于李东阳《代告阙里孔子庙记碑》碑阴。题记处高210厘米，宽65厘米，刻字6行，满行21字。正书，记述赵彦派兵护卫孔子林庙，镇压徐鸿儒起义事，有很高的史料价值。
清圣祖《过阙里》诗碑 清康熙二十三年（1684年）十一月作。孔毓圻刻成两碑，一置孔庙圣迹殿内，一置孔府宸翰阁内。孔庙碑有额，浮雕云龙，额高80厘米，宽89厘米，中刻“御笔”二字；碑身高175厘米，宽84厘米，碑边也浮雕云龙，诗为五律，行书。
清高宗御制碑刻 清高宗先后八次亲临曲阜祭祀孔子，每次必有诗作，并书匾额对联。先后刻碑14通、额坊2处、刻石3块（一副对联2块），计有对联1幅、匾额1则、额坊2则、碑文2篇、赞诗8首、诗27首（一首两刻），均为御笔，其中正书12幅，其他均为行书。
清高宗御制平定金川告成太学碑 清乾隆十四年（1749年）立，高宗撰文，梁诗正书，前为汉文，正书，后为满文。碑高82厘米，宽165厘米。
清高宗御制平定准葛尔告成太学碑 清乾隆二十年（1755年）立，高宗撰文并书丹，正书，碑高330厘米，宽163厘米。
阮元《中庸说》刻石 阮元撰文并书丹，有跋，为清道光十八年（1838年）应孔宪彝之嘱书录旧文，刻后存于孔庙，隶书。刻石2块，前石长61.5厘米、高32.2厘米，后石长47.5厘米、高32.6厘米。
重修三圣堂序碑 孔尚斌撰文并书丹，行书。清康熙八年（1669年）立。题“大清”二字，残高106厘米，宽62.5厘米。碑文中有关于地震的记载：“……年六月间地震百余日，初震时平地裂泉，深井冒水。人间房屋倾者九，存者一。”考之史书，当为康熙七年（1668年）地震。
六、民国碑刻
孔庙有民国碑刻2通，刻石2块，题记1则。其中《重修尼山祠庙记功碑》记载维修尼山孔庙事迹，一碑两刻，一置于尼山，一置于孔庙，冯恕书。
七、玉虹楼丛帖刻石
玉虹楼丛帖是孔子六十九代孙孔继涑摹刻的书法丛帖。刻石共584块，分为14类，有“玉虹楼帖”、“玉虹鉴真”、“玉虹续鉴真”、“谷园摹古”、“国朝名人”、“瀛海仙班”、“金人铭”、“隐墨斋”、“黄涪州”、“米海岳”、“祝京兆”、“临《中兴颂》”、“张文敏小楷”、“张文敏书诗”等，编为101卷。其中玉虹楼帖16卷、瀛海仙班帖10卷、临《中兴颂》2卷、张文敏小楷1卷、张文敏书诗1卷，均刻张照书作；瀛海仙班帖专刻张照小楷，均为应制作品；临《中兴颂》刻张照，临摹颜真卿《大唐中兴颂》帖。玉虹楼帖广刻张照各种书体，是研究张照书法艺术的重要资料。玉虹鉴真帖、续鉴真帖各13卷，摹刻各种古代书法，计有王羲之、王献之、颜真卿、褚遂良、欧阳询、李白、苏轼、黄庭坚、米芾、蔡襄、赵构、赵孟 、吴宽、文征明、董其昌、祝允明、沈周、王铎等200余人的书法作品；谷园摹古帖20卷，摹刻旧拓石刻碑帖，汇拓钟繇、王羲之、智永、李邕、苏轼、黄庭坚、米芾、蔡襄、赵孟 等人的名碑书作；国朝名人帖12卷，专刻清人墨迹，计有顾炎武、高士奇、恽寿平、王澍、梁同书等49人的书作；隐墨斋帖8卷，全刻孔继涑书作；金人铭帖2卷，刻六十七代衍圣公孔毓圻书作；黄涪州帖、米海岳帖、祝京兆帖各1卷，分刻黄庭坚、米芾、祝允明书作。
玉虹楼法帖规模巨大，搜罗宏富，摹刻精细，是中国著名的大型书法丛刻之一。摹古帖中所刻南宋《群玉堂帖》1卷是该帖散佚后搜求存留的重要资料，《北魏崔敬邕墓志》在原石佚失后显得弥足珍贵。