周敬王四十一年（公元前479年），孔子逝世，奉祀在家庙中，弟子们在孔子故居中陈列上孔子生前使用过的衣、冠、琴、车、书，将其改造为孔子纪念馆。周威烈王二十四年（公元前402年），孔子之孙子思去世，按照大夫三庙的制度，孔子已经不能继续奉祀在家庙中，后孙根据孔子“古者祖有功而宗有德，谓之祖宗者其庙皆不毁”（《孔子家语·庙制》）的观点，将孔子的故居改成孔子庙，所以司马迁说：“故所居堂，弟子内，后世因庙。”（《史记·孔子世家》）
汉高祖刘邦建立政权后，深知以马上得天下而不能以马上治之，他于十二年（公元前195年）自淮南还，“过鲁，以太牢祠焉”，首开帝王祭祀孔子的记录。但汉朝初年统治者崇尚黄老刑名之学，儒学并没有受到多大重视。直到汉武帝时，接受董仲舒的建议，罢黜百家，独尊儒术，儒家思想才成为国家的正统思想，孔子的地位也随之提高。元始元年（公元1年），平帝刘衎追谥孔子为褒成宣尼公。此后，孔子庙备受重视，“诸侯卿相至，常先谒然后从政”。
东汉建武五年（公元29年），光武帝刘秀路过阙里，命司空祭祀孔子，十四年（公元38年）恢复孔子后裔奉祀的爵位。其后，明帝刘庄于永平十五年（公元72年）、章帝刘炟于元和二年（公元85年）、安帝刘祜于延光三年（公元124年）先后到曲阜祭祀孔子。
皇帝尊崇孔子，地方官也注重保护孔子庙。永兴元年（公元153年），鲁相乙瑛奏请设官守庙，奏书说：“孔子作春秋，制孝经，删述五经，演易系辞，经纬天地，幽赞神明，故特立庙，褒成侯四时来祠，事已即去。庙有礼器无常人掌领，请置百石卒史一人，典主守庙，春秋飨礼，财出王家钱，给犬酒直。”①国家开始派专员管理孔庙，并拨给祭祀经费。永寿二年（公元156年），鲁相韩敕“修饰宅庙”，“造礼乐器”。②建宁元年（公元168年），鲁相史晨“礼孔子宅，拜谒神庙”，并加意保护孔庙，“补完里中道之周左墙垣”，“作屋涂色，修通大沟，西流里外，南注城池”。③
①〔汉〕《乙瑛碑》，碑在曲阜孔子庙。
②〔汉〕《礼器碑》，碑在曲阜孔子庙。
③〔汉〕《史晨碑》，碑在曲阜孔子庙。
东汉末年，天下大乱，孔庙残毁，祭祀中断。魏晋南北朝时期，政治变动频仍，玄学泛滥，佛道盛行，儒学地位相对下降，但孔子仍然受到尊崇。魏文帝曹丕即位后，赞扬孔子“屈己以存道，贬身以救世”，“俾千载之后，莫不宗其文以述作，仰其圣以成谋咨。可谓命世之大圣，亿载之师表者已”，并“令鲁郡修起旧庙，置百石吏卒以守卫之，又于其外广为屋宇以居学者”。④
④〔魏〕《孔羡碑》，碑在曲阜孔子庙。
南北朝时，保有曲阜的君主莫不修饰孔庙、祭祀孔子。西晋泰始三年（公元267年），武帝司马炎命鲁国四时备三牲祭祀孔子。东晋时，孔庙“庭宇倾顿，轨式迹驰”，太元十四年（公元389年），孝武帝司马曜命“兖州鲁郡，准旧营饰”，但因主修人员去世，“成规不遂”。南朝宋元嘉十九年（公元442年），文帝刘义隆下令于孔庙“特为营建，依旧给祠直，令四时飨祀。阙里往经寇乱，黉学残毁。并下鲁郡复修学舍，采召生徒”，但“事未克就”。