康熙四年（1665年）秋九月士禛入京途中，回想起自己当年未得京官的失意颓丧，短短几年即可迁官礼部入京任职，其心情特别愉快。行至山东德州南曲律店，他挥笔在旅店壁上题诗，抒发内心的欣慰：
曲律店子黄河崖，朝来一雨清风霾。
青松短壑不能住，骑驴又踏长安街。
（《香祖笔记》卷二）
士禛至京任礼部主客司主事。当时礼部尚书沙登，山东蓬莱人，顺治三年（1646年）进士。侍郎王熙，河北宛平人，顺治四年进士。黄机，浙江钱塘人，顺治四年进士，后以吏部尚书拜相，谥文禧。主客司郎中刘广国，潜江人，顺治六年进士，官终汉羌道佥事（《清史稿》一百十四《职官志·礼部》）。士禛主职为提督会同、四译两馆。明设会同、四夷两馆，清初复设会同馆属礼部，改四夷馆为四译馆属翰林院，掌管接待国内少数民族及外国使节，以及语言文字翻译工作。这对士禛来说，无疑是件全新的工作，他只得全身心投入。
士禛入京之时，恰逢鳌拜为首的四大辅臣结党营私，贪聚贿赂，“上违君父重托，下则残害生民”的肆虐之时，各部院官吏皆畏四辅臣“意气凌轹，人多惮之”。因此，官吏各事其主，互相倾轧。刚任京职的王士禛又素不喜攀附门墙，且无显宦为后台的政治背景，正当他忙碌之际，不料遭户部郎中某之诋谤而罢官。尽管是子虚乌有的罪名，但导致罢官的结果，无疑是对王士禛的一次重创。刚刚兴高采烈的他，不得不垂头丧气回归故里。不过事情很快得以澄清，翌年九月他即回京就职。
京城作为全国政治、经济、文化的中心，为士禛提供了更为广阔的诗文活动舞台。来京不长时间，他便以明确的“神韵”艺术主张，在诗文名士文人群中，构建起以自己为核心的文化圈。他在不断与江南杜浚、邵潜、孙豹人、冒襄等名流的诗文联系的同时，又与京城的汪琬、刘公、梁熙、董文骥、李天馥、陈廷敬、程邑等名士结为文社，时为礼部尚书的龚鼎孳出为文社之首，梁清标、魏象枢等长者皆参与助兴，这以龚鼎孳、王士禛为旗帜的文社汇集了当时京师文坛的精英，一时传为京城文苑佳话。王士禛诗文创作成就与“神韵”诗学理论迅速形成了一种独特的文化现象，名声远播海内。当时的诗坛新人带着自己的作品晋京求名家指点，往往是先拜谒龚鼎孳，第二人就是王士禛，他以神韵诗学传授教徒，得其一言褒奖，即可扬名诗坛。士禛同年王掞曾形容说：
公平生主持风会，裁别伪体，持论极严。而喜汲引后进，一篇之长，一句之善，辄称说不去口。以公齿颊成名者不可胜数。其指授为诗文，无不度越流俗。一时名流，大都出于公之门，如元和之韩，元祐之苏。著籍称门弟子者，不下数千人。（《娄水文征》）
桐城方苞领教王士禛时，士禛力言其文是特长，诗非专工的特点，方苞遂弃诗为文，终成大家。王藻《文献征存录》卷二中这样说：
公性和易宽简，好奖引气类。然人以诗投谒者，必与尽言其得失，不稍宽假。桐城方苞，少至京师，投以行卷，为力言其与诗不相近。方后终身不作韵语也。
一天，去同乡荣开（字洞门，山东新城人，顺治十二年进士，官工部郎中）的邸舍，士禛以诗学专家的眼光，发现了山西吴雯的诗作，读之，被其高古隽逸的诗句所震惊。其《蚕尾续文》中载：
“泉绕汉祠外，雪明秦树根。”又云：“浓云湿西岭，春泥沾条桑。”“至今尧峰上，犹上尧时日。”大异之曰：“此非今人之诗也。”
王士禛惊喜地向荣开索要了吴雯诗十余首，让刘公、汪琬、梁熙等人看，众人读后惊叹之情都不亚于士禛。这不禁使王士禛那好士爱才之心激动不已，顿生想见吴雯的迫切感。吴雯（1644—1704），字天章，本贯辽阳，移居山西蒲州，授临颖知县进士王士禛同年吴允升之子。康熙十八年（1679年），以诸生召试鸿儒博词不遇，放归。博览群籍，旁及释老内典，尤工于诗，诗格峻洁微远，自露天真，遗著《莲洋集》。在王士禛满腔期盼中，吴雯再到京师，两人终于相识，“一见谈艺”。王士禛详细记录了两人谈诗的欢快淋漓的情节，说：
君（吴雯）再入京师，一见谈艺，辄夜分不休，如释迦之有鹙子，沩山之有寂子，相说一解，不待往复扣击。君固以谓予一人知己，如后山之于南丰也。（《蚕尾续文》）
这种文人间一见如故的情怀，在王士禛与吴雯之间表现得尤为突出。自士禛于扬州推官任上，传播其“神韵”诗学理论开始，他一直困窘在“每持此（神韵）语时流，解者殊少”（《渔洋诗话》）的苦闷中，幸好门人宗元鼎在其《芙蓉集》卷首“诸家总评”中，为士禛点破了这层窗纸。为此，士禛因而把元鼎视为高足，离扬入京一直与之诗书交往不减。今又在营建其“神韵”诗学队伍的关键时刻，得以与吴雯相识，且在“神韵”诗学理论的认识上“相说以解，不待往复扣击”，大有天赐才人、助我成功的喜庆感。于是他以吴雯这种认识、理解“神韵”诗学理论的榜样，极力向世人标榜，以争取更多人认识、理解、实践“神韵”诗学理论，迅速发展壮大“神韵”诗派队伍。后来他在《蚕尾续文》中说：
汉魏已来二千余年间，以诗名其家者众矣，顾所号为仙才者，唯曹子建、李太白、苏子瞻三人而已。本朝大一统阅六十载，作者亦多矣，余独以仙才许蒲坂吴君。此予之私言，亦天下之公言也。
王士禛此论并非以壮语妄做扬誉，而是他向人们表明只有曹子建、李太白、苏子瞻、吴雯这样的仙才方可领略其“神韵”的艺术标准。王士禛“神韵”大纛一举，跳出唐、宋诗争的漩涡，“以大雅之才，起而振之，独标神韵，笼盖百家，其声望足以奔走天下”（见李元度《国朝先正事略》）。
王士禛自康熙五年（1666年）复礼部主客司主事以来，翌年便发生了康熙帝亲政及严惩辅臣鳌拜整肃朝政等一系列的大事，康熙七年（1668年）王士禛迁礼部仪制司员外郎。他以敏锐的政治嗅觉看到了康熙帝以重视文教为前提开展“文明之治”的宏伟工程要迅速展开。于是，他便利用公务之暇，将自顺治十三年至十六年的诗作进行整理。又于康熙八年（1669年）将扬州所作与官礼部后所作编为《渔洋集》，刻之苏州。《渔洋山人自撰年谱》说：
是年，山人自甲辰以前广陵所作，乙巳以后礼部所作，共一千三百余首，删其什六，益以《过江》、《入吴》、《白门》前后续集，都为一编，曰《渔洋集》。门生王我建（立极，庚子年所取士）刻之吴门。
《渔洋集》的出版发行，大大提高了王士禛的声誉。文士学子都争相传抄，必欲家有其书，先睹为快。王士禛的才学吏治之名也扬誉宫禁。
康熙初，由于战争与自然灾害给社会造成极大破坏，地方秩序尚未恢复正常，六年七月，康熙刚刚亲政，就遇到一场洪灾，河道、运河遭到破坏。由于河淤漕运受阻，国家沿河设立的造船厂监管工头乘管理混乱之机克扣船工工资，贪墨公款，造成民怨四起，使漕运船只短缺，漕运益加困难。当时京城及北方官兵所需粮物，每年通过运河挽运江南七省漕粮四百万石至北京，供应官兵俸饷，运道受阻、船只不足，事关重大。因此，康熙亲政后，便从中央各部衙门抽调得力人选组成河务主管机构，并下派专员至各港口码头、船厂实行专管督察。因是，王士禛便于康熙八年三月，以船场专管的名义奉使淮安清江浦榷署。清江浦在江苏清江市北淮河与运河汇合处，明时置河漕港总督于此。此原名沙河，又名乌沙河，明平江伯陈瑄发动军民重新疏浚河道，置移风、清江、福兴、新庄四闸，按汛情启关，更名清江浦。清初，河道总督、漕运总督皆驻于此，故盛极一时。士禛到任后，专司船厂造船，惩治贪墨、克扣船工银粮的恶吏，还揭露惩处木材商人汤甲以贿赂手段，操纵各级官员的罪行，使船厂面貌一新，所造清船皆十分坚固，大大解决了漕运缺船的困难，保障了漕运的顺利进行。士禛在榷署任职二年，回京后，于康熙十年（1671年）迁户部福建司郎中。是年，伯兄王士禄居京师为吏部考功司员外郎，同时在京的诗坛名流宋琬、施闰章、曹尔堪、沈荃、曹贞吉等，与王氏兄弟为文酒之会，盛有唱和，其他在京为官的陈廷敬、程康庄、李天馥、谢重辉、曹禾、汪懋麟等也与王氏兄弟时相往来，以诗酬答，成为燕京文坛一大盛事。此时，王士禛看到当时诗坛关于宗唐、宗宋的激烈斗争呈现出“康熙壬子、癸丑间屡入长安，与海内名宿尊酒细论，又阑入宋人畛域。所谓旗东亦东，旗西亦西，犹之乎学王李学三唐也”（宋荦《漫堂说诗》）的局势，深感自己对时风趋势的正确引导负有重要的责任。然而此时，自己主唐或主宋都会成为诗家口实，而产生误解。于是他便独以神韵为宗，摆脱了唐宋之争的是是非非，并因此丰富了“神韵”诗词学的内涵。宋诗之灵动警秀，不袭前人之妙，与唐诗之厚重文丽，温醇典雅之旨趣为士禛兼得，从而使诗的艺术风格有了拓展。一部分自明代中末叶便受宗唐派贬斥的宋诗崇尚派人士也如唐诗崇尚者一样，把士禛当做宗宋派的代表选入宋派作品集。康熙十年，原是“颇学宋人，于圣俞、山谷最为吻”（《清代学者像传》）的诗人吴之振在编辑《八家诗选》时，便把士禛、士禄弟兄作品选录，与北人中的宗宋派诗人宋琬、南人中浙西籍好尚苏轼的宗宋诗者曹尔堪等熔为一炉。这种文化现象，绝非是王士禛“物情厌故，笔意喜生”的缘故，而是士禛“聚汉魏六朝、四唐、宋、元诸集，无不窥其堂奥，而撮其大凡”（《渔洋山人自撰年谱》），以鸿博淹雅之才，独宗“神韵”的结果。他曾在《鬲津草堂诗集序》中说：
唐有诗，不必建安、黄初也；元和以后有诗，不必神龙、开元也；北宋有诗，不必李、杜、高、岑也。（《蚕尾集》卷七）
他的挚友金居敬赞许此论，他在《渔洋续集序》中，点拨出唐、宋诗派之争的症结：
世有相沿之论，曰诗当有唐诗，又当为大历以前诗人之诗。夫唐之文章至元和而极盛，其诗之传者隽异瑰玮，非其人未能为之者也。谓元和以后之诗可废也，抑固矣。凡名为唐诗者，必诋诃宋诗，而訾毁西江尤甚，斥之为山魈木怪，著薜萝之体。实则西江之音节、句法皆本之于唐，其原委不可诬也。盖有宋诗家自欧阳文忠公、王文公推扬李、杜，以振杨、刘之衰弱，而靡声曼响中，于习尚未能遽移，至黄鲁直而后，有以窥三唐之竅奥，力追古之作者，而与子瞻苏氏抗行于一时。其后学者派分为二，所谓各得其性之所近云尔，其一唱一和，于彼于此，之变之正，或离或合，有不知其所以然而然者。论者颇费之深考欤？
然而历来论者皆喜于“习尚”或以教科书成说，陷入唐宋诗争不自悟，顾此而失彼，未能还原于王士禛清初诗学衍进的历史原真面貌。
京师的官场生活和文学酬答，提高了士禛的文坛地位，扩大了他的影响，但也给其诗歌创作带来了滞碍。他的山水诗在审美方面尤其注重依托自然山水，在自然风光与历史人文的积淀中言志抒情，扬州诗词创作的丰收，正是得益于对自然与人文景物的充分精读与领悟。他在《居易录》卷四中，曾坦白地说：
予自少癖好山水，尝忆古人身到处莫放之言，故在扬州日，于金陵、京口、梁溪、姑苏诸名胜，皆于簿书期会中不废登临。
如果说在扬州是“得江山之助”，那么京师的生活不但令他有些厌倦，且遏制了他的诗思赋兴。虽然京城不乏文友间的诗酒酬答，他的诗笔还是明显放慢了。自乙巳秋入京，每年诗作不过几十首，而且基本属于歌功颂德与亲朋文友送迎之作以及日常琐事的闲吟。康熙十一年（1672年），士禛奉命以户部福建司郎中与工部郎中郑日奎二人分任正、副主考官典四川乡试，乡试地点在省府成都，考期为全国统一的八月九日至十六日。士禛自六月离京到十一月返京复命，一路上饱览壮美风景，诗兴勃发沿途作诗竟达350余首，结集为《蜀道集》。在其诗作中，士禛着意于唐神、宋韵相结合，既重视诗作对历史事实的认识，又以技艺把握工拙，不仅显示出对传统诗学的精湛见识，同时也显示出作者丰富的文史修养。因此，历来诗坛论者对《蜀道集》几乎是一致赞称的。这350多篇诗作是王士禛几乎遍历潼关内外、巴山蜀水，出入龙门栈道、长江三峡的“神韵”诗作的大实践、大收获，重新展现广陵诗坛那“酒酣落笔摇五岳，诗成笑傲凌沧州”（杜濬语）的“神韵”诗风。《蜀道集》主要为山水诗，大多数形式是五七言长歌或短古，著名的有《龙门阁》、《广武山》、《五丁峡》、《七盘岭》等。又如《沔县谒诸葛忠武侯祠》，其笔健力豪，气韵雄放，情味沉凝苍劲。
