北宋景 四年（1037年），孔子45代孙孔道辅以龙图阁直学士知兖州，始访查孟子墓、兴建孟子庙。近千年来，虽历经三次迁建，数度朝代更迭，战乱破坏，风雨侵凌，孟庙仍屹立在邹城南郊。
仅在北宋，孟庙就三迁其址。孟庙最早创建在四基山孟子墓旁；后因距城较远，祭祀不便，便迁建于县城东郭；东郭孟庙地势较低，易遭水患，宣和三年（1121年），迁建县城南门外道左，定址至今。据统计，在三次迁建孟庙时，还分别对墓旁之庙、东郭之庙进行了约七次维修。
金朝统治时间较短，孟庙也曾得到一次较全面的维修，使孟庙保持了宋时的规模。金末元初，孟庙毁于兵火。
元初，孟氏后裔孟德昌上书请修孟庙。至元末，共维修、扩建孟庙六次，亚圣殿易址南移，并拓宽了庙址，形成四进院落。
据孟庙刻石和孟氏《三迁志》载，明代对孟庙的维修次数最多，达20余次，院落形成五进，孟庙的建筑格局基本形成定制。
清代，见于孟氏志书和孟庙刻石的维修、增建约14次，孟庙基本保持了明末的建筑规模，建筑规制更加完备。
亚圣庙石坊
新中国成立后，政府数十次拨款维修孟庙，拨款总数400万余元，使今日的孟庙基本保持了明清时期的建筑风貌。
元丰六年（1083年），吏部尚书曾孝宽奏请朝廷，请加孟子封爵，遂封孟子为邹国公。（孟庙刻石孙傅《尚书省牒》）
元丰七年（1084年），朝奉郎、权发遣兖州军州事兼提取济单州兵马巡检公事李�
{奏请朝廷维修孟庙。九月，朝廷颁《修庙敕》，准于修文宣王庙剩钱内 三百贯文修孟子庙。（孟庙刻石《太常寺牒》，《修庙敕·京东路转运司牒》）
政和四年（1114年），部使者赐钱三百万，营修孟庙，列一品戟于门，又赐田百亩以给守者。（孟庙刻石孙傅《先师邹国公孟子庙记》）
政和五年（1115年），诏乐正子配享孟庙，公孙丑以下从祀，皆拟定其封爵。
宣和三年（1121年），邹县令朱缶叹孟庙土圮木摧，欲捐己俸重修。邑士徐绂闻知此事，便请于朱缶道：“庙濒水亟坏，不四十年凡五经更修矣。若许改卜爽垲，则诸生愿任其事，不以累公私也。”（《先师邹国公孟子庙记》碑）得到允许，徐绂遂用私钱二百万，徙孟庙于南门之外道左（今址），乡人又资之钱者数十万，而后庙成。“总四十二楹，中为殿，安神栖，绘群弟子像于两序；又为孟氏家庙于其东；以扬雄、韩愈尝推尊孟子，又设为祠于其西。重门夹庑，壮丽宏伟，与山中之庙轮奂相辉矣。”（引文同上）。
由上述可知，宋代孟子庙经过三次迁建，最终定址于城南（现址），而孟子被封以公爵，其时，孟庙规制初定。
金泰和八年（1208年），王 为邹县令。敬谒孟庙，见上栋下宇久则斯弊，议重新兴修。第二年，“吏民洽和，皆服其教，不待劝率而富者相与出其资，巧者相与献其技，辩者以言，壮者以力，咸乐经营，作新孟庙。由是正殿奕奕，廊庑延接，四回而周，外达通衢，重门以辟，增其宏丽”。又在东北另建新室，尊奉孟子父母。（孟庙刻石赵伯成《重修邹国公庙记》）
这次重修后，贞 二年（1214年），孟庙毁于兵事，仅存门垣。
元代至元九年（1272年），缘孟子庙久圮，孟德昌请翰林院诸儒上呈奏疏，请修孟庙；又得前邹县儒学教谕邵景同孟氏族人惟允捐募四方，乃得资材，动工兴修，数年之后，方建成正殿，命肖孟子及乐正子而妥之。祀孟子父母于故室，余皆不及。