孝建元年（公元454年），孝武帝刘骏下诏赞扬孔子“体天降德……经纬三极，冠冕百王”，命开建庙制，同诸侯之礼。北魏太和十九年（公元492年），孝文帝元宏亲临曲阜祭祀孔子，尊孔子为“文圣尼父”。东魏兴和三年（公元541年），兖州刺史李琁“修建容像，雕素十子”。北齐天保元年（公元550年），文宣帝高洋命“鲁郡以时修崇庙宇，务尽褒崇之至”，并遣使致祭。南朝梁太平二年（公元557年），敬帝萧方智诏赞孔子“立忠立孝，德被丞民，制礼作乐，道冠群后”，命“缮庙堂，只备祀典，四时荐秩，一皆遵旧”。北周大象二年（公元580年），静帝宇文衍诏称孔子“载弘儒业，式次彝伦”，“作范百王，垂风万叶”，追封孔子为“邹国公”。
隋代北周，建立了巩固统一的中央集权制度，大力提倡儒学，实行科举制度，儒学的正统地位得到加强。文帝杨坚于开皇元年（公元581年）尊孔子为“先师尼父”，大业七年（公元611年），曲阜县令陈叔毅重修孔子庙。
唐武德二年（公元619年），高祖李渊诏赞孔子“道济生民”，于长安国子监建孔子庙。九年（公元626年）十一月，太宗李世民即位，下诏赞颂孔子“以大圣之德，天纵多能，王道藉以裁成，人伦资其教义”。贞观二年（公元628年），尊孔子为“先圣”。贞观四年（公元630年）命全国州县学校皆建孔子庙。贞观十一年（公元637年）尊孔子为“宣父”，命兖州重修阙里孔子庙。乾封元年（公元666年），高宗李治东巡过曲阜，遣官致祭，尊孔子为“太师”，因“庙宇制度卑陋”，命兖州都督霍王李元轨大修阙里孔子庙，“接泮林之旧遣，削灵光之前殿”，扩大了孔庙的规模。开元六年（公元718年），兖州刺史韦元圭及褒圣侯孔璲之等又重修孔子庙，“树缭垣以设防”。开元十三年（公元725年），唐玄宗李隆基祭祀泰山，路过曲阜，命礼部尚书祭孔子墓。玄宗深知“弘我王化，在乎儒术”，二十七年（公元739年）又追谥孔子为“文宣王”。大历八年（公元773年），兖州刺史孟休鉴、曲阜县令裴有象新修孔子庙门。咸通十年（公元869年），孔子三十九代孙孔温裕奏请皇帝获准，出私俸重修孔子庙“命工庀事，饰旧加新”。
后周广顺二年（公元952年），太祖郭威过阙里，亲自拜祭孔子庙和孔子墓，命兖州修葺墓所祠宇。
北宋建隆元年（公元960年），太祖赵匡胤即拜谒孔子庙，撰诗赞颂孔子，下令增修孔子祠宇，三年（公元963年），命孔庙用正一品礼，立戟十六枝。太平兴国八年（公元983年），太宗“御便殿，顾谓侍臣曰：‘朕嗣位以来，咸秩无文，遍修群祀……唯鲁之夫子庙堂，未加营葺，阙孰甚焉。况像设庳而不度，堂庑陋而毁颓，触目荒凉，荆榛勿翦，阶序有妨于函丈，屋壁不可以藏书，既非大壮之规，但有岿然之势，倾圮寝久，民何以观？’上乃鼎新规，革旧制”，进行了一次“振古莫俦”、“于今为盛”①的扩修。其后，景德三年（1006年）又加以维修。
①〔宋〕吕蒙正《重修兖州文宣王庙碑》
