日本虽然与中国隔海相望，交通不便，但在汉代就与中国开始了交往，后来通过朝鲜半岛吸收中国文明，从隋代开始，通过派遣大量的遣隋使、遣唐使直接接受中国文明，孔子思想传入日本后很快成为日本社会的指导思想。宋以后，随着航海水平的不断提高，海上交通逐渐不再困难，中日之间的交往日益频繁，新兴的理学很快传入日本，经过四百多年漫长的传播过程，终于在江户时期成为日本的统治思想。
虽然同是中国的近邻，但孔子思想在日本的传播却与朝鲜、越南大不相同。孔子思想在日本的传播不是一直不断地发展，而是经历了两起两落的历程。
孔子思想传入日本一向有秦代徐福东渡说和百济学者王仁南渡说两种说法。徐福东渡说证据不足，目前难以让人相信，但百济学者王仁南渡说也是难以让人相信。百济学者王仁南渡说见于成书于公元720年的《日本书纪》，应神天皇“十六年春二月，王仁来之，则太子菟道稚郎子师之，习诸典籍于王仁，莫不通达。故所谓王仁者，是书首等之始祖也。”只说太子向王仁学习经典，并未说王仁献书事。成书于公元712年的日本《古事记》倒是记载了献书，但献书者不是王仁而是和弥吉师，“又科赐百济国：‘若有贤人者贡上。’故受命以贡上人名和弥吉师，即《论语》十卷《千字文》一卷，并十一卷，付是人贡上”，献上《论语》的是和弥吉师。关于献书的时间，《古事记》无纪年，《日本书纪》作应神十六年，日本学者推算为公元285年。《古事记》、《日本书纪》成书时间晚，记载天皇在位七八十年甚至百年以上，就是日本学者也不敢当做信史看待。有的学者根据《日本书纪》所记“是年，百济阿花王薨”推测为公元405年。这个说法是比较可信的，因为据朝鲜《三国史记》记载，近肖古王三十年（公元375年）百济始设博士，设立博士三十年始有可能培养出像王仁这样能够传播儒学的人才。实际上，早在东汉、曹魏、西晋时期，日本和中国前后有10次使者往返，日本不可能不了解中国社会的指导思想——孔子思想。《日本书纪》记载，神功皇后亲征新罗，“遂入于其国，封重宝府库，收图籍文书”，五年后还带回许多俘获的中国人，这也有可能带回中国的儒家典籍。
当时的日本尚未统一，也没有形成一整套国家机构。孔子思想主张大一统，可以调整社会关系，对于促进日本的统一，加强国家统治是大有裨益的。孔子思想传入日本不久，宫中就办起了学问所，以《论语》教育王子和大臣。据中国史籍记载，从公元413年到502年间，日本五代国王曾经13次遣使到中国，并接受中国皇帝赐给的倭国王的册封，联系虽然密切，但孔子思想的输入主要还是来自百济。虽然中国没有直接向日本输出儒学，但是百济的儒学水平毕竟不高，百济在向日本输出儒学的同时也向中国寻求帮助，遣使请求中国派遣儒学博士，公元541年中国就曾应请派去毛诗博士，以后又派去礼学博士。
日本直接从中国输入孔子思想是从遣隋使开始的。公元600年，第一批日本使者经由朝鲜到达中国，从公元607年至894年，日本共派出22个使团出使中国，其中16个到达中国。日本使团规模一般都很大，除使者外，还携带大批的留学生、学问僧，最多时一次竟达594人。早期的留学生、学问僧许多是中国人的后裔，后期主要是日本人，他们在中国长期研究中国的思想、政治、经济、文化和中国的政治制度、礼乐制度以及民风民俗，受益匪浅。回国后许多人受到重用，留唐33年的日籍汉人后裔高向玄理、留唐25年的新汉人僧旻回国后被任命为朝廷的博士（顾问），留唐32年的日籍汉人后裔南渊清安虽然没有出仕为官，但他著述百卷，成为著名的学者，中大兄皇子、中臣镰足均拜他为师，正是这两个人进行了日本著名的“大化革新”。留学生和学问僧回国时还带回大批的中国典籍，据《日本国见在书目》记载，日本当时已有《尚书》、《易经》、《孝经》等中国典籍1579部16790卷。
