1996—2005年是中国农村经济体制改革深入推进的时期，农村的发展环境发生了很大变化。这一时期，山东学术界关于农村经济体制与政策的研究，主要集中在土地制度、税费改革、农村金融等方面。
一、土地制度研究土地制度研究。2000年，秦庆武《中国农村的土地制度建设与社会稳定》（《理论学习》2000年第6期）从历史的角度考察中国农村土地制度与社会稳定的关系，阐述搞好农村土地制度建设对社会稳定的重要意义。2001年，盖国强《农村土地使用权流转研究——以山东省为例》（《中国软科学》2001年第5期）对于如何提高农村土地的配置效率，通过抽样调查与典型调查相结合的方法，对山东省农村土地使用权流转进行实证研究之后认为，应该将农民与集体之间的土地承包关系改革为一般市场交易关系。2003年，靳相木《对改革开放以来中国农村土地制度研究的述评》（《中国农村观察》2003年第2期）回顾和梳理了改革开放以来中国农村土地制度研究所取得的主要成果，指出21世纪理论界进一步深化农村土地制度研究的方向。2004年，郭同峰《我国农村土地征用制度改革的理论探讨》（《理论探讨》2004年第3期）就不同时期对中国农村土地制度建设的不同方面进行了思考。2005年，靳相木《中国乡村地权变迁的法经济学研究》（中国社会科学出版社）在对相关研究文献进行综述和评析的基础上，首先在一个长达3000年的超长期分析框架中对中国乡村地权的历史变迁作了分析，提出和论证了高水平制度均衡陷阱假说；然后构造了一个短期制度变迁分析框架，对20世纪后50年农村的地权变迁进行比较静态分析；接下来对改革的过程和结果进行分析和评估；最后对进入21世纪的农地制度改革和立法的目标、路径与方针作了探讨，并在法律层面对关键问题进行分析设计。其他成果还有：黄少安、车贵《农村股份合作制的多维考察》，郭剑雄、苏全义《从家庭承包制到土地股份投包制——我国新型土地制度的建构》，任辉、赖昭瑞《中国农村土地经营制度：现实反思与制度创新》，杨学城等《关于农村土地承包30年不变政策实施过程的评估》等。
农民土地权益和土地制度法制化研究。2000年，史建民《论土地承包经营法律关系及其保护》（《农业经济问题》2000年第8期）针对保护土地承包经营法律关系的法律制度供给不足的实际情况，建议在立法中坚持以民事权利本位为主的立法思想，实现对土地承包经营法律关系的保护由管理本位向民事权利本位的转变。2001年，靳相木《土地承包经营权的法律性质及其发展趋势》（《中国农村经济》2001年第2期）分析土地承包经营权质态的多样性、不稳定性和临界性，讨论土地承包经营权的社会化、市场化、物权化、价值化的发展趋势。2003年，靳相木、董继刚《21世纪中国农村土地制度法制化的目标与方针》（《农业经济问题》2003年第8期）认为，21世纪中国农村土地制度法制化的总方向和最终目标，是要实现农村土地公有制从计划经济体制时期的传统土地集体所有制向市场经济条件下的现代土地集体所有制的历史性转变。
土地产权制度研究。黄少安、孙圣民等《中国土地产权制度对农业经济增长的影响》（《中国社会科学》2005年第3期）运用计量和统计分析的方法，对1949—1978年中国农业生产效率进行分析。其他成果还有：黄少安《从家庭承包制的土地经营权到股份合作制“准土地股权”——理论矛盾、形成机理和解决思路》，綦好东《我国现行农地产权结构的缺陷及重构的实证分析》《论我国农地产权结构调整与演进的目标模式》，綦好东等著《制度创新与可持续利用：四荒资源的产权运作及管理模式》，岳书铭等《治理开发农村集体“四荒”不同产权制度模式的比较分析》，王环《我国农村土地产权制度存在的问题与改革策略》等。