元贞元年（1295年），进义副尉、达鲁花赤木忽难、主簿兼尉赵国祥、邹县尹司居敬，以建学余资崇两庑与堂称凡14间，新其阶庭级道。祀公孙丑等19人。（孟庙刻石张 《驺孟子庙碑铭》）
大德年间（1297-1307），县尹宋彰建神门。
泰定丙寅岁（1326年），监县帖哥出赡庙之资于民，不期年而收子钞七千余贯，撤邾国公故室而新之。（孟庙刻石曹元用《邾国公祠堂记》）
泰定五年（1328年）正月，大司农司都事郭奉议奏请朝廷，请拨孟庙祭田。遂拨孟庙祭田叁拾顷。以供孟庙春秋朔望祭祀，修理庙宇销用。
至顺二年（1331年）春，孟子52代孙孟惟恭以为庙貌虽崇，斋宿之室、宾尸之堂缺而未建，非所以严思诚而尊神嘏也，公论韪之。乡先生李俨、马亨乃告于邑大夫，谋之乡之善士，为燕堂三间，庙西南向，以尊神嘏；为斋室五间，堂西东向，以严思诚。工竣，名其堂曰：“致严。”（孟庙刻石陈绎曾《致严堂记》）
至元二年（1336年），县尹曲阜张铨谋诸僚属，发庙帑羡资以补弊起废。将两庑、神门、斋室等二十余楹修饰一新，共费钱三千三百余缗，历时8个月而工毕。复观棂星门风吹雨打将要腐朽，又重起宇庇之，其壮丽深严益可观仰。又于通衢立石以表祠。（郑质《邹国亚圣公庙兴造记》）
至正二十六年（公元1366年），依亚圣54代孙孟思谅之禀，中书省左丞相均批，拨庙户五户，免差税，专事孟庙守护洒扫。
元末，由于战事频仍，孟庙毁颓荒芜，仅存遗基。纵观元代，对孟庙重修、扩建凡七次，孟庙规模宏伟，规制完备。对孟子及其父母的封赠也达到极点。
明洪武元年（1368年），首任邹县知县江西广信桂孟，远涉千里来到邹县，见庙宇荒芜，陋隘弗称，慨然有兴建之志。遂与主宰王公、典史韩公协力重修，惜建修未完，离任而去。
洪武四年（1371年），佥事郑本拜谒孟庙，见上无盖瓦，风雨震凌，栋宇将要腐朽，遂捐己俸15石，以助工竣。
洪武六年（1373年），主簿宜阳拜谒亚圣庙，目睹殿宇尚未完工，乃谋诸同寅，命工协力，以成前人之功，逾月落成。
洪武七年（1374年），御史台牒下按察分司，令出牒禁谕：军民人等不许入庙歇宿，斫伐树株。如有违犯，宗子可陈告到官，依律究治。（《三迁志》卷八）
洪武十年（1377年），邑丞胡景升，主簿侯成，典史刘敬，见孟庙致严堂几成瓦砾，遂兴复经营，建构一新。（孟庙刻石郄幼学《重修致严堂记》）
洪武十一年（1378年），知县苏州昆山王璧重修承圣门。
洪武二十二年（1389年），邑宰安邑马 见霖雨频降，孟庙垣墙什颓八九，坊门亦已摧敝，遂告知上司判宰赵恭礼：“亚圣公之学，统绍宣尼，道与天地相始终，吾辈读圣贤书，幸复获 圣贤之邦，视庙垣倾颓，不亟缮修，不惟为阙典，亦且获戾于幽冥。”于是二人相协，命工就役，将倾敝者补换一新。（孟庙刻石黄琮《重修庙垣记》）
洪武二十七年（1394年），县令赵允升重修孟庙，教谕赖景衡记之。同年，山东佥事王亨，参议康民远，监察御史苗秀展拜孟庙，见孟母殿岁久颓敝，各捐己俸，修建一新。（王亨《捐俸重修宣献夫人庙记》）
永乐元年（1403年），邑令朱 谒亚圣庙，目睹两庑风吹雨凌，遂复率僚属既就校庠生，各捐己资，重修两庑、寝殿及倒坍的墙垣，数月而成。（乐恽《重修两庑之记》）
