1986年，全省有市级卫生防疫站14处，业务技术人员1574人，其中济南、青岛、淄博、潍坊、烟台、泰安、临沂、聊城卫生防疫站各有100～192人，其他市（地）80人左右，东营市15人。平均有固定资产88万元，多者100余万元，最少者8万元。一般拥有显微镜、电冰箱、恒温箱、电泳仪、酸度计、分析天平、气象色谱仪等检验设备。主要开展传染病和地方病防治、疫情管理、卫生宣传教育、食品卫生监督工作。均隶属市（地）卫生局。
1987—1989年，威海、日照先后升格为地级市，全省市级防疫站增至16处。一般设防疫科、计划免疫科、地方病防治科、食品卫生科、学校卫生科、环境卫生科、卫生宣教科、检验科等。
1990年，贯彻“有偿服务”“以副补主”政策，市级防疫站通过扩大服务增加收入，解决防疫经费紧缺问题。当年，地方财政向市级防疫机构拨款956万元，实际支出1259万元。缺口部分多通过食品从业人员查体收入、食品卫生检验收入、消毒杀虫服务收入予以补充。多数防疫站增设消毒杀虫科、放射卫生科。有的添置高速离心机、荧光显微镜、低温冰箱等检验设备。
1991—1993年，为适应计划免疫冷链建设需要，市级防疫机构装备或更新冷藏车辆，多数建起3000平方米左右的办公楼或业务楼。其间，莱芜升格为地级市，莱芜市卫生防疫站随之升格。全省市级防疫站增至17处。
1995年，贯彻《山东省卫生防疫机构等级评审规划》，市级防疫站加强内涵建设，推进管理规范化、标准化。增加检验设施，培训技术力量，能够开展生活饮用水、化妆品、食品、尘毒、公共场所微小气候、餐具消毒效果、肠道及呼吸道病菌分离和病毒性肝炎、出血热、艾滋病、计划免疫等八大类200余个检验检测项目。当年，省卫生厅确认市级一等防疫站3处。
2000年，各级财政增加卫生防疫投入，地方财政拨付市级卫生防疫机构经费4137万元。2001年，威海撤销市防疫站建制，成立市疾病预防控制中心。
2004年，各级政府启动疾病预防控制机构建设项目。各市疾病控制机构新建或扩建检验室1500平方米～3000平方米，添置一批先进检验设备，检验检测水平显著提高。
至2005年，除泰安、东营、烟台市外，其他14市先后撤销卫生防疫站，成立市疾控中心。全省17市疾病预防控制中心（防疫站）业务用房总面积9.13万平方米，固定资产总值2.61亿元，职工2342人。2100余名专业技术人员中，有正高级职称80人，副高级职称707人，中级职称842人。拥有硕士研究生67人，本科生760人，专科生820人。财政拨款1.61亿元，支出2.33亿元。
第二节 市级机构
1986年，全省有市级卫生防疫站14处，业务技术人员1574人，其中济南、青岛、淄博、潍坊、烟台、泰安、临沂、聊城卫生防疫站各有100～192人，其他市（地）80人左右，东营市15人。平均有固定资产88万元，多者100余万元，最少者8万元。一般拥有显微镜、电冰箱、恒温箱、电泳仪、酸度计、分析天平、气象色谱仪等检验设备。主要开展传染病和地方病防治、疫情管理、卫生宣传教育、食品卫生监督工作。均隶属市（地）卫生局。
1987—1989年，威海、日照先后升格为地级市，全省市级防疫站增至16处。一般设防疫科、计划免疫科、地方病防治科、食品卫生科、学校卫生科、环境卫生科、卫生宣教科、检验科等。
1990年，贯彻“有偿服务”“以副补主”政策，市级防疫站通过扩大服务增加收入，解决防疫经费紧缺问题。当年，地方财政向市级防疫机构拨款956万元，实际支出1259万元。缺口部分多通过食品从业人员查体收入、食品卫生检验收入、消毒杀虫服务收入予以补充。多数防疫站增设消毒杀虫科、放射卫生科。有的添置高速离心机、荧光显微镜、低温冰箱等检验设备。
1991—1993年，为适应计划免疫冷链建设需要，市级防疫机构装备或更新冷藏车辆，多数建起3000平方米左右的办公楼或业务楼。其间，莱芜升格为地级市，莱芜市卫生防疫站随之升格。全省市级防疫站增至17处。
1995年，贯彻《山东省卫生防疫机构等级评审规划》，市级防疫站加强内涵建设，推进管理规范化、标准化。增加检验设施，培训技术力量，能够开展生活饮用水、化妆品、食品、尘毒、公共场所微小气候、餐具消毒效果、肠道及呼吸道病菌分离和病毒性肝炎、出血热、艾滋病、计划免疫等八大类200余个检验检测项目。当年，省卫生厅确认市级一等防疫站3处。
2000年，各级财政增加卫生防疫投入，地方财政拨付市级卫生防疫机构经费4137万元。2001年，威海撤销市防疫站建制，成立市疾病预防控制中心。
2004年，各级政府启动疾病预防控制机构建设项目。各市疾病控制机构新建或扩建检验室1500平方米～3000平方米，添置一批先进检验设备，检验检测水平显著提高。
至2005年，除泰安、东营、烟台市外，其他14市先后撤销卫生防疫站，成立市疾控中心。全省17市疾病预防控制中心（防疫站）业务用房总面积9.13万平方米，固定资产总值2.61亿元，职工2342人。2100余名专业技术人员中，有正高级职称80人，副高级职称707人，中级职称842人。拥有硕士研究生67人，本科生760人，专科生820人。财政拨款1.61亿元，支出2.33亿元。