二、税费改革研究税费改革与体制改革研究。2001年，靳相木等《农村税费改革很可能造成土地公有制的虚拟化》（《中国农村经济》2001年第11期）建议农村税费改革应与农村土地制度创新结合起来共同推进。2002年，徐增阳、黄辉祥《财政压力与行政变迁——农村税费改革背景下的乡镇政府改革》（《中国农村经济》2002年第9期）讨论了农村税费改革背景下的乡镇政府改革。黄少安等《我国“费改税”的制度经济学分析》（《税务研究》2002年第10期）建议在进行税费改革的同时也必须进行行政体制改革。其他成果有：赵伟、綦好东、袁建华《与新的农村税费制度相适应的乡村财务管理规范》《税费改革、村级财务及公共品融资：一项实证研究》，綦好东、王爱华《民主财务与村级公共品供给》《国家与农民财务关系的处理规则及改进》，樊丽明、石绍宾《农村税费改革：进程、矛盾与对策——对临沂市的调查与分析》等。
农村税费改革研究。主要研究成果有：许锦英、秦庆武、刘荣勤《农村税费改革试点面临的几个问题》，綦好东等《税费改革、村级财务及公共品融资：一项实证研究》，孙燕玲等《农村税费改革的绩效评估与后续改革的策略选择——山东肥城农村税费改革调查》，赵伟等《关于农村税费改革试点的调查研究》，王法义著《农村税费改革实践与探索》，王培钊著《农村公共品与税费改革》，赵宇《农村税费改革后我国农业税问题研究》，樊丽明、石绍宾《农村税费改革后的县乡财政运行分析：以临沂市为例》等。
三、农村金融研究主要研究成果有：王家传《农村集体资金运行机制研究》，王家传、朱永德《山东省农村合作金融发展模式研究（上、下）》《农村合作金融改革与发展问题探讨》，中国农业发展银行山东省分行课题组著《加入WTO后中国农业政策性金融发展战略研究》，王家传、刘廷伟《农村信用社改革与发展问题研究》，朱永德、王家传《农村信用社产权制度建设研究》，张乐柱、王家传《农村信用社内部管理体制研究》，史建民、孟昭智《我国农业保险现状、问题及对策研究》，王家传、张乐柱《农村信用社经营目标与发展模式再探》，周脉伏、稽景涛《农村信用社合作制规范的博弈分析》，张乐柱著《农村合作金融制度研究》，陈福成等《农村信用社法人治理结构研究》，李延敏、罗剑朝《国外农地金融制度的比较及启示》，王家传《农村金融改革和创新的回顾与前瞻》，胡金焱、李永平《农村金融的边缘化与制度创新》，曹廷求、段玲玲《治理机制、高管特征与农村信用社经营绩效》，张乐柱《悖论中的农村金融改革》等。
四、其他方面研究农村改革整体研究。主要研究成果有：徐俊杰《对农村改革与发展的若干思考》，耿文清等《山东省农村经济制度建设调查报告》，盖国强《走入小康社会的中国农村改革》，秦庆武、许锦英等著《中国“三农”问题的困境与出路》等。
农村市场化改革研究。1999年，由林兆义、包心鉴、秦庆武、赵锋等著的《依托市场经济 奔向共同富裕——关于山东省临沂市如何实现整体脱贫的调查》获中宣部“五个一工程”奖。其他成果有：袁永新《论农村市场经济的运行规律与机制》，曹洪军《从战略高度认识和开拓农村市场》《棉花产销形势与产销体制改革设想》，周脉伏等《解决“三农”问题的根本出路：农村市场化改革》，刘翠萍《深化中国农产品流通体制改革的思考》等。
乡镇企业的研究。郑贵斌《加快推进乡镇企业创新发展的思路与对策》（《山东农业大学学报（社会科学版）》2005年第1期）通过剖析乡镇企业创新发展的趋势和特点，提出在新的环境条件下，乡镇企业必须采用集成创新的战略模式，走集成创新求发展之路。其他成果有：綦好东等《中国乡镇企业之发展效应与对策构想》，牟少岩、张绍江《乡村集体企业产权制度创新中的委托代理关系分析》等。
