自1987年起，山东省贯彻中西医并重的卫生工作方针，设省级中医管理机构，负责拟定中医政策和发展规划，管理中医医疗机构、中医重点项目和农村中医工作。
一、政策与规划
1987年9月，省人大常委会通过《关于加强中医药工作的决议》，要求各级政府把发展中医药摆在与西医同等重要位置，制定发展规划，健全管理机构，落实中医政策，解决中医药队伍后继乏人问题。1990年11月，省政府印发《关于加强中医工作的决定》，要求各级政府加强领导，创造发展中医事业的物质条件，逐步增加财政对中医事业的投入，实行中医经费单列；加强中医机构建设和人才培养；发展农村中医事业；促进中西医结合；重视中医药科研工作；搞好中药材生产、供应和质量管理。2003年5月，省政府印发《关于加快中医药现代化发展的意见》，决定设立专项资金，支持中药关键共性技术和创新中药的研究开发、科技成果转化，省科技三项费用、技改经费向中药现代化示范企业倾斜，并逐年加大扶持力度，促进中医和中药协同发展。
1988年1月12—14日，省委、省政府在济南召开山东省振兴中医大会，讨论修订《山东省1988—1995年中医事业发展规划》，提出至1990年，每个县都建立中医机构，各级综合医院中医病床不得少于病床总数的5%；通过扩大中医院校招生规模、发展业余教育、恢复中医带徒传统，至1995年全省形成多渠道培养中医人才的机制。1997年4月，省卫生厅印发《山东省中医事业“九五”计划及2010年规划设想》，目标任务是：（1）合理规划中医医院规模，调整内部结构，提高质量和效益；抓好中西医结合机构建设；加强农村中医工作。（2）建立省中医药研究院，逐步形成集中医、中药、针灸、科技信息于一体的省级中医药科技龙头单位。（3）每年向农村、基层推广中医药适宜技术20项。（4）加强人才培养，形成结构合理的中医药人才梯队。（5）加强中医药对外交流与合作，争取科技合作项目取得实质性成果。2001年12月，省卫生厅印发《山东省中医事业“十五”计划》，提出用5年时间，基本建立适应市场经济体制的中医药事业发展体制和运行机制；初步建立与人民健康需求相适应的中医医疗保健服务网络；显著提高中医药学术水平和防病治病能力；争取中医事业整体水平跻身全国先进行列。
二、中医机构管理
1986年，省编委批准文登整骨医院加挂山东文登骨伤研究所牌子，青岛市第五人民医院加挂山东青岛中西医结合医院牌子。
1988年3月，省卫生厅印发《关于加强中医院急诊科（室）建设的意见》，要求各地从人、财、物力方面给予扶持，提高中医急症诊疗水平。
1991年4月，省卫生厅印发《全省中医医院试行标准化管理的意见》，提出管理内容、基本方法和实施步骤。1992年，省中医管理局通知各级中医机构，认真执行国家中医药管理局《中医病案书写规范》，原来的中医病历书写标准废止。
1993年11月，省卫生厅印发《山东省中医医院分级管理实施细则》，制定评审委员会章程，就中医院分级标准、评审程序、评审结果作出规定，其中三级中医院等级由省卫生厅组织评审委员会评审，二级中医院等级由市（地）卫生主管部门组织评审。至1996年，全省累计评审公布三级甲等中医院9所、三级甲等中西医结合医院1所、二级甲等中医院74所。
1994年起，省中医管理局负责辖区内中医医疗广告专业技术内容的出证工作。
1995年3月，省中医管理局下发通知，要求200张床位以上的综合性中医院、中西医结合医院、中医专科医院，于当月登记注册。
2000年3月，省中医管理局印发《山东省中医病种质量控制标准（试行）》，中医病种包括常见病、多发病58种。4月，下发《关于对省管中医医疗机构进行校验的通知》，要求300张床位以上的中医院到省中医管理局办理校验手续。12月，省卫生厅印发《山东省中医病案专科检查书写规范（试行）》。
