孔子一生的绝大部分时间是在故乡曲阜度过的，留下的遗迹最多，后世制作的纪念标志也最多。
夫子洞 又名孔渎、孔窦、坤灵洞，相传为孔子出生处，位于曲阜城东南30公里的尼山东麓。孔子父亲叔梁纥为鲁国陬邑大夫，娶颜氏女征在为妻，颜征在母家在尼山东南的今颜母庄。一说颜征在回家的途中临产，急切中将孔子产于此洞中；一说孔子生来丑陋，其母将其遗弃，天气炎热，凤凰用翅膀为他扇凉，后被老虎衔来此洞喂养。东汉《史晨碑》（公元169年立）记载说，“史君念孔渎、颜母井去市道远，百姓酤买不能得香酒美肉，于昌平亭下立会市”，“又敕渎井”，“于渎上东行道表南北各种一行梓”。渎即窦，是夫子洞最早的记载。晋干宝《搜神记》说：“征在生孔子空桑之地，今名为孔窦，在鲁南山之穴，外有双石，如桓楹起立，高数丈，鲁人弦歌祭祀。穴中无水，每当祭时，洒扫以告，辄有清泉自石间出，足以用事。既已，泉亦止，其验至今存焉。”坤灵洞之名始见于金正大四年（1227年）成书的孔元措《孔氏族庭广记》图中，杨奂《东游记》（1252年成书）记载说：由观川“亭之东西旋而下得坤灵洞，石角溅溅不可人。族长云：庙户管用、吉成尝持火曳绠而人，比至数丈，忽隙间有光，睹一室，口广两楹许，中横石床、石枕，皆天成也，而不可动。”刻有洞名，为金代进士刘晔所刻。元至元三十一年（1294年），司居敬刻孔子像置于洞中，后为战争所损，子孙奉之埋葬于山巅。修建尼山水库以后，夫子洞被水淤塞，1978年清淤重修，1983年李予昂题刻“夫子洞碑”。
尼山夫子洞
昌平乡 古地名，孔子幼年故里。《史记·孔子世家》记载“孔子生鲁昌平乡陬邑”，乡因山得名。唐张守节《史记正义》记载：“《括地志》云：昌平山在泗水县南六十里。孔子生昌平乡，盖乡去山为名。”后人认为昌平乡即今位于昌平山之北的鲁源村，1924年康有为题刻“古昌平乡”石碑立于村内，“文化大革命”中石碑被砌入井口，1987年移入尼山书院，将复制碑立于鲁源村西。该村位于昌平山之东北。
颜母井 位于尼山东南的颜母山前，又名扳倒井。相传颜征在生孔子后口渴思饮，无法取水，以手扳井，井随手而斜。颜母井始见于东汉建宁二年（公元169年），所立《史晨碑》，鲁相史晨“念孔渎、颜母井去市道远，百姓酤买不能得美酒香肉，于昌平亭下立会市”，并置颜母井舍守吏。明清时，每逢春秋，派族人祭井，井至今犹存。
阙里 《汉书·梅福传》载“今仲尼之庙不出阙里”，至东汉始盛称孔子故里为阙里。关于阙里名称的由来，郦道元《水经注》说：“孔庙东南五百步有两石阙，故名阙里，盖阙里即阙下之里也。”至于阙里的位置，伍缉之《从征记》作“阙里背洙面泗”，《括地志》作“兖州曲阜县城西南三里有阙里，中有孔子宅，宅中有庙”，《与地志》作“邹城西界阙里有尼丘山”，唐张守节《史记正义》折中作“夫子生在邹，长徙曲阜，仍号阙里”。其实，阙里是汉代孔子故居附近的地名。汉代时，孔子故里位于鲁国都城之内，西汉鲁恭王建造灵光殿，位置在孔子故居之东，殿前有阙，因以阙里为地名。后人以阙里为孔子故宅的代名，明代在孔庙东侧街上建造阙里坊以标其处。