大中祥符元年（1008年），真宗赵恒过曲阜亲拜孔子庙，祭以太牢，并御制赞诗，赞颂孔子为“人伦之表，帝道之纲”，为显示“崇儒重道”，追谥孔子为“玄圣文宣王”。大中祥符二年（1009年）颁给孔子庙桓圭，增加孔子像冕九旒，服九章，一如上公之制。大中祥符五年（1012年）改谥孔子为“至圣文宣王”。天禧五年（1021年），“命转运司支破官钱、差拨兵士工匠，修完本庙”，命选差孔氏朝官一人监督工役，遣太常博士孔道辅监修。孔道辅请得封禅行宫余材橡、樟、梗、梓等木，大修孔庙，“殿宇益加洪丽”。
嘉祐六年（1061年），仁宗将御书金字篆书“宣圣庙”额和飞白书“大成殿”榜颁给孔庙。元丰元年（1078年），因“州县惮于申请，庙久不修，榱栋倾落”，命“兖州常以省钱修茸宣圣祠庙……以省钱修，遂为定例”。元丰五年（1082年），命“转运司于丝绢钱内支钱二千贯、又赐度牒三十本给兖州”以重修孔子庙，并令孔子四十七代孙孔若升监修。绍圣三年（1096年），“敕转运司于系省钱内支钱三千贯修葺”①，命四十七代奉圣公孔若蒙监修。政和元年（1111年），敕孔子执镇圭，庙门改立二十四戟，如太庙之仪，提高了孔庙的规格，并命转运司以省钱重修，以四十八代衍圣公孔端友督工。
①〔宋〕吕蒙正《重修兖州文宣王庙碑》。
北宋末，金兵南下，因孔子说过“夷狄之有君，不如诸夏之亡也”（《论语·八佾》）而火烧曲阜孔庙，“庙宇与书籍俱为灰烬”。但一些有头脑的统治者深知要在中原地区站稳脚跟，必须借重儒家思想，显示尊儒重道。建炎二年（1128年），金将完颜宗翰得知军士所挖的是圣人孔子墓后，尽杀挖墓兵士。天会五年（1127年），金将完颜宗尧（太祖子、世宗父）驻燕京，戎马未息，首建太学，修国子监。七年（1129年）兵临曲阜，因其为孔子出生地，他命令军士不得剽夺，下城第二天，命曲阜知县“引诣圣庙”，“登杏坛，望殿火奠拜”，诣庙后，又奠拜孔子墓，将挖掘孔鲤墓、孔宗翰墓的十二名兵士执缚至庙南十余里全部杀掉。
女真贵族占据北方后，进一步认识到崇儒的重要性。金熙宗完颜亶于皇统元年（1141年）拜诣上京孔子庙，“北面再拜，顾儒臣曰：为善不可不勉。孔子虽无位，以其道可尊，使万世高仰如此”，“敕行台支拨钱一万四千余贯修盖宣圣殿”，“四年行省降钱一万四千五百贯，发南京入作司见材，修完本庙，创盖大成殿，至正隆二年，以羡钱修两庑及齐国公殿”，但此次维修规模不大，被毁建筑并没有全部修复。其后，大定十九年（1179年），衍圣公孔搃与族长孔端修率领庙丁到东蒙山采木重建郓国夫人殿，至明昌间才进行了一次大修。
金章宗幼习儒家经书，认为是“圣贤纯全之道”，即位第二年（明昌元年，1190年），对侍臣说：“昔夫子立教于洙泗之上，有天下者所当取法。乃今遗祠久不加葺，且隘陋不足以称圣师之居，其有以大作新之。”三月又下旨说：“比闻曲阜县孔圣庙兴盖多年，门庑位次厄陋损坏，委本县逐旋申部支钱修补。”降钱八万三千贯有奇，进行了一次“三分其役，因旧以完葺者才居其一，而增创者倍之”的大修，使孔庙扩展到“殿堂廊庑门亭斋厨黉舍合三百六十余楹”的规模，“位叙有次，像设有仪，表以杰阁，周以崇垣”，“制度大备于历朝”，前后历时四年，至明昌五年（1194年）竣工。