2002年3月，省中医管理局下发通知，规定师承或确有专长人员，需经省中医行政主管部门组织的实践技能考试考核后，方可参加医师资格认定。6月，省卫生厅印发《全省中医医院医疗质量管理标准》。8月，省中医管理局发布《关于全省中医医院医疗质量检查情况通报》。2003年，省卫生厅批复同意省针灸医院加挂省中医药研究院附属医院牌子。
2004年，省卫生厅印发《山东省中医、中西医结合病历书写基本规范（试行）》。省中医管理局印发《山东省中医护理文书书写基本规范（试行）》《2004版山东省中医医院护士长手册（试行）》。
2005年，省卫生厅批复同意山东中医药大学附属医院加挂山东省中医院牌子。省中医管理局负责省直管20所中医医院的医师注册、变更，含山东中医药大学附属医院、省中医药研究院附属医院，济南、潍坊、枣庄、烟台、聊城、青岛、莱芜、临沂、菏泽、淄博、泰安、济宁、日照、滕州、诸城市中医院，青岛中西医结合医院，文登整骨医院，莒县中医院。
三、重点项目管理
按照国家中医药管理局部署，山东省于1991—1997年开展示范、重点中医院建设工作，建成全国示范中医院6所，全省示范中医院11所、重点中医院18所。1997—2005年，开展重点中医专科建设工作。至2005年，全省建成重点中医专科（专病）217个，其中国家级6个、省级56个、市级155个，为中医机构和中医技术发展起到了示范带动作用。
1991年5月，省卫生厅印发《山东省10所示范中医院建设计划》，制定示范中医医院标准，要求各地选择有一定基础的中医院作为建设单位，并通过专项经费扶持，调动地方政府和单位两个积极性，加快建设进度。1992年，省卫生厅公布全省示范中医院建设单位名单，含泰安市泰山区中医院等13处。
1993年11月，省卫生厅印发《山东省重点中医医院建设规划》，继而确定章丘市中医院等22个单位为全省重点中医院建设单位，要求通过三年建设，使其达到甲等水平。
1995年2月，省卫生厅下发通知，公布首批全省示范中医院，含泰安市泰山区、乳山市、淄博市淄川区、招远市、昌乐县、临邑县、滕州市、曲阜市、平邑县、博兴县、邹城市中医院。6月，全省有6所中医院通过国家中医药管理局“全国示范中医院”评审验收，含山东中医学院附属医院和济南、青岛、淄博、肥城、诸城市中医院。
1997年3—4月，省卫生厅组织专家验收重点中医院建设单位，公布合格者18个：章丘市、长清县、淄博市张店区、淄博市临淄区、栖霞市、广饶县、寿光市、烟台市牟平区、宁阳县、昌邑市、乐陵市、莒县、莒南县、邹平县、阳信县、冠县、东明县和临沂市中医院。
1997年4月，省卫生厅印发《山东省重点中医科室建设方案》，制定中医院重点科室建设标准、中医院急症医疗中心建设标准、中医院中药制剂和剂型改革基地建设标准，确定在全省分期分批建设中医特色突出、治疗效果可靠的省级重点中医专科（专病），每批建设周期3年。要求市级卫生主管部门参照省里做法，建设市级重点中医专科。
1998年1月，省卫生厅公布首批省级重点中医专科建设单位名单，含山东中医药大学附属医院急症科、骨科，青岛市中医院心血管病专科等18个科室。
2000年12月，省卫生厅公布全省首批重点中医专科验收合格单位12个：山东中医药大学附属医院骨伤科和中药制剂暨剂型改革基地、肥城市中医院骨伤科、聊城市中医院眼科、诸城市中医院眼科、莱芜市中医院肿瘤科、招远市中医院肿瘤科、广饶县中医院肿瘤科、青岛市中医院心血管病科和呼吸病科、淄博市中医院心血管病科、潍坊市中医院中风病科。同时公布第二批重点中医专科（专病）建设单位18个。
2002年8月，国家中医药管理局公布全国重点中医专科建设单位名单，其中山东省6个，含山东中医药大学附属医院周围血管病科和老年病科、临沂市中医院风湿病科、泰安市中医院肝病科、潍坊市中医院中风病科、文登整骨医院骨伤科。