五父衢 《礼记·檀弓上》记载说：“孔子少孤，不知其墓，殡于五父之衢。”孔子母亲死后，因不知父亲的葬所，将母亲灵柩暂存于五父之衢，“问于陬曼父之母，然后得合葬于防”。五父衢为鲁国都城内地名，鲁定公六年（公元前504年），阳虎“盟公及三桓于周社，盟国人于亳社，诅于五父之衢”。《后汉书·郡国志》说“鲁国……有五父衢”，《魏书·地形志》说“鲁县……有……五父衢”。关于五父衢的位置，唐《括地志》说“五父衢在兖州曲阜县西南二里，鲁城内衢道也”；宋孔传《东家杂记》认为在“庙东南五里”，金孔元措《孔氏祖庭广记》、明《阙里志》均采用此说；宋《太平寰宇记》说“在县东南三里”，清孔尚任《阙里志》说“在曲阜县东南五里”，应该在鲁城的东南部。
孔宅故井 在孔子庙内，相传是孔子当年的吃水井。此说法始见于清孔尚任《阙里志》：“孔宅故井，井在诗礼堂后，先圣之所饮饲也。明兖州知府童旭作石栏护之。”孔继汾《阙里文献考》径称之为孔子故井。井深丈余，有“孔宅故井”石碑，周围石栏，东南二栏柱叩之铿然，若金石之声，是明代正德间用响石刻成的。
孔子故宅门 位于阙里街北端，孔庙毓粹门东略北，东为孔府西墙，西为孔庙东墙。门始见于宋代庙图中，时名庙宅，三间，金代亦然，是依庙而居的孔子的后代出入的门道。明代敕建衍圣公府后，子孙移居庙外，门无实际用途，后人指为孔子故宅门，“旧宅门犹存，毓粹门外红门是也”（清孔尚任《阙里志》）。现存门为一间，单檐悬山顶，灰瓦、木架、无斗栱。门柱肥短，微有卷杀，额枋出头，卷瓣圆和，可能建于明初。门内为南北狭长的一小天井，北部经礼器库可进入孔庙东路，天井尽头为清乾隆皇帝撰写的“故宅门赞”碑及亭。
诗礼堂 位于孔庙东路，相传即孔子故居。据《论语·季氏》记载，孔子曾经两次将经过堂前的儿子孔鲤叫住，分别问他学习《诗》、《礼》没有，教育他“不学《诗》，无以言”，“不学《礼》，无以立”。学诗学礼被孔子族孙当做祖训，元代时即有诗礼堂之名，孔子五十三代孙、衍圣公孔治“作堂私第，名以诗礼，示不忘过庭之教”。当时孔子后代依庙居住，位置在孔庙内，明弘治十七年（1504年）大修孔子庙时始建今存诗礼堂。
鲁壁 在孔子庙诗礼堂后，故井以西。秦始皇焚书时，孔子九代孙孔鲋将《论语》、《尚书》、《礼记》、《春秋》、《孝经》等儒家经书藏于孔子故宅墙壁中，然后南下参加陈胜农民起义军，死于南方。汉武帝时鲁恭王扩建宫室，拆除孔子故宅时才发现这批经书，因竹简用先秦文字书写，故称“古文经”，后世也称“孔壁古文”、“壁经”，由此开创古文经学派。明代为纪念孔鲋保藏儒家经书的功绩而刻制了鲁壁碑。
曲阜孔子庙鲁壁与故井
燕申堂 《论语·述而》说：“子之燕居，申申如也，夭夭如也。”孔子在家闲居，整齐规矩而和乐舒展。孔子旧居之堂早已不存，后人为纪念孔子，金代始以“燕申”命名孔庙东路前门，清孔尚任《阙里志》载明洪武十年孔庙制度中也有“燕申堂”之名，位于孔庙东路述圣殿之后，约始建于元末，明弘治修庙后已无此建筑，燕申门也于清雍正七年（1729年）改名为承圣门。
