孔尚任纂修的唯一家谱是《康熙癸亥重修孔子世家谱》。
该谱由孔子六十七代孙衍圣公孔毓圻主持修订。参修人员：“太子少师六十七代
袭封衍圣公孔毓圻监定，敕封儒林郎江南道监察御史六十五代孔衍洪监修，钦设家庭
族长六十一代孔洪依督刊，钦设林庙举事六十三代孔贞枚督刊，太学生六十四代孔尚
任编次，四氏学生员六十六代孔兴钊校阅。”（孔毓圻：《康熙癸亥重修孔子世家谱
序》）具体编纂，由孔尚任负责。“开修于壬戊之秋，竣事于癸亥之冬”，是从康熙
二十一年秋季开修，到康熙二十二年冬天竣工。
原刊本藏于孔子奉祠官邸，今曲阜市文管会图书馆藏有清刊本《康熙癸亥重修孔
子世家谱》，共二十四卷，一函十册。卷首序文、榜示、条例、凡例、日号、字数、
捐输、支销、宗派图、嫡庶图、伪孔辨、真伪图。卷一，姓源。卷二至卷四，记述第
一代至五十二代孔氏族属。卷五至卷二十四，叙孔氏二十派六十户族属名号及简历。
卷末，记流寓及孔尚任跋。总计26532l字，载籍10987人。