洪熙元年（1425年），滑台房喦为邹县尹，率僚属高能、童常、冯温等，捐俸重修正殿、历时两月而工毕。
正统七年（1442年），知县房喦及同寅捐俸募工，饰旧增新，凡群贤从祀两庑、仪门�
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正统九年（1444年），知县房喦重修孟子父母祠堂。
正统十年（1445年），邹邑二尹官政，惟以致严堂卑陋，协同僚捐资募工，兴建一新。
景泰三年（1452年），朝廷授孟氏宗子孟希文世袭翰林院五经博士之职，令吏部给符，还守祀事。同年，拨赐孟庙祭田六顷。
景泰六年（1455年），从都察院右佥都御史徐有贞请，复以元时赐田30顷赐孟氏，又增赐祭田20顷，佃户10户。同年，诏设孟庙礼生56名，依时陈设掌礼；门子4名，以备看守。
天顺元年（1457年），邹邑大尹刘巍、二尹宋融率诸僚属拜谒祠下，见孟庙滋蔽丛生，各捐己俸，命工就役，仆者植之，倾者正之，撤坏去腐，易之以新。周以垣墉，既坚既好。又于通衢立牌坊一座，题“亚圣坊”。（李达《孟庙重修记》）
成化四年（1468年），巡按山东监察御史吴远恭谒祠下，睹两庑仪门萧然，遂携诸僚属，重修两庑、垣墉、仪门。（周载药《重修两庑仪门落成记》）
成化六年（1470年），拨给孟庙洒扫户7户，以备看守。
成化十八年（1482年），赐孟庙25户，以备洒扫。
弘治九年（1496年），孟子57代孙、博士孟元奏请修庙，诏下有司命修之。都察院右佥都御史熊 巡抚山东，与兖州知府龚弘、同知余浚协谋其事，自弘治九年二月至次年三月，历时一年有余。“庙址拓于旧，其广三十弓有奇，纵百五十弓。中为殿寝，东西庑，殿祀孟子……凡为楹六十有四，俱仍旧规易以新之，而轮奂壮丽有加焉。”（刘健《重修邹县孟子庙记》）
嘉靖四十一年（1562年），青阳章时鸾为县邹令。拜谒孟庙，见殿庑倾欹，即有厘修之举，于堂阶檐牙、垣墉户牖等处曲为整饰，不越岁，焕然改观，视昔有加。（任瀛《邹县重修亚圣庙记》）
万历八年（1580年），许守恩任邹县令。见孟庙时久圮坏，叹曰：“圣贤重地，胡可坏弗修？缺弗备？”即出俸金修葺，其不足者，由孟氏族中补入。此次维修，历时三年，孟庙为之焕然一新。（王湘《增修孟夫子庙记》）
万历二十三年（1595年），侍御史姚思仁按部至邹，使邑令王一桢度厥经费，用图鼎新。肇始于是年十月，明年四月落成。（于慎行《邹县重修孟庙碑记》）
万历三十六年（1608年），邹县令胡继先见圣庙不蔽风雨，遂与少司马黄克缵相协，量工轨物，鸠役察材，子来如云，不数月而功竟。（戴章甫《邹县重修孟庙碑记》）
天启二年（1622年），邹县、滕县等地为白莲教、闻香教等教军占领，一切殿庑垣墉，无不残毁。山东巡抚赵彦上书重修，未果。因谋之藩臬大夫捐输己俸，兖州守孙朝肃率诸邑吏，及士民好义者，莫不慕义乐捐，得三千金，由新任邹县令毛芬董理其事，阅三月而告竣。重修大殿七楹、寝殿五楹、邾国公前后殿各五楹、东西庑各七楹、斋房四楹、家庙三楹、祭器库、省牲房各三楹，亚圣坊、继往圣坊、开来学坊各一，承圣门、钟灵门、毓秀门各一，垣墉颓坏者，亦加修葺。门庭坊表，翼翼严严，焕然旧观。（赵彦《重修孟夫子庙成碑记》）