叔梁纥墓 位于曲阜城东八公里的梁公林中部，是孔子父母的合葬墓。叔梁纥（？—约公元前548年），名纥，字叔梁，曾治鄹（一作“聊”、“陬”）邑，也称聊人纥、鄹叔纥，以力大善战著称。鲁襄公十年（公元前563年），跟随诸侯的部队攻进偪阳城（在今山东枣庄南），城门突然坠下，他力举城门，救出入城部队。十七年，齐国包围鲁国防邑，鲁国援军不敢进军，叔梁纥与臧畴、臧甲率领军队护送主将臧纥后返回防邑坚守，终使齐军无计退兵。死后葬于防山之阴。叔梁纥死时孔子年幼，颜征在又没有告诉其葬处，所以母亲去世后，孔子只得将母亲灵柩暂时停放在五父之衢，访问邻人陬曼父之母后才将父母合葬在一起。孔子认为古人墓而不坟，“今丘也东西南北之人，不可以弗识，于是封之，崇四尺”，修墓后，孔子先返，大雨毁墓，孔子听说后，“泫然流涕曰：‘吾闻之，古不修墓。’”（《礼记·檀弓上》）蒙古乃马真后三年（1244年），五十一代衍圣公孔元措始刻立墓碑，益津高 题写“圣考齐国公墓”。元至元二年（1336年），济宁路总管张仲仁为立“大元追赠圣考启圣王墓”碑，并刻立石仪。现元碑已佚，蒙古碑仍立于墓前。
鲁亲里 地名，汉代时孔子母亲颜氏家族居住处。东汉永寿二年（公元156年），鲁相韩敕曾优免颜氏家族的徭役，“颜氏圣舅家居鲁亲里，并官圣妃在安乐里，圣族之亲，礼所宜异，复颜氏、并官氏邑申繇发”（汉《韩敕碑》）。
安乐里 地名，孔子夫人并官氏家族居处，东汉永寿二年（公元156年）鲁相韩敕曾免居住此处的并官氏家族徭役。
问礼堂 位于城东周公庙内。孔子曾入太庙问礼，“子入太庙，每事问。或曰：‘孰谓鄹人之子知礼乎？入太庙，每事问。’子闻之，曰：‘是礼也！”’（《论语·八佾》）为纪念孔子每事问，后人于太庙旧址周公庙内建问礼堂。堂始建年代不详，清初已见记载，今已圮，旧址仍存，有清乾隆皇帝《问礼堂赞》碑。
鲁太庙 太庙是天子的祖庙，鲁国为公国，本不应称太庙，因周公制礼作乐，有功于周，为褒奖周公，成王命鲁国郊祭文王，鲁有天子礼乐，鲁国祖庙也被称为太庙。孔子曾多次到太庙活动。鲁国灭亡后，太庙也被毁，旧址在今周公庙处。
舞雩台 又名舞雩坛，本是鲁国雩祭的地方。古代雩祭有两种。一是常雩，每年孟夏，苍龙昏见东方，以是月祭五方上帝；一是非常雩，每当天旱不雨则举行，“君亲之南郊……使童男女各八人舞而呼雩，故谓之雩”（《公羊传·桓公五年注》），舞而呼雩，后人就称为舞雩台。孔子设教时经常在此活动，樊迟曾问崇德、修慝、辨惑，曾点也以“暮春者，春服既成，冠者五六人，童子六七人，浴乎沂，风乎舞雩，咏而归”作为自己的志向，并得到孔子的赞同。舞雩台现存曲阜城南的沂水北岸，考古钻探证实，是一座夯土台。上层夯土深褐色，厚约0.6米，三个夯层，夯窝圆形圜底，直径8—9厘米，夯土中包含布纹瓦和陶片，时代当属西汉。中层夯土灰褐色，土质坚硬而纯净，厚4.1米左右，夯层厚11—15厘米，夯窝圆形底，直径6—7厘米，从夯具看，当属战国时期。下层夯土为黄黑色花土，黏性大，夯窝圆形圜底，直径3—4厘米，厚约1.5米，时代当在春秋以前。现台东西120米，南北115米，高约7米，与北魏郦道元《水经注》“坛高三丈”（后魏中尺约28厘米）差不多。宋《寰宇记》记载说：“雩坛当县南六里，临沂水，有坛 、树木。”明嘉靖四十五年（1566年），署曲阜知县陈又新立“舞雩坛”石碑，万历十年（1582年），吴同春刻“凤翔千仞”石碑，原还有“圣贤乐趣”石碑，三碑现在均已不存。
