1986年，市（地）卫生防疫站承担辖区内公共卫生监督监测和技术指导职能。全省有市（地）卫生防疫站14个，一般设食品卫生科、环境卫生科、劳动卫生科、学校卫生科，有的设放射卫生科，共有监督监测专业人员500余人。济南、泰安、烟台市设职业病防治院，兼管劳动卫生监督监测。1987年，威海市升格为地级市，设防疫机构和公共卫生监督人员。
1988年，市（地）卫生防疫站监督监测专业人员增至573人，其中食品卫生203人，环境卫生124人，劳动卫生80人，学校卫生77人，放射卫生89人。1989年，县级日照市卫生防疫站升格为地级市卫生防疫监督机构。另有为公共卫生监督提供技术支持的理化检验人员187人。
1990年，全省16个市（地）卫生防疫站有公共卫生监督人员560人，其中食品卫生199人，环境卫生144人，劳动卫生88人，学校卫生84人，放射卫生45人。
1992年，县级莱芜市升格为地级市，专设食品卫生监督检验所。环境、劳动、学校和放射卫生监督监测任务由市卫生防疫站承担。
1993年，聊城地区成立卫生执法监督管理处，为科级事业单位，编制15人。
1995年，全省17个市（地）卫生防疫站有公共卫生监督人员688人，其中食品卫生250人，环境卫生165人，劳动卫生119人，学校卫生96人，放射卫生58人。另有理化检验人员181人。
1998年，市（地）卫生防疫站有公共卫生监督人员748人，其中食品卫生299人，环境卫生176人，劳动卫生114人，学校卫生104人，放射卫生55人。
2000年8月，青岛市撤销市卫生防疫站，成立市卫生局卫生监督局，编制120人，实行公共卫生综合执法，为全省首家。2001年，威海市撤销市卫生防疫站，成立市卫生局卫生监督所，编制70人。
2002年，济南市撤销市卫生防疫站，成立市卫生局卫生监督所，编制60人。聊城市卫生执法监督管理处改称聊城市卫生局卫生监督所，编制7人。当年，除青岛、威海市外，15处市级卫生防疫站有监督监测和理化检验人员776人。
2003年，枣庄、滨州、菏泽3市撤销市卫生防疫站，分别成立市卫生局卫生监督所（局），编制依次为60人、35人、60人。2004年，日照、莱芜、临沂撤销市卫生防疫站，分别成立市卫生局卫生监督所，编制分别为40人、70人、70人。胜利石油管理局成立卫生监督所，编制12人。
2005年，淄博市撤销市卫生防疫站，成立市卫生局卫生监督所，编制70人。济宁、德州市成立市卫生局卫生监督所，编制分别为50人、125人，均与市疾病预防控制中心“一个机构，两块牌子”。潍坊市在市卫生局机关设卫生监督处，编制35人。当年，除泰安、东营、烟台市外，其他14市设有独立或相对独立的公共卫生监督机构，均为市卫生局直属全额事业单位，总编制816人。市级卫生监督机构内设办公室（或综合科）、许可审办科、法制稽查科和卫生监督科等，一般设科室7～8个，多者14～15个。承担卫生许可受理审办、卫生监督稽查和食品卫生、职业卫生、公共场所卫生、饮水卫生、化妆品卫生、放射卫生、学校卫生、医疗市场及传染病监督任务。
威海、淄博、莱芜、日照市卫生监督所有专门办公用房，面积1100平方米～3000平方米，其他10个卫生监督所办公用房均为租赁、借用房屋办公或与市疾病预防控制中心合署办公。各市级和大企业卫生监督机构购置现场监督监测、调查取证和办公设备，其中济南市卫生局卫生监督所有万元以上仪器设备10台（件），电脑48台。青岛市卫生局卫生监督局有万元以上监测仪器9种13台（件）、电脑55台。威海市卫生局卫生监督所有万元以上仪器设备13种17台（件）。市级卫生监督所（局）各有监督车辆5～8台，最多者20台，有的配备食品快速检测车。
1988—2002年部分年份山东省市（地）卫生防疫站监督监测人员情况一览表
表2-2 单位：人
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┃ 年份 │防疫站│ 专业人数 │ 总人数 ┃
┃ │数（个├────┬───┬────┬───┬────┬───┤ ┃
┃ │） │ 食品 │ 环境 │ 劳动 │ 学校 │ 放射 │ 理化 │ ┃
┃ │ │ 卫生 │ 卫生 │ 卫生 │ 卫生 │ 卫生 │ 检验 │ ┃
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┃ 1988 │ 15 │ 203 │ 124 │ 80 │ 77 │ 89 │ │ 573 ┃
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┃ 1990 │ 16 │ 199 │ 144 │ 88 │ 84 │ 45 │ 186 │ 746 ┃
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┃ 1995 │ 17 │ 250 │ 165 │ 119 │ 96 │ 58 │ 181 │ 869 ┃
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┃ 1998 │ 17 │ 299 │ 176 │ 114 │ 104 │ 55 │ 193 │ 941 ┃
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┃ 2000 │ 16 │ 261 │ 172 │ 93 │ 105 │ 61 │ 153 │ 845 ┃
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┃ 2002 │ 15 │ 244 │ 141 │ 97 │ 98 │ 59 │ 137 │ 776 ┃
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