金贞祐二年（1214年）“正月二十四日，兵灾及本庙，殿堂廊庑灰烬什五”，这是孔庙有记载以来遭受的第二次兵火大难。此次兵灾，金正大四年（1227年）成书的孔元措《孔氏祖庭广记》四次提及，只说“兵灾”、“兵火”、“兵革”。正大三年（1226年）六月赵秉文的《手植桧刻像记》说“贞祐初，虏寇犯曲阜、焚孔庭桧”，均未说明是谁所焚，独《孔庭纂要》记载说：“贞祐二年北虏犯本庙，殿堂廊庑灰烬什五”，“金贞祐甲戌，北虏犯祖庙”。可见，孔庙是被蒙古骑兵焚毁的。
蒙古贵族入主中原后，即认识到尊孔的重要，诏示天下“孔子之道垂宪万世，有国家者所当崇奉”，下令修建孔子庙，遣官到曲阜代祀孔子。他们清楚地知道“孔子之教非帝王之政不能及远，帝王之政非孔子之教不能善俗。教不能远及，无损于道；政不能善俗，必危其国”。尊崇孔子的目的，正如加封孔子为“大成至圣文宣王”的诏书所说，“尚资神化，祚我皇元”，即乞求孔子的神灵保佑元朝的统治。因此，蒙古贵族不惜耗费巨资，重建被他们焚毁的孔庙。
蒙古太宗五年（1233年）六月，蒙古兵攻克金都汴京，十二月即敕修孔庙。九年（1237年）始诏衍圣公孔元措修阙里孔子庙，“官给其费”，所修建筑不详，其费用是“是岁历日银，诸路以其半，益都、东平以其全”。定宗三年（1248年），“东平行台严中济奏以本路历日钱修圣庙，又得美材于盗伐树木者……修起郓国夫人殿，暂寓先圣颜孟及十哲像”。
至元四年（1267年），衍圣公孔治以修庙余钞五锭和本路至元四年历日钱内支给钞二十锭维修，“奎文、杏坛、斋厅、黉舍即其旧而新之，礼殿则未遑也”，仍未能修起孔庙正殿。
元代初年，屡加重修，但除郓国夫人殿一役，均是“即旧而新之”的维修，所以元十九年（1282年）的《修阙里庙垣记》说：“阙里庙制，周三里而弱，崇垣四护，皆圩以粉涂，庇以瓦木，与夫殿阁门廊等余五百架……荐经丧乱，表里凋敝……主祀财单力薄，扶倾缀朽，联缺续垩，所成者不偿其坏。朝廷频年议加修复……以军国庶务方殷而事未及措也。”
大德元年（1297年）十一月，济宁路达鲁花赤按檀不花奏书朝廷，愿自修葺，一切所资，首先出备，如有不敷，劝率好事者津助。申准许令修盖，遂自输钱币万缗维修孔庙。储材选匠之间，御史台以孔庙维修不可使臣下独专其美而上奏皇帝致使其停工，至大德四年（1300年）正月十三日，工部以“本路已有收到钞两木植砖瓦等物，恐日久消费”上奏，请照已拟间座起盖，所用工物先尽现在，余有不敷，官为给降钱物。八月初一依议复工，十二月初七又接到“不急之役停罢”的诏书，工程再次停止。五年（1301年）五月二十日，才以“奉诏书时圣庙工役已及八分，若今住罢，经值霖雨，损坏失落”的理由获准再次动工，好事者闻风争施，至六年九月十二日才完工。这次维修是元代最大规模的工程，“市木于河，辇石于山，抡材于野，杗栋栌桷楹础之属悉俱”，“大小以楹计者百二十有六，俱各完成，约费十万金有奇”，按檀不花终于以“国无费财，民不知劳，卒成一代之盛事”。其后天历二年，（1329年），因“圣庙岁久渐坏，敕济宁路出官钱五万二千余缗为修葺之资……焕然一复旧观”。至顺二年（1331年），衍圣公孔思晦奏请依前代故事，周起围墙，四隅建角楼，仿王宫之制，文宗赐给“山东盐转运司岁课及江西浙江两省学田岁人中统楮币三十一万四千四百缗”交济宁路督修。元统二年（1334年）鸠工，至元二年（1336年）工竣，“宫室之壮以宁神栖，楼阁之崇以虔宝训，周垣缭庑，重门层观，丹碧黝垩，制侔王居”。至元五年（1339年）又以台储中统楮币二万五千缗立碑建亭，以纪其事。