乡镇财政研究。2003年，史建民、胡继连编著2003年中国青年农经学者年会论文集《小康社会与农民、农业、农村》（中国农业出版社），收录全国农经学者的100多篇优秀论文，从农村小康社会、农村劳动力转移与城市化、农业产业化与农民组织、农业竞争力与食品安全、农村土地、税费改革、财政与金融、农村发展等方面进行深入探讨。2005年，史建民《新阶段农业政策绩效分析》（《山东农业大学学报（社会科学版）》2005年第2期）评价了新阶段农业政策的绩效，并就建立国家年度农业法案审定制度和农业政策评估制度进行探讨。其他成果还有：杨智山等《山东省农村社会化服务体系建设的现状与对策》，靳相木《农业社会化有待继续破题》，樊丽明、李齐云等著《中国地方财政运行分析》，许先《美国农业社会化服务体系发展的经验与启示》，赵梦涵《山东省乡镇财政现状及改革对策分析》，陈盛伟、韩晓翠《山东省落实“一减三补”政策的调查与思考》等。
第一节 农村经济体制与农村改革研究
1996—2005年是中国农村经济体制改革深入推进的时期，农村的发展环境发生了很大变化。这一时期，山东学术界关于农村经济体制与政策的研究，主要集中在土地制度、税费改革、农村金融等方面。
一、土地制度研究土地制度研究。2000年，秦庆武《中国农村的土地制度建设与社会稳定》（《理论学习》2000年第6期）从历史的角度考察中国农村土地制度与社会稳定的关系，阐述搞好农村土地制度建设对社会稳定的重要意义。2001年，盖国强《农村土地使用权流转研究——以山东省为例》（《中国软科学》2001年第5期）对于如何提高农村土地的配置效率，通过抽样调查与典型调查相结合的方法，对山东省农村土地使用权流转进行实证研究之后认为，应该将农民与集体之间的土地承包关系改革为一般市场交易关系。2003年，靳相木《对改革开放以来中国农村土地制度研究的述评》（《中国农村观察》2003年第2期）回顾和梳理了改革开放以来中国农村土地制度研究所取得的主要成果，指出21世纪理论界进一步深化农村土地制度研究的方向。2004年，郭同峰《我国农村土地征用制度改革的理论探讨》（《理论探讨》2004年第3期）就不同时期对中国农村土地制度建设的不同方面进行了思考。2005年，靳相木《中国乡村地权变迁的法经济学研究》（中国社会科学出版社）在对相关研究文献进行综述和评析的基础上，首先在一个长达3000年的超长期分析框架中对中国乡村地权的历史变迁作了分析，提出和论证了高水平制度均衡陷阱假说；然后构造了一个短期制度变迁分析框架，对20世纪后50年农村的地权变迁进行比较静态分析；接下来对改革的过程和结果进行分析和评估；最后对进入21世纪的农地制度改革和立法的目标、路径与方针作了探讨，并在法律层面对关键问题进行分析设计。其他成果还有：黄少安、车贵《农村股份合作制的多维考察》，郭剑雄、苏全义《从家庭承包制到土地股份投包制——我国新型土地制度的建构》，任辉、赖昭瑞《中国农村土地经营制度：现实反思与制度创新》，杨学城等《关于农村土地承包30年不变政策实施过程的评估》等。
农民土地权益和土地制度法制化研究。2000年，史建民《论土地承包经营法律关系及其保护》（《农业经济问题》2000年第8期）针对保护土地承包经营法律关系的法律制度供给不足的实际情况，建议在立法中坚持以民事权利本位为主的立法思想，实现对土地承包经营法律关系的保护由管理本位向民事权利本位的转变。2001年，靳相木《土地承包经营权的法律性质及其发展趋势》（《中国农村经济》2001年第2期）分析土地承包经营权质态的多样性、不稳定性和临界性，讨论土地承包经营权的社会化、市场化、物权化、价值化的发展趋势。2003年，靳相木、董继刚《21世纪中国农村土地制度法制化的目标与方针》（《农业经济问题》2003年第8期）认为，21世纪中国农村土地制度法制化的总方向和最终目标，是要实现农村土地公有制从计划经济体制时期的传统土地集体所有制向市场经济条件下的现代土地集体所有制的历史性转变。