2005年1月，省中医管理局公布第二批全省重点中医专科（专病）验收合格单位18个：山东中医药大学附属医院周围血管病、济南市中医院针灸科、栖霞市中医院糖尿病、海阳市中医院脾胃病、龙口市中医院肛肠科、临朐县中医院糖尿病、青州市中医院针灸科、济宁市中医院糖尿病、泰安市中医院肝病、宁阳县中医院肛肠科、泰安市中医二院脑血管病、临沂市中医院风湿病、平邑县中医院眼科、沂南县中医院结石病、滕州市中医院中风病、德州市中医院糖尿病、蓬莱市中医院中风病科、邹平县中医院肿瘤科。
四、农村中医管理
1991年，贯彻全国中医工作会议精神，省中医管理局要求各地依照《全国农村中医工作先进县（市、区）建设标准》开展中医先进县创建工作，以此推动农村中医事业发展。1995—2005年，经国家中医药管理局评审验收，莱州、莱芜莱城、乳山、章丘、平邑、诸城、费县、蓬莱等县（市、区）先后被授予全国农村中医工作先进县（市、区）称号。威海市、烟台市被授予全国农村中医工作先进市称号。
1998年，省卫生厅下发通知，公布安丘市等6个县（市）为全省首批农村中医工作先进县建设单位，继而印发《山东省农村中医工作先进县（市、区）建设方案》。2001—2004年，省卫生厅分两批评审公布全省农村中医工作先进县（市、区）20个：安丘、滕州、曲阜、蓬莱、莒县、济南长清、平阴、淄博张店、枣庄峄城、广饶、海阳、寿光、邹城、嘉祥、宁阳、蒙阴、临邑、邹平、定陶、茌平县（市、区）。
2002年4月，省卫生厅印发《关于加强农村中医药人才培养的意见》，计划用5年时间，培养县级中医院中医学科带头人500名，培养乡镇卫生院中医专病技术骨干1000名，培养能熟练运用中医药知识诊治常见病、多发病的乡村医生50000名，并向农村卫生技术人员推广50项中医适宜技术。
2004年10月，省中医管理局组织省级专家分8个组，巡回40个县（市、区），推广农村中医适宜技术。
2005年，山东被确定为全国农村中医药适宜技术推广示范省，为全国唯一省份。
第二节 中医管理
自1987年起，山东省贯彻中西医并重的卫生工作方针，设省级中医管理机构，负责拟定中医政策和发展规划，管理中医医疗机构、中医重点项目和农村中医工作。
一、政策与规划
1987年9月，省人大常委会通过《关于加强中医药工作的决议》，要求各级政府把发展中医药摆在与西医同等重要位置，制定发展规划，健全管理机构，落实中医政策，解决中医药队伍后继乏人问题。1990年11月，省政府印发《关于加强中医工作的决定》，要求各级政府加强领导，创造发展中医事业的物质条件，逐步增加财政对中医事业的投入，实行中医经费单列；加强中医机构建设和人才培养；发展农村中医事业；促进中西医结合；重视中医药科研工作；搞好中药材生产、供应和质量管理。2003年5月，省政府印发《关于加快中医药现代化发展的意见》，决定设立专项资金，支持中药关键共性技术和创新中药的研究开发、科技成果转化，省科技三项费用、技改经费向中药现代化示范企业倾斜，并逐年加大扶持力度，促进中医和中药协同发展。
1988年1月12—14日，省委、省政府在济南召开山东省振兴中医大会，讨论修订《山东省1988—1995年中医事业发展规划》，提出至1990年，每个县都建立中医机构，各级综合医院中医病床不得少于病床总数的5%；通过扩大中医院校招生规模、发展业余教育、恢复中医带徒传统，至1995年全省形成多渠道培养中医人才的机制。1997年4月，省卫生厅印发《山东省中医事业“九五”计划及2010年规划设想》，目标任务是：（1）合理规划中医医院规模，调整内部结构，提高质量和效益；抓好中西医结合机构建设；加强农村中医工作。（2）建立省中医药研究院，逐步形成集中医、中药、针灸、科技信息于一体的省级中医药科技龙头单位。（3）每年向农村、基层推广中医药适宜技术20项。（4）加强人才培养，形成结构合理的中医药人才梯队。（5）加强中医药对外交流与合作，争取科技合作项目取得实质性成果。2001年12月，省卫生厅印发《山东省中医事业“十五”计划》，提出用5年时间，基本建立适应市场经济体制的中医药事业发展体制和运行机制；初步建立与人民健康需求相适应的中医医疗保健服务网络；显著提高中医药学术水平和防病治病能力；争取中医事业整体水平跻身全国先进行列。