公元604年，执政的圣德太子进行改革，制定《宪法十七条》，除第二条“笃敬三宝”为推崇佛教外，其余十六条全部反映了儒家理念，如“以和为贵”、“以礼为先”、“信是义本”等等。特别重要的是，日本统治者接受了中国儒家的天命观和王土王民、仁政、德治等政治思想作为治国理念。天皇祭祀时也自称天子，君权不再只是来自天皇的祖先天照大神，也来自儒家的至高无上的“天”。《宪法十七条》强调“国非二君，民无二主，率土兆民，以王为主”，“君则天之，臣则地之”，“君言臣承”，官吏要“忠于君”，用儒家理念来加强天皇的权力；提出“不得圣贤，何以治国”，官员要“仁于民”，“使民以时”，“勿敛百姓”，“惩恶劝善”，“背私向公”，提倡仁政德治。在《宪法十七条》中，许多言词直接选自儒家经典，如“和为贵”、“使民以时”、“王事靡盬”、“上和下睦”、“惩恶劝善”等，由此可见孔子思想影响之深。不仅如此，圣德太子还改革官制，将官阶分为十二等，分别以大、小德、仁、礼、信、义、智命名，官阶名称全部采自儒家伦理德目。
大化元年（公元645年），中大兄皇子、中臣镰足在留唐归国的南渊清安、高向玄理、僧旻的支持下消灭了掌权的大贵族后进行大化革新，建立中央集权制，土地收归国有，大宝元年（公元701年），日本制定并颁行《大宝律令》，日本成为律令制国家，逐步过渡到封建社会。
奈良时期（公元710—794年）及平安前期（公元794—894年）是孔子思想在日本的第一个全盛期。孔子思想被作为治国理念，仿照唐朝实行中央集权制度，实行班田收授法和租庸调制。在社会教化上，国家大力提倡三纲五常和忠孝等儒家伦理观念，尤其重视提倡孝道，对孝子贤孙给予免除同籍课役或终身田租的奖励，并表其门闾。日本本来没有孝的概念，孝是从中国传入的伦理观念，所以孝字在日语中只有音读而没有训读。在教育方面，实行大学和国学两级教育制度。在首都设立大学寮，地方各国设立国学。大学寮定员400名，国学按照人口多少定员为50、40、30、20名。学校教材主要是《周易》、《尚书》、《周礼》、《礼记》、《仪礼》、《毛诗》、《左传》、《论语》、《孝经》儒家九经，其中的《论语》、《孝经》为必读，其他七经为选读，选读七经中通二经者送太政官考试合格后就可以出仕为官。尊崇孔子为教育始祖，大宝元年（公元701年）开始祭祀孔子，神护景云二年（公元768年）仿照唐朝尊称孔子为文宣王，仅比唐朝晚了29年。祭祀孔子被列入国家祀典，每年春秋两次祭祀，由大学寮的主管大学头代表天皇致祭。到平安时期，祭祀仪式后，还举行讲经活动，亲王以下百官要到大学寮讲论儒经，有时天皇还召见博士、学生等入宫就祀典后的讲经进行论难。奈良、平安时期的教育非常兴盛，除国家所办的学校外，还有许多私立学校。一种是贵族为本族子弟所建，著名的有弘仁十二年（公元821年）藤原冬嗣开办的劝学院、元庆五年（公元881年）在原行平开办的奖学院等；一种是学者创办的私塾，著名的有承和五年（公元828年）空海开办的综艺种智院以及菅原、庆滋、大江、善渊等建立的私塾。
