1890年（清光绪十六年），美国北美长老会传教医师聂会东（James B. Neal）夫妇奉该会国外宣道部调遣，从登州（今山东蓬莱）来到济南，协助开展教会业务，将东关教会诊所（即“文士医院”）扩建为华美医院，为济南首家西医医院，分科最全，并开始了医护分工。次年开设养病室（病房），收治住院病人，并建立了附属于该院的华美医院医校，收徒授课。与此同时，美国北美长老会与英国浸礼会正研究成立山东基督教共合大学，聂会东院长又开始了创办南关基督教浸礼会教堂附近的济南共合医院的活动。
1903年，华美医院医校与山东省内另外三个教会医院医校联合，建立了济南共合医道学堂，聂会东任院长，采取巡回班的方式，学制四年。将四个年级的学生分到四个教学点（除济南外还有青州、邹平和沂州府），由两个教会的医生负责教学和轮流学习。
1908年，聂会东先利用购到的南新街一处平房（今济南南新街85号院，有25间房）开设了济南共合医院，作为临时处
所，并带领七八名教徒给居民诊治疾病、培训医生和进行传教活动。同年秋天，在南关教堂西面开始动工修建共合医道学堂及医院楼房、教职工与学生宿舍，购置教学、医疗设备。
1911年，共合医道学堂的医学大讲堂（即新兴楼，现办公二楼）和诊病所（即求真楼，现保健门诊楼）、宿舍等竣工，成为当时外国教会兴办的全国四大学堂之一。从此，共合医道学堂有了固定的校址、设备较齐全的教学医院及医学基础课的各科实验室和教室。4月17日，济南共合医道学堂正式更名为山东基督教共合大学医科，举行隆重的庆祝典礼，山东巡抚孙宝琦带领军政要员参加了庆典，捐献白银千两，并合影留念。
同年美、加、英三国教会征得民国时期第一任山东都督周自齐同意后，在济南南圩子门外名为永租实为强购六百余亩地基，于1912年至1915年相继建成了办公楼和几座教学大楼，1916年新校舍基本建成。市政府当局为方便学校与医院之间交通往来，特于南圩子辟门一座，名曰“新建门”，下面并有地道相通。
当时在我国行医传教的外国学术团体中国博医会于1916年后将北京协和医学校部分师生、南京金陵大学医科及汉口大同医学堂的师生并入山东基督教共合大学医科。
1917年，教会所办潍县文理科广文学堂、青州神学科、培真神道学堂及师范科均迁来济南，与山东基督教共合大学医科和改称社会教育科的广智院合并，正式成立齐鲁大学，英文名 Shantung Christian University（山东基督教大学），成为中国最早的教会大学之一。原山东基督教共合大学医科随之改称齐鲁大学医科，原济南共合医院改称齐鲁大学医科附设医院，简称齐鲁医院。华美医院门诊成为齐鲁医院门诊下属分部。
1925年，齐鲁大学为申请政府立案而进行改革，将医科改称齐鲁大学医学院，齐鲁医院又称作齐鲁大学医学院附设教学医院。1936年6月，广智院街41号新医院门诊病房楼（现科研楼）落成启用，举行开幕典礼，国民政府山东省主席韩复榘参加并致词。医院病床数达 115 张，成为济南最大的医疗单位。
1937年7月7日，抗日战争爆发。12月22日，济南陷入日本侵略军之手，齐鲁大学医学院随齐大南迁，齐鲁医院仍照常开诊。华美医院停办，华美女医院继续开业。1941年12月8日，太平洋战争爆发。12月27日，日本侵略军占领齐鲁大学、齐鲁医院。医院被改为日本陆军医院。1942年1月，伪济南市政府在皇华馆成立市立医院，齐鲁医院大部分职工和重要设备仪器被移入市立医院。
1946年1月，齐鲁医院又从市立医院撤回人员和设备，在原址恢复业务工作。7月，外科主任赵常林教授出任齐鲁医院院长，各科门诊正式开诊。10月7日，医院开始收治住院病员。1948年9月24日，济南解放。齐鲁医院因候诊室住满伤员而停诊数日。
1951年1月至1953年10月，该院连续派出5批医护人员参加山东或华东地区抗美援朝医疗队，有的亲赴朝鲜战场，为抗美援朝作出了巨大贡献。
1952年10月，齐鲁医院在全国高等学校院系调整中随齐大医学院合并为山东医学院的直属医院，名称照旧，但性质由教会办的私立医院转变为全民所有制的国家医院。院长仍为赵常林，另配备两名中共党员干部为副院长，共同工作。1953年1月22日，山东省人民政府卫生厅下达卫秘字第5号文：原齐鲁医院改称山东省立第二医院，其行政领导由卫生厅委托山东医学院代管，仍为该校的教学医院。1957年8月，医院由省立二院改名为山东医学院附属医院，附属于山东医学院，共同归属山东省卫生厅领导。1964年12月，根据省人委决定，原山东省千佛山医院划归山医附院。1968年4月，山医附院的千佛山分院又恢复原山东省千佛山医院建制。1978年6月，根据国发〔1978〕27
号文件中国务院决定对山东医学院实行由卫生部和山东省双重领导、以卫生部为主的领导体制，医院随学校隶属于国家卫生部。
1985年5月，国家卫生部以〔85〕卫教科学第34号文批准山东医学院更名为山东医科大学，医院遂更名为山东医科大学附属医院。