两观台 相传孔子诛少正卯处。《史记·孔子世家》记载：“定公十四年，孔子年五十六，由大司寇行摄相事……诛鲁大夫乱政者少正卯。”据《孔子家语》载：“戮之于两观之下。”两观，本是鲁国的阙名。《春秋·定公二年》载：“冬十月，新作雉门及两观。”雉门为鲁国公宫的南门。唐李吉甫《元和郡县志》记载两观台“在县东南五十步”，宋《太平寰宇记》说“台各高二丈”，宋孔传《东家杂记》载：“庙东南二里，鲁城高门之外，曰两观，周回各四十步，高一丈一尺，东西相去一百步。”以后屡见于曲阜方志。旧址在鲁国故城南墙外，台已不存，近年重刻“两观台”石碑，并辟为公园。
先师手植桧 位于孔庙大成门后，石陛东侧，为孔子亲手所植。唐代封演《闻见记》记载：“曲阜县文宣王庙内并殿西南各有柏叶松身之树，各高五丈，枯朽已久，相传夫子手植，永嘉三年其树枯死。”南宋孔传《东家杂记》记载：“先圣手植桧三株，两株双立御赞殿前，各高六丈余，围一丈四尺，其一在杏坛之东南，高五丈余，围一丈三尺。晋永嘉三年（公元309年）枯死，至隋义宁元年（公元617年）复生，唐乾封二年（公元667年）又枯，至本朝康定年（1040—1041年）一枝复生。”（公元纪年均为摘者加注）金贞佑二年（1214年）孔庙毁于火，三桧无复孑遗。元至元三十一年（1294年），三氏学教授张须将东庑废墟新生桧苗移栽于今处，明弘治十二年（1499年）被雷火烧死，清雍正二年（1724年）枯树再次被烧，现仅存树桩。桩旁挺拔高耸的桧树叫再生桧，是雍正十年（1732年）复生的新苗。再生桧粗可合抱，高达十五六米，周有石栏围护。东有石碑，阴刻“先师手植桧”，明万历二十八年（1600年）杨光训书，旧有宋米芾撰书“孔子手植桧”诗碑，诗行草，运笔潇洒俊逸，结构散朗妍妙，体势俊迈，筋骨刚毅，神气飞扬，碑经火焚烧，几经迁移，现存庙后西仓汉魏碑刻陈列馆。
曲阜孔子庙的先师手植桧
季桓子井 《史记·孔子世家》记载：“季桓子穿井得土缶，中若羊，问仲尼云‘得狗’。仲尼曰：‘以丘所闻，羊也。丘闻之：木石之怪夔、罔阗，水之怪龙、罔象，土之怪坟羊。’”宋孔传《东家杂记》记载，此井位于孔庙之东，金孔元措《祖庭广记》记载其在“庙东三里”，清孔尚任《阙里志》记为在周公庙直北。诸书均记载井围五丈三尺，深八十尺，以石为之，孔尚任并记为“石皆如磬”。
问礼故址 位于曲阜城南的林放墓东，相传即林放问礼的地方。《论语·八佾》记载：“林放问礼之本。子曰：‘大哉问！礼，与其奢也，宁俭。丧，与其易也，宁戚。’”清乾隆四十九年（1784年），曲阜儒学教谕王得厚在林家村林家林内刻立“问礼故址”碑，碑在“文化大革命”中移入孔庙，现在原址刻立了复制碑。
高门 孔子由大司寇摄行相事，鲁国大治，齐人为扰乱鲁国，挑选美女八十人、文马三十驷送给鲁君，陈列在鲁国城南高门外，季桓子接受后不理政事，祭祀后又不按照礼制分送膰肉，致使孔子辞官周游列国。晋杜预认为高门即鲁城南门，宋孔传认为在两观台之北，近年考古发现曲阜市五金交电公司以南有城门遗址，门外有夯土台基，向北正对鲁国宫殿遗址，即是鲁城南门高门遗址。
砚台井 在洙泗书院之西。周敬王三十六年（公元前484年），孔子结束周游回到鲁国，鲁终不能用孔子，孔子亦不求仕，专心整理古代文献和从事教育。删《诗》、《书》，定《礼》、《乐》，修《春秋》，系《易》，砚台井即为此时所用。三国时，“诸弟子房舍、井瓮犹存”。蒙古宪宗二年（1252年），杨奂《东游记》记载说：“砚台井在其西，惜去秋为水漫没矣。”此后未见记载。