入秋，王士禛踏上归京之路，诗人置身于雄阔、壮丽的自然景物中，那柔婉、疏淡、迷蒙的山村野寺又令他动心而撩起诗兴。最具其惜别归乡情致的当是《嘉阳登舟》，诗云：
青衣江水碧鳞鳞，夹岸山容索笑新。
怅望三峨九秋色，飘零万里一归人。
亭台处处馀金粉，城郭家家绕绿苹。
信宿嘉州如旧识，荔支楼好对江津。
（《渔洋精华录·壬子诗》）
以蜀地人文风景为“旧识”表惜别，以万里秋色衬托“一归人”寄乡思，可谓“神韵”天然，情景妙合。士禛曾在《蚕尾续文·跋陈说岩太宰〈丁丑诗〉卷》中说：
自昔称诗者，尚雄浑则鲜风调，擅神韵则乏豪健，二者交讥；唯今太宰说岩先生之诗，能去二短，而兼其两长。
他注意到了雄浑和神韵各自偏废的不足，并赞许了陈廷敬诗作二者相兼的特色。其《蜀道集》可谓二者相融合，成为他诗作中“神韵”典丽，又“波澜洪阔”（吴骞《拜经楼诗话》）沉雄豪放的典范和顶峰。可见尚镕《三家诗话》评语“渔洋诗以游蜀所作为最”是极为公允的。
当王士禛行至长江三峡时，突然接到母亲去世的讣告，丧母的悲痛取代了潇洒的诗兴，他急急赶回故乡新城奔丧。《渔洋山人自撰年谱》云：
山人抵里后，寝处苫土，哀毁骨立，杖而后起，终三年丧。
康熙十五年始返京补官。
满族是一个汉化程度极高的少数民族，早在占据东北部地区时期，上至努尔哈赤，下至各亲王、贝勒、各部院大臣，都有设置书房，招聘汉学专家进行教导、顾问的习俗。顺治继位后除继承了这一习俗外，还在国内重视文教、科举等事项。康熙皇帝自幼便受汉学教育，康熙七年（1668年）七月七日亲政以来，为了加强自己的权力，亦欲重视文教与内廷书房的建设，建设一支宣扬帝制及传统儒学，鼓吹升平的文人队伍已势在必行。王士禛凭借知识分子与中央机构官员的政治敏感与洞察力，对此早已心领神会，并暗自“研精敛志，务为文章圣贤之学”，等待机会实现“忠勤报国”的理想。他在《渔洋山人自撰年谱》中阐述道：
先是，甲辰以后，令学宫停制艺，只用议策取士，严科场条例，至点画字句，罪勿敕。上亲政，考稽旧章。宗伯毅然以厘革弊政为己任。宗伯题其议，缮疏进之。奉上，报可。一时文明之治，翕然复兴，如世祖时。由是天下之士，复研精敛志，务为文章圣贤之学。
不久，康熙帝便加强了中央核心机构的文化队伍及设施建设，确定了自己由书画开始，到诗词歌赋及各项艺术的专攻计划，以胜任领导“文明之治”的大业。首先设立南书房。最早入直者是王士禛好友沈荃与励杜纳两人。康熙十五年（1676年），虽然吴三桂等叛乱成威胁内廷之势，但却仍不影响对南书房内直官的考察，由于王士禛刚完成了宋荦等《十子诗略》的刊行，诗名斐闻朝野，在杜臻、李蔚等人的荐举下，康熙帝对王士禛的诗才有了一个大概认识。士禛《召对录》云：
康熙丙辰，某再补户部郎中，居京师。一日，杜肇余（臻）阁学谓予曰：“昨随诸相奏事，上忽问各衙门官读书博学善诗文者，孰为最？首揆高阳李公对曰：‘以臣所知，户部郎中王士禛其人也。’上颔之曰：‘朕亦知之。’”
康熙十六年（1677年），平叛战争已度过艰难关头，康熙帝学问日益成长，为满足诗教政体的需要，急需补充水平更高、才品兼优的儒臣入直南书房。王士禛《召对录》云：
丁巳六月，大暑，辍讲一日。召桐城张读学入，上问如前，张公对郎中王某诗为一时共推，臣等亦皆就正之。上举士禛名至再三，又问王某诗可传后世否？张对曰：“一时之论，认为可传。”上又颔之。七月初一日，上又问高阳李公、临朐冯公，再以士禛及中书舍人陈玉璂对。上颔之。
康熙帝对王士禛一再考察，并令士禛与声斐海内的江南才子陈玉璂御前对诗，心里有了一个明确的印象。由于康熙向来处事严谨稳妥，对于选充南书房这种“一旦入直，便为书房师友”的有关“文明之治”的大事，更是采取严察慎选的态度。但他心中已认定王士禛“诗文兼优”，故不再让诸大臣复议了。康熙十七年正月二十二日，康熙帝又下诏书命时任户部四川司郎中的王士禛与翰林院掌院学士陈廷敬在懋勤殿御前对诗。陈廷敬（1639—1712），原名敬，字子端，号说岩，山西泽州（今晋城）人，顺治十五年进士，累官文渊阁大学士、兼吏部尚书。文与汪琬齐名，诗为王士禛评为“神韵”、豪放二者相兼。二人于懋勤殿由康熙帝监督对诗。他俩诗风虽不尽相同，但都神韵典丽兼沉雄豪放，士禛之诗以康熙帝之论尚略胜一筹。后康熙帝又命士禛示以书法，他展纸泼墨，笔如龙蛇，隽逸潇洒的晋人书体与他那超脱尘外、意欲乘风归去的神韵跃然纸上，康熙心中大悦，以为士禛之才极合太平盛世“文治天下”的要求。因于第二天早朝，谕内阁户部，破格以“王士禛诗文兼优，著以翰林官用”。这种汉族部曹一下转为词臣是历来从未有过的提拔重用。二月，改侍讲，未任，转侍读。三月二十八日，康熙又“诏翰林院掌院学士陈廷敬、侍读学士叶方蔼、侍读王士禛入侍内廷”（《康熙起居注》）。入直南书房的皆王士禛诗友，陈、叶两人都极力赞扬王士禛“起衰救敝，扬风扢雅”，从某种程度上说，这一论点也代表了文坛老少作家名流的心声，康熙帝“诗文兼优”的圣谕又赋予了皇权的威仪，加之入侍内廷，不仅辅导皇帝吟诗作赋、读书写字、讲求学业，还代拟谕旨，谋略朝政，编辑典籍，在君臣交流民族文化，缓和民族矛盾，推进建设“以文治天下”的过程中，王士禛真正成为名副其实的一代文坛领袖。郑方坤对这一历史性文化事件，曾在《国朝名人传略》中说：
本朝以文治天下，风雅道兴，钜人接踵，至先生出，而始断然为一代之宗。天下之士尊之如泰山北斗，至于家有其书，人习其说。盖自韩、苏二公以后，求其才足以包孕余子、其学足以贯穿古今、其识足以别裁伪体，六百年来未有盛于先生者也。
士禛这次“受圣天子特达之遇”不仅开启了他个人诗文创作的崭新一页，也为清代诗坛发展写下一代文坛领袖的新篇章。王掞在《王公神道碑铭》中曾高度评价：
本朝以文治天下，风雅道兴，钜人接踵，而一代风气之所主，断归乎公，未有能易之者也。独是公之一生，受圣天子特达之遇，自郎署改官禁近，跻位九列，风猷节概，卓卓乎有与文章著述相表里者。而天下重公起衰救敝、扬风扢雅之功，以为公不朽之业于是乎在。
王士禛自入直南书房后，每日陪伴康熙帝，履行其文政兼从、扬风扢雅、润饰昭代、以觇世运的鸿文藻业，促进了康熙帝“锐意向用文学之士”（《渔洋山人自撰年谱》卷下）、以文治天下步伐的加快。通过举行博学鸿儒考选才士，各省及中央部院共举荐59名，王士禛的许多文友如施闰章、彭孙遹、汪琬、米汉雯、曹禾等皆授编修；李因笃、秦松龄、陈维崧、汪楫、朱彝尊、尤侗、严绳孙等授检讨，俱入翰林。其年老者如傅山、邓汉仪、孙枝蔚等，俱授内阁中书舍人，量给银钱，回籍养老。不久，康熙帝便令开局编修《明史》，一场轰轰烈烈的文明之治的高潮兴起了。士禛在《渔洋山人自撰年谱》中说：“所以浸微而旋昌者，山人有力焉。”
王士禛发现一批勤政廉洁、德才兼备的官员，在以文艺取士的过程中不被重视，于是他便提出“荐士不当专以文艺”（《渔洋山人自撰年谱》）的观点。一天，吏部侍郎魏象枢向士禛询问举贤荐士的意见，他以江苏巡抚汤斌为例阐述了在以文艺取士的同时，还要把汤斌这种循吏破格提拔、委以重任的道理。魏象枢听后极力称赞，终于以汤斌人品学问皆优疏荐其参加博学鸿儒考试。
康熙十八年（1679年），王士禛被任命为《明史》纂修官，他按照“《明史》不可不成，公论不可不采，是非不可不明，人心不可不服”（《清圣祖实录》）的要求，严格取材，认真写作，力争把《明史》写成信今而传后的信史。康熙十九年（1680年）夏秋交接之时，王士禛迁国子监祭酒，负责掌管太学生录取、授课、评判优劣，管理诸方面的业务与法制。他虽政教事务繁重，仍然在公务之余，时与为翰林官的彭孙遹、施闰章、汪琬、陈维崧等人互相唱合，文坛名家一时盛集，声华四宇，再次成为京师人士称誉的文化现象。在此间，士禛仍不忘整饬诗教的重任，他看到正处于破旧立新、积滞待变的转折关头，破的已破，立的未立的现实，便自觉利用选编、批判的功能，在为诗友、门人选评诗文集的过程中，积极地以重视事实的认识甚于重视工拙的价值判断及开放通达的态度，对传统的唐、宋诗的价值观进行拨乱反正的评论，重点突出了诗是审美意象与“情”、“景”的统一。他在《蚕尾文》集中说：
历六朝、唐、宋，以诗名其家者甚众，岂其才尽不今若耶？是必不然。故尝著论，以为唐有诗，不必建安、黄初也；元和以后有诗，不必神龙、开元也；北宋有诗，不必李、杜、高、岑也。二十年来，海内贤知之流，矫枉过正，或乃欲祖宋祧唐，至于汉、魏乐府古选之遗音，荡然无复存者。江河日下，滔滔不返，有识者惧焉。
此间，他为他人选定诗文集数十余种，为宣传普及“神韵”诗词理论，奖掖后进作出了有益的贡献。康熙二十二年（1683年），年过半百的王士禛又读司空图《一鸣集》，激赏其论诗“味在酸咸之外”之说，从而创新了艺术欣赏的视角，拓展了“神韵”诗学的内涵。由于王士禛在论诗时尽量回避敏感的宗唐、宗宋之论，独倡“神韵”诗论，所以人们在艺术欣赏方面还不习惯以“味在酸咸之外”去解释唐宋诗“兴寄深厚，词义古质，从容讽谕，微婉含蓄者正也；刻露峭厉，奡兀豪宕者，变也”（徐乾学《十种唐诗选跋》）的流变关系，总孤立呆滞地在宗唐、宗宋争辩中迷而难返，且以宗唐或宗宋之论去误解王士禛论诗主旨。是年七、八月间，士禛诗友王又旦、汪懋麟邀陈廷敬、徐乾学等名士集于城南祝氏园亭，为文酒之会。徐乾学与诸名流盛称士禛诗为国朝一代正宗，度越有唐。士禛门人汪懋麟举觞言曰：
诗不必学唐，吾师之论诗未尝不采取宋元。譬之饮食，唐人诗犹粱肉也，若欲尝山海之珍馐，非讨论眉山、山谷、剑南之遗篇，不足以适志快意。吾师之弟子多矣，凡经指授，斐然成章，不名一格。吾师之学，无所不该，奈何以唐人比拟？（徐乾学《十种唐诗选跋》）
汪懋麟的这番言论立即引起了以徐乾学为代表的讥笑，以汪懋麟为“升堂而未入室”。于是一场旷日持久的以误解士禛独标“神韵”而形成的争论，在他的诗友门人间展开了。这一争论对士禛触动很大，连诗友门人都不能正确把握自己独标“神韵”的意旨，可见世人长期在宗唐宗宋争论的误区陷得太深了。于是，他便命门人盛符升将自《渔洋集》后康熙辛亥（1671年）至癸亥（1683年）十三年的作品汇集，题为《渔洋续集》付梓，以展示自己“神韵”诗学以三百篇为源，汉魏为盛，而唐以下为委；论唐诗则贞观、永泰为源，开元、大历称盛，而元和、开成以下为委；未尝不采取宋元，但需学问广博，天资宏肆，知历代诗变之源流，欲觇世，先审士风的诗学核心。
康熙二十二年（1683年）秋，王士禛见国子监所藏《十三经注疏》、《二十一史》刻板年久失修，因疏请皇帝批准修整，康熙帝准其疏请，并饬督抚查明南监刻，令学臣收贮儒学尊经阁。（《清史编年》）
