至2005年，省食药监局有5个直属单位，分别为山东省食品药品监督管理局稽查局、山东省药品检验所、山东省医疗器械产品质量检验中心、山东省药品审评认证中心、山东省药品食品职业学院。
一、山东省食品药品监督管理局稽查局
2000年8月11日，省政府印发《山东省药品监督管理局职能配置内设机构和人员编制规定的通知》，批复设立山东省药品监督管理局稽查局，为省药监局直属处级单位，使用事业编制15名，可配备局长1名，副局长2名。2001年3月22日，确定省药监局稽查局列入依照公务员制度管理范围，设置调研员职位1个，助理调研员职位1个。2004年9月22日，原山东省药品监督管理局稽查局更名为山东省食品药品监督管理局稽查局，为省食药监局直属处级单位，使用事业编制25名，配备局长1名，副局长3名。2004年10月22日，省编委收回省卫生监督所用于保健食品、化妆品监督检查工作的10名事业编制。省卫生监督所核减的10名编制和人员一并划转到稽查局。
2005年，确定其主要负责受理药品、医疗器械、食品、保健食品、化妆品、药包材的举报案件，负责向局内有关职能部门移交食品、保健食品、化妆品的举报案件；依法查处制售假劣药品、医疗器械等违法行为和责任人。组织实施全省范围内的统一稽查行动，组织查处全省的重大案件；负责编制和下达年度药品抽验计划；监督抽验药品生产、经营、使用单位的药品质量，定期发布全省药品质量公告；负责督办全省药品、医疗器械大案要案的查处；负责全省举报、查处案件的汇总分析；对全省食品药品监管系统稽查工作进行业务指导。
二、山东省药品检验所
依法承担实施药品审批和药品质量监督检查所需的药品检验工作。成立于1956年6月5日，隶属省卫生厅。1999年9月28日起，省药品检验所整建制划归省药监局，人员编制、固定资产、债权债务和业务档案资料及其经费一并移交。
1999年，该所内设业务管理科、人事科、办公室、供应科、仪器分析科、化学药品科、药理科、中药科、抗生素药品科、财务科10个科室，在职职工97人。2000年，仪器分析科更名为生化仪器科，在职职工99人。2001年，省发展计划委批准迁址新建立项，新建所址位于济南市高新技术开发区，购地26.3亩，总建筑面积12000平方米。在业务管理科内设监督抽验办公室，成立山东瑞友药品检测新技术开发咨询中心，撤销供应科，将其部分职能归入办公室。4月，省编委下文，撤销挂在省药品检验所的省药品监督办公室牌子，编制由122名调整为112名，在职职工103人。2002年，将监督抽验办公室从业务管理科独立出来，配备4名专职人员，办公室、人事科合并为综合办公室，在职职工90人。2004年，生化仪器科更名为生物药物食品科，在职职工98人。2005年，成立质量保证办公室、药检信息网络中心，撤销药品标准办公室，在职职工105人。
三、山东省医疗器械产品质量检验中心
1987年在山东省医疗器械研究所标准测试室的基础上筹建，1989年12月通过国家计量验收和行业验收，1989年国家医药管理局确定正式成立国家医药行业医用高分子产品质量检测中心，设在山东省医疗器械研究所内。主要承担全省医用高分子新材料、新产品和新工艺的科学研究与技术开发工作，负责全国医药行业医用高分子产品质量检测工作，负责全省医疗器械产品质量监督抽查、检测工作。
1997年7月，省编委同意原与山东省医疗器械研究所合署的山东省医用高分子技术开发中心机构单列，并加挂国家医药行业医用高分子产品质量检测中心牌子，中心为省医药局所属差额预算管理的处级事业单位，编制40人，配备主任、副主任各1名。1999年10月，国家药品监督管理局将国家医药行业医用高分子产品质量检测中心更名为国家药品监督管理局济南医疗器械质量监督检验中心。2001年4月，省编委将山东省医用高分子技术开发中心更名为山东省医疗器械产品质量检验中心，机构规格、人员编制、经费形式等均不变。2003年9月，国家食品药品监督管理局将国家药品监督管理局济南医疗器械质量监督检验中心更名为国家食品药品监督管理局济南医疗器械产品质量监督检验中心。
1991年起，山东省医药行业包装材料、容器产品质量检测站挂靠在该中心，并于1994年通过国家计量验收和行业验收后，更名为国家医药管理局山东医用包装材料、容器产品质量检测中心。2000年6月，国家医药管理局山东医用包装材料、容器产品质量检测中心更名为国家药品监督管理局济南医药包装质量检测中心。2003年9月，更名为国家食品药品监督管理局济南医药包装材料检验中心。