明王朝建立后，朱元璋意图“行先师之教，淑海内，洽人心”，所以“武功未戢，已事俎豆”。洪武元年（1368年）二月，诏以太牢祭孔子，遣使到曲阜祭祀，召孔子嫡长孙衍圣公晋见，要他“领袖世儒，益展圣道之用于当世”，并赐祭田二千大顷。洪武七年衍圣公报请修庙，皇帝批复：“明年时和年丰，与他修造。”洪武八年、九年均大水，十年大熟，山东布政使司“委兖州判袁良督所属州邑鸠工蒇事，辇石抡材，杗栋栌桷、瓦甓锻冶髹漆之属毕备，逾三月而后成”。这次维修，重建正殿左右回廊十八间、三氏学生员房舍二十二间，“合七十余楹”。衍圣公又劝本族“有禄者鸠金补塑圣贤像”。洪武二十年（1388年），皇帝又命工部派行人张敏带领千名工匠进行维修。
明成祖朱棣赞扬孔子“参天地，赞化育，明王道，正彝伦，使君君臣臣、父父子子、夫夫妇妇各得以尽其分”，并将汉唐有为之君使天下大治的原因归为能表彰孔子思想。于永乐十年（1412年）又对孔庙进行了一次“撤其旧而新之”的维修，至永乐十五年（1417年）五月告竣，修廊庑楼阁共二百七十余楹，增建了棂星门、德侔天地、道冠古今二牌楼，大门三洞（今圣时门）、石桥三座（今壁水桥）。其后宣德九年（1434年），工部侍郎周忱、苏州知府况钟捐金重建金丝堂，天顺四年（1460年），衍圣公重建启圣王寝殿。
明宪宗朱见深认为“孔子之道之在天下，如布帛粟菽，民生日用不可暂缺”，“生民之休戚系焉、国家之治乱关焉”，“有天下者……孰不赖孔子之道以为治”，“有天下者诚不可一日无孔子之道”。①他即位之日，即亲自到太学祭祀孔子，不久又命山东巡抚重修阙里孔子庙，于天顺八年（1464年）九月动工，成化元年（1465年）十一月落成，历时一年零两个月。这次维修“去故易新”，修后“规模视旧有加”。成化三年（1467年）四月，又命建碑以纪成功，成化四年（1468年）六月，落成。
①明宪宗《御制重修孔子庙碑》。
成化十九年（1483年），衍圣公孔弘泰以“阙里乃天下文教之本源也，使庙貌不极其壮丽，将何以耸四方之观瞻，起后学之尊仰”为由，封章奏请重修孔庙。宪宗“命有司作新，凡殿堂廊庑门亭斋厨黉宫等三百五十八楹，规模一新，其间有不可易者仍旧”。此次维修至成化二十三年（1487年）六月告成，“耗公帑货财十余万金”，“梁楝榱桷，圆中规而方中矩，平中准而直中绳，柱石缕以龙凤之形，轮奂绘以金碧之色，圣贤之像以新，章服之制以正”②，位于“正殿者皆盘石斫木为龛，位于两庑者亦皆如制，迄周垣层路皆甃以砖石”，这是明初以来对孔庙规模最大、质量最高的维修。
②〔明〕王珙《落成纪功碑》。