康熙二十三年（1684年）十月，王士禛迁官詹事府少詹事兼翰林侍讲学士。时詹事为他的诗友沈荃，同列少詹事为周之麟（之麟，浙江萧山人，顺治十六年进士，官终通政使司通政使）。他具体掌管文学侍从，经筵充日讲官；编辑书籍，典试提学入翰林；并计划主持秋闱大典。是年十一月，王士禛奉命往广州南海神庙祭告南海之神。十九日他自京启程，朱彝尊、姜宸英、李澄中、魏坤，门人盛符升、吴雯、洪昇、惠周惕等十余人祖饯彰义门外，傍午时发。门生金居敬赠诗末句云：“归里定成南海集，还将后序属门生。”路过卢沟桥他有诗《卢沟桥却寄诸公》，表示对欢送人员的致谢。晚抵良乡，郑重先至，余怀前来附行。十二月七日，被大雪阻于东平县，于雪中他望见当地小洞庭湖中的蚕尾山，烟雪灭没的景象又触激他的喜爱山水的癖好，他似乎觉得离开京城，回归大自然的怀抱中，自己好像心态、面貌为之全新。他联想当年唐太守苏源明在此宴赏的情景，勃然诗兴大发，作《望小洞庭》诗云：
当日苏司业，风流此暂经。重岩望超忽，远水界空冥。
积雪明蚕尾，浮云下洞庭。明朝新霁好，回首数峰青。
他在扬州之时，受渔洋山景色的吸引而自号渔洋山人，今天又一次衷情于小洞庭湖中的蚕尾山，还属人画为小照，自序其风貌景色，以寄托他酷爱山水之思。《渔洋山人自撰年谱》云：
是冬，奉命南行，雪阻东平。望小洞庭中有蚕尾山，为唐太守苏源明宴赏地，因取以名山房。并图为小照，自序梗概，以志寄托。一时海内风雅之士，咸为山人处高位而有超世之志焉。
他离开东平“南行数千里，犹时时梦见之”，于是便取这魂牵梦绕的湖山之名“蚕尾”为自己山房名，并将此后的诗文集称之为《蚕尾集》和《蚕尾续集》，以示永志。
王士禛离开东平继续南行，直到在广州祭典后回归，沿途所经历的大川峻岭和名胜古迹，给他留下了难忘的印象。他不但以“神韵”诗学主唐兼宋的风格把沿途经历写进了自己的《南海集》中，还在《居易录》卷五中一一历述了这些激发他滔滔诗情的地方，说明“神韵”诗学不是凭空产生的，是“聚汉魏、六朝、四唐、宋、元诸集”（见《渔洋山人自撰年谱》）的精华，又得益于这些山水之助：
十一月，奉命祭告南海。是冬大雪，所过如峄山、云龙、龙眠、灊岳、黄梅、五祖、九江匡庐、南昌西山、吉安青原、赣州十八滩、八境台、梅岭、韶石，大庙、浈阳、中宿、羚羊诸峡，濛瀼、龙头影、弹子矶、观音岩、越秀、白云、西樵、七星岩诸山，皆与粤中故人陈（恭尹）元孝、屈（大均）翁山辈赋诗，独不及登罗浮、啖新荔，为两恨事耳。归渡彭蠡，阻风南康，与南丰汤先生（来贺）惕庵、南康周太守（灿）星公、孙征君（枝蔚）豹人同游庐山白鹿洞、栖贤寺，望五老峰，观三峡、玉渊诸名胜；又自玉京山至万杉、开先诸寺，观青玉峡瀑布。欲由开先往归观水帘，以风便登舟，不果，至今耿耿于怀，予诗所云：“譬彼禽尚游，五岳得其四”是也。既渡湖口，历石钟、大孤、小孤、三山、天门、采石、牛渚，南眺姑执之青山、白纻，横望九井，约略见之。渡江至滁洲，逆旅即次，遂冒雨游琅邪山醉翁、丰乐二亭，访西涧，度清流关；及渡河，取道曲阜，谒阙里林庙，望泰山并徂徕，入青石关以归，有《南行志》、《北归志》、《广州游览小志》各一卷。（《居易录》卷五）
文中的《南行志》、《北归志》及《广州游览小志》等均为此行所作笔记散文，此行的全部诗作，尽收《南海集》里，诗300余首。与康熙十一年典试四川，同样是半年的时间，有着相近的创作量，《南海集》与《蜀道集》一样反映了士禛“神韵”诗作得江山之助的特点。总之这两集之作是士禛精华诗作的一部分，都是他兼采历代，特别是时人纷争不休的唐宋诗中精华，融汇百家的结果。这种避免崇唐宗宋之争，为人所喜于接受，正是士禛这种尽得古今精华而兼人之所长，独倡“神韵”诗学对艺术的极大贡献，也是他“味在酸咸之外”的“神韵”诗学艺术精神的意义所在。故施闰章在诗中称赞：“往日篇章清如水，年来才力重如山。”（《施愚山全集》卷三十九）船行彭泽县前小孤山下长江中，因遇逆风，困顿在山下三天，舟人接连告急米尽。王士禛毫无风阻忧愁之感。他在《渔洋诗话》中，诉说了他这种乐此不忧的心情：
江上看晚霞最是妙境。余尝阻风小孤三日，看晚霞极妍尽态，忘留滞之苦，虽舟人告米尽，不恤也。
康熙二十四年（1685年），士禛返京复命后即告假回新城看望父亲，即得到父亲病逝的讣告，归里后在家守制，直到二十九年（1690年）始回京复职。在这期间，士禛得以静心思考对“神韵”诗学的丰富发展及诗坛唐宋诗纷争形成的各种弊端。于是他根据诗坛人士仅着眼于诗的风格创作而忽略艺术精神的现状，解决人们对唐、宋诗的评价及接受方式而产生的各式各样尖锐而复杂的论争，着重唐诗的选编，利用选本在不同程度上的批评、示范功能，引导世人从“神韵”诗学的角度出发，去欣赏作品的艺术精神，为诗文评价及接受搭设一个理想的平台。因此，他先后编选了《十种唐诗选》和《唐贤三昧集》刊刻行世。还把他“聚汉魏、六朝、四唐、宋、元诸集”研究的文学创作理论及关于神韵诗词理论写入了《池北偶谈》。他在《唐贤三昧集序》中开宗明义地指明诗文欣赏应像他选编《唐贤三昧集》这样，着眼于欣赏作品时能品味“味在酸咸之外”的艺术精神，这又是一件看不见摸不着的事，犹如：
严沧浪论诗云：盛唐诸人惟在兴趣，羚羊挂角，无迹可求，透澈玲珑，不可凑泊。如空中之音、相中之色、水中之月、镜中之像，言有尽而意无穷。司空表圣论诗亦云：妙在酸咸之外。
此论正是士禛以“神韵”诗学理论与严沧浪、司空图诗论相印证而确立起来的对唐诗为代表的诗文传统风格思想的重新认识。他启示人们诗文的典范意义不在风格而在于艺术精神，学习唐宋诗应从根本上把握艺术精神，师其艺术表现的基本特征，而不是模拟风格表层的皮毛。但要达到这种高超境界，必须有深厚的艺术功力。（《带经堂诗话》）这一功力王士禛认为已体现在他选编《唐贤三昧集》中，故或问“羚羊挂角”等艺术欣赏要诀时，王士禛在《师友诗传录》中答：
严仪卿所谓“如镜中花，如水中月，如水中盐味，如羚羊挂角，无迹可求”，皆以禅理喻诗。内典所云“不即不离，不粘不脱”；曹洞宗所云“参活句”是也。熟看拙选《唐贤三昧集》，自知之矣。
康熙三十一年（1692年）四月，士禛因受侍卫马三捷潜逃案牵连降一级为兵部督捕右侍郎。八月初五日，因原户部右侍郎病卒，调补王士禛为户部右侍郎，掌管宝泉局，依法督理钱法。时明珠与索额图党争明显，两人各依权势拉拢党羽，巧立名目搜括钱财。宝泉局故有向各掌院重臣呈样钱的陋习，士禛毫不客气下令立即禁止革除。康熙三十二年（1693年）九月，会秋审。王士禛详细听刑部对案宗陈诉，反复核对，至九月二十八日，刑部组织集合于天安门，覆议汇题。王士禛列举了于相元、王训、房得亮三人案情与拟判罪名不符，极得主掌秋审的吏部尚书库勒纳等的称赞，使三人案件得以平反。当时党争激烈，朝中官员皆在斗争阴云的笼罩中明哲保身，少说为佳，唯唯诺诺，唯士禛独以“下不负民，上不负国”的“忠勤报国”思想，依法断案，朝野传为盛事。五月初八日，又奉命入直南书房。至是，再次与康熙帝重温书房师友之谊。六月，于南书房任纂修《渊鉴类涵》总裁官。六月下旬，士禛转户部左侍郎。康熙三十四年（1695年），康熙帝为准备征讨噶尔丹筹资以充军需，于是年九月三十日，他在朝议时说：
从议政王大臣议，为准备征讨噶尔丹，凡不随征之王公大臣各出马驼资军，直隶、山东、山西、河南诸省文武官有愿捐助马驼者定例议叙，罪犯亦准其捐马驼赎罪。（《清史编年》）
十二月初四日，康熙帝又从于成龙言，说：
押运军粮，不论旗人民人有官无官者，可题请带往效力，凯旋日照军功议叙。……许革职、候缺官员及进士、举监生及无顶戴笔帖式等从军效力，凯旋时从犹议叙。本人年衰疾废亦可由子弟代行。（《清史编年》）
清廷这种为征战噶尔丹进行的全民总动员，有钱出钱，无钱出力，捐纳军饷可议叙加官的号召，形成了一场捐纳叙官叙功的高潮。一时间富豪巨贾捐钱买官爵者，袖珍怀璧，走健仆，囊大轴，肥马四驰，门门求荐者不计其数，各部官员亦乘机索贿，做奸谋利。王士禛于户部左侍郎任上，本可乘机从中谋利，但他对此一无所欲，并且严格要求下属，凡与捐纳有关事宜，必须手续完备，并且一呈一稿逐一审察，杜绝从中谋利。自己更加廉洁自励，公务闲暇，诗文之余，全身心地研究禅佛内典阐发的大智慧，有些人讥笑他愚钝，多数人对他评价很高。《渔洋山人自撰年谱》说：
时捐纳方开，多相缘为奸利。山人一无所欲，戒司官凡关捐纳事，勿以一呈一稿至前。在户部七年，始终皭然，如白圭振鹭，得全清白，举朝皆能谅之。然笑其愚者众矣。
山人官司农，既以廉洁自励，退食之暇，兼究心于内典。尝答淄川唐济武检讨书云：“少无宦情，又口不习言阿堵物，虽日在钱谷簿书堆中，不啻空山雨雪，烧品字柴，说无生话时也。”
这种“日在钱谷簿书堆中”专司国家钱粮的职务，不但一无染指，而且“不啻空山雨雪，烧品字柴，说无生话时也”。他虽步步升迁，但仍不忘记“不负民即不负国，不负国即不负所学”的人生格言（《渔洋山人自撰年谱》）。
是年十二月二十七日，康熙帝为了在全国形成一种宽松祥和的气氛，为翌年御驾亲征噶尔丹调动积极因素，于是便诏赦天下，派廷臣祭告长白山、五岳、四渎及历代帝王陵墓、孔子阙里，士禛奉命祭告西岳、西镇江渎。他于第二年二月启程，九月回京复命。《渔洋山人自撰年谱》说：
康熙三十四年十二月十七日乙巳，诏赦天下。遣廷臣祭告长白山、五岳、四渎及历代帝王陵寝、孔子阙里。三十五年正月二十一日戊寅，命下，同遣者十六人。二十七日甲申，上御保和殿，亲阅祝文、香帛。礼部尚书、侍郎等官、执事、奉使诸臣，皆在列。阅毕，由太和门驰道出。诸臣于午门辞朝，行三跪九叩礼毕，随至礼部，颁祝文、香帛。
年已63岁的王士禛这次出京远行，是他任京官时期的第三次也是最后一次远行。西岳是陕西华山；西岳庙在华阴县东五里，《华阴县志》：“岳庙在黄神谷口，后移于此。”三月初二日，午时，士禛达西岳庙斋宿。初三日，晨时，士禛由潼关同知周知涣、华阴知县董盛祚陪同诣白帝宫行祭。是月二十八日，士禛在凤翔知府许嗣国、陇州知州王鹤、风翔知县王嘉孝、麟游知县周鹤、汧阳知县韦圣翊陪同下入西镇庙祭祀。此番祭告，使士禛在第一次典试四川之行25年后又踏上了秦蜀之路，山川依旧，人却垂暮老矣！当他过西安再次行至灞桥时，见“夹岸杨柳，视昔已减什九”（《秦蜀驿程后记》），不由为之感慨，赋诗道：
灞桥杨柳碧毵毵，曾送征人去汉南。
今日攀条憔悴绝，树犹如此我何堪！
（《渔洋精华录·丙子诗》）
面对充满诗情画意的自然风光，他虽不复有昔日年轻人的诗兴，但作品得江山之助“生色有加”，依其自述：
再使秦蜀，往返万里，得诗才百余篇，皆寥寥短章，无复当年《蜀道》、《南海》豪放之格。然览古兴怀，得江山之助，生色有加。（《渔洋山人自撰年谱》）
他将这百余首诗结集，题为《雍益集》。尽管容量已显然少于前两次蜀道、南海之行，但一路人文胜迹丰富，自然景观悦目驰神，士禛自言此行之诗虽无复当年蜀道、南海的豪放之格，但“生色有加”。作为一代文坛领袖已近古稀之年的他来讲，是言之确凿的。《蜀道集》、《南海集》皆写于康熙二十七年（1688年）《唐贤三昧集》辑成之前，此后士禛已参透历代诗文特别是盛唐诗之真髓，便编辑《唐贤三昧集》，“欲破世俗矮人观场之见”（智补《盘山志》补遗卷一载渔洋《与青沟和尚书》之七），并点明诗文或盛唐诗作的典范意义不在风格而在于领悟其艺术精神，这便是“神韵”、“三昧”。学习盛唐三昧必须从根本上理解其艺术表现的基本特征，而不是模拟风格表层的皮毛。他在为冯廷櫆《晴川集》作序时说：
