孟庙内古树名木繁多，多种桧柏、侧柏，又有银杏、古槐、紫藤等点缀其间。自北宋创建孟庙以来，代代培植，现有古树名木338株。
据孟氏《三迁志》、《重纂三迁志》记载：“庙中古桧有三，二在寝殿前，一在殿后，皆宋宣和三年（1121年）县令朱缶改建庙时所植。”这三株桧树虽历经800多年风雨侵凌，仍然枝干挺拔，苍翠茂盛。
孟庙神道古树
孟庙致严堂院中，有一株盘曲遒劲的紫藤，缠绕在一株银杏树上，直插云霄。每年春末夏初，一串串芬芳的紫色小花自孟庙红色的垣墙内探出，吸引过往行人驻足观赏。
孟庙东墙外，种植柏树45棵。最南端的一株非常奇特，在古柏树干中长出一株古槐，现两树已长为一体，枝叶交错，俗称“柏抱槐”。据考证，这株柏树植于元代，距今已数百年。
在孟庙寝殿西侧焚帛池院西墙上，斜倚一株古槐，树干中空，形成圆洞，入夜，明月从洞中透出，称之为“洞槐望月”。
新中国成立后，随着政府对孟庙的保护、维修，古树名木也得到保护。20世纪80年代，国家文物局拨钢材10吨，用于修建孟庙东墙外古树铁栏杆保护墙，从而有效地杜绝对古树的刻画、攀缘等行为。
孟庙泰山气象门东侧石刻
1995年，邹城市文物管理部门对孟庙亚圣坊院、泰山气象门院内的古树名木筑以竹篱笆墙，并在亚圣坊院竖立了保护牌——“请爱护古树名木”。随后，又将孟庙、孟府内古树名木逐一编号，挂标志牌，采取了有效的保护措施。
