1993年6月,学校学位评定委员会进行第四次换届,由23人组成,王廷任主任委员,张茂宏、吴祥廉、王任副主任委员。1995年,学校设立优秀研究生奖学金和研究生爱国奖学金,每年评审一次,奖励成绩优异,表现突出的在校研究生。并分别成立优秀研究生奖学金评审委员会和研究生爱国奖学金评审委员会,王廷础任主任委员。
经国家教委批准,从 1994 年开始,学校成为单独考试招收硕士研究生的单位,可根据国家教委规定的标准和要求自行命题组织考试。1998年,国务院学位委员会第十五次会议决定,在临床医学学科范围内试行专业学位。经上级主管部门审核批准,山东医科大学名列首批试行在临床医学范围授予医学专业学位的单位,成为全国18所试点的西医院校之一。1999年1月,学校成立临床医学专业学位试点工作领导小组,王琰璧任组长。1999年制定了《山东医科大学临床医学专业学位研究生培养方案》,对 30 个专业(包括三级学科)的临床技能训练要求作了具体规定。
1994年,在硕士生复试工作中,恢复了差额复试。1996年,在复试中采取加试外语办法。1998年,以第四版教材为基础,建立起新的硕士生入学考试试题库500多套。1996 年修订了研究生培养方案,调整了课程结构。1999年全面修订了《山东医科大学研究生教学大纲》,增设边缘学科、新兴学科课程26门,更新教学内容的课程60余门,将药学专业的13门课程统一规范为5门公共课。在 1997年级硕士、博士生中进行外语分次教学,对已通过国家六级英语考试者,实行新的外语教学方法,以外籍教师上课为主,加强口语、写作、翻译练习。1995年10月,学校成立研究生专业英语指导小组,负责研究生专业外语的学习与考核指导,王如斌任组长。从1996年下半年始,学校组织博士生导师和部分硕士生导师为博士生每周进行一次学术讲座,内容力求反映新兴学科、交叉学科及所从事学科的新进展。1999年,学校为博士研究生开设了科研设计系列讲座,从病例分析、实验设计、数据处理到课题申报等方面举办专题讲座,组织博士生在导师指导下撰写标书,对其进行课题申报的基本训练。
1992年,学校通过了卫生部对研究生教育与学位授予质量的评估检查(检查了流行病学、卫生统计学、组织胚胎学、药理学、生物化学五个专业)。1997年,根据国务院学位委员会[1997]1号文件《关于对前四批博士、硕士授权点进行基本条件合格评估工作的通知》要求,对山东医科大学6个博士点、22个硕士点进行自查自评,并报上级有关部门严格审查,所有博士学位授权点及21个硕士学位授权点评估合格。
1993 年进行第三批硕士生指导教师遴选,遴选出 39 名指导教师;1994 年进行第四批硕士生指导教师遴选,遴选出63名指导教师;1995年,为了解决部分学科、专业指导教师队伍断层问题,增补 18 名指导教师;1996年进行第五批硕士生指导教师遴选,遴选出114名指导教师;1997年进行第六批硕士生指导教师遴选,遴选出63名指导教师;1999年进行第七批硕士生导师遴选,遴选出150名指导教师。
1993年12月,学校通过了第五批博士学位授权学科专业点和博士生指导教师审批,新增博士授权点4个,即组织学与胚胎学、内科学(心血管病学)、内科学(消化系病)、儿科学。新增博士生指导教师8名,即组织学与胚胎学教师高英茂、内科学(消化系病)教师袁孟彪、内科学(心血管病)教师张运、儿科学教师马沛然、内科学(血液病)教师徐功立、外科学(胸心外)教师李守先、妇产科学教师单家治、耳鼻咽喉科学教师信庸。
1996年4月,外科学(神经外科)新增为博士学位授权点,免疫学、精神病学与精神卫生学、皮肤病与性病学、临床检验与诊断学、外科学(烧伤)、口腔科学(口内)新增为硕士授权点。
1995年,国务院决定把博士生指导教师审批权下放给博士学位授予权单位和有关主管部门。1996年3月,学校首届博士生指导教师审核工作会议由卫生部主持在济南召开。
1996年完成了第六批博士生导师遴选工作,经卫生部组织5专家组审核批准,新增导师19名,即内科学(心血管病)导师潘其兴、邵建华,内科学(消化系病)导师朱菊人、张尚忠,内科学(血液病)导师潘祥麟,儿科学(儿内科)导师杨兴季、沈柏均,儿科学(儿外科)导师陈雨历,外科学(普外科)导师王占民、吴太璜,外科学(心胸外科)导师王善政、郭兰敏,外科学(泌尿外科)导师马庆铮,外科学(神经外科)导师张庆林、吴承远,妇产科学导师戴笙、汤春生,耳鼻咽喉科学导师王廷础、陈瑛。
1997 年,经国务院学位委员会批准,外科学(骨外)、流行病学与卫生统计学、病原生物学为博士学位授权点,生物医学工程、社会医学与卫生事业管理为硕士学位授权点;另经山东省学位委员会批准,老年医学、肿瘤学、康复医学与理疗学、卫生毒理学、药物分析学等五个专业为硕士学位授权点。经国务院学位委员会第十五次会议批准,张运为国务院学位委员会第四届学科评议组成员。
1998年,学校进行第二次博士生指导教师遴选工作。经卫生部组织的博士生指导教师评审专家组评议,1999年1月,25位教授获得了博士生指导教师资格,即人体解剖与组织胚胎学教授刘执玉、王怀经、杨琳,病原生物学教授于修平、田志刚、孙汶生,流行病与卫生统计学教授王洁贞、赵仲堂,内科学(心血管病)教授张薇、朱兴雷,内科学(血液病)教授徐从高,内科学(传染病)教授目敏和,外科学(普外)教授姜希宏、李占元、孙靖忠,外科学(骨外)教授汤继文、张佐伦、张进禄,外科学(泌尿外)教授郑宝仲,外科学(神经外)教授鲍修凤,外科学(胸心外)教授陈忠堂,妇产科学教授李继俊,儿科学教授孙若鹏、韩秀珍、郭宗远。
1998年11月,经国务院学位委员会第四届专家组核议评审,人事部、全国博士后管委会批准在山东医科大学设立临床医学博士后流动站。1999年10月,第四次校务会原则通过了《山东医科大学博士后管理工作暂行规定》,成立了博士后管理委员会,王琰璧任主任委员,李承俊、张衡任副主任委员。2000年4月,举行了山东医科大学博士后流动站揭牌仪式。
1999年,研究生部被评为山东省、全国学位与研究生教育管理工作先进集体。
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