善学古人者学其神理，不善学者必学其衣冠、语言、涕唾而已矣。（《蚕尾集》卷七）
那种专注于单纯的句法、典故，甚至风格讨论研究的作法，仅停留在“品格”的层面，还离“神韵”意旨的美学精神很远。他的门人王立极认识到文坛多数人不解《唐贤三昧集》的意义在于适时给文坛指示了一条诗学新路，树立起注重表现取向而不是风格取向的诗文审美精神——“神韵”，人们陷入沿袭已久的专注于句法、典故、风格的争辩中不能自拔，一时上升不到“注重表现取向”境界的高度，就不免对《三昧集》持一种皮相之见，于是他便又在《唐贤三昧集后序》中，重申士禛“神韵”所倡的表现取向，说：
大要得其神而遗其形，留其韵而忘其迹，非声色嗅味之可寻，语言文字之可求也。
但文坛众人仍不觉悟，固执于《唐贤三昧集》是“旨在标格神韵，而独取所谓淳古淡泊者”（秦瀛《小观山人文集》卷三）。因此，王士禛在京城除利用批评、选集进行讲解外，用诗文表达又深受选题单一的限制。这次再离京师重走秦蜀之路为他利用诗歌去树立起一面表现取向而不是风格取向的诗歌审美精神——“神韵”的旗帜，创造了天造地设之条件。《雍益集》中的作品大多无前段他诗中的豪放、沉雄，也少了几分反映风格的成分，更较少用典，而是弃形取神，侧重于言形状物，在挖掘事物内涵、注重表现艺术精神上大下功夫，使作品的艺术典范性“生色有加”。如《故关》：
绝壁依天险，雄关锁地维。石横千仞壁，松偃万年枝。
尽日无鸟飞，经春卧老羆。槐花秋雨里，重忆旧题诗。
诗中语出天然，言情状物惟妙惟肖，这种以表现为取向的诗作，与第一次过井陉故关所作有了明显的不同。我们不妨再看一下《蜀道集》中，注重风格，侧重淳古淡泊的《雨中度故关》诗云：
危栈飞流万仞山，戌楼遥指暮云间。
西风急送潇潇雨，满路槐花出故关。
不同时间所作同一地点的两诗除有五七言之别，在语言的表现力上，“危栈飞流万仞山，戌楼遥指暮云间”远不及“石横千仞壁，松偃万年枝。尽日无鸟飞，经春卧老罴”的表现力度深刻、明朗。《雍益集》高于士禛以往诗作之处，在于以往诗作注重了含蓄淳古淡泊与豪放沉雄相结合的风格取向，而自《雍益集》前后之作又在兼及风格取向的同时，注重了表现取向，以求用艺术审美精神去凸显作品的典范意义。这不光是拨乱反正，矫唐宋诗争流弊的诗歌典范，也是“神韵”诗学理论由风格层面发展到表现取向日趋成熟的具体体现。《雍益集》和《蜀道集》、《南海集》构成了王士禛仕宦京华三十余年诗歌创作的主体，也反映了其神韵诗学从初期向高级，从表面到内涵发展的轨迹。康熙三十九年（1700年）他仿黄山谷《精华录》编定自己的《渔洋山人精华录》时，便以初步确定神韵诗学作为自己理论核心的《丙申诗》冠于篇首，间以各编年诗与《蜀道集》、《南海集》为主体，把象征神韵诗论完善成熟的《雍益集》殿后。《渔洋山人精华录》既是士禛一生诗歌成就的主体，是其神韵诗作的精华及神韵诗论的具体体现，也是清代诗学上的一座丰碑。至于后来人，误解士禛神韵之论，至今日相沿不察，康发祥《伯山诗话》说：
王阮亭士正《精华录》十二卷，自为摘录，诚《带经堂集》中之精华。其诋渔洋者，或谓其贪用故实，镂金错彩，无复初日芙蓉；或谓为一代正宗，而才力较薄，不相师法。究之篇章俱在，未可妄加雌黄。其诋渔洋者，皆未能及渔洋锻炼之精，酝酿之厚者也。
康熙三十六年（1697年）七月，王士禛突然接到家书，言仲子启汸出任唐山县令的事。士禛心想朝廷刚追赠祖父、父亲皆经筵讲官、户部左侍郎加一级，祖母、母、妻皆夫人，现又让启汸出任唐山县令，面对这种莫大的恩宠，士禛不是惊喜若狂，而是唯恐儿子以公子公孙自居，书生意气难胜此任。他陷入了深深的忧虑之中。经过长时间考虑后，他决定发扬王氏“忠勤报国”家训的优良传统，效仿高祖王之垣写《历仕录》教育后代的做法，总结几十年自己廉洁勤政、洁己爱民的为官经验，于康熙三十七年（1698年）二月一日，专门写下《手镜》一册给儿子启汸，教诲他做官要“清、慎、勤”、“洁己爱民”。全书由数十条做官规范和经验组成，摘录数条以见一斑：
公子公孙做官，一切倍要谨慎检点，见上司处同寅，接待绅士皆然，稍有任性，便谓以门第傲人，时时事事须存此意。做官自己脚底须正，持门第不得。
日用节俭可以成廉，而下人衣食，亦须照管令其无缺。
当照市价平买，不可有官价名色。
皇上御书赐天下督抚不过“清、慎、勤”三字。无暮夜枉法之金，清也；事事小心，不敢任性率意，慎也；早做夜思，事事不敢因循怠玩，勤也。
地方万一有水旱之灾，即当极力申诤，为民请命。不可如山左向年以报灾为讳，贻民间之害。
催征钱粮各有不同，要以便民为主。如自封投柜，不经胥吏之手，流水簿备照分明，则胥吏不能作奸，则天下所同也。比粮不可用刑太重，此事最系官声，慎之。
必实实有真诚与民同休戚之意，民未有不感动者，不恃智术驾驭。（《王渔洋先生年谱》）
康熙三十七年七月十三日，王士禛迁都察院左都御史。冬，士禛又奉命入直南书房。王士禛在监管弹劾官吏、审办要案过程中，严格法度，不徇情面，并杜绝托请贿说。其清风亮节，坐镇雅俗，深受满朝文武好评。少宰赵玉峰说：
公为户部侍郎七年，屏绝货贿，不名一钱，夫人而知之。至为御史大夫，清风亮节，坐镇雅俗，不立门户，不急弹劾，务以忠厚淳大培养元气，真朝廷大臣也，抑亦今日药石也。（《王渔洋先生年谱》）
康熙三十八年（1699年）十一月初五日，年已66岁的王士禛迁刑部尚书。康熙三十九年五月，北京城北居民徐起龙，有女嫁给冯继隆为妻，其婆母曹氏刁悍而又淫荡，徐女进门不久，便勾引私通辛二、和尚宣召等强行逼奸，徐女不从，曹氏三人便用烧红的烙铁烙她，徐女畏而从之，奸淫长达二月之久，始准许回娘家探亲，回到家后向父母哭诉了自己的遭遇，徐起龙羞愤难耐，便叫上表弟侯六来到曹氏门上找他讲理，曹氏及其奸夫辛二把他们打了出来，还恶人先告状，将徐起龙抓到官府，以光天化日之下入宅抢劫草率结案，呈报刑部。士禛私访到案件真情，他立即命令释放徐起龙兄弟，抓来曹氏、辛二，又逮了和尚宣召，审明事实，将三人下刑部狱，等候秋决，并判准徐女离婚。京城民众听到这申张正义的结果，都拍手称快。
自康熙三十五年（1696年）以后，康熙帝与太子间的矛盾日益激化。朝中也出现了拥护太子的太子党与反对太子的两股势力。大学士索额图是太子生母诚孝仁皇后的叔父，太子的外祖父，自然成为了太子党的首领人物。朝中反对太子的势力自然不甘寂寞，为争储位，各结私党。大学士明珠是惠妃的哥哥，皇长子的舅父，为支持皇长子争储位，他联合大学士余国柱、户部尚书佛伦、刑部尚书徐乾学等，与太子党对抗。康熙二十七年（1688年）二月，御史郭绣弹劾明珠、余国柱背公结党罪行后，康熙罢斥明珠、余国柱等，使党争暂告平息。康熙三十六年，康熙认为太子不孝，“听信匪人之言，素行遂变”，九月，又发现内务府所属官吏“私在太子处行走，甚属悖乱”（见《国朝宫史》），三十九年九月，康熙震怒之下给太子派去首领太监，以加强对太子及手下人的监督。在这种皇权之争达白热化程度时，王士禛是全然不觉的，太子也并未察觉康熙对他的监督，便经常召一代宗师王士禛谈诗唱和。这事很快被人密报康熙帝，康熙帝对此是深恶痛绝的，但念王士禛是才品兼优的老臣，又未发觉士禛与太子之间有非分行为，也不好明示士禛远离太子，因而左右为难。康熙四十年（1701年）四月十九日，王士禛在即将编成《居易录》三十四卷时，提出紧急请假为祖父、父亲迁葬。康熙趁机表扬士禛，意在安抚朝内舆论，说：
山东人性多偏执，好胜挟仇。昔李之芳、孙光祀、王清，其仇迄今未解，惟王士禛则无是也。其作诗甚佳，居家除读书外，别无他事，若令回籍，殊为可惜。著给假五月，不必开缺。（《圣祖实录》）
康熙本意让王士禛回山东，与太子隔离开来。不料是年冬，士禛归京不久，太子便又召王士禛共论诗艺，康熙甚为恼火，但苦于无有处罚王士禛的把柄。康熙四十三年（1704年）七月，步兵统领托合齐，以宛平县民薛应元控诉捐纳通判王五、太医院吏目吴谦，送刑部治罪。刑部立即根据案情审结奏请：“王五逼索私债，纵仆斗殴、革通判职；吴谦不知情，免议。”康熙帝看了刑部奏折，认为处理王士禛机会到了，立即下旨，下三法司严审。三法司审察结果是：王五系已革工部匠役，改名捐纳通判，屡逞凶毙命，应斩。吴谦同谋诈索，应绞。原审案人等因未得实情，根据不同情况给予处理。因此，士禛得到降三级调用的处分。康熙帝看了处理决定后，认为还没达到处分王士禛的程度，便又命都察院再监察。是年九月，左都御史舒辂等奏：“据革职刑部司员外郎孙叔贻、关福、席尔璊赴诉，原审王五、吴谦，先以取定口供，续派办稿，有人揭发南司主事马世泰嘱开脱吴谦。”因此才判王五流徙，而判吴谦免议。王五由流徙改为革职，据人供称是士禛同侍郎讨论“一流徙，一免议，轻重太觉悬殊”，遂对判决文稿做了改变，改流徙为斥革。这又被康熙抓住了把柄，命再审议。在议而不决下，又下旨集合人等对质。恰好又有王府护卫色尔弼，以开脱吴谦嘱长史穆尔泰转嘱马世泰的供状，交到康熙手中，他便借此令三法司判定，王五斩首，吴谦绞死，刑部长官因有“嘱托”之弊，而将王士禛以“瞻循”之罪革职。士禛的好友纷纷上疏，为其争辩，皆未被康熙采纳，众官员颇抱不平，遂极力支持士禛上疏申诉，此时，士禛心中也明白了康熙帝的用心，于是对大家说：“吾年已迟暮，能以微罪还故乡，甚幸也。”是年十月十三日，王士禛结束了45年的仕途生涯，坐上“巾车”上路，随身携带仅是“图书数簏而已”。送者填街盈巷，无不攀辕泣诉，沁州吴相国抓住士禛的手抽泣道：“大贤离朝，我无力疏请挽留，内心大为惭愧。”自此，一代文坛领袖王士禛，开始了他暮年里居淡泊自守的生活。第二年，他开始总结回忆自己一生的经历，编撰个人年谱。虽眼已昏花，唯大字本能识，作诗为文却仍然经年不辍，并与邹平张实居、淄川张笃庆等人传授诗学弟子，研究诗学理论，搜集整理地方文献，还著作刊行了《古夫于亭杂录》、《蚕尾后集》、《己丑、庚寅近体诗》、《分甘馀话》等诗文杂著。在其回乡的最早的一两年的诗作中，仍能明显地看到罢官对他这位“海内称三绝，鲁东止一儒”（《聊斋诗集》）的年迈文宗个人情绪的影响，如《丙戌七月一日立秋作》诗一首：
故山天黑已归休，弹指年光似水流。
皂荚树间方坐夏，红兰泽畔忽惊秋。
阑风伏雨催摇落，海燕江鸿任去留。
久识浮生蕉沫耳，倏然身世一虚舟。
诗中充溢着“浮生蕉沫”、“身世虚舟”的人生流年如梦的慨叹。康熙五十年（1711年），王士禛因病卧床，一生倾力于诗文“起衰救敝，扬风扢雅”的他，仍有一宿愿：自顺治辛卯举于乡试，今岁为康熙辛卯，如疡症得愈，便去省城济南与今年新科士子序老少同年，自是文坛美妙佳话。因口占一联：“得第重逢辛卯岁，删诗断自丙申年。”枕上口述让儿子启手录了扬州时他曾为其雪冤的居烈妇立了传。上年，门人程哲兄弟征其诗文付印全集，士禛检阅了自己生平的诗文创作，亲自口授儿子删定、汇集为《带经堂集》九十二卷，收录了王士禛诗歌编年以来的全部诗集和除笔记杂著以外的散文创作，其中诗近五千首，以洋洋大观的面貌，诠释着其神韵诗词的艺术主旨，反映一代文坛领袖吟咏不辍的风雅一生。
是年五月十一日，王士禛在新城家中去世。他的文朋诗友蒲松龄悲痛哭泣：“儒林道丧典型尽，大雅风衰文献亡。”（《聊斋诗集》卷五）冬，十二月初七日，葬于新城城西系河北边祖茔之次。门人私谥“文介”。
