孔子思想在东南亚（越南除外）的传播主要是依靠华人进行的，影响的范围也主要在华人中间。虽然早期外出谋生的华人大多出身贫困，文化水平不高，但他们自幼即接受儒家思想的熏陶，移居国外后仍保持着中华民族的传统美德，尊师重教，稍有积蓄或聘师家教，或集资兴学设教，为在域外弘扬民族传统文化作出重要贡献。
新加坡 新加坡是华人聚集的国家，早在1860年就有五万多人在此生息，现在华人已有二百多万，占全国人口的70%多。移居的华人同时带来了孔子思想，使新加坡成为后起的孔子思想影响最深的国家之一。
华人一向重视传统文化，重视教育，1849年陈金声创建了崇文阁，1954年改建成萃文书院，该院碑文说，兴办书院之目的是使“斯文蔚起，人人知周孔之道，使荒陬遐域化为礼仪之邦”。20世纪初建造了崇福女中，1955年华人又建立了南洋大学，成立了华人教育委员会，推行华文教育。
早在20世纪初，每到孔子诞辰，中华商会就通告华商歇业一天以作纪念。1917年，在中国成立孔教会的影响下，新加坡中华总商会发起成立新加坡孔教会，因当时英国海峡殖民地槟城（简称屿）、马六甲（简称甲）已经建有孔教会分会，所以以三处总称叻（新加坡简称）、屿、甲取名实得力孔教会。孔教会附设于总商会，商会会员同时也是孔教会会员，每逢孔子诞辰就在总商会礼堂举行祭祀活动。日军侵占期间会务全部停止，1949年恢复活动，改称南洋孔教会。南洋孔教会的主要活动，一是在孔子诞辰时举行祭祀，二是开展关于孔子思想的征文比赛和讲座，三是出版儒学书籍，间或举办书法比赛。现在会员减少，活动虽然继续开展，但也难以为继。除孔教会外，新加坡还有南洋圣教总会，总部内设有儒、释、道三个祭祀用的厅堂。
1982年，新加坡政府决定在中学三、四年级开设宗教课，为不愿学习宗教者开设儒家伦理课，有18.7%的学生选学儒家伦理，为推广孔子思想发挥了一定的作用。
现在新加坡孔子思想的传播和研究活动都比较活跃。20世纪末在新加坡河畔刻立了孔子、屈原、花木兰、文天祥、郑和和岳母刺字等雕象，1979年成立的孔孟圣道院以将孔孟的真理转化为济世救人的真学问为宗旨，以实践孔孟之道为己任，利用晚间开班宣讲《论语》、《孝经》，利用节假日服务老人院，孔子诞辰时还举行文艺表演，现已发展会员七百多人。2000年成立的新加坡儒学联合会、1984年成立的新加坡儒学研究会都曾举办过不同规模的学术讨论会，其中儒学联合会在2001年举办的“儒学与新世纪的人类社会”国际学术会议有十多个国家和地区的著名学者参加，是一次水平很高的学术会议。儒学研究会经常举办儒学讲座，出版儒学丛书，编印《儒学与你》和《儒家文化》杂志。此外，新加坡还有东亚哲学研究所、孔孟研究中心等研究机构。
马来西亚 马来西亚是华人居住比较集中的国家，郑和下南洋时就曾在马来西亚停留，到19世纪，富有的华人就开始设立私塾进行中华传统文化教育，私塾课程与国内基本相同，主要学习《四书》《五经》。从1897年开始，林文庆和邱菽园发起儒学复兴运动，从国内邀请丘逢甲、王晓沧等名人到处演讲，通过报纸杂志宣传孔子思想。张克诚在吉隆坡《天南时报》上撰文宣传孔子学说，他撰写的《孔教撮要》和《白话孔教撮要》成为普及的儿童读物。1919年以后，由于受国内新文化运动的冲击，儒学复兴运动逐渐式微。到20世纪30年代，马来西亚也兴起批孔思潮，孔子思想一度成为批判对象。二战以后，华人传统文化在有识之士的提倡下又开始复兴，马来西亚大学在1963年成立了中文系，从台湾聘请了儒学造诣很高的教师进行教学，对儒家经典进行校点、注释、考证，华文报纸也开辟专栏介绍普及孔子思想。80年代，华人文化协会还创办了《文道》杂志，刊载了许多儒学与现代化、儒学与马来西亚华人社会等学术文章。
马来西亚马六甲孔子大厦
1912年中国孔教总会成立以后，马来西亚的槟城、马六甲、怡保等地就相应成立了孔教会分会，二战以前，马来西亚各大城市几乎都有孔教会的组织，此外还有孔教堂、孔圣堂等奉祀孔子的建筑。二战以后，除马六甲孔教会在著名华人沈慕羽的领导下至今还在活动外，其他绝大部分都已销声匿迹了。沈慕羽将马六甲孔教会由宗教机构改变为文化学术团体，举办书法培训班，每年孔子诞辰举行祭祀和孔子思想讲座等活动，最近还新建了孔子大厦。除孔教会外，在吉隆坡、槟城、安顺、太平等13个城市还设有圣教会。