崇祯六年（1633年），巡按山东御史王道纯，过邹拜谒孟庙，见殿庑荒毁，遂捐俸三十金；兖东道赵建极亦捐俸十金，使孟庙得到一次小规模的整修。
据统计，仅明代，就对孟庙重修、扩建20余次，多为历任地方官倾力修葺。至此，孟庙建筑基本形成定制。
清顺治四年（1647年），增设礼生8名，赞相礼仪，以助祀事。
康熙七年六月（1668年），因发生强烈地震，孟庙建筑几成丘墟。山东巡抚、右副都御史刘芳躅按部至邹，观亚圣庙衰敝，慨然有重修之志。遂捐百金，学使杨毓兰亦捐百金。又置募簿，分传六郡，获现银240金。随给付县，估计重修。会同宗子孟贞仁，族生孟尚锦督其事。康熙十二年正月肇始，四月告竣。正殿两庑岿焉，与阙里之堂遥相辉映。（刘芳躅《重修亚圣庙碑》）
康熙二十三年（1684年），诏发帑金，遣官修葺孟庙。山东巡抚张鹏翮督工重修，肇始于康熙二十四年，二十五年工毕。丹楹碧瓦，益见宏丽。
康熙二十六年四月（1687年），内务府广储司员外郎皂保，工部督水司员外郎卞永式等，奉旨建造康熙帝亲书《御制孟子庙碑》，并增修孟庙。
康熙五十四年（1715年），邹县令娄一均，见孟庙垣墙颓败，渐次倾圮，于乙未岁将邹国公殿、宣献夫人殿及曝书台先后修葺。戊戌冬，特以修庙之事，请于太守金一凤，金公慨然应诺，捐俸百金，立命兴工，又告诸僚友，共相资助。将摧折者易之，毁坏者更之，颓败者整之。庙中殿庑为之重新。
雍正三年（1725年）十一月，赐孟庙御书匾额“守先待后”，博士孟衍泰摩悬在亚圣殿内；赐孟府御书匾额“七篇贻矩”，摩悬孟府大堂。
乾隆元年（1736年），乾隆皇帝诏山东巡抚确估报部，兴修孟庙。是年十一月动工，至乾隆四年三月工竣，历时两年零四个月。先后维修了亚圣殿、东西庑、承圣门、大门、棂星门、亚圣坊、继往圣坊、开来学坊、寝殿、知言门、养气门、邾国公祠、宣献夫人寝殿、家庙、致严堂、缭垣甬道、致敬门、启贤门、康熙御碑亭十九处建筑。维修之后，庙貌巍峨，丹碧辉煌。（孟衍泰《重修亚圣孟子庙感恩碑记》）
乾隆十三年（1748年），乾隆皇帝御笔亲书《亚圣孟子赞》。是年勒石立于孟庙。
乾隆十五年（1750年），诏颁亚圣庙祭器。
乾隆二十二年（1757年），乾隆帝南巡过邹瞻拜孟庙，为孟庙亚圣殿亲书匾额：“道阐尼山”；楹联：“尊王言必称尧舜，忧世心同切禹颜。”博士孟毓瀚摩悬亚圣殿中。
乾隆二十六年（1761年），邹县令庞元澄闻乾隆帝即将南巡过邹，即与孟氏族众共谋修庙事。遂撤旧易新，并增建乾隆御碑亭。
乾隆四十八年（1783年），兖州知府王禄朋请得修庙之资，属邹县令张彬董其事，由是门庭墙仞，整饬一新。
嘉庆十年（1805年），山东巡抚铁保捐募银7000余两，孟子68代孙、博士孟传梿自筹银2800两，重修孟庙。
道光十六年（1836年），兖、沂、曹、济道陈叙斋、运河道敬廉阶，捐募廉银近3000两，先后整修了启圣殿、寝殿、两庑等多处建筑。
道光二十二年（1842年），东河总督栗毓美捐廉银，重修孟庙。
同治二年（1863年）秋，湖北镇军黄□过邹，见亚圣庙毁颓芜敝，即捐金500，以资修葺。
同治九年（1870年），道宪长笏臣，捐募资材，助修亚圣殿东北上棚。
同治十一年（1872年），山东巡抚、提督军务丁宝桢筹修孟庙，委托道员陈锦、邹县令耿天九等估量督修。殿、堂、廊、庑多所维修，又加置天震井、古柏石栏，立焚帛池于殿之西北。自同治十二年二月至十月，凡八月而告竣。