第三节 京师宦游
康熙四年（1665年）秋九月士禛入京途中，回想起自己当年未得京官的失意颓丧，短短几年即可迁官礼部入京任职，其心情特别愉快。行至山东德州南曲律店，他挥笔在旅店壁上题诗，抒发内心的欣慰：
曲律店子黄河崖，朝来一雨清风霾。
青松短壑不能住，骑驴又踏长安街。
（《香祖笔记》卷二）
士禛至京任礼部主客司主事。当时礼部尚书沙登，山东蓬莱人，顺治三年（1646年）进士。侍郎王熙，河北宛平人，顺治四年进士。黄机，浙江钱塘人，顺治四年进士，后以吏部尚书拜相，谥文禧。主客司郎中刘广国，潜江人，顺治六年进士，官终汉羌道佥事（《清史稿》一百十四《职官志·礼部》）。士禛主职为提督会同、四译两馆。明设会同、四夷两馆，清初复设会同馆属礼部，改四夷馆为四译馆属翰林院，掌管接待国内少数民族及外国使节，以及语言文字翻译工作。这对士禛来说，无疑是件全新的工作，他只得全身心投入。
士禛入京之时，恰逢鳌拜为首的四大辅臣结党营私，贪聚贿赂，“上违君父重托，下则残害生民”的肆虐之时，各部院官吏皆畏四辅臣“意气凌轹，人多惮之”。因此，官吏各事其主，互相倾轧。刚任京职的王士禛又素不喜攀附门墙，且无显宦为后台的政治背景，正当他忙碌之际，不料遭户部郎中某之诋谤而罢官。尽管是子虚乌有的罪名，但导致罢官的结果，无疑是对王士禛的一次重创。刚刚兴高采烈的他，不得不垂头丧气回归故里。不过事情很快得以澄清，翌年九月他即回京就职。
京城作为全国政治、经济、文化的中心，为士禛提供了更为广阔的诗文活动舞台。来京不长时间，他便以明确的“神韵”艺术主张，在诗文名士文人群中，构建起以自己为核心的文化圈。他在不断与江南杜浚、邵潜、孙豹人、冒襄等名流的诗文联系的同时，又与京城的汪琬、刘公、梁熙、董文骥、李天馥、陈廷敬、程邑等名士结为文社，时为礼部尚书的龚鼎孳出为文社之首，梁清标、魏象枢等长者皆参与助兴，这以龚鼎孳、王士禛为旗帜的文社汇集了当时京师文坛的精英，一时传为京城文苑佳话。王士禛诗文创作成就与“神韵”诗学理论迅速形成了一种独特的文化现象，名声远播海内。当时的诗坛新人带着自己的作品晋京求名家指点，往往是先拜谒龚鼎孳，第二人就是王士禛，他以神韵诗学传授教徒，得其一言褒奖，即可扬名诗坛。士禛同年王掞曾形容说：
公平生主持风会，裁别伪体，持论极严。而喜汲引后进，一篇之长，一句之善，辄称说不去口。以公齿颊成名者不可胜数。其指授为诗文，无不度越流俗。一时名流，大都出于公之门，如元和之韩，元祐之苏。著籍称门弟子者，不下数千人。（《娄水文征》）
桐城方苞领教王士禛时，士禛力言其文是特长，诗非专工的特点，方苞遂弃诗为文，终成大家。王藻《文献征存录》卷二中这样说：
公性和易宽简，好奖引气类。然人以诗投谒者，必与尽言其得失，不稍宽假。桐城方苞，少至京师，投以行卷，为力言其与诗不相近。方后终身不作韵语也。
一天，去同乡荣开（字洞门，山东新城人，顺治十二年进士，官工部郎中）的邸舍，士禛以诗学专家的眼光，发现了山西吴雯的诗作，读之，被其高古隽逸的诗句所震惊。其《蚕尾续文》中载：
“泉绕汉祠外，雪明秦树根。”又云：“浓云湿西岭，春泥沾条桑。”“至今尧峰上，犹上尧时日。”大异之曰：“此非今人之诗也。”
王士禛惊喜地向荣开索要了吴雯诗十余首，让刘公、汪琬、梁熙等人看，众人读后惊叹之情都不亚于士禛。这不禁使王士禛那好士爱才之心激动不已，顿生想见吴雯的迫切感。吴雯（1644—1704），字天章，本贯辽阳，移居山西蒲州，授临颖知县进士王士禛同年吴允升之子。康熙十八年（1679年），以诸生召试鸿儒博词不遇，放归。博览群籍，旁及释老内典，尤工于诗，诗格峻洁微远，自露天真，遗著《莲洋集》。在王士禛满腔期盼中，吴雯再到京师，两人终于相识，“一见谈艺”。王士禛详细记录了两人谈诗的欢快淋漓的情节，说：
君（吴雯）再入京师，一见谈艺，辄夜分不休，如释迦之有鹙子，沩山之有寂子，相说一解，不待往复扣击。君固以谓予一人知己，如后山之于南丰也。（《蚕尾续文》）
这种文人间一见如故的情怀，在王士禛与吴雯之间表现得尤为突出。自士禛于扬州推官任上，传播其“神韵”诗学理论开始，他一直困窘在“每持此（神韵）语时流，解者殊少”（《渔洋诗话》）的苦闷中，幸好门人宗元鼎在其《芙蓉集》卷首“诸家总评”中，为士禛点破了这层窗纸。为此，士禛因而把元鼎视为高足，离扬入京一直与之诗书交往不减。今又在营建其“神韵”诗学队伍的关键时刻，得以与吴雯相识，且在“神韵”诗学理论的认识上“相说以解，不待往复扣击”，大有天赐才人、助我成功的喜庆感。于是他以吴雯这种认识、理解“神韵”诗学理论的榜样，极力向世人标榜，以争取更多人认识、理解、实践“神韵”诗学理论，迅速发展壮大“神韵”诗派队伍。后来他在《蚕尾续文》中说：
汉魏已来二千余年间，以诗名其家者众矣，顾所号为仙才者，唯曹子建、李太白、苏子瞻三人而已。本朝大一统阅六十载，作者亦多矣，余独以仙才许蒲坂吴君。此予之私言，亦天下之公言也。
王士禛此论并非以壮语妄做扬誉，而是他向人们表明只有曹子建、李太白、苏子瞻、吴雯这样的仙才方可领略其“神韵”的艺术标准。王士禛“神韵”大纛一举，跳出唐、宋诗争的漩涡，“以大雅之才，起而振之，独标神韵，笼盖百家，其声望足以奔走天下”（见李元度《国朝先正事略》）。
王士禛自康熙五年（1666年）复礼部主客司主事以来，翌年便发生了康熙帝亲政及严惩辅臣鳌拜整肃朝政等一系列的大事，康熙七年（1668年）王士禛迁礼部仪制司员外郎。他以敏锐的政治嗅觉看到了康熙帝以重视文教为前提开展“文明之治”的宏伟工程要迅速展开。于是，他便利用公务之暇，将自顺治十三年至十六年的诗作进行整理。又于康熙八年（1669年）将扬州所作与官礼部后所作编为《渔洋集》，刻之苏州。《渔洋山人自撰年谱》说：
是年，山人自甲辰以前广陵所作，乙巳以后礼部所作，共一千三百余首，删其什六，益以《过江》、《入吴》、《白门》前后续集，都为一编，曰《渔洋集》。门生王我建（立极，庚子年所取士）刻之吴门。
《渔洋集》的出版发行，大大提高了王士禛的声誉。文士学子都争相传抄，必欲家有其书，先睹为快。王士禛的才学吏治之名也扬誉宫禁。
康熙初，由于战争与自然灾害给社会造成极大破坏，地方秩序尚未恢复正常，六年七月，康熙刚刚亲政，就遇到一场洪灾，河道、运河遭到破坏。由于河淤漕运受阻，国家沿河设立的造船厂监管工头乘管理混乱之机克扣船工工资，贪墨公款，造成民怨四起，使漕运船只短缺，漕运益加困难。当时京城及北方官兵所需粮物，每年通过运河挽运江南七省漕粮四百万石至北京，供应官兵俸饷，运道受阻、船只不足，事关重大。因此，康熙亲政后，便从中央各部衙门抽调得力人选组成河务主管机构，并下派专员至各港口码头、船厂实行专管督察。因是，王士禛便于康熙八年三月，以船场专管的名义奉使淮安清江浦榷署。清江浦在江苏清江市北淮河与运河汇合处，明时置河漕港总督于此。此原名沙河，又名乌沙河，明平江伯陈瑄发动军民重新疏浚河道，置移风、清江、福兴、新庄四闸，按汛情启关，更名清江浦。清初，河道总督、漕运总督皆驻于此，故盛极一时。士禛到任后，专司船厂造船，惩治贪墨、克扣船工银粮的恶吏，还揭露惩处木材商人汤甲以贿赂手段，操纵各级官员的罪行，使船厂面貌一新，所造清船皆十分坚固，大大解决了漕运缺船的困难，保障了漕运的顺利进行。士禛在榷署任职二年，回京后，于康熙十年（1671年）迁户部福建司郎中。是年，伯兄王士禄居京师为吏部考功司员外郎，同时在京的诗坛名流宋琬、施闰章、曹尔堪、沈荃、曹贞吉等，与王氏兄弟为文酒之会，盛有唱和，其他在京为官的陈廷敬、程康庄、李天馥、谢重辉、曹禾、汪懋麟等也与王氏兄弟时相往来，以诗酬答，成为燕京文坛一大盛事。此时，王士禛看到当时诗坛关于宗唐、宗宋的激烈斗争呈现出“康熙壬子、癸丑间屡入长安，与海内名宿尊酒细论，又阑入宋人畛域。所谓旗东亦东，旗西亦西，犹之乎学王李学三唐也”（宋荦《漫堂说诗》）的局势，深感自己对时风趋势的正确引导负有重要的责任。然而此时，自己主唐或主宋都会成为诗家口实，而产生误解。于是他便独以神韵为宗，摆脱了唐宋之争的是是非非，并因此丰富了“神韵”诗词学的内涵。宋诗之灵动警秀，不袭前人之妙，与唐诗之厚重文丽，温醇典雅之旨趣为士禛兼得，从而使诗的艺术风格有了拓展。一部分自明代中末叶便受宗唐派贬斥的宋诗崇尚派人士也如唐诗崇尚者一样，把士禛当做宗宋派的代表选入宋派作品集。康熙十年，原是“颇学宋人，于圣俞、山谷最为吻”（《清代学者像传》）的诗人吴之振在编辑《八家诗选》时，便把士禛、士禄弟兄作品选录，与北人中的宗宋派诗人宋琬、南人中浙西籍好尚苏轼的宗宋诗者曹尔堪等熔为一炉。这种文化现象，绝非是王士禛“物情厌故，笔意喜生”的缘故，而是士禛“聚汉魏六朝、四唐、宋、元诸集，无不窥其堂奥，而撮其大凡”（《渔洋山人自撰年谱》），以鸿博淹雅之才，独宗“神韵”的结果。他曾在《鬲津草堂诗集序》中说：
唐有诗，不必建安、黄初也；元和以后有诗，不必神龙、开元也；北宋有诗，不必李、杜、高、岑也。（《蚕尾集》卷七）
他的挚友金居敬赞许此论，他在《渔洋续集序》中，点拨出唐、宋诗派之争的症结：
世有相沿之论，曰诗当有唐诗，又当为大历以前诗人之诗。夫唐之文章至元和而极盛，其诗之传者隽异瑰玮，非其人未能为之者也。谓元和以后之诗可废也，抑固矣。凡名为唐诗者，必诋诃宋诗，而訾毁西江尤甚，斥之为山魈木怪，著薜萝之体。实则西江之音节、句法皆本之于唐，其原委不可诬也。盖有宋诗家自欧阳文忠公、王文公推扬李、杜，以振杨、刘之衰弱，而靡声曼响中，于习尚未能遽移，至黄鲁直而后，有以窥三唐之竅奥，力追古之作者，而与子瞻苏氏抗行于一时。其后学者派分为二，所谓各得其性之所近云尔，其一唱一和，于彼于此，之变之正，或离或合，有不知其所以然而然者。论者颇费之深考欤？
然而历来论者皆喜于“习尚”或以教科书成说，陷入唐宋诗争不自悟，顾此而失彼，未能还原于王士禛清初诗学衍进的历史原真面貌。
京师的官场生活和文学酬答，提高了士禛的文坛地位，扩大了他的影响，但也给其诗歌创作带来了滞碍。他的山水诗在审美方面尤其注重依托自然山水，在自然风光与历史人文的积淀中言志抒情，扬州诗词创作的丰收，正是得益于对自然与人文景物的充分精读与领悟。他在《居易录》卷四中，曾坦白地说：
予自少癖好山水，尝忆古人身到处莫放之言，故在扬州日，于金陵、京口、梁溪、姑苏诸名胜，皆于簿书期会中不废登临。
如果说在扬州是“得江山之助”，那么京师的生活不但令他有些厌倦，且遏制了他的诗思赋兴。虽然京城不乏文友间的诗酒酬答，他的诗笔还是明显放慢了。自乙巳秋入京，每年诗作不过几十首，而且基本属于歌功颂德与亲朋文友送迎之作以及日常琐事的闲吟。康熙十一年（1672年），士禛奉命以户部福建司郎中与工部郎中郑日奎二人分任正、副主考官典四川乡试，乡试地点在省府成都，考期为全国统一的八月九日至十六日。士禛自六月离京到十一月返京复命，一路上饱览壮美风景，诗兴勃发沿途作诗竟达350余首，结集为《蜀道集》。在其诗作中，士禛着意于唐神、宋韵相结合，既重视诗作对历史事实的认识，又以技艺把握工拙，不仅显示出对传统诗学的精湛见识，同时也显示出作者丰富的文史修养。因此，历来诗坛论者对《蜀道集》几乎是一致赞称的。这350多篇诗作是王士禛几乎遍历潼关内外、巴山蜀水，出入龙门栈道、长江三峡的“神韵”诗作的大实践、大收获，重新展现广陵诗坛那“酒酣落笔摇五岳，诗成笑傲凌沧州”（杜濬语）的“神韵”诗风。《蜀道集》主要为山水诗，大多数形式是五七言长歌或短古，著名的有《龙门阁》、《广武山》、《五丁峡》、《七盘岭》等。又如《沔县谒诸葛忠武侯祠》，其笔健力豪，气韵雄放，情味沉凝苍劲。