1890年（清光绪十六年），美国北美长老会传教医师聂会东（James B. Neal）夫妇奉该会国外宣道部调遣，从登州（今山东蓬莱）来到济南，协助开展教会业务，将东关教会诊所（即“文士医院”）扩建为华美医院，为济南首家西医医院，分科最全，并开始了医护分工。次年开设养病室（病房），收治住院病人，并建立了附属于该院的华美医院医校，收徒授课。与此同时，美国北美长老会与英国浸礼会正研究成立山东基督教共合大学，聂会东院长又开始了创办南关基督教浸礼会教堂附近的济南共合医院的活动。
1903年，华美医院医校与山东省内另外三个教会医院医校联合，建立了济南共合医道学堂，聂会东任院长，采取巡回班的方式，学制四年。将四个年级的学生分到四个教学点（除济南外还有青州、邹平和沂州府），由两个教会的医生负责教学和轮流学习。
1908年，聂会东先利用购到的南新街一处平房（今济南南新街85号院，有25间房）开设了济南共合医院，作为临时处
所，并带领七八名教徒给居民诊治疾病、培训医生和进行传教活动。同年秋天，在南关教堂西面开始动工修建共合医道学堂及医院楼房、教职工与学生宿舍，购置教学、医疗设备。
1911年，共合医道学堂的医学大讲堂（即新兴楼，现办公二楼）和诊病所（即求真楼，现保健门诊楼）、宿舍等竣工，成为当时外国教会兴办的全国四大学堂之一。从此，共合医道学堂有了固定的校址、设备较齐全的教学医院及医学基础课的各科实验室和教室。4月17日，济南共合医道学堂正式更名为山东基督教共合大学医科，举行隆重的庆祝典礼，山东巡抚孙宝琦带领军政要员参加了庆典，捐献白银千两，并合影留念。
同年美、加、英三国教会征得民国时期第一任山东都督周自齐同意后，在济南南圩子门外名为永租实为强购六百余亩地基，于1912年至1915年相继建成了办公楼和几座教学大楼，1916年新校舍基本建成。市政府当局为方便学校与医院之间交通往来，特于南圩子辟门一座，名曰“新建门”，下面并有地道相通。
当时在我国行医传教的外国学术团体中国博医会于1916年后将北京协和医学校部分师生、南京金陵大学医科及汉口大同医学堂的师生并入山东基督教共合大学医科。
1917年，教会所办潍县文理科广文学堂、青州神学科、培真神道学堂及师范科均迁来济南，与山东基督教共合大学医科和改称社会教育科的广智院合并，正式成立齐鲁大学，英文名 Shantung Christian University（山东基督教大学），成为中国最早的教会大学之一。原山东基督教共合大学医科随之改称齐鲁大学医科，原济南共合医院改称齐鲁大学医科附设医院，简称齐鲁医院。华美医院门诊成为齐鲁医院门诊下属分部。
1925年，齐鲁大学为申请政府立案而进行改革，将医科改称齐鲁大学医学院，齐鲁医院又称作齐鲁大学医学院附设教学医院。1936年6月，广智院街41号新医院门诊病房楼（现科研楼）落成启用，举行开幕典礼，国民政府山东省主席韩复榘参加并致词。医院病床数达 115 张，成为济南最大的医疗单位。
1937年7月7日，抗日战争爆发。12月22日，济南陷入日本侵略军之手，齐鲁大学医学院随齐大南迁，齐鲁医院仍照常开诊。华美医院停办，华美女医院继续开业。1941年12月8日，太平洋战争爆发。12月27日，日本侵略军占领齐鲁大学、齐鲁医院。医院被改为日本陆军医院。1942年1月，伪济南市政府在皇华馆成立市立医院，齐鲁医院大部分职工和重要设备仪器被移入市立医院。
1946年1月，齐鲁医院又从市立医院撤回人员和设备，在原址恢复业务工作。7月，外科主任赵常林教授出任齐鲁医院院长，各科门诊正式开诊。10月7日，医院开始收治住院病员。1948年9月24日，济南解放。齐鲁医院因候诊室住满伤员而停诊数日。
1951年1月至1953年10月，该院连续派出5批医护人员参加山东或华东地区抗美援朝医疗队，有的亲赴朝鲜战场，为抗美援朝作出了巨大贡献。
1952年10月，齐鲁医院在全国高等学校院系调整中随齐大医学院合并为山东医学院的直属医院，名称照旧，但性质由教会办的私立医院转变为全民所有制的国家医院。院长仍为赵常林，另配备两名中共党员干部为副院长，共同工作。1953年1月22日，山东省人民政府卫生厅下达卫秘字第5号文：原齐鲁医院改称山东省立第二医院，其行政领导由卫生厅委托山东医学院代管，仍为该校的教学医院。1957年8月，医院由省立二院改名为山东医学院附属医院，附属于山东医学院，共同归属山东省卫生厅领导。1964年12月，根据省人委决定，原山东省千佛山医院划归山医附院。1968年4月，山医附院的千佛山分院又恢复原山东省千佛山医院建制。1978年6月，根据国发〔1978〕27
号文件中国务院决定对山东医学院实行由卫生部和山东省双重领导、以卫生部为主的领导体制，医院随学校隶属于国家卫生部。
1985年5月，国家卫生部以〔85〕卫教科学第34号文批准山东医学院更名为山东医科大学，医院遂更名为山东医科大学附属医院。