20世纪50年代起，各级防疫机构设疫情室，负责收集、汇总、上报辖区内传染病疫情。1989年《中华人民共和国传染病防治法》实施，赋予医务人员、医疗机构、防疫机构收集、报告疫情的责任。
1985年，全省报告传染病19种，发病30余万人，发病率396.46/10万。其中，病毒性肝炎、流感、流行性出血热、痢疾占发病人数的90%。
1986年，甲、乙类传染病报告发病率升至442.3/10万，其中病毒性肝炎6.84万例、流行性出血热4.14万例，分别比1985年上升90%和69%。
1987年，随防治措施落实，传染病疫情下降，报告发病率217.35/10万，比1986年大幅下降。其中流行性出血热下降65%，流行性脑脊髓膜炎下降47.6%，痢疾、斑疹伤寒、猩红热降幅亦较大。但狂犬病疫情上升。
1988年，全省发生狂犬病554例，疫情波及90个县（市、区）。
1989年，淋病、梅毒等纳入传染病疫情报告范围。当年，报告病毒性肝炎8.6万例，狂犬病610例，均为1979—1989年高峰。传染病总发病率197.78/10万。
1990年，全省传染病疫情总体下降，报告发病率144.9/10万，为1970—1990年最低水平。但乙型脑炎局部流行，发病2562例，同比上升2.4倍。
1992年，随计划免疫覆盖率扩大和预防接种质量提高，传染病发病率普遍下降，其中脊髓灰质炎、白喉此后无病例报告。在归国劳务人员中发现艾滋病感染者1例，为山东首例。
1994年夏，霍乱流行，发病793例，同比上升105倍，死亡6例，病例分布于27个县（市、区），为1984—1994年疫情之最，其中青岛市发病588例，占总数的74%。布氏菌病局部流行，发病125例，其中青州市63例，章丘市60例。
1995年，全省报告传染病发病率98.1/10万，病毒性肝炎、痢疾、出血热病例占70%以上。枣庄、泰安、聊城、济宁辖区27个县流行病毒性脑炎，发病1711例，死亡74例。全省监测献血员、宾馆服务员、出国劳务人员、性病患者、性从业者血清6.59万人份，检出HIV抗体阳性8例。外省检出山东籍献血员HIV感染者7例。
1996年，全省报告传染病发病率91.19/10万，为有疫情记录以来最低点。病毒性肝炎、流感、流行性出血热、流脑、麻疹、百日咳降幅较大，后三种疾病下降主因是疫苗接种质量提高。
1997年，以往发病率持续较高的病毒性肝炎、痢疾、流行性出血热均有不同幅度下降，但因结核病、艾滋病等纳入传染病报告范围，总体疫情呈上升趋势。甲、乙类传染病发病率108.65/10万，同比上升19%。
1998年夏，霍乱局部流行，发病287例，其中泰安市81例、济宁市76例，均为食源性传播。胶南市出血热流行，死亡17例。1999年，流行性出血热呈散发状，17市（地）均有病例报告，发病1.02万例。
2000年，全省报告传染病发病率109.67/10万，同比下降13%。发病居前七位者：病毒性肝炎31460例，痢疾22901例，结核病18317例，流行性出血热10220例，斑疹伤寒897例，猩红热554例，乙型脑炎225例。2001年，传染病疫情总体稳定，艾滋病疫情上升，发病34例。
2003年，传染病总发病率、死亡率持续下降，艾滋病疫情上升。4月19日，发现1例非典病人，为输入性病例。6—7月，临沂市兰山区副伤寒流行，发病896例。威海市环翠区因饮水污染发生伤寒68例，为点状暴发。山东经济学院由于相同原因发生感染性腹泻454例。
2005年，全省法定报告传染病15.5万余例，总报告发病率139.28/10万，总体疫情呈上升态势。其中，新纳入传染病疫情报告范围的感染性腹泻、流行性腮腺炎、肺结核、梅毒、淋病占发病总数的45%，尤其结核病、艾滋病疫情上升迅速，报告发病人数分别为43015例和484例。
1986—2005年，疟疾、麻风病、脊髓灰质炎、白喉先后达到消灭、基本消灭或控制标准；甲型肝炎、痢疾、霍乱、流行性出血热等重点传染病疫情历经波动，2000年后稳定下降。
1986—2005年山东省甲类、乙类传染病发病率统计表
表4-1
┏━━━━━┯━━━━━━━━━━━━━━┯━┯━━━┯━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ 年份 │ 甲、乙类发病率（/10万） │ │ 年份 │ 甲、乙类发病率（/10万） ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1986 │ 442.30 │ │ 1996 │ 91.19 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1987 │ 217.35 │ │ 1997 │ 108.65 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1988 │ 212.14 │ │ 1998 │ 110.29 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1989 │ 197.78 │ │ 1999 │ 126.18 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1990 │ 144.90 │ │ 2000 │ 109.67 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1991 │ 147.80 │ │ 2001 │ 108.84 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1992 │ 144.07 │ │ 2002 │ 96.13 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1993 │ 104.16 │ │ 2003 │ 100.88 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1994 │ 95.24 │ │ 2004 │ 128.87 ┃
┠─────┼──────────────┼─┼───┼──────────────┨
┃ 1995 │ 98.10 │ │ 2005 │ 139.28 ┃
┗━━━━━┷━━━━━━━━━━━━━━┷━┷━━━┷━━━━━━━━━━━━━━┛
图4-1 1985—2005年山东省甲、乙类传染病报告发病率曲线示意图
