1995年9月，山东省宗教研究会经省民政厅批准注册。该会是省政府宗教事务局主管的由高等院校科研机构宗教理论研究者、宗教工作干部及宗教界人士组成的社会团体，主要从事宗教理论、政策、法规和工作研究。
1996年1月，山东省宗教研究会在济南举行成立大会。大会通过研究会章程、工作报告，选举产生由47人组成的常务理事会，选举产生会长、副会长、秘书长。5月，由省政府宗教事务局、省宗教研究会主办的《齐鲁宗教》创刊。《齐鲁宗教》是山东省首个关于宗教工作和宗教研究的综合性内部期刊。其办刊宗旨是全面正确地宣传党和国家关于宗教方面的方针政策及法律法规、交流推广工作经验、研究探讨新时期宗教理论问题，介绍宗教基本常识。1999年，《齐鲁宗教》更名为《民族与宗教》，至2005年，已编辑发行48期。
1997年10月，山东省宗教理论研讨会在济南举行，探讨如何引导宗教与社会主义社会相适应，共收到论文30余篇。
1998年11月，省政府宗教事务局召开纪念党的十一届三中全会20周年宗教事务理论研讨会，省政府宗教事务局有关领导、省宗教研究会常务理事、省宗教团体负责人及大专院校专家、教授等40余人参加会议，提交论文14篇。
图6-4 1998年，省政府宗教事务局召开纪念党的十一届三中全会20周年宗教事务理论研讨会
1999年，省政府宗教事务局课题组完成《新时期山东省宗教事务管理问题研究》项目，受到国家宗教事务局充分肯定。
2000年7月，省宗教研究会召开研讨会，研究学习“三个代表”重要思想，纪念中国共产党成立79周年诞辰。省委党校、山东社会科学院和山东大学、山东师范大学的专家、教授等20多人参加会议。
2001年11月，省宗教研究会第二次会员代表大会在济南召开，审议通过《山东省宗教研究会第一届理事会工作报告》和《山东省宗教研究会章程》，选举产生第二届理事会。
2003年4月，省宗教事务局完成《山东省宗教事务管理概论》的编写工作。该课题为区域性宗教事务管理专业理论成果，是“十五”时期省级社科重点课题。8月，省宗教研究会与省反邪教协会在济南联合举办“宗教与反邪教斗争”报告会暨学术讨论会，就宗教与邪教的关系、邪教冒用宗教的社会危害、加强宗教团体自身建设等问题进行交流和研讨。与会者100余人，提交论文48篇。