四、山东省药品审评认证中心
2001年4月12日，省编办下发《关于省药品监督管理局调整所属事业单位的批复》，同意成立省新药审评中心，为省药监局领导的全额预算管理处级事业单位，编制10名，可配备正、副主任各1名。主要承担新药审评、药品不良反应监测及药品生产、经营企业认证工作的技术性、服务性职责任务。
2002年12月12日，省编办同意山东省新药审评中心增挂山东省药品不良反应监测中心牌子，调整增加事业编制5名。2003年3月7日，在省新药审评中心设立山东省药品监督管理局药品认证管理办公室。2004年4月16日，省新药审评中心更名为省药品审评认证中心（挂省药品不良反应监测中心牌子），事业编制由15名调整为18名，配备主任1名，副主任2名。
五、山东药品食品职业学院
山东省药品食品职业学院是经省政府批准、教育部备案的一所全日制普通高等学校。主要为药品生产、检验、经营及食品质量检测等领域培养高级应用型人才和管理人才。学院前身为始建于1958年的山东新华医疗器械厂技工学校。1961年秋在贯彻调整方针中停办。1975年经山东省革委会批准恢复，规模为300人。1981年1月经省计委批准，更名为山东省医疗器械技工学校，规模为600人，并增设化学制药中专班，隶属省医药局领导。1983年12月又经省计委批准，更名为山东省医药技工学校，规模不变。1984年1月经省计委批准，在山东省医药技工学校中专班的基础上，建立山东省医药工业学校，规模为600人。1999年7月经省政府批准，更名为山东省医药学校，隶属省药监局，在校生规模不变。2004年6月经省教育厅批准，在山东省医药学校的基础上筹建山东医药职业技术学院，并在威海市高技术开发区科技新城征地825亩开始筹建。2005年4月经省政府批准，将山东省医药学校改建为山东药品食品职业学院，同时撤销山东省医药学校建制，实行省教育厅与省食药监局双重领导，以省食药监局为主的管理体制。同年5月经教育部文件备案，招收药物制剂技术、化学制药技术、中药、食品营养与检测、药品经营与管理五个专业专科学生484人。
第三节 直属（事业）单位
至2005年，省食药监局有5个直属单位，分别为山东省食品药品监督管理局稽查局、山东省药品检验所、山东省医疗器械产品质量检验中心、山东省药品审评认证中心、山东省药品食品职业学院。
一、山东省食品药品监督管理局稽查局
2000年8月11日，省政府印发《山东省药品监督管理局职能配置内设机构和人员编制规定的通知》，批复设立山东省药品监督管理局稽查局，为省药监局直属处级单位，使用事业编制15名，可配备局长1名，副局长2名。2001年3月22日，确定省药监局稽查局列入依照公务员制度管理范围，设置调研员职位1个，助理调研员职位1个。2004年9月22日，原山东省药品监督管理局稽查局更名为山东省食品药品监督管理局稽查局，为省食药监局直属处级单位，使用事业编制25名，配备局长1名，副局长3名。2004年10月22日，省编委收回省卫生监督所用于保健食品、化妆品监督检查工作的10名事业编制。省卫生监督所核减的10名编制和人员一并划转到稽查局。
2005年，确定其主要负责受理药品、医疗器械、食品、保健食品、化妆品、药包材的举报案件，负责向局内有关职能部门移交食品、保健食品、化妆品的举报案件；依法查处制售假劣药品、医疗器械等违法行为和责任人。组织实施全省范围内的统一稽查行动，组织查处全省的重大案件；负责编制和下达年度药品抽验计划；监督抽验药品生产、经营、使用单位的药品质量，定期发布全省药品质量公告；负责督办全省药品、医疗器械大案要案的查处；负责全省举报、查处案件的汇总分析；对全省食品药品监管系统稽查工作进行业务指导。
二、山东省药品检验所
依法承担实施药品审批和药品质量监督检查所需的药品检验工作。成立于1956年6月5日，隶属省卫生厅。1999年9月28日起，省药品检验所整建制划归省药监局，人员编制、固定资产、债权债务和业务档案资料及其经费一并移交。