日本早期儒家思想是靠与政治结合并依靠政治权力的扶持和提倡成为国家的治国理念和贵族的道德规范的，并没有深入到民间，所以其兴也勃，其衰也急。9世纪后期日本中央集权制日趋瓦解，外戚专权，土地班田制被破坏，被政治化了的儒学失去了政治支持和社会需求。大贵族执政，贵族子弟可以通过荫位和院举为官，不需要再去大学读书，学校的地位相应下降；贵族和知识阶层喜欢写作汉诗，主修儒学的明经道地位下降；学校教官世袭化，学问被家族垄断，儒学成为明经博士的家业，沦落为教官家族时代赖以为生的技艺。这一切加快了儒学的衰落，到平安后期儒学就彻底衰落了。10世纪初，地方国学经费紧张，春秋祭祀已难举行，伊势国学连损毁的孔子像都无力维修。大学寮也经费日绌，无力维修房屋和筹办祭品，只好靠卖官和募捐来维持，到长宽元年（1163年）连祭祀的肉都无力购买，只好全部以青菜为祭品。治承元年（1177年），京城一把大火烧毁了大学寮，同时遭火的官衙和藤原氏的劝学院都很快进行了重建，而大学寮却无法重建，只好关门。
平安以后，社会急剧动荡，皇权旁落，将军混战，农民起义，加之对外用兵，日本进入长达四百多年的动乱期，儒家思想也进入长达四百多年的沉寂期。幸运的是，遍地战火中，还有寺庙一方净土，日本儒学一缕不绝，全靠僧人维系。日本从奈良时期，也就是从留唐学问僧开始，僧人就有佛儒兼修的传统。禅宗传入日本后，僧人们转向禅宗，寺院教育“大都不用经典，专以修经（《四书》、《五经》）、史（《史记》、《汉书》）、子（《老子》、《荀子》）、集（诗文集）和作诗为业”，特别是13世纪至16世纪的三百年间，寺院生活完全中国化，使用汉语，聘用中国僧人为主持，举行典礼要用汉语，初一、十五的堂上说法必须用汉语，进入禅林也必须通过用汉语进行的考试。禅僧学习汉文经典，写作汉文诗，形成了以京都、镰仓五山禅林为中心的汉文学，史称五山文学。此时的日本，世俗文化的主宰者已经由贵族转向僧侣，僧侣佛儒互补，也成为新近传入的理学的学习者和传播者。
12世纪末至13世纪初，理学传入日本，正是日本社会发生重大变革的历史时期。建久三年（1192年）建立的镰仓幕府，开创了武士专政的新时代，以幕府将军为代表的武家要建立自己的思想文化以战胜以京都朝廷为代表的公家思想文化，必须寻找新的思想作为自己的理论基础，新近传入日本的禅宗和理学就应运成为武家的思想武器。
理学在日本的初期主要是靠禅僧学习和传播的。理学在日本发挥作用，仍步汉唐经学的后尘，采用通过影响上层政治家进而影响社会的途径。访宋归来的圆尔辨圆1257年最早向幕府执权北条时赖讲授含有二程学说内容的南宋人圭堂所著的《大名录》，但这只是借禅说儒。义堂周信（1325—1388）康历二年（1380年）向室町幕府将军足利义满进讲《中庸》和《孟子》，标志着理学经过一百多年的传播已经抛开禅学的外衣而独立。最早向京都皇室传授理学的是清源赖业，他曾为高仓天皇进讲过《大学》、《中庸》，但影响不是很大。理学真正在京都朝廷产生影响是在14世纪初，玄惠法印为天皇进讲程朱理学，花园天皇自称研究理学七八年，与玄惠法印及其弟子日野资朝讨论理学有“始逢知己”之感，“终夜必谈之，至晓钟不怠睠”，“近日禁里之风，即是宋朝之义也”，宋朝理学已经统治了宫廷。