矍相圃 位于今曲阜孔庙西侧，是孔子师徒射箭的地方。《礼记·射义》记载：“孔子射于矍相之圃，盖观者如堵墙。射至于司马，使子路执弓矢出延射。曰：‘贲军之将，亡国之大夫，与为人后者，不入。其余皆入。’盖去者半，入者半。”晋《太康志》记载“矍相圃在鲁城内县西南，近孔子宅是也”，宋孔传《东家杂记》记载“庙西南一百二十步，有圃曰矍相，回二里，高一丈”。金泰和四年（1204年），五十一代衍圣公孔元措曾重修。明代曾建殿堂，弘治十六年（1503年），六十二代衍圣公孔阗韶曾立“古矍相圃”石碑。
观川亭 位于尼山孔子庙门前，东依沂水，下临悬崖，相传孔子在此观川，感叹时光奔驶不返，“子在川上曰：‘逝者如斯夫，不舍昼夜。’”（《论语·子罕》）金代建亭以作纪念，今亭为清代重建。方形，每面一间，各阔6.15米，木架无斗栱，单檐灰瓦歇山顶。
尼山书院观川亭
息鄹 村名，位于曲阜城东南八公里处。据《史记·孔子世家》记载：孔子周游列国，在卫国得不到重用，打算渡过黄河去见赵简子，至黄河边，听说赵简子杀死了晋国贤大夫窦鸣犊、舜华，不再渡河，“乃还息乎陬乡，作为‘陬操’以哀之”。唐司马贞《史记索隐》说：“此陬乡非鲁之陬邑。《家语》之作‘盘操’也。”清孔尚任《阙里志》却认为在鲁国，“鄹邑，鲁之附庸，叔梁纥尝为其邑大夫，先圣从之以居，昌平尼山在邑东，是其别业也。及壮，筮仕于鲁，乃有阙里之宅。晚年退息于鄹，作‘息鄹操’，今尚有息鄹村”，太嫌牵强。“鄹操”，琴曲名，相传为孔子所作。陬，又作鄹、郰。
春秋台 相传孔子作《春秋》处，在曲阜城东南的息鄹村北。此说始于南朝《述异记》，宋时立祠设像奉祀，后称春秋书院，清乾隆三十六年辛卯（1771年）刻立“孔子作春秋处”石碑。
讲堂 相传为孔子讲学处。宋孔传《东家杂记》说：“孔子自卫返鲁，于此删诗、序书、定礼乐、系周易”，“鲁记所载孔子讲堂者是也。昔汉光武东巡过鲁，坐孔子讲堂，顾指子路室谓左右曰：‘此吾太仆之室也。’”至三国时，“诸弟子房舍井瓮犹存”（《皇览》）。宋代时“学已废，遗址存焉”，金代时有门堂等建筑，元代时因旧址建洙泗书院。
曲阜孔林孔子墓
孔子墓 位于孔林中部偏南。《史记》记载“孔子葬鲁城北泗上”，“弟子及鲁人往从冢而家者百有余室”，“鲁世世相传以岁时奉祠孔子冢，而诸儒讲礼、乡饮、大射于孔子冢。孔子冢大一顷”。墓前有祠坛，本为弟子们以砖砌成，“方六尺，与地平”。东汉永寿二年（公元156年），鲁相韩敕改为石，石方三尺，纵横各七，并于墓前建神门一间，东南建斋厅三间。唐代时将祠坛改为泰山封禅石，北宋宣和元年（1119年），经朝廷同意刻制石仪，五年立于墓前。建炎二年（1128年），金兵南下，曾挖掘孔子墓，被金将完颜宗翰制止。蒙古乃马真后三年（1244年），孔子五十一代孙、袭封衍圣公孔元措始立墓碑，题“宣圣墓”三字，益津高 篆书。《曲阜县志》、《阙里文献考》诸书作北宋宣和间刻立，误，那时孔元措尚未出生。明正统八年（1443年），五十九代衍圣公孔彦缙新立“大成至圣文宣王墓”碑。
