1990年12月，中共山东省委下发了《中共山东省委关于设立省委高等学校工作委员会的通知》。通知中指出：为进一步加强高等学校党的工作和思想政治工作，根据中央有关部门指示精神，经研究并报经中央批准，决定设立中共山东省委高等学校工作委员会（简称高校工委）。高校工委是省委领导全省高等学校党的工作的派出机构，为省委部委级建制。其职责范围是：组织全省高校认真贯彻党的路线、方针、政策；主管高校党的建设工作；领导高校的思想政治工作，开展马克思主义理论研究和教育；协助省委组织部和中央有关部委管理全省高校（包括成人高校）的领导班子及其成员，对高校的其他干部进行宏观管理和指导；主管高校的纪律检查工作、知识分子工作和统战工作；协调有关部门关心和支持高校的工作。
经山东省编制委员会鲁编［1991］37号文件批准，省委高校工委编制40人，内设办公室、干部处、组织处、宣传教育处、统战工作处、纪律检查委员会6个职能机构和机关党委。
1996年6月省直机关机构改革，中共山东省委高等学校工作委员会与山东省教委合署办公，一个机构两块牌子。根据鲁政办发［1996］87号文件规定，省委高校工委内设办公室、组织干部处、思想政治工作处（挂宣传统战处牌子）、安全保卫处4个职能处室和机关党委。另设副厅级建制的高校纪工委。机关编制为43人。
2000年省直机关第二轮机构改革，根据鲁政办发［2000］108号文件规定，中共山东省委高等学校工作委员会与省教育厅合署办公，高校工委是省委领导全省高校党的建设的工作机构。
经高校工委书记办公会和教育厅党组会共同研究，决定省委高校工委和省教育厅在人员编制和处级干部职数问题上，实行两家切块管理，省委高校工委人员编制确定为32人。内设合署机构为：办公室、机关党委；内设独立机构为：高校干部处、高校组织统战处、思想政治工作处（挂高校宣传教育处的牌子）、安全保卫处，高校纪工委保留。2001年7月经鲁编办［2001］69号文件批准，增设省高校610办公室。
附：历任书记、副书记任离职时间表
书 记 崔惟琳（1990.8—1997.9）
滕昭庆（1997.9—2002.4）
齐 涛（2002.4）
副书记 吕可英（1990.8—1996.6）
姜代晓（1990.8—1992.6）
刘凤龙（1990.8—2002.4）
王秀明（1991.10—1996.6）
曾繁仁（1994.4—1995.6）
徐庆申（1994.4—2005.2）
田建国（1996.6）
傅华峰（2002.7）
邢善萍（女，2004.9）