弘治十二年（1499年）六月十六日夜，孔庙遭受一次雷火，焚烧了大成殿、寝殿、两庑、家庙、启圣殿等房一百二十三间，孔庙主要建筑几乎全部被毁，十三碑亭以北仅有启圣门、燕申门、启圣寝殿、杏坛等几座小建筑幸免。七月底皇帝派山东巡抚何鉴会同钦差太常寺少卿李杰等相度庙工，拟定孔庙殿宇廊庑等项房屋间座规模，动用“荆州、芜湖、杭州各抽分厂木植，江西、九江、苏州、浒墅并临清钞关船料钱钞及山东起运夏税折钞、户口、食盐并各司府在库无碍钱粮”，工程“限三年完备”。始工于弘治十三年1500年）二月，落成于弘治十七年（1504年）正月，耗银十五万二千六百余两。“木则市之楚蜀诸境，石则取之邹泗诸山，瓴甓铅铁则官为之陶冶，丹垩髹彩则集之于商，斫削搏埴雕琢绘饰之工则征之京畿及藩府之良者。”①这次大修重建了被焚建筑，维修了幸存建筑，还扩建了奎文阁、大中门、二门（今弘道门）、大门（今圣时门）等，增建了仰高门、快 门，奠定了现存孔庙的规模。
①〔明〕李东阳《重修阙里庙图序》。
弘治一役后，明代再无大修，隆庆三年（1569年），山东巡抚姜廷 、河道巡抚翁大立等“捐岳祠之香税与有司之赎锾，得一千六百金”维修孔庙，“诸殿寝门庑堂阁斋亭，烂然改观”，扩建了杏坛，扩大了庙前空地。万历六年（1578年），山东巡抚赵贤等捐香税赎锾又加小修。万历二十年（1592年），山东巡抚郑汝璧、巡按连标修孔子林庙等集两台赎锾、岳祠香税、管库存银各一千两，以十分之三修理孔庙，“乃新殿阁，乃饰廊庑”，并在庙门前立重城皋门，以象朝阙。二十九年（1601年），山东巡抚黄克缵捐银二千两维修。三十六年（1608年），济宁兵巡副使捐俸三百金修理西庑。
满族统治者深知孔子思想在汉族士大夫心目中的地位，早在崇德元年（1636年）即于盛京建孔子庙，春秋二仲月上丁致祭。清兵入关后，以“崇圣学”为要策。顺治元年（1644年），山东巡抚方大猷奏报皇帝：“先圣孔子为万世道统之宗”，认为尊崇孔子“可卜国脉灵长，人文蔚起”，“本朝开国之初，一代纲常培植于此”。清廷采取了方大猷的建议，全盘承认了孔子长孙在明代的一切特权，并于顺治二年（1645年）追封孔子为“大成至圣文宣先师”，十四年（1657年）改称“至圣先师”。
清初，连年征战，清廷无暇顾及孔庙的维修，只有地方官们进行零星修补。顺治十二年（1655年），山东巡盐御史王秉乾捐银二千两并劝募属员捐助，重修奎文阁，十三年（1656年）兖镇参戎华承恩、十四年（1657年）山东提学道施闰章等都曾捐赀维修，康熙二年（1663年），东兖道参议张弘俊倡募重修奎文阁、大中门、角楼、宋元碑亭等，十六年（1675年），衍圣公孔毓圻以祭田赢余维修诗礼堂、金丝堂以及大成门、棂星门等十几座门坊。
曲阜孔子庙门坊