孔子思想在马来西亚非常普及，这首先得益于华文教育的普及。马来西亚华人坚持创办华文学校，进行华文教育，1819年创建了槟城五福书院，1906年创建了吉隆坡尊孔中学，吉隆坡1906年还建成了陈氏书院。目前，马来西亚共有华文小学1400多所，华文中学62所，华文大学、大专各1所。华文学校直接用汉语授课，在未与中国建交以前，教师主要来自中国台湾地区，许多老师都毕业于台湾师范大学，教材大多也来自台湾，儒家思想占有相当大的比例。除正规学校教育外，热心人士还成立了经典导读促进委员会，开展儿童读经活动。现在，马来西亚也成为后起的孔子思想影响最深的国家之一。
近年来，马来西亚的儒学研究也开始活跃起来，马哈蒂尔任总理时曾经针对亨廷顿的“文明冲突论”举办国际儒家思想与回教文明对话会，2002年成立的马来西亚孔学研究会也举办了国际孔学讨论会、儒学座谈会，在孔子诞辰时举办了儒学在民间讲座、儿童经典教育交流会、孔子诞辰纪念庆典等纪念活动，计划出版《忠恕文集》、《忠恕丛书》和《忠恕系列》，现已经出版了《孔学论文集》。近年来，马来西亚华人公会、中华大会堂总会和马来西亚工商联合会三大组织联合发起和推动马来西亚华人思想兴革运动，华人纷纷响应，多次召开讨论会。通过讨论，“己所不欲，勿施于人”成为华人贯彻实践的金科玉律，勤俭、敬业、诚信、和谐成为工商界实践的信条，中庸之道、协商共赢成为华人领袖遵循的原则。
印度尼西亚 印度尼西亚的孔子思想也是由移居的华人带来的，早在1729年，华人就创办了明诚书院，1875年，华人又在东爪哇的泗水建造了东南亚（越南除外）的第一所孔子庙。1900年，华人成立了中华会馆，会馆负责人之一的李金福在《华人宗教》中阐明会馆以弘扬孔子思想为宗旨，认为华人宗教存在于孔子思想之中，孔子思想是华人宗教的灵魂，是中华文化的根本。会馆创办了二百多所学校，以尊孔为宗旨，进行华文教育。校内高挂孔子像，每逢孔子诞辰、忌日放假一天，举行演讲会等纪念活动。1928年以后，淡化了尊孔，改为以教育为主。
印度尼西亚泗水孔子庙
1912年中国成立孔教会以后，印度尼西亚的梭罗、泗水、三宝垄等地也相继成立了孔教会，1923年，各地孔教会的代表在梭罗举行第一次全国代表大会，成立了孔教总会，1938年该会还决定出版《木铎》月报。日本侵占后，孔教会的活动几乎全部停止，直到1954年12月，各地孔教会代表齐集梭罗决定重建孔教会，次年成立了印度尼西亚孔教联合会。1961年的第四次代表大会统一了教规，改名为孔子学说学会，向宗教部申请重新确认为国家宗教。1963年更名为全印度尼西亚孔教联合会，次年重建了全印度尼西亚孔教青年联合会。1965年，苏加诺总统发布命令，承认孔教为印尼六大宗教之一。1976年，据官方统计，孔教徒有150万人。到1979年，苏加诺指示宗教部取消了孔教的宗教地位，孔教会的活动受到限制，居民证宗教信仰不能填写孔教，学校不能再教《四书》，以中国传统形式举行的婚礼不发给结婚证，孩子也成了不能随父姓的私生子。苏加诺下台后，孔教会的活动逐渐恢复正常，2000年、2002年春节孔教会举办团拜会时还分别邀请到瓦希德总统和梅加瓦蒂总统出席并讲话，2002年中国春节也被公布为全国假日。据说现在孔教会会员有一百多万人，约占印尼华人的五分之一。孔教会在全国各地设有一百多个分会，每个分会都有孔庙或拜堂，每周至少举行两三次孔子思想的宣道会。祭祀结合了天主教仪式，读祭文，行叩头礼，唱赞美诗。
1934年，华人郭德怀创建了三教会，以弘扬、实践儒、释、道三教为宗旨，1955年下属组织发展到三十多个，改名为三教联合会，出版《三种文化》杂志，并发展当地人为信徒。1967年政府禁止华人在公共场所举行中国传统的宗教仪式、宴会和庆祝活动，号召华人放弃孔教和道教，活动受到很大限制。
孔子思想在印尼华人中的影响还是很大的，虽然1978年实行的民族同化政策和取消华文教育、书报等措施限制了孔子思想的传播，但华人早在20世纪30年代就将《四书》译成了印尼文，最近又将《易经》、《孝经》翻译出版。