入秋，王士禛踏上归京之路，诗人置身于雄阔、壮丽的自然景物中，那柔婉、疏淡、迷蒙的山村野寺又令他动心而撩起诗兴。最具其惜别归乡情致的当是《嘉阳登舟》，诗云：
青衣江水碧鳞鳞，夹岸山容索笑新。
怅望三峨九秋色，飘零万里一归人。
亭台处处馀金粉，城郭家家绕绿苹。
信宿嘉州如旧识，荔支楼好对江津。
（《渔洋精华录·壬子诗》）
以蜀地人文风景为“旧识”表惜别，以万里秋色衬托“一归人”寄乡思，可谓“神韵”天然，情景妙合。士禛曾在《蚕尾续文·跋陈说岩太宰〈丁丑诗〉卷》中说：
自昔称诗者，尚雄浑则鲜风调，擅神韵则乏豪健，二者交讥；唯今太宰说岩先生之诗，能去二短，而兼其两长。
他注意到了雄浑和神韵各自偏废的不足，并赞许了陈廷敬诗作二者相兼的特色。其《蜀道集》可谓二者相融合，成为他诗作中“神韵”典丽，又“波澜洪阔”（吴骞《拜经楼诗话》）沉雄豪放的典范和顶峰。可见尚镕《三家诗话》评语“渔洋诗以游蜀所作为最”是极为公允的。
当王士禛行至长江三峡时，突然接到母亲去世的讣告，丧母的悲痛取代了潇洒的诗兴，他急急赶回故乡新城奔丧。《渔洋山人自撰年谱》云：
山人抵里后，寝处苫土，哀毁骨立，杖而后起，终三年丧。
康熙十五年始返京补官。
满族是一个汉化程度极高的少数民族，早在占据东北部地区时期，上至努尔哈赤，下至各亲王、贝勒、各部院大臣，都有设置书房，招聘汉学专家进行教导、顾问的习俗。顺治继位后除继承了这一习俗外，还在国内重视文教、科举等事项。康熙皇帝自幼便受汉学教育，康熙七年（1668年）七月七日亲政以来，为了加强自己的权力，亦欲重视文教与内廷书房的建设，建设一支宣扬帝制及传统儒学，鼓吹升平的文人队伍已势在必行。王士禛凭借知识分子与中央机构官员的政治敏感与洞察力，对此早已心领神会，并暗自“研精敛志，务为文章圣贤之学”，等待机会实现“忠勤报国”的理想。他在《渔洋山人自撰年谱》中阐述道：
先是，甲辰以后，令学宫停制艺，只用议策取士，严科场条例，至点画字句，罪勿敕。上亲政，考稽旧章。宗伯毅然以厘革弊政为己任。宗伯题其议，缮疏进之。奉上，报可。一时文明之治，翕然复兴，如世祖时。由是天下之士，复研精敛志，务为文章圣贤之学。
不久，康熙帝便加强了中央核心机构的文化队伍及设施建设，确定了自己由书画开始，到诗词歌赋及各项艺术的专攻计划，以胜任领导“文明之治”的大业。首先设立南书房。最早入直者是王士禛好友沈荃与励杜纳两人。康熙十五年（1676年），虽然吴三桂等叛乱成威胁内廷之势，但却仍不影响对南书房内直官的考察，由于王士禛刚完成了宋荦等《十子诗略》的刊行，诗名斐闻朝野，在杜臻、李蔚等人的荐举下，康熙帝对王士禛的诗才有了一个大概认识。士禛《召对录》云：
康熙丙辰，某再补户部郎中，居京师。一日，杜肇余（臻）阁学谓予曰：“昨随诸相奏事，上忽问各衙门官读书博学善诗文者，孰为最？首揆高阳李公对曰：‘以臣所知，户部郎中王士禛其人也。’上颔之曰：‘朕亦知之。’”
康熙十六年（1677年），平叛战争已度过艰难关头，康熙帝学问日益成长，为满足诗教政体的需要，急需补充水平更高、才品兼优的儒臣入直南书房。王士禛《召对录》云：
丁巳六月，大暑，辍讲一日。召桐城张读学入，上问如前，张公对郎中王某诗为一时共推，臣等亦皆就正之。上举士禛名至再三，又问王某诗可传后世否？张对曰：“一时之论，认为可传。”上又颔之。七月初一日，上又问高阳李公、临朐冯公，再以士禛及中书舍人陈玉璂对。上颔之。
康熙帝对王士禛一再考察，并令士禛与声斐海内的江南才子陈玉璂御前对诗，心里有了一个明确的印象。由于康熙向来处事严谨稳妥，对于选充南书房这种“一旦入直，便为书房师友”的有关“文明之治”的大事，更是采取严察慎选的态度。但他心中已认定王士禛“诗文兼优”，故不再让诸大臣复议了。康熙十七年正月二十二日，康熙帝又下诏书命时任户部四川司郎中的王士禛与翰林院掌院学士陈廷敬在懋勤殿御前对诗。陈廷敬（1639—1712），原名敬，字子端，号说岩，山西泽州（今晋城）人，顺治十五年进士，累官文渊阁大学士、兼吏部尚书。文与汪琬齐名，诗为王士禛评为“神韵”、豪放二者相兼。二人于懋勤殿由康熙帝监督对诗。他俩诗风虽不尽相同，但都神韵典丽兼沉雄豪放，士禛之诗以康熙帝之论尚略胜一筹。后康熙帝又命士禛示以书法，他展纸泼墨，笔如龙蛇，隽逸潇洒的晋人书体与他那超脱尘外、意欲乘风归去的神韵跃然纸上，康熙心中大悦，以为士禛之才极合太平盛世“文治天下”的要求。因于第二天早朝，谕内阁户部，破格以“王士禛诗文兼优，著以翰林官用”。这种汉族部曹一下转为词臣是历来从未有过的提拔重用。二月，改侍讲，未任，转侍读。三月二十八日，康熙又“诏翰林院掌院学士陈廷敬、侍读学士叶方蔼、侍读王士禛入侍内廷”（《康熙起居注》）。入直南书房的皆王士禛诗友，陈、叶两人都极力赞扬王士禛“起衰救敝，扬风扢雅”，从某种程度上说，这一论点也代表了文坛老少作家名流的心声，康熙帝“诗文兼优”的圣谕又赋予了皇权的威仪，加之入侍内廷，不仅辅导皇帝吟诗作赋、读书写字、讲求学业，还代拟谕旨，谋略朝政，编辑典籍，在君臣交流民族文化，缓和民族矛盾，推进建设“以文治天下”的过程中，王士禛真正成为名副其实的一代文坛领袖。郑方坤对这一历史性文化事件，曾在《国朝名人传略》中说：
本朝以文治天下，风雅道兴，钜人接踵，至先生出，而始断然为一代之宗。天下之士尊之如泰山北斗，至于家有其书，人习其说。盖自韩、苏二公以后，求其才足以包孕余子、其学足以贯穿古今、其识足以别裁伪体，六百年来未有盛于先生者也。
士禛这次“受圣天子特达之遇”不仅开启了他个人诗文创作的崭新一页，也为清代诗坛发展写下一代文坛领袖的新篇章。王掞在《王公神道碑铭》中曾高度评价：
本朝以文治天下，风雅道兴，钜人接踵，而一代风气之所主，断归乎公，未有能易之者也。独是公之一生，受圣天子特达之遇，自郎署改官禁近，跻位九列，风猷节概，卓卓乎有与文章著述相表里者。而天下重公起衰救敝、扬风扢雅之功，以为公不朽之业于是乎在。
王士禛自入直南书房后，每日陪伴康熙帝，履行其文政兼从、扬风扢雅、润饰昭代、以觇世运的鸿文藻业，促进了康熙帝“锐意向用文学之士”（《渔洋山人自撰年谱》卷下）、以文治天下步伐的加快。通过举行博学鸿儒考选才士，各省及中央部院共举荐59名，王士禛的许多文友如施闰章、彭孙遹、汪琬、米汉雯、曹禾等皆授编修；李因笃、秦松龄、陈维崧、汪楫、朱彝尊、尤侗、严绳孙等授检讨，俱入翰林。其年老者如傅山、邓汉仪、孙枝蔚等，俱授内阁中书舍人，量给银钱，回籍养老。不久，康熙帝便令开局编修《明史》，一场轰轰烈烈的文明之治的高潮兴起了。士禛在《渔洋山人自撰年谱》中说：“所以浸微而旋昌者，山人有力焉。”
王士禛发现一批勤政廉洁、德才兼备的官员，在以文艺取士的过程中不被重视，于是他便提出“荐士不当专以文艺”（《渔洋山人自撰年谱》）的观点。一天，吏部侍郎魏象枢向士禛询问举贤荐士的意见，他以江苏巡抚汤斌为例阐述了在以文艺取士的同时，还要把汤斌这种循吏破格提拔、委以重任的道理。魏象枢听后极力称赞，终于以汤斌人品学问皆优疏荐其参加博学鸿儒考试。
康熙十八年（1679年），王士禛被任命为《明史》纂修官，他按照“《明史》不可不成，公论不可不采，是非不可不明，人心不可不服”（《清圣祖实录》）的要求，严格取材，认真写作，力争把《明史》写成信今而传后的信史。康熙十九年（1680年）夏秋交接之时，王士禛迁国子监祭酒，负责掌管太学生录取、授课、评判优劣，管理诸方面的业务与法制。他虽政教事务繁重，仍然在公务之余，时与为翰林官的彭孙遹、施闰章、汪琬、陈维崧等人互相唱合，文坛名家一时盛集，声华四宇，再次成为京师人士称誉的文化现象。在此间，士禛仍不忘整饬诗教的重任，他看到正处于破旧立新、积滞待变的转折关头，破的已破，立的未立的现实，便自觉利用选编、批判的功能，在为诗友、门人选评诗文集的过程中，积极地以重视事实的认识甚于重视工拙的价值判断及开放通达的态度，对传统的唐、宋诗的价值观进行拨乱反正的评论，重点突出了诗是审美意象与“情”、“景”的统一。他在《蚕尾文》集中说：
历六朝、唐、宋，以诗名其家者甚众，岂其才尽不今若耶？是必不然。故尝著论，以为唐有诗，不必建安、黄初也；元和以后有诗，不必神龙、开元也；北宋有诗，不必李、杜、高、岑也。二十年来，海内贤知之流，矫枉过正，或乃欲祖宋祧唐，至于汉、魏乐府古选之遗音，荡然无复存者。江河日下，滔滔不返，有识者惧焉。
此间，他为他人选定诗文集数十余种，为宣传普及“神韵”诗词理论，奖掖后进作出了有益的贡献。康熙二十二年（1683年），年过半百的王士禛又读司空图《一鸣集》，激赏其论诗“味在酸咸之外”之说，从而创新了艺术欣赏的视角，拓展了“神韵”诗学的内涵。由于王士禛在论诗时尽量回避敏感的宗唐、宗宋之论，独倡“神韵”诗论，所以人们在艺术欣赏方面还不习惯以“味在酸咸之外”去解释唐宋诗“兴寄深厚，词义古质，从容讽谕，微婉含蓄者正也；刻露峭厉，奡兀豪宕者，变也”（徐乾学《十种唐诗选跋》）的流变关系，总孤立呆滞地在宗唐、宗宋争辩中迷而难返，且以宗唐或宗宋之论去误解王士禛论诗主旨。是年七、八月间，士禛诗友王又旦、汪懋麟邀陈廷敬、徐乾学等名士集于城南祝氏园亭，为文酒之会。徐乾学与诸名流盛称士禛诗为国朝一代正宗，度越有唐。士禛门人汪懋麟举觞言曰：
诗不必学唐，吾师之论诗未尝不采取宋元。譬之饮食，唐人诗犹粱肉也，若欲尝山海之珍馐，非讨论眉山、山谷、剑南之遗篇，不足以适志快意。吾师之弟子多矣，凡经指授，斐然成章，不名一格。吾师之学，无所不该，奈何以唐人比拟？（徐乾学《十种唐诗选跋》）
汪懋麟的这番言论立即引起了以徐乾学为代表的讥笑，以汪懋麟为“升堂而未入室”。于是一场旷日持久的以误解士禛独标“神韵”而形成的争论，在他的诗友门人间展开了。这一争论对士禛触动很大，连诗友门人都不能正确把握自己独标“神韵”的意旨，可见世人长期在宗唐宗宋争论的误区陷得太深了。于是，他便命门人盛符升将自《渔洋集》后康熙辛亥（1671年）至癸亥（1683年）十三年的作品汇集，题为《渔洋续集》付梓，以展示自己“神韵”诗学以三百篇为源，汉魏为盛，而唐以下为委；论唐诗则贞观、永泰为源，开元、大历称盛，而元和、开成以下为委；未尝不采取宋元，但需学问广博，天资宏肆，知历代诗变之源流，欲觇世，先审士风的诗学核心。
康熙二十二年（1683年）秋，王士禛见国子监所藏《十三经注疏》、《二十一史》刻板年久失修，因疏请皇帝批准修整，康熙帝准其疏请，并饬督抚查明南监刻，令学臣收贮儒学尊经阁。（《清史编年》）