宣统二年（1910年），山东巡抚孙宝琦筹拨公款，复又劝募捐助，得修庙之资，檄饬候补道黄华、侯补府车保成董理修庙事。始于宣统二年十月，毕功于次年六月。
清代对孟庙重修增建十余次，增建了御碑亭、焚帛池等建筑。
新中国成立后，人民政府十分重视对孟庙古建筑群的保护和维修工作。
早在1949年，就设立文物管理机构驻孟府内，为孟庙、孟林、孟府的保护、管理、维修做了大量工作。1996年秋，文物管理局迁往原孟府后花园。
1949年，政府开始了对孟庙的维修工作。据当时所留的一张契约：民国38年（1949年），立包工程约人马元升，包修孟庙后墙两丈五尺多，西华门北墙皮子及内宅西屋（孟府）；介绍人：刘凤瑞；负责人：张学斌；计叁万元人民币。
1953年，山东省人民政府拨专款1亿元人民币（旧币），对孟庙、孟府、孟林进行全面维修。是年8月，文物管理委员会和邹县工会·木业委员会共同协议，先后维修了孟庙承圣门、康熙御碑楼、乾隆御碑楼等处建筑，将承圣门上顶前后两面全清瓦拢，两边墙根刷桨，共用石灰300斤（每斤800元）、毛稔6斤（每斤1500元）、大砖150块、松烟3斤、泥工若干；康熙御碑楼上顶全清拢，顶上小树草全砍去，抅抹刷黑巩，共用石灰200斤、毛稔8斤、黑巩3斤、泥工大工23个（每个工资1300元）、小工23个（每个工资900元）。
同时，还对孟庙古建筑的木构件进行了重修。共计用去木材2283立方米，计洋14839500元；水胶，计洋95000元；圆杉木6条，计洋756000元；又用去洋钉、圆木、方木等各若干，刷色油漆木工952000元；总计料洋19711522元，工资料洋13441600元。
1956年3月，油漆彩绘了康熙、乾隆碑亭及部分门坊。
1956年7月，山东省人民委员会（56）鲁文化丁字第1880号文公布孟庙为山东省重点文物保护单位。
1962年，国家文物局局长王冶秋率工程师罗哲文亲临孟庙考察，拨款人民币1万元，用于修缮亚圣殿东南角、东北角上层檐。
1964年8月，邹县文管所与邹县木业社、邹县建筑社签订合同，维修孟庙亚圣殿，约计工料款9000余元。
1964年7月，文物专家蒋英炬专程赴邹县，调查孟庙古建筑情况，以便拨付1965年古建筑维修款。
1965年，山东省文化厅、财政厅，联合发出“关于分配1965年古建筑修缮经费联合通知”，其中指定拨付4000元专款，用以维修孟庙。用此专款，文管所维修了孟庙亚圣殿西头上层、致严堂、致敬门、孟庙东墙、西墙等处建筑。
1966年3月，山东省文化厅、财政厅再度发出通知，分配给邹县孟庙维修专款10000元，用以维修亚圣殿东部、北部台阶等处。
1971年9月，山东省革命委员会政治部文化组批准将孟林枯树用作维修孟庙用料。
同年，山东省革命委员会财政金融局、政治部文化组发出《关于增拨古建筑维修费支出指标的通知》，拨付邹县孟庙1.5万元，维修亚圣殿下层建筑。
1973年4月，山东省文化厅拨款6000元维修孟庙亚圣殿，并对上层进行贴金彩绘。
1975年6月，济宁地区革命委员会、财税局、政治部文化组，发出《关于分配1975年古建筑预算指标及木材的通知》，分配邹县孟庙大殿维修经费1万元，木材7立方。