二、中医机构管理
1986年，省编委批准文登整骨医院加挂山东文登骨伤研究所牌子，青岛市第五人民医院加挂山东青岛中西医结合医院牌子。
1988年3月，省卫生厅印发《关于加强中医院急诊科（室）建设的意见》，要求各地从人、财、物力方面给予扶持，提高中医急症诊疗水平。
1991年4月，省卫生厅印发《全省中医医院试行标准化管理的意见》，提出管理内容、基本方法和实施步骤。1992年，省中医管理局通知各级中医机构，认真执行国家中医药管理局《中医病案书写规范》，原来的中医病历书写标准废止。
1993年11月，省卫生厅印发《山东省中医医院分级管理实施细则》，制定评审委员会章程，就中医院分级标准、评审程序、评审结果作出规定，其中三级中医院等级由省卫生厅组织评审委员会评审，二级中医院等级由市（地）卫生主管部门组织评审。至1996年，全省累计评审公布三级甲等中医院9所、三级甲等中西医结合医院1所、二级甲等中医院74所。
1994年起，省中医管理局负责辖区内中医医疗广告专业技术内容的出证工作。
1995年3月，省中医管理局下发通知，要求200张床位以上的综合性中医院、中西医结合医院、中医专科医院，于当月登记注册。
2000年3月，省中医管理局印发《山东省中医病种质量控制标准（试行）》，中医病种包括常见病、多发病58种。4月，下发《关于对省管中医医疗机构进行校验的通知》，要求300张床位以上的中医院到省中医管理局办理校验手续。12月，省卫生厅印发《山东省中医病案专科检查书写规范（试行）》。
2002年3月，省中医管理局下发通知，规定师承或确有专长人员，需经省中医行政主管部门组织的实践技能考试考核后，方可参加医师资格认定。6月，省卫生厅印发《全省中医医院医疗质量管理标准》。8月，省中医管理局发布《关于全省中医医院医疗质量检查情况通报》。2003年，省卫生厅批复同意省针灸医院加挂省中医药研究院附属医院牌子。
2004年，省卫生厅印发《山东省中医、中西医结合病历书写基本规范（试行）》。省中医管理局印发《山东省中医护理文书书写基本规范（试行）》《2004版山东省中医医院护士长手册（试行）》。
2005年，省卫生厅批复同意山东中医药大学附属医院加挂山东省中医院牌子。省中医管理局负责省直管20所中医医院的医师注册、变更，含山东中医药大学附属医院、省中医药研究院附属医院，济南、潍坊、枣庄、烟台、聊城、青岛、莱芜、临沂、菏泽、淄博、泰安、济宁、日照、滕州、诸城市中医院，青岛中西医结合医院，文登整骨医院，莒县中医院。
三、重点项目管理
按照国家中医药管理局部署，山东省于1991—1997年开展示范、重点中医院建设工作，建成全国示范中医院6所，全省示范中医院11所、重点中医院18所。1997—2005年，开展重点中医专科建设工作。至2005年，全省建成重点中医专科（专病）217个，其中国家级6个、省级56个、市级155个，为中医机构和中医技术发展起到了示范带动作用。
1991年5月，省卫生厅印发《山东省10所示范中医院建设计划》，制定示范中医医院标准，要求各地选择有一定基础的中医院作为建设单位，并通过专项经费扶持，调动地方政府和单位两个积极性，加快建设进度。1992年，省卫生厅公布全省示范中医院建设单位名单，含泰安市泰山区中医院等13处。
1993年11月，省卫生厅印发《山东省重点中医医院建设规划》，继而确定章丘市中医院等22个单位为全省重点中医院建设单位，要求通过三年建设，使其达到甲等水平。
