为了适应社会和科技发展的需要,学校在此期间多次对专业结构进行调整,对部分历史较长,适应范围较窄的长线专业进行了改造,重新修订了教学计划,增加了新的教学内容,使这些老专业焕发了生机。同时,新建了一大批应用性强、社会急需的短线专业,增设了部分新型边缘学科。
山东大学系科和专业调整的原则和特点主要体现在三个方面:第一,注重发展基础配套专业,促进新旧专业间的相互协调,优先发展社会所急需的应用学科和专业。学校本着在努力培养少数高层次精干优质的基础科学研究与教育人才的同时,培养更多的应用性人才、复合型人才和涉外型人才的指导思想,在经过多次调查研究的基础上增设了生物工程、应用化学、应用物理学、应用概率统计、计算机及应用、行政管理学等学科和专业,更新和调整了部分原有专业的内容和培养方向,使学校的应用学科和专业建设具有一定的规模。第二,抓住传统基础专业,在拓宽中注意应用。如应用数学专业突出了经济数学和计算机软件的特色,文学院拓宽了它的培养方向,增设了新闻学专业,在外语学院的西语系中增设了法语专业等。第三,以专业为依托,发展新兴、边缘、交叉学科及更新传统学科的内容。这一时期山东大学积极扶植发展了如生物工程、环境工程、计算机网络、计算机信息管理和经济信息管理等新型、交叉、边缘学科,同时,通过引进计算机、网络技术和有关的现代管理理论等新型类知识,使得大部分传统学科的内容得以更新,使这类学科的知识体系跟上时代发展的需要。
经过不断的调整和完善,到1999年底,山东大学已基本建立起完备的学科体系。设有13个学院、40个系,有48个本科专业、65个硕士点(包括2个专业硕士点:MBA 和法律硕士点)、25个博士点、3个一级学科博士点,5个博士后流动站、3个国家基础科学研究和教学人才培养基地,2个国家重点实验室,2个国家重点学科,1个国家工程推广中心,1个国家大学生文化素质教育基地,1个教育部重点实验室,8个教育部“长江学者奖励计划”特聘教授岗位,6个山东省重点实验室,17个山东省重点学科,3个省级工程研究中心。学校的专业结构和系科设置日趋合理。
山东大学 1999 年院系专业一览表
| 院 | 系 | 专 | 业 |
| 文学院 | 中文系 | 汉语言文学 | |
| 新闻传播学系 | 新闻学 | ||
| 历史文化学院 | 历史学系 | 历史学 | |
| 考古学系 | 考古学 | ||
| 档案学系 | 档案学 | ||
| 哲学与社会发展学院 | 哲学系 | 哲学 | |
| 社会学系 | 社会学 社会工作 |
||
| 国际政治经济关系学院 | 科学社会主义系 | 科学社会主义与国际共产主义运动 | |
| 国际政治系 | 国际政治 | ||
| 经济学院 | 经济学系 | 经济学 | |
| 国际经济与贸易系 | 国际经济与贸易 | ||
| 财政学系 | 财政学 | ||
| 金融学系 | 金融学 | ||
| 管理学院 | 工商管理系 | 工商管理、市场营销 | |
| 信息管理系 | 信息管理与信息系统、管理科学、图书馆学 | ||
| 会计学系 | 会计学 | ||
| 旅游管理系 | 旅游管理 | ||
| 公共管理系 | 行政管理 | ||
| 法学院 | 法学系 | 法学 | |
（续表）
| 院 | 系 | 专 |
| 外国语学院 | 英语一系 | 英语 |
| 英语二系 | ||
| 俄语系 | 俄语 | |
| 西语系 | 德语、法语 | |
| 东语系 | 日语、朝鲜语 | |
| 化学与环境科学学院 | 化学系 | 化学、应用化学 |
| 环境工程系 | 环境工程 | |
| 数学与系统科学学院 | 数学系 | 数学与应用数学 |
| 应用数学与电算工程系 | ||
| 科学计算与软件系 | ||
| 信息与控制工程系 | 信息与计算科学、统计学 | |
| 运筹与统计学系 | ||
| 生命科学学院 | 微生物学与微生物工程系 | 微生物学、微生物工程 |
| 生物学与生物技术学系 | 生物学 | |
| 生物医药工程系 | 制药工程 | |
| 生物化学与分子生物学系 | 生物化学 | |
| 国际教育交流学院 | 对外汉语言文化系 | |
| 继续教育学院 | ||
| 物理系 | 物理学、应用物理学、微电子学 | |
| 计算机科学系 | 计算机科学与技术 |
院| 电子工程系系(续表)专业| 电子信息科学与技术通信工程| 光电子信息工程系|电子科学与技术学、信息科| 学与技术