1966年1月19日,按中共山东省委组织部通知,华东局批准彭怀正任山东医学院党委副书记(仍兼附属医院党委书记、院长)。学校工作正常进行,贯彻《高校六十条》的措施逐渐落实。
5月份开始风云突变。13日至14日,学校分别召开了全院党员和教职员工大会,动员开展“文化大革命”。
1966年6月2日,中央人民广播电台广播了北京大学聂元梓等人的大字报,这张大字报成了全国学校乃至全国动乱的种子。
6月5日,在山东医学院校园内贴出了第一张大字报,接着在一两天内大字报猛增,6月15日,出现了所谓“揭开山东医学院院长王哲的盖子”的大字报,从此学校日常工作受到干扰,正常的教学秩序被打乱。
6月17日,中共山东省委向山东医学院派出了以文道宏为组长的工作组,协助院党委领导“文化大革命”运动,院党委成立了“文化大革命领导小组”。6月20日,院党委“文化大革命领导小组”向省委写了所谓“关于揭露王哲反党反社会主义罪行`的报告”,同日晚举行了全院党员大会,公开提出要批判院长王哲、副院长方春望。6月27日,高教部又发出通知,暂停 1966年、1967年的研究生招生。6月28日,高教部又发出通知,提出高等学校在1966年一律不放暑假,留校开展“文化大革命”运动,山东医学院开始出现不同观点的大字报和不同观点的辩论。7月12日,山东医学院发生了冲击学校档案室事件,要查找所谓的“黑材料”。这时,党委已经无法正常办公,失去了控制局势的能力,“文革”工作组也被指责为“执行了资产阶级反动路线”,学校陷入混乱之中。8月2日,山东省委撤出派往各校的工作组,此时,运动不断升级,学校处于无政府状态。8月5日,成立了“文化革命委员会筹委会”,作为“文化大革命”运动的领导机构。8月8日晚,中央人民广播电台广播了《中共中央关于无产阶级文化大革命的决定》(即“十六条”)。8月9日晚,山东医学院召开了全院大会,庆祝“十六条”的公开发表,并举行游行活动。8 月 18 日,毛泽东主席等在天安门城楼接见来自全国各地的群众和红卫兵。8月19日,山东省暨济南市15万人举行集会游行,庆祝“无产阶级文化大革命”的新胜利,号召把“无产阶级文化大革命”推向新高潮。从此,各地红卫兵运动风起云涌。山东医学院各派群众组织纷纷成立,派别林立,互相斗争。8月21日晚,“山东医学院红卫兵”举行成立大会。8月25日,“山东医学院东方红毛泽东主义红卫兵”成立。
9月2日,“山东医学院教职工红卫兵”成立。9月6日,“山东医学院八一八红卫兵”成立。另外,还有“八一八红卫兵”、“世界革命红卫兵”、“无产阶级红卫兵”、“白求恩红卫兵”、“教职工11111红色联络站”等等。自10月份开始,整个运动出现了一边倒的大转弯,在所谓真正的革命“左”派受到了资产阶级反动路线的压制迫害的口号下,掀起了所谓“批判资产阶级反动路线”的高潮,“山东医学院毛泽东主义红卫兵”自封为“左”派,至此,各派辩论更加激烈,甚至相互对骂、殴斗。12月31日,群众组织“东方红”成立,1967年1月24日,在“上海一月风暴”的煽动下,“毛泽东主义红卫兵”宣布夺权。2月3日,“山东省无产阶级革命造反派大联合革命委员会”夺了中共山东省委、山东省政府的权,23日改名为“山东省革命委员会”,“山东医学院毛泽东主义红卫兵”作为“红卫兵山东指挥部”的成员单位参加了山东省的夺权,并有一名负责人担任了山东省革命委员会委员。3月4日,宣布成立“山东医学院革命委员会”。山东医学院革命委员会成立后,忠实地执行了以王禹为首的山东省革命委员会的一切部署,积极参加了所谓“反逆流”、“反复辟”的活动,并杀向社会,干预其他单位的“文化大革命”,得到王效禹的青睐,如在1967年10月3日阿尔巴尼亚总理谢胡由康生陪同来山东访问时,省革委就安排参观了山东医学院。
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