抗战前,山东大学只有文、理、工三个学院八个学系。复校时,曾想设六个学院三十个系,后从当时的实际出发,将学校扩充为文、理、工、农、医五个学院十四个学系。各院系的设置情况是:文学院,分设中国文学系和外国文学系(以后又增设历史学系)。理学院,分设数学系、物理系、化学系、动物学系、植物学系、地质矿物学系。工学院,分设土木工程学系、机械工程学系、电机工程学系。农学院,分设农艺学系、园艺学系、水产系。医学院,不分系。另外,还附设一个大学先修班和高级护士学校。
在学校组织方面,设校长一人,总理校务。校长之下设秘书主任、教务长、总务长,协助校长分管行政、教学和总务工作。
各学院院长一人,掌理院务。各学系系主任一人,掌理系务。各研究所主任由有关系主任兼任。行政机构有校长室、教务处、总务处和训导处。教务处在教务长领导下掌理全校教学工作,下分注册、出版两组及图书馆,各设主任一人、组员及馆员若干人。总务处在总务长领导下掌理全校总务事宜,下分文书、庶务、出纳三组,各设主任一人、组员若干人。当时国民党政府为了控制学生,各校都设有训导处。学校训导处在训导长领导下,分生活管理组、课外活动组、体育卫生组,各设主任一人及训导员、体育指导员、医师、护士若干人。还设有会计室,办理全校预算、会计事宜。除行政机构外,学校还设有校务会议、行政会议、教务会议、院务会议、系务会议等。校务会议是全校最高权力机构,它由校长、教务长、总务长及各院院长、各系主任、教授代表及会计室主任等组成,讨论决定学校的重要决策和规章制度、教师的晋升、学位授予、学校预决算等事宜。
人事安排方面,校长室的秘书主任为刘康甫、李希章,教务长为杨肇燫,总务长为周钟。文学院院长赵太兼任(原聘舒舍予任院长,因赴美未到校);理学院院长一度空缺,由杨肇燫兼任,1947年改由丁西林担任;工学院院长为杨肇燫;农学院院长为陈瑞泰;医学院院长为李士伟。十四个系的负责人是:
中文系主任杨向奎,外文系主任郑成坤,数学系主任李先正,物理系主任王普(后赴美由郭贻诚兼代),化学系主任刘遵宪,动物学系主任童第周,植物学系主任曾呈奎,地矿学系主任何作霖,机械工程学系主任丁履德,电机工程学系主任樊翕,土木工程学系主任许继曾,农艺学系主任王清和,园艺学系主任盛诚桂,水产学系主任朱树屏。各院系负责人都是学有专长、富有经验的专家、学者。
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