到14世纪中期，理学逐渐摆脱佛教的影响而独立，也逐步取代了汉唐经学成为社会的指导思想。此时，不论公家还是武家都已认识到理学在治国安民方面的价值。天皇为夺回被幕府夺去的权力，提倡理学，以三纲五常、大义名分激励朝臣气节，致使“凡近日朝臣多以儒教立身”，“近日禁里频传道德儒教事”。后醍醐天皇在“只依《周易》、‘论’、‘孟’、《大学》、《中庸》立义者”的北畠亲房、日野资朝、日野俊基等朝臣的支持下打倒了镰仓幕府，实现了短暂的建武中兴。武家也提倡理学，室町幕府将军足利义满崇信理学，跟随义堂周信学习《大学》、《中庸》、《孟子》等理学著作，地方诸侯如周防的大内氏、越前的朝仓氏都热心学习理学，提倡理学。
15世纪是理学在日本传播最快的时期，理学著作被大量印刷并开始向地方扩散，大量的理学著作被和训和点，理学研究著作涌现，理学学派开始产生。13世纪中期日本复刻出版了第一部理学著作——朱熹的《论语集注》后，二百多年再未出版发行过任何理学著作，文明十三年（1481年）桂庵玄树在萨摩翻印《大学章句》后理学著作才开始大量印刷发行。15世纪初期，歧阳方秀首先将《四书集注》进行和训（在汉语原著上按照每一个汉字的训诂意义标注上日文假名，变汉语直读为译读），其弟子桂庵玄树在文龟元年（1501年）出版了《四书五经古注和新注的作者及其句读》，统一了《四书》、《五经》的训点，其后萨南派的文之玄昌出版了《周易大全倭点》、《素书训点》等和训和点理学著作。有关理学的研究早在理学传入后不久就出现了，但主要出现在禅僧的语录中，反映了禅僧对理学的理解和阐述。14世纪出现了关于理学的论文，15世纪开始出现研究理学的专门著作，到15世纪中后期就在京都形成了以歧阳方秀为代表的京师学派，在四国形成了以南村梅轩为代表的海南学派，在萨摩形成了以桂庵玄树为代表的萨南学派，此外还形成了以清原业忠、一条兼良为代表的公卿博士派。
历经三百多年的传播和发展，理学深入人心，到17世纪终于成为日本社会的统治思想，进入了儒家思想在日本的第二个兴盛期。
庆长八年（1603年），德川家康消灭了割据势力，统一了全国。为巩固统一，加强集权，建立了自上而下，从征夷大将军到大名到武士再到士、农、工、商一整套等级身份制度，幕府将全国土地收归己有，再将部分土地分封给诸侯大名和幕府直属武士，大名又将领地年贡分给自己的陪臣，陪臣又将自己的俸禄分给自己的家臣，将军、大名和武士通过领地和禄米的层层分封结成君臣、主从关系。为了维护这种制度，幕府需要寻求一种思想作为理论基础。德川家康深受理学的影响，他曾说：“予常闻儒生讲经书，深知欲为天下之主者不可不通《四书》之理，既不能全通，亦当熟玩《孟子》一书。”所以统一全国后，选用主张大一统、提倡大义名分、反对犯上作乱、主张富贵贫贱皆命数、把三纲五常绝对化的理学作为统治思想，大力提倡理学，定“朱子学”为官学。幕府将“朱子学”以外的思想、学派称为异学，宽政二年（1790年）、七年曾两次下令禁止异学。
第一代将军德川家康大量刊行《论语》、《周易》等儒家经典，同时重用朱子学者。开创日本朱子学派的林罗山被委以重任，参与幕府机要，为幕府的内政外交出谋划策，先后担任四代将军的政治顾问，他的后代世世担任幕府的儒官，主管幕府学校，日本“朱子学”也就成了林氏的家学。五代将军纲吉尤其重视儒学，八年之间曾亲自向大名、公卿240次讲解《四书》、《孝经》、《周易》等儒家经典，并刊印《四书集注》分发给听讲诸臣和各个寺社。十一代将军家齐创建幕府直属学校昌平坂学问所，教育幕府臣僚和他们的子弟，并接受各藩推荐的学生，全盛时期，仅各藩推荐就学的学生就达500多人。幕府还创办了学习院，专门教育朝臣，为他们讲授《四书》、《尚书》、《诗经》、《孝经》等儒家经典。