康熙二十三年（1682年），皇帝到曲阜孔庙祭祀孔子，亲行三跪九叩大礼，题匾赞颂孔子为“万世师表”。二十八年（1687年）六月，衍圣公疏请修庙，工部以“事务繁多”为由拟暂行停止，但康熙帝认为：“阙里圣庙崇奉先师，万代瞻仰，今既日渐毁敝，理宜修茸，着差工部、内务府官员前往确估，到日再议。”估后，即“发帑银八万六千零十八两零八分”维修，这是清王朝第一次维修孔庙，皇帝非常重视，命内务府郎中皂保、工部郎中阿尔稗监修，工匠由京中带到，琉璃瓦料在京烧办。工始于康熙三十年（1689年）四月，竣于三十一年（1690年）八月，“修理圣庙大成殿各殿共五十四间，大成门各门共六十一间，两庑八十八间，共二百零三间，棂星门一座，牌坊二座，龛案一座，拆去梁檩瓴甓敝坏者，添料修盖”。维修实用银七万一千多两，其中工食银一万五千八百多两，办买木料银四千五百多两，京中烧办琉璃瓦料银三万八千八百多两。从开支看，这次只是大面积维修，没有大修项目。工程结束后，衍圣公请求御制碑文纪成，捐赀自行立碑建亭。康熙帝在碑文中赞扬孔子“为往圣继绝学，为万世正人心”，要求“凡我臣民，瞻仰宫墙……益思敦德崇义，砥砺伦常，以不负朕尊师重道之意”①。
①清圣祖《重修阙里孔子庙碑》。
雍正二年（1724年）六月九日“申时，疾风骤雨，雷电交作，有火从先师大成殿脊螭吻间出，栋宇高峻，火势猛烈，不能扑灭。……沿烧寝殿、大成门、圣祖仁皇帝御碑东西二亭、启圣王旧殿、金丝堂等处，到丑时方熄”，这次火灾烧毁大成殿等一百三十三间。灾报到京，雍正皇帝引咎自责，素服斋居，撤乐减膳，斋戒二日，不设卤簿，素服前往国子监孔庙致祭，派礼部侍郎来曲阜慰祭，命署工部侍郎马腊会同山东巡抚陈世倌相度修庙。雍正三年（1725年）八月十二日兴工，八年（1730年）九月十六日竣工，除重建被焚建筑外，还维修所有幸存建筑，添建乐器库、雍正修庙、皇子祭庙碑亭，并将正殿正门改为黄色琉璃瓦，两庑改为黄瓦剪边。对这次维修，雍正帝十分重视，“特发帑金，命大臣等督工监修，凡殿庑制度规模以至祭器仪物皆令绘图呈览，朕亲为指授，遴选良工，庀材兴造”。先后命山东巡抚陈世倌、塞楞额董工，但因“陈世倌委用不得其人于前，而塞楞额又复因循怠忽于后，以致工程迟缓”，六年命署山东巡抚岳浚董工，七年又命通政使留保从北京到曲阜督修，并将原任山东巡抚陈世倌调回曲阜，督率从前因承修迟误而被解职的知府、知州、知县办理庙工。由于雍正帝的重视，孔庙确如他要求的那样，“巍焕崇闳，坚致壮丽，纤悉完备，灿然一新”，共用帑银十五万七千多两。
乾隆十三年（1748年），皇帝到曲阜祭祀孔子，亲行三跪九叩大礼，以后又七次到曲阜祭祀。乾隆十九年（1752年），衍圣公孔昭焕将棂星门改为石质，二十三年（1756年）、三十五年（1768年）为迎接皇帝祭祀孔子，又对孔庙加维修。嘉庆六年（1801年），滋阳县令孙良炳捐银五百八十九两五钱重修大成殿。十一年（1806年），富户刘克昌捐银三千二百两重修圣迹殿。
嘉庆后期，对孔庙进行了一次全面的维修。嘉庆十三年（1808年），监察御史孔昭虔奏请维修颜庙，皇帝想到孔庙“自雍正年间估修以后，迄今历有岁时，恐垣墉栋宇间有渗圮之处，亦宜速为缮治以肃观瞻。着山东巡抚吉即亲往敬谨阅勘，一并核实确估奏明，动帑兴修，用副朕崇儒重道之意”，山东巡抚提交了十五万九千三百多两的维修预算。工程于二十一年（1816年）八月开工，二十四年（1819年）三月竣工，将孔庙建筑维修一新。