康熙二十三年（1684年）十月，王士禛迁官詹事府少詹事兼翰林侍讲学士。时詹事为他的诗友沈荃，同列少詹事为周之麟（之麟，浙江萧山人，顺治十六年进士，官终通政使司通政使）。他具体掌管文学侍从，经筵充日讲官；编辑书籍，典试提学入翰林；并计划主持秋闱大典。是年十一月，王士禛奉命往广州南海神庙祭告南海之神。十九日他自京启程，朱彝尊、姜宸英、李澄中、魏坤，门人盛符升、吴雯、洪昇、惠周惕等十余人祖饯彰义门外，傍午时发。门生金居敬赠诗末句云：“归里定成南海集，还将后序属门生。”路过卢沟桥他有诗《卢沟桥却寄诸公》，表示对欢送人员的致谢。晚抵良乡，郑重先至，余怀前来附行。十二月七日，被大雪阻于东平县，于雪中他望见当地小洞庭湖中的蚕尾山，烟雪灭没的景象又触激他的喜爱山水的癖好，他似乎觉得离开京城，回归大自然的怀抱中，自己好像心态、面貌为之全新。他联想当年唐太守苏源明在此宴赏的情景，勃然诗兴大发，作《望小洞庭》诗云：
当日苏司业，风流此暂经。重岩望超忽，远水界空冥。
积雪明蚕尾，浮云下洞庭。明朝新霁好，回首数峰青。
他在扬州之时，受渔洋山景色的吸引而自号渔洋山人，今天又一次衷情于小洞庭湖中的蚕尾山，还属人画为小照，自序其风貌景色，以寄托他酷爱山水之思。《渔洋山人自撰年谱》云：
是冬，奉命南行，雪阻东平。望小洞庭中有蚕尾山，为唐太守苏源明宴赏地，因取以名山房。并图为小照，自序梗概，以志寄托。一时海内风雅之士，咸为山人处高位而有超世之志焉。
他离开东平“南行数千里，犹时时梦见之”，于是便取这魂牵梦绕的湖山之名“蚕尾”为自己山房名，并将此后的诗文集称之为《蚕尾集》和《蚕尾续集》，以示永志。
王士禛离开东平继续南行，直到在广州祭典后回归，沿途所经历的大川峻岭和名胜古迹，给他留下了难忘的印象。他不但以“神韵”诗学主唐兼宋的风格把沿途经历写进了自己的《南海集》中，还在《居易录》卷五中一一历述了这些激发他滔滔诗情的地方，说明“神韵”诗学不是凭空产生的，是“聚汉魏、六朝、四唐、宋、元诸集”（见《渔洋山人自撰年谱》）的精华，又得益于这些山水之助：
十一月，奉命祭告南海。是冬大雪，所过如峄山、云龙、龙眠、灊岳、黄梅、五祖、九江匡庐、南昌西山、吉安青原、赣州十八滩、八境台、梅岭、韶石，大庙、浈阳、中宿、羚羊诸峡，濛瀼、龙头影、弹子矶、观音岩、越秀、白云、西樵、七星岩诸山，皆与粤中故人陈（恭尹）元孝、屈（大均）翁山辈赋诗，独不及登罗浮、啖新荔，为两恨事耳。归渡彭蠡，阻风南康，与南丰汤先生（来贺）惕庵、南康周太守（灿）星公、孙征君（枝蔚）豹人同游庐山白鹿洞、栖贤寺，望五老峰，观三峡、玉渊诸名胜；又自玉京山至万杉、开先诸寺，观青玉峡瀑布。欲由开先往归观水帘，以风便登舟，不果，至今耿耿于怀，予诗所云：“譬彼禽尚游，五岳得其四”是也。既渡湖口，历石钟、大孤、小孤、三山、天门、采石、牛渚，南眺姑执之青山、白纻，横望九井，约略见之。渡江至滁洲，逆旅即次，遂冒雨游琅邪山醉翁、丰乐二亭，访西涧，度清流关；及渡河，取道曲阜，谒阙里林庙，望泰山并徂徕，入青石关以归，有《南行志》、《北归志》、《广州游览小志》各一卷。（《居易录》卷五）
文中的《南行志》、《北归志》及《广州游览小志》等均为此行所作笔记散文，此行的全部诗作，尽收《南海集》里，诗300余首。与康熙十一年典试四川，同样是半年的时间，有着相近的创作量，《南海集》与《蜀道集》一样反映了士禛“神韵”诗作得江山之助的特点。总之这两集之作是士禛精华诗作的一部分，都是他兼采历代，特别是时人纷争不休的唐宋诗中精华，融汇百家的结果。这种避免崇唐宗宋之争，为人所喜于接受，正是士禛这种尽得古今精华而兼人之所长，独倡“神韵”诗学对艺术的极大贡献，也是他“味在酸咸之外”的“神韵”诗学艺术精神的意义所在。故施闰章在诗中称赞：“往日篇章清如水，年来才力重如山。”（《施愚山全集》卷三十九）船行彭泽县前小孤山下长江中，因遇逆风，困顿在山下三天，舟人接连告急米尽。王士禛毫无风阻忧愁之感。他在《渔洋诗话》中，诉说了他这种乐此不忧的心情：
江上看晚霞最是妙境。余尝阻风小孤三日，看晚霞极妍尽态，忘留滞之苦，虽舟人告米尽，不恤也。
康熙二十四年（1685年），士禛返京复命后即告假回新城看望父亲，即得到父亲病逝的讣告，归里后在家守制，直到二十九年（1690年）始回京复职。在这期间，士禛得以静心思考对“神韵”诗学的丰富发展及诗坛唐宋诗纷争形成的各种弊端。于是他根据诗坛人士仅着眼于诗的风格创作而忽略艺术精神的现状，解决人们对唐、宋诗的评价及接受方式而产生的各式各样尖锐而复杂的论争，着重唐诗的选编，利用选本在不同程度上的批评、示范功能，引导世人从“神韵”诗学的角度出发，去欣赏作品的艺术精神，为诗文评价及接受搭设一个理想的平台。因此，他先后编选了《十种唐诗选》和《唐贤三昧集》刊刻行世。还把他“聚汉魏、六朝、四唐、宋、元诸集”研究的文学创作理论及关于神韵诗词理论写入了《池北偶谈》。他在《唐贤三昧集序》中开宗明义地指明诗文欣赏应像他选编《唐贤三昧集》这样，着眼于欣赏作品时能品味“味在酸咸之外”的艺术精神，这又是一件看不见摸不着的事，犹如：
严沧浪论诗云：盛唐诸人惟在兴趣，羚羊挂角，无迹可求，透澈玲珑，不可凑泊。如空中之音、相中之色、水中之月、镜中之像，言有尽而意无穷。司空表圣论诗亦云：妙在酸咸之外。
此论正是士禛以“神韵”诗学理论与严沧浪、司空图诗论相印证而确立起来的对唐诗为代表的诗文传统风格思想的重新认识。他启示人们诗文的典范意义不在风格而在于艺术精神，学习唐宋诗应从根本上把握艺术精神，师其艺术表现的基本特征，而不是模拟风格表层的皮毛。但要达到这种高超境界，必须有深厚的艺术功力。（《带经堂诗话》）这一功力王士禛认为已体现在他选编《唐贤三昧集》中，故或问“羚羊挂角”等艺术欣赏要诀时，王士禛在《师友诗传录》中答：
严仪卿所谓“如镜中花，如水中月，如水中盐味，如羚羊挂角，无迹可求”，皆以禅理喻诗。内典所云“不即不离，不粘不脱”；曹洞宗所云“参活句”是也。熟看拙选《唐贤三昧集》，自知之矣。
康熙三十一年（1692年）四月，士禛因受侍卫马三捷潜逃案牵连降一级为兵部督捕右侍郎。八月初五日，因原户部右侍郎病卒，调补王士禛为户部右侍郎，掌管宝泉局，依法督理钱法。时明珠与索额图党争明显，两人各依权势拉拢党羽，巧立名目搜括钱财。宝泉局故有向各掌院重臣呈样钱的陋习，士禛毫不客气下令立即禁止革除。康熙三十二年（1693年）九月，会秋审。王士禛详细听刑部对案宗陈诉，反复核对，至九月二十八日，刑部组织集合于天安门，覆议汇题。王士禛列举了于相元、王训、房得亮三人案情与拟判罪名不符，极得主掌秋审的吏部尚书库勒纳等的称赞，使三人案件得以平反。当时党争激烈，朝中官员皆在斗争阴云的笼罩中明哲保身，少说为佳，唯唯诺诺，唯士禛独以“下不负民，上不负国”的“忠勤报国”思想，依法断案，朝野传为盛事。五月初八日，又奉命入直南书房。至是，再次与康熙帝重温书房师友之谊。六月，于南书房任纂修《渊鉴类涵》总裁官。六月下旬，士禛转户部左侍郎。康熙三十四年（1695年），康熙帝为准备征讨噶尔丹筹资以充军需，于是年九月三十日，他在朝议时说：
从议政王大臣议，为准备征讨噶尔丹，凡不随征之王公大臣各出马驼资军，直隶、山东、山西、河南诸省文武官有愿捐助马驼者定例议叙，罪犯亦准其捐马驼赎罪。（《清史编年》）
十二月初四日，康熙帝又从于成龙言，说：
押运军粮，不论旗人民人有官无官者，可题请带往效力，凯旋日照军功议叙。……许革职、候缺官员及进士、举监生及无顶戴笔帖式等从军效力，凯旋时从犹议叙。本人年衰疾废亦可由子弟代行。（《清史编年》）
清廷这种为征战噶尔丹进行的全民总动员，有钱出钱，无钱出力，捐纳军饷可议叙加官的号召，形成了一场捐纳叙官叙功的高潮。一时间富豪巨贾捐钱买官爵者，袖珍怀璧，走健仆，囊大轴，肥马四驰，门门求荐者不计其数，各部官员亦乘机索贿，做奸谋利。王士禛于户部左侍郎任上，本可乘机从中谋利，但他对此一无所欲，并且严格要求下属，凡与捐纳有关事宜，必须手续完备，并且一呈一稿逐一审察，杜绝从中谋利。自己更加廉洁自励，公务闲暇，诗文之余，全身心地研究禅佛内典阐发的大智慧，有些人讥笑他愚钝，多数人对他评价很高。《渔洋山人自撰年谱》说：
时捐纳方开，多相缘为奸利。山人一无所欲，戒司官凡关捐纳事，勿以一呈一稿至前。在户部七年，始终皭然，如白圭振鹭，得全清白，举朝皆能谅之。然笑其愚者众矣。
山人官司农，既以廉洁自励，退食之暇，兼究心于内典。尝答淄川唐济武检讨书云：“少无宦情，又口不习言阿堵物，虽日在钱谷簿书堆中，不啻空山雨雪，烧品字柴，说无生话时也。”
这种“日在钱谷簿书堆中”专司国家钱粮的职务，不但一无染指，而且“不啻空山雨雪，烧品字柴，说无生话时也”。他虽步步升迁，但仍不忘记“不负民即不负国，不负国即不负所学”的人生格言（《渔洋山人自撰年谱》）。
是年十二月二十七日，康熙帝为了在全国形成一种宽松祥和的气氛，为翌年御驾亲征噶尔丹调动积极因素，于是便诏赦天下，派廷臣祭告长白山、五岳、四渎及历代帝王陵墓、孔子阙里，士禛奉命祭告西岳、西镇江渎。他于第二年二月启程，九月回京复命。《渔洋山人自撰年谱》说：
康熙三十四年十二月十七日乙巳，诏赦天下。遣廷臣祭告长白山、五岳、四渎及历代帝王陵寝、孔子阙里。三十五年正月二十一日戊寅，命下，同遣者十六人。二十七日甲申，上御保和殿，亲阅祝文、香帛。礼部尚书、侍郎等官、执事、奉使诸臣，皆在列。阅毕，由太和门驰道出。诸臣于午门辞朝，行三跪九叩礼毕，随至礼部，颁祝文、香帛。
年已63岁的王士禛这次出京远行，是他任京官时期的第三次也是最后一次远行。西岳是陕西华山；西岳庙在华阴县东五里，《华阴县志》：“岳庙在黄神谷口，后移于此。”三月初二日，午时，士禛达西岳庙斋宿。初三日，晨时，士禛由潼关同知周知涣、华阴知县董盛祚陪同诣白帝宫行祭。是月二十八日，士禛在凤翔知府许嗣国、陇州知州王鹤、风翔知县王嘉孝、麟游知县周鹤、汧阳知县韦圣翊陪同下入西镇庙祭祀。此番祭告，使士禛在第一次典试四川之行25年后又踏上了秦蜀之路，山川依旧，人却垂暮老矣！当他过西安再次行至灞桥时，见“夹岸杨柳，视昔已减什九”（《秦蜀驿程后记》），不由为之感慨，赋诗道：
灞桥杨柳碧毵毵，曾送征人去汉南。
今日攀条憔悴绝，树犹如此我何堪！
（《渔洋精华录·丙子诗》）
面对充满诗情画意的自然风光，他虽不复有昔日年轻人的诗兴，但作品得江山之助“生色有加”，依其自述：
再使秦蜀，往返万里，得诗才百余篇，皆寥寥短章，无复当年《蜀道》、《南海》豪放之格。然览古兴怀，得江山之助，生色有加。（《渔洋山人自撰年谱》）
他将这百余首诗结集，题为《雍益集》。尽管容量已显然少于前两次蜀道、南海之行，但一路人文胜迹丰富，自然景观悦目驰神，士禛自言此行之诗虽无复当年蜀道、南海的豪放之格，但“生色有加”。作为一代文坛领袖已近古稀之年的他来讲，是言之确凿的。《蜀道集》、《南海集》皆写于康熙二十七年（1688年）《唐贤三昧集》辑成之前，此后士禛已参透历代诗文特别是盛唐诗之真髓，便编辑《唐贤三昧集》，“欲破世俗矮人观场之见”（智补《盘山志》补遗卷一载渔洋《与青沟和尚书》之七），并点明诗文或盛唐诗作的典范意义不在风格而在于领悟其艺术精神，这便是“神韵”、“三昧”。学习盛唐三昧必须从根本上理解其艺术表现的基本特征，而不是模拟风格表层的皮毛。他在为冯廷櫆《晴川集》作序时说：