1995年2月，省卫生厅下发通知，公布首批全省示范中医院，含泰安市泰山区、乳山市、淄博市淄川区、招远市、昌乐县、临邑县、滕州市、曲阜市、平邑县、博兴县、邹城市中医院。6月，全省有6所中医院通过国家中医药管理局“全国示范中医院”评审验收，含山东中医学院附属医院和济南、青岛、淄博、肥城、诸城市中医院。
1997年3—4月，省卫生厅组织专家验收重点中医院建设单位，公布合格者18个：章丘市、长清县、淄博市张店区、淄博市临淄区、栖霞市、广饶县、寿光市、烟台市牟平区、宁阳县、昌邑市、乐陵市、莒县、莒南县、邹平县、阳信县、冠县、东明县和临沂市中医院。
1997年4月，省卫生厅印发《山东省重点中医科室建设方案》，制定中医院重点科室建设标准、中医院急症医疗中心建设标准、中医院中药制剂和剂型改革基地建设标准，确定在全省分期分批建设中医特色突出、治疗效果可靠的省级重点中医专科（专病），每批建设周期3年。要求市级卫生主管部门参照省里做法，建设市级重点中医专科。
1998年1月，省卫生厅公布首批省级重点中医专科建设单位名单，含山东中医药大学附属医院急症科、骨科，青岛市中医院心血管病专科等18个科室。
2000年12月，省卫生厅公布全省首批重点中医专科验收合格单位12个：山东中医药大学附属医院骨伤科和中药制剂暨剂型改革基地、肥城市中医院骨伤科、聊城市中医院眼科、诸城市中医院眼科、莱芜市中医院肿瘤科、招远市中医院肿瘤科、广饶县中医院肿瘤科、青岛市中医院心血管病科和呼吸病科、淄博市中医院心血管病科、潍坊市中医院中风病科。同时公布第二批重点中医专科（专病）建设单位18个。
2002年8月，国家中医药管理局公布全国重点中医专科建设单位名单，其中山东省6个，含山东中医药大学附属医院周围血管病科和老年病科、临沂市中医院风湿病科、泰安市中医院肝病科、潍坊市中医院中风病科、文登整骨医院骨伤科。
2005年1月，省中医管理局公布第二批全省重点中医专科（专病）验收合格单位18个：山东中医药大学附属医院周围血管病、济南市中医院针灸科、栖霞市中医院糖尿病、海阳市中医院脾胃病、龙口市中医院肛肠科、临朐县中医院糖尿病、青州市中医院针灸科、济宁市中医院糖尿病、泰安市中医院肝病、宁阳县中医院肛肠科、泰安市中医二院脑血管病、临沂市中医院风湿病、平邑县中医院眼科、沂南县中医院结石病、滕州市中医院中风病、德州市中医院糖尿病、蓬莱市中医院中风病科、邹平县中医院肿瘤科。
四、农村中医管理
1991年，贯彻全国中医工作会议精神，省中医管理局要求各地依照《全国农村中医工作先进县（市、区）建设标准》开展中医先进县创建工作，以此推动农村中医事业发展。1995—2005年，经国家中医药管理局评审验收，莱州、莱芜莱城、乳山、章丘、平邑、诸城、费县、蓬莱等县（市、区）先后被授予全国农村中医工作先进县（市、区）称号。威海市、烟台市被授予全国农村中医工作先进市称号。
1998年，省卫生厅下发通知，公布安丘市等6个县（市）为全省首批农村中医工作先进县建设单位，继而印发《山东省农村中医工作先进县（市、区）建设方案》。2001—2004年，省卫生厅分两批评审公布全省农村中医工作先进县（市、区）20个：安丘、滕州、曲阜、蓬莱、莒县、济南长清、平阴、淄博张店、枣庄峄城、广饶、海阳、寿光、邹城、嘉祥、宁阳、蒙阴、临邑、邹平、定陶、茌平县（市、区）。
2002年4月，省卫生厅印发《关于加强农村中医药人才培养的意见》，计划用5年时间，培养县级中医院中医学科带头人500名，培养乡镇卫生院中医专病技术骨干1000名，培养能熟练运用中医药知识诊治常见病、多发病的乡村医生50000名，并向农村卫生技术人员推广50项中医适宜技术。
2004年10月，省中医管理局组织省级专家分8个组，巡回40个县（市、区），推广农村中医适宜技术。
2005年，山东被确定为全国农村中医药适宜技术推广示范省，为全国唯一省份。