同治三年（1864年），清兵攻克太平天国首都南京，告功孔子庙，九月诏修曲阜孔庙。八年（1869年），曾国藩、李鸿章镇压捻军后，即到曲阜祭祀孔子，要“戢干戈，修文事”，奏请修庙，同治帝命两江、湖北、山东各筹银二万两共计六万两维修孔庙，八月动土，十一年（1872年）春竣工。同年八月，又以前山东巡抚等人的捐银四千五百两和运库庙工生息银两等款续修，共维修了除弘道门以南的全部建筑及墙垣，并重建鼓楼。
光绪二十三年（1897年），山东巡抚李鉴堂拨善后局、临德关节款各五千两，动用济宁州旧存木料一千五百余根，维修大中门以前各门坊，李调任四川总督后，继任巡抚张汝梅续拨银四千两及出售济宁余木银一千四百两续修，至次年七月告竣。二十四年（1898年）六月，山东抚院又筹银五千两维修大成殿后檐及庙后围墙。
光绪三十二年（1906年）十一月十五日，西太后赞颂孔子“德配天地，万世师表”，将孔庙祭祀规格由中祀升为大祀，拟将孔庙全部改为黄瓦，考虑到“物力维艰，良材难得，若从新改造，工程巩固恐不及前，不如择要修理，以示尊崇”①，山东抚院拨支库平纹银五万两，维修了清代九座碑亭，更换了毓粹门、观德门、德侔天地坊、道冠古今坊的檐椽等木构件并改换黄瓦。工程至宣统二年（1910年）告竣，实用银五万四千余两。
①《孔府档案》5011卷。
民国年间，孔庙从未大修。1915年曲阜县知事魏正鸿用洋九百元修葺寝殿并浚孔林洙水河，1925年以省款及捐款三万八千元修寝殿，因款不足，1926年增拨三万四千七百元，1927年又拨二万六千九百元维修明代二碑亭、同文门。1930年，蒋冯阎大战，蒋军固守曲阜，阎军围攻，交战十日，孔庙大成殿、寝殿、西庑、奎文阁、碑亭、启圣门、观德门、大中门等都遭受不同程度的损毁。1935年，梁思成曾奉命到曲阜勘察孔庙，编制了七十九万七千元的修葺计划，但并未能付诸实行。
中华人民共和国成立以后，国家十分重视对孔庙的维修工作。1950年拨粮、1951年拨款一亿元（旧币）进行维修，1952年拨款两亿元（旧币）整修大成殿，1954年揭瓦阙里坊，1956年揭瓦整修东西两庑并角楼，1957年拨款三万元整修大成殿，同年，山东省人民委员会公布孔庙为山东省重点文物保护单位。
1959年，曲阜对外开放，国家拨款对孔庙进行了全面维修，揭瓦圣迹殿、诗礼堂等，并彩画了部分建筑。1961年，国务院公布孔庙为第一批全国重点文物保护单位，拨款九万多元为大成殿、奎文阁等高大建筑安装了避雷设备。1963年、1964年又相继揭瓦维修了寝殿、崇圣祠等建筑。
“文化大革命”中，曲阜孔庙遭受了严重破坏。周恩来总理依然非常关心孔庙的保护工作，1970年派人到曲阜察看孔庙的破坏情况，随后国家拨款十二万九千元维修大成殿，以后又连年拨款三十多万元维修了杏坛、金元碑亭、启圣王殿、启圣王寝殿等建筑。
“文化大革命”以后，特别是党的十一届三中全会以来，国家更加重视对孔庙的保护工作，每年拨款几十万元用以维修古建筑，1985年国务院又批准拨给一千三百多万元的专款用来全面整修曲阜文物古迹。先后落架大修了奎文阁，揭瓦了大成殿、寝殿、两庑、崇圣祠等二百余间，耗资四百多万元。