善学古人者学其神理，不善学者必学其衣冠、语言、涕唾而已矣。（《蚕尾集》卷七）
那种专注于单纯的句法、典故，甚至风格讨论研究的作法，仅停留在“品格”的层面，还离“神韵”意旨的美学精神很远。他的门人王立极认识到文坛多数人不解《唐贤三昧集》的意义在于适时给文坛指示了一条诗学新路，树立起注重表现取向而不是风格取向的诗文审美精神——“神韵”，人们陷入沿袭已久的专注于句法、典故、风格的争辩中不能自拔，一时上升不到“注重表现取向”境界的高度，就不免对《三昧集》持一种皮相之见，于是他便又在《唐贤三昧集后序》中，重申士禛“神韵”所倡的表现取向，说：
大要得其神而遗其形，留其韵而忘其迹，非声色嗅味之可寻，语言文字之可求也。
但文坛众人仍不觉悟，固执于《唐贤三昧集》是“旨在标格神韵，而独取所谓淳古淡泊者”（秦瀛《小观山人文集》卷三）。因此，王士禛在京城除利用批评、选集进行讲解外，用诗文表达又深受选题单一的限制。这次再离京师重走秦蜀之路为他利用诗歌去树立起一面表现取向而不是风格取向的诗歌审美精神——“神韵”的旗帜，创造了天造地设之条件。《雍益集》中的作品大多无前段他诗中的豪放、沉雄，也少了几分反映风格的成分，更较少用典，而是弃形取神，侧重于言形状物，在挖掘事物内涵、注重表现艺术精神上大下功夫，使作品的艺术典范性“生色有加”。如《故关》：
绝壁依天险，雄关锁地维。石横千仞壁，松偃万年枝。
尽日无鸟飞，经春卧老羆。槐花秋雨里，重忆旧题诗。
诗中语出天然，言情状物惟妙惟肖，这种以表现为取向的诗作，与第一次过井陉故关所作有了明显的不同。我们不妨再看一下《蜀道集》中，注重风格，侧重淳古淡泊的《雨中度故关》诗云：
危栈飞流万仞山，戌楼遥指暮云间。
西风急送潇潇雨，满路槐花出故关。
不同时间所作同一地点的两诗除有五七言之别，在语言的表现力上，“危栈飞流万仞山，戌楼遥指暮云间”远不及“石横千仞壁，松偃万年枝。尽日无鸟飞，经春卧老罴”的表现力度深刻、明朗。《雍益集》高于士禛以往诗作之处，在于以往诗作注重了含蓄淳古淡泊与豪放沉雄相结合的风格取向，而自《雍益集》前后之作又在兼及风格取向的同时，注重了表现取向，以求用艺术审美精神去凸显作品的典范意义。这不光是拨乱反正，矫唐宋诗争流弊的诗歌典范，也是“神韵”诗学理论由风格层面发展到表现取向日趋成熟的具体体现。《雍益集》和《蜀道集》、《南海集》构成了王士禛仕宦京华三十余年诗歌创作的主体，也反映了其神韵诗学从初期向高级，从表面到内涵发展的轨迹。康熙三十九年（1700年）他仿黄山谷《精华录》编定自己的《渔洋山人精华录》时，便以初步确定神韵诗学作为自己理论核心的《丙申诗》冠于篇首，间以各编年诗与《蜀道集》、《南海集》为主体，把象征神韵诗论完善成熟的《雍益集》殿后。《渔洋山人精华录》既是士禛一生诗歌成就的主体，是其神韵诗作的精华及神韵诗论的具体体现，也是清代诗学上的一座丰碑。至于后来人，误解士禛神韵之论，至今日相沿不察，康发祥《伯山诗话》说：
王阮亭士正《精华录》十二卷，自为摘录，诚《带经堂集》中之精华。其诋渔洋者，或谓其贪用故实，镂金错彩，无复初日芙蓉；或谓为一代正宗，而才力较薄，不相师法。究之篇章俱在，未可妄加雌黄。其诋渔洋者，皆未能及渔洋锻炼之精，酝酿之厚者也。
康熙三十六年（1697年）七月，王士禛突然接到家书，言仲子启汸出任唐山县令的事。士禛心想朝廷刚追赠祖父、父亲皆经筵讲官、户部左侍郎加一级，祖母、母、妻皆夫人，现又让启汸出任唐山县令，面对这种莫大的恩宠，士禛不是惊喜若狂，而是唯恐儿子以公子公孙自居，书生意气难胜此任。他陷入了深深的忧虑之中。经过长时间考虑后，他决定发扬王氏“忠勤报国”家训的优良传统，效仿高祖王之垣写《历仕录》教育后代的做法，总结几十年自己廉洁勤政、洁己爱民的为官经验，于康熙三十七年（1698年）二月一日，专门写下《手镜》一册给儿子启汸，教诲他做官要“清、慎、勤”、“洁己爱民”。全书由数十条做官规范和经验组成，摘录数条以见一斑：
公子公孙做官，一切倍要谨慎检点，见上司处同寅，接待绅士皆然，稍有任性，便谓以门第傲人，时时事事须存此意。做官自己脚底须正，持门第不得。
日用节俭可以成廉，而下人衣食，亦须照管令其无缺。
当照市价平买，不可有官价名色。
皇上御书赐天下督抚不过“清、慎、勤”三字。无暮夜枉法之金，清也；事事小心，不敢任性率意，慎也；早做夜思，事事不敢因循怠玩，勤也。
地方万一有水旱之灾，即当极力申诤，为民请命。不可如山左向年以报灾为讳，贻民间之害。
催征钱粮各有不同，要以便民为主。如自封投柜，不经胥吏之手，流水簿备照分明，则胥吏不能作奸，则天下所同也。比粮不可用刑太重，此事最系官声，慎之。
必实实有真诚与民同休戚之意，民未有不感动者，不恃智术驾驭。（《王渔洋先生年谱》）
康熙三十七年七月十三日，王士禛迁都察院左都御史。冬，士禛又奉命入直南书房。王士禛在监管弹劾官吏、审办要案过程中，严格法度，不徇情面，并杜绝托请贿说。其清风亮节，坐镇雅俗，深受满朝文武好评。少宰赵玉峰说：
公为户部侍郎七年，屏绝货贿，不名一钱，夫人而知之。至为御史大夫，清风亮节，坐镇雅俗，不立门户，不急弹劾，务以忠厚淳大培养元气，真朝廷大臣也，抑亦今日药石也。（《王渔洋先生年谱》）
康熙三十八年（1699年）十一月初五日，年已66岁的王士禛迁刑部尚书。康熙三十九年五月，北京城北居民徐起龙，有女嫁给冯继隆为妻，其婆母曹氏刁悍而又淫荡，徐女进门不久，便勾引私通辛二、和尚宣召等强行逼奸，徐女不从，曹氏三人便用烧红的烙铁烙她，徐女畏而从之，奸淫长达二月之久，始准许回娘家探亲，回到家后向父母哭诉了自己的遭遇，徐起龙羞愤难耐，便叫上表弟侯六来到曹氏门上找他讲理，曹氏及其奸夫辛二把他们打了出来，还恶人先告状，将徐起龙抓到官府，以光天化日之下入宅抢劫草率结案，呈报刑部。士禛私访到案件真情，他立即命令释放徐起龙兄弟，抓来曹氏、辛二，又逮了和尚宣召，审明事实，将三人下刑部狱，等候秋决，并判准徐女离婚。京城民众听到这申张正义的结果，都拍手称快。
自康熙三十五年（1696年）以后，康熙帝与太子间的矛盾日益激化。朝中也出现了拥护太子的太子党与反对太子的两股势力。大学士索额图是太子生母诚孝仁皇后的叔父，太子的外祖父，自然成为了太子党的首领人物。朝中反对太子的势力自然不甘寂寞，为争储位，各结私党。大学士明珠是惠妃的哥哥，皇长子的舅父，为支持皇长子争储位，他联合大学士余国柱、户部尚书佛伦、刑部尚书徐乾学等，与太子党对抗。康熙二十七年（1688年）二月，御史郭绣弹劾明珠、余国柱背公结党罪行后，康熙罢斥明珠、余国柱等，使党争暂告平息。康熙三十六年，康熙认为太子不孝，“听信匪人之言，素行遂变”，九月，又发现内务府所属官吏“私在太子处行走，甚属悖乱”（见《国朝宫史》），三十九年九月，康熙震怒之下给太子派去首领太监，以加强对太子及手下人的监督。在这种皇权之争达白热化程度时，王士禛是全然不觉的，太子也并未察觉康熙对他的监督，便经常召一代宗师王士禛谈诗唱和。这事很快被人密报康熙帝，康熙帝对此是深恶痛绝的，但念王士禛是才品兼优的老臣，又未发觉士禛与太子之间有非分行为，也不好明示士禛远离太子，因而左右为难。康熙四十年（1701年）四月十九日，王士禛在即将编成《居易录》三十四卷时，提出紧急请假为祖父、父亲迁葬。康熙趁机表扬士禛，意在安抚朝内舆论，说：
山东人性多偏执，好胜挟仇。昔李之芳、孙光祀、王清，其仇迄今未解，惟王士禛则无是也。其作诗甚佳，居家除读书外，别无他事，若令回籍，殊为可惜。著给假五月，不必开缺。（《圣祖实录》）
康熙本意让王士禛回山东，与太子隔离开来。不料是年冬，士禛归京不久，太子便又召王士禛共论诗艺，康熙甚为恼火，但苦于无有处罚王士禛的把柄。康熙四十三年（1704年）七月，步兵统领托合齐，以宛平县民薛应元控诉捐纳通判王五、太医院吏目吴谦，送刑部治罪。刑部立即根据案情审结奏请：“王五逼索私债，纵仆斗殴、革通判职；吴谦不知情，免议。”康熙帝看了刑部奏折，认为处理王士禛机会到了，立即下旨，下三法司严审。三法司审察结果是：王五系已革工部匠役，改名捐纳通判，屡逞凶毙命，应斩。吴谦同谋诈索，应绞。原审案人等因未得实情，根据不同情况给予处理。因此，士禛得到降三级调用的处分。康熙帝看了处理决定后，认为还没达到处分王士禛的程度，便又命都察院再监察。是年九月，左都御史舒辂等奏：“据革职刑部司员外郎孙叔贻、关福、席尔璊赴诉，原审王五、吴谦，先以取定口供，续派办稿，有人揭发南司主事马世泰嘱开脱吴谦。”因此才判王五流徙，而判吴谦免议。王五由流徙改为革职，据人供称是士禛同侍郎讨论“一流徙，一免议，轻重太觉悬殊”，遂对判决文稿做了改变，改流徙为斥革。这又被康熙抓住了把柄，命再审议。在议而不决下，又下旨集合人等对质。恰好又有王府护卫色尔弼，以开脱吴谦嘱长史穆尔泰转嘱马世泰的供状，交到康熙手中，他便借此令三法司判定，王五斩首，吴谦绞死，刑部长官因有“嘱托”之弊，而将王士禛以“瞻循”之罪革职。士禛的好友纷纷上疏，为其争辩，皆未被康熙采纳，众官员颇抱不平，遂极力支持士禛上疏申诉，此时，士禛心中也明白了康熙帝的用心，于是对大家说：“吾年已迟暮，能以微罪还故乡，甚幸也。”是年十月十三日，王士禛结束了45年的仕途生涯，坐上“巾车”上路，随身携带仅是“图书数簏而已”。送者填街盈巷，无不攀辕泣诉，沁州吴相国抓住士禛的手抽泣道：“大贤离朝，我无力疏请挽留，内心大为惭愧。”自此，一代文坛领袖王士禛，开始了他暮年里居淡泊自守的生活。第二年，他开始总结回忆自己一生的经历，编撰个人年谱。虽眼已昏花，唯大字本能识，作诗为文却仍然经年不辍，并与邹平张实居、淄川张笃庆等人传授诗学弟子，研究诗学理论，搜集整理地方文献，还著作刊行了《古夫于亭杂录》、《蚕尾后集》、《己丑、庚寅近体诗》、《分甘馀话》等诗文杂著。在其回乡的最早的一两年的诗作中，仍能明显地看到罢官对他这位“海内称三绝，鲁东止一儒”（《聊斋诗集》）的年迈文宗个人情绪的影响，如《丙戌七月一日立秋作》诗一首：
故山天黑已归休，弹指年光似水流。
皂荚树间方坐夏，红兰泽畔忽惊秋。
阑风伏雨催摇落，海燕江鸿任去留。
久识浮生蕉沫耳，倏然身世一虚舟。
诗中充溢着“浮生蕉沫”、“身世虚舟”的人生流年如梦的慨叹。康熙五十年（1711年），王士禛因病卧床，一生倾力于诗文“起衰救敝，扬风扢雅”的他，仍有一宿愿：自顺治辛卯举于乡试，今岁为康熙辛卯，如疡症得愈，便去省城济南与今年新科士子序老少同年，自是文坛美妙佳话。因口占一联：“得第重逢辛卯岁，删诗断自丙申年。”枕上口述让儿子启手录了扬州时他曾为其雪冤的居烈妇立了传。上年，门人程哲兄弟征其诗文付印全集，士禛检阅了自己生平的诗文创作，亲自口授儿子删定、汇集为《带经堂集》九十二卷，收录了王士禛诗歌编年以来的全部诗集和除笔记杂著以外的散文创作，其中诗近五千首，以洋洋大观的面貌，诠释着其神韵诗词的艺术主旨，反映一代文坛领袖吟咏不辍的风雅一生。
是年五月十一日，王士禛在新城家中去世。他的文朋诗友蒲松龄悲痛哭泣：“儒林道丧典型尽，大雅风衰文献亡。”（《聊斋诗集》卷五）冬，十二月初七日，葬于新城城西系河北边祖茔之次。门人私谥“文介”。