1977年12月，山东省革命委员会重新公布山东省第一批重点文物保护单位，邹县孟庙列其中。
1978年2月，山东省文化局拨款6万元，为维修棂星门、继往坊、开来坊、亚圣坊、泰山气象门款项。
1979年6月，山东省革命委员会文化局（79）鲁计字第36号文件，转拨国家文物局通知，拨孟庙维修款2万元，修继往坊、棂星门。
1983年，山东省文物局拨款14万元，由曲阜县建委古建队负责施工，维修了孟庙亚圣殿、启圣殿、孟母殿。
1984年9月，山东省文物局拨款1.2万元，聘请山东省艺术学院雕塑系专家，重新恢复孟庙内塑像，其中亚圣殿内有孟子塑像、乐正子塑像，启圣殿内孟子父亲塑像。
1985年3月开始，国家计委、财政部根据国家文物局关于维修邹县孟庙的报告，逐年向山东省文物局拨款180万元，用于孟庙、孟府、孟林的维修。这是新中国成立以来对“三孟”维修数目最大的一次拨款。同时，拨付黄金200克，木材500立方米，钢材10吨，用于“三孟”古建筑维修。自1986年至1992年，国家文物局通过山东省文物局，陆续拨付古建筑维修经费180万元，全面维修了孟庙、孟府、孟林。
1986年，拨付维修专款55万元。其中孟庙维修了东庑，将西庑落架大修，乾隆碑亭揭瓦维修。并复原亚圣殿、启圣殿内塑像。
1987年，拨付维修专款5万元。将孟庙亚圣殿上层重新彩画、启贤门翻修、寝殿修落架。孟庙内、外墙进行了保养维修。
1988年1月，国务院公布孟庙、孟府为全国重点文物保护单位。
1988年，拨付维修专款25万元，曲阜市文管会转拨钢材10吨，新建孟庙东墙外古树铁栏杆保护墙，维修了省牲所。
1989年，拨付维修费35万元。其中孟庙维修了祭器库、康熙碑亭；新建了孟庙消防工程，将知言门、养气门进行了保养维修。
1990年，拨付维修专款15万元。其中孟庙保养维修了致严堂、亚圣木坊。
1991年，拨付维修经费15万元。孟庙维修了焚帛地，翻修了祧主祠及其门楼，新建了后院仿古墙。
1992年，拨付维修专款30万元。孟庙新建了仓库、值班室及铁钟保护栏杆，保养维修了致敬门、棂星门及地面。
1993至1994年，用维修经费余额恢复了部分碑座及道路，保养维修了棂星门广场，重修了孟庙冲水厕所。
1995年至2000年，国家文物局拨付维修专款共135万元（其中1995年55万元，1996年50万元，1999年30万元），山东省文物局拨款30万元（1995年10万元，1997年10万元，1999年10万元），地方财政拨款30万元，单位自筹资金79万元，共计资金284万元，实施了孟庙第四、五进院落地面排水及路面整修工程，同时完成了孟府第二、五进院落及孟府西路建筑的维修工程。
2001年，邹城市地方财政拨款30万元，在孟庙第二进院实施古树复壮工程，以改善孟庙古树不良的生长环境，延缓其衰老。
2005年至2007年，地方财政先后拨款180万余元，进行了孟庙、孟府古建筑测绘，并编制了维修方案，对部分古建筑进行了抢救性维修。
2007年，地方财政拨款加自筹资金共300万余元，用于古建筑维修保护工作。其中对孟庙、孟府进行了古建筑油饰彩绘，同时对庙、府的安防、消防工程进行了增补维护。