1999年，该所内设业务管理科、人事科、办公室、供应科、仪器分析科、化学药品科、药理科、中药科、抗生素药品科、财务科10个科室，在职职工97人。2000年，仪器分析科更名为生化仪器科，在职职工99人。2001年，省发展计划委批准迁址新建立项，新建所址位于济南市高新技术开发区，购地26.3亩，总建筑面积12000平方米。在业务管理科内设监督抽验办公室，成立山东瑞友药品检测新技术开发咨询中心，撤销供应科，将其部分职能归入办公室。4月，省编委下文，撤销挂在省药品检验所的省药品监督办公室牌子，编制由122名调整为112名，在职职工103人。2002年，将监督抽验办公室从业务管理科独立出来，配备4名专职人员，办公室、人事科合并为综合办公室，在职职工90人。2004年，生化仪器科更名为生物药物食品科，在职职工98人。2005年，成立质量保证办公室、药检信息网络中心，撤销药品标准办公室，在职职工105人。
三、山东省医疗器械产品质量检验中心
1987年在山东省医疗器械研究所标准测试室的基础上筹建，1989年12月通过国家计量验收和行业验收，1989年国家医药管理局确定正式成立国家医药行业医用高分子产品质量检测中心，设在山东省医疗器械研究所内。主要承担全省医用高分子新材料、新产品和新工艺的科学研究与技术开发工作，负责全国医药行业医用高分子产品质量检测工作，负责全省医疗器械产品质量监督抽查、检测工作。
1997年7月，省编委同意原与山东省医疗器械研究所合署的山东省医用高分子技术开发中心机构单列，并加挂国家医药行业医用高分子产品质量检测中心牌子，中心为省医药局所属差额预算管理的处级事业单位，编制40人，配备主任、副主任各1名。1999年10月，国家药品监督管理局将国家医药行业医用高分子产品质量检测中心更名为国家药品监督管理局济南医疗器械质量监督检验中心。2001年4月，省编委将山东省医用高分子技术开发中心更名为山东省医疗器械产品质量检验中心，机构规格、人员编制、经费形式等均不变。2003年9月，国家食品药品监督管理局将国家药品监督管理局济南医疗器械质量监督检验中心更名为国家食品药品监督管理局济南医疗器械产品质量监督检验中心。
1991年起，山东省医药行业包装材料、容器产品质量检测站挂靠在该中心，并于1994年通过国家计量验收和行业验收后，更名为国家医药管理局山东医用包装材料、容器产品质量检测中心。2000年6月，国家医药管理局山东医用包装材料、容器产品质量检测中心更名为国家药品监督管理局济南医药包装质量检测中心。2003年9月，更名为国家食品药品监督管理局济南医药包装材料检验中心。
四、山东省药品审评认证中心
2001年4月12日，省编办下发《关于省药品监督管理局调整所属事业单位的批复》，同意成立省新药审评中心，为省药监局领导的全额预算管理处级事业单位，编制10名，可配备正、副主任各1名。主要承担新药审评、药品不良反应监测及药品生产、经营企业认证工作的技术性、服务性职责任务。
2002年12月12日，省编办同意山东省新药审评中心增挂山东省药品不良反应监测中心牌子，调整增加事业编制5名。2003年3月7日，在省新药审评中心设立山东省药品监督管理局药品认证管理办公室。2004年4月16日，省新药审评中心更名为省药品审评认证中心（挂省药品不良反应监测中心牌子），事业编制由15名调整为18名，配备主任1名，副主任2名。
五、山东药品食品职业学院
山东省药品食品职业学院是经省政府批准、教育部备案的一所全日制普通高等学校。主要为药品生产、检验、经营及食品质量检测等领域培养高级应用型人才和管理人才。学院前身为始建于1958年的山东新华医疗器械厂技工学校。1961年秋在贯彻调整方针中停办。1975年经山东省革委会批准恢复，规模为300人。1981年1月经省计委批准，更名为山东省医疗器械技工学校，规模为600人，并增设化学制药中专班，隶属省医药局领导。1983年12月又经省计委批准，更名为山东省医药技工学校，规模不变。1984年1月经省计委批准，在山东省医药技工学校中专班的基础上，建立山东省医药工业学校，规模为600人。1999年7月经省政府批准，更名为山东省医药学校，隶属省药监局，在校生规模不变。2004年6月经省教育厅批准，在山东省医药学校的基础上筹建山东医药职业技术学院，并在威海市高技术开发区科技新城征地825亩开始筹建。2005年4月经省政府批准，将山东省医药学校改建为山东药品食品职业学院，同时撤销山东省医药学校建制，实行省教育厅与省食药监局双重领导，以省食药监局为主的管理体制。同年5月经教育部文件备案，招收药物制剂技术、化学制药技术、中药、食品营养与检测、药品经营与管理五个专业专科学生484人。