被剥夺了统治权力而只保留了象征意义的天皇也纷纷提倡儒学。后阳成天皇下诏刊行《四书》、《五经》，后水尾天皇命南浦文之倭点《四书》，后光明天皇命学者进讲《中庸》、《周易》，刊行《性理大全》，建设孔子庙，灵元天皇在东山文库亲自绘画孔子像并撰写赞词。
在将军、朝廷的影响下，分封在各地的诸侯大名也纷纷大力提倡儒学，兴建学校，传授儒学。尾张藩主德川义直重用流亡日本的明朝学者陈元赟，并首先建设藩设孔子庙和名古屋学问所，其后被各藩所仿效。南部藩于宽永十三年（1636年）建立了文武稽古所，闲谷藩于宽永十八年创建了花畠学舍，宽文十一年（1671年）又建设了闲谷学校，到19世纪中期，日本全国共建起284所藩校。除大名外，支藩藩主、小的领主甚至藩臣也建起了自己的学校。在官办学校的热潮中，著名学者也纷纷创办私塾，其中著名的有中江藤树的藤树书院、伊藤仁斋的古义堂、松本新道的松下村塾等。地方热心人士兴建了众多的乡学、寺子屋，全盛时期，日本全国建有乡学108所，私塾、寺子屋10546所。藩校一般只教育武士子弟，私塾、寺子屋主要教育平民子弟。藩校文武兼修，文科教材主要是《四书》、《五经》、《孝经》、《左传》等儒家经典和《史记》、《资治通鉴》、《文选》、《唐诗选》等文史书籍。寺子屋一般学习《小学》、《四书》、《五经》等。
日本东京汤岛圣堂大成殿
德川幕府非常重视以儒家伦理进行社会教化，将中国清朝顺治皇帝颁布的具有“孝顺父母、尊敬长上、和睦乡里、各安生理、勿作非为”等内容的《六谕衍义》翻译成日文颁发全国，同时刊印颁发了中国的《朱柏庐治家格言》和日本室鸠巢的《明君家训》，刊印编印了针对武士、商人、妇女、儿童的《武士训》、《商人须知》、《女四书》、《女仁义物语》、《和俗童子训》等上百种通俗读物，编印了《皇和表忠录》、《大倭二十四孝》、《本朝列女传》等几十种宣扬忠孝节义的书籍。
中国儒家思想输入日本后，经过统治者的提倡，学者的研究，教育的普及，到江户时期终于形成了日本儒学人才辈出、学术繁荣的局面，相继出现了朱子学派、古学派、阳明学派、水户学派、折衷学派、考证学派等学术派别，这是日本儒学的第一个学术繁荣期。
在举国学习儒学的热潮中，日本也按照中国崇德报功的传统，各地纷纷建设孔子庙，祭祀孔子。幕府重臣林罗山于宽永九年（1632年）首先在幕府驻地江户（今东京）建设了孔子庙，明历六年（1660年）三代将军家光首先专程拜谒孔子，此后上自幕府征夷大将军，下至大名、武士以及平民百姓都亲自向孔子顶礼膜拜。
明治维新，政教分离，深受西方影响的知识分子大力宣扬西方的自由主义，批判儒家思想，儒学丧失了统治地位。但是，日本的资产阶级革命并不彻底，继续保留了浓厚的封建残余，明治政府以“和魂洋用”作为教育宗旨，坚持以儒家思想对学生进行思想和道德品质教育，稍为消沉的儒学又兴旺起来。
第二次世界大战后，儒学在日本仍然受到重视，现在的学校教科书中保留了许多孔子思想的内容，中学《国语》教材一般选择《论语》三十章左右，《孟子》十章左右，辅助教材《论语、孟子抄》一般抄选《论语》五十至七十章，《孟子》二十章左右，两者相加，《论语》能选到20%，《孟子》能选到10%。教科书所选孔子思想的内容比中国的都要多。