土地产权制度研究。黄少安、孙圣民等《中国土地产权制度对农业经济增长的影响》（《中国社会科学》2005年第3期）运用计量和统计分析的方法，对1949—1978年中国农业生产效率进行分析。其他成果还有：黄少安《从家庭承包制的土地经营权到股份合作制“准土地股权”——理论矛盾、形成机理和解决思路》，綦好东《我国现行农地产权结构的缺陷及重构的实证分析》《论我国农地产权结构调整与演进的目标模式》，綦好东等著《制度创新与可持续利用：四荒资源的产权运作及管理模式》，岳书铭等《治理开发农村集体“四荒”不同产权制度模式的比较分析》，王环《我国农村土地产权制度存在的问题与改革策略》等。
二、税费改革研究税费改革与体制改革研究。2001年，靳相木等《农村税费改革很可能造成土地公有制的虚拟化》（《中国农村经济》2001年第11期）建议农村税费改革应与农村土地制度创新结合起来共同推进。2002年，徐增阳、黄辉祥《财政压力与行政变迁——农村税费改革背景下的乡镇政府改革》（《中国农村经济》2002年第9期）讨论了农村税费改革背景下的乡镇政府改革。黄少安等《我国“费改税”的制度经济学分析》（《税务研究》2002年第10期）建议在进行税费改革的同时也必须进行行政体制改革。其他成果有：赵伟、綦好东、袁建华《与新的农村税费制度相适应的乡村财务管理规范》《税费改革、村级财务及公共品融资：一项实证研究》，綦好东、王爱华《民主财务与村级公共品供给》《国家与农民财务关系的处理规则及改进》，樊丽明、石绍宾《农村税费改革：进程、矛盾与对策——对临沂市的调查与分析》等。
农村税费改革研究。主要研究成果有：许锦英、秦庆武、刘荣勤《农村税费改革试点面临的几个问题》，綦好东等《税费改革、村级财务及公共品融资：一项实证研究》，孙燕玲等《农村税费改革的绩效评估与后续改革的策略选择——山东肥城农村税费改革调查》，赵伟等《关于农村税费改革试点的调查研究》，王法义著《农村税费改革实践与探索》，王培钊著《农村公共品与税费改革》，赵宇《农村税费改革后我国农业税问题研究》，樊丽明、石绍宾《农村税费改革后的县乡财政运行分析：以临沂市为例》等。
三、农村金融研究主要研究成果有：王家传《农村集体资金运行机制研究》，王家传、朱永德《山东省农村合作金融发展模式研究（上、下）》《农村合作金融改革与发展问题探讨》，中国农业发展银行山东省分行课题组著《加入WTO后中国农业政策性金融发展战略研究》，王家传、刘廷伟《农村信用社改革与发展问题研究》，朱永德、王家传《农村信用社产权制度建设研究》，张乐柱、王家传《农村信用社内部管理体制研究》，史建民、孟昭智《我国农业保险现状、问题及对策研究》，王家传、张乐柱《农村信用社经营目标与发展模式再探》，周脉伏、稽景涛《农村信用社合作制规范的博弈分析》，张乐柱著《农村合作金融制度研究》，陈福成等《农村信用社法人治理结构研究》，李延敏、罗剑朝《国外农地金融制度的比较及启示》，王家传《农村金融改革和创新的回顾与前瞻》，胡金焱、李永平《农村金融的边缘化与制度创新》，曹廷求、段玲玲《治理机制、高管特征与农村信用社经营绩效》，张乐柱《悖论中的农村金融改革》等。
四、其他方面研究农村改革整体研究。主要研究成果有：徐俊杰《对农村改革与发展的若干思考》，耿文清等《山东省农村经济制度建设调查报告》，盖国强《走入小康社会的中国农村改革》，秦庆武、许锦英等著《中国“三农”问题的困境与出路》等。
农村市场化改革研究。1999年，由林兆义、包心鉴、秦庆武、赵锋等著的《依托市场经济 奔向共同富裕——关于山东省临沂市如何实现整体脱贫的调查》获中宣部“五个一工程”奖。其他成果有：袁永新《论农村市场经济的运行规律与机制》，曹洪军《从战略高度认识和开拓农村市场》《棉花产销形势与产销体制改革设想》，周脉伏等《解决“三农”问题的根本出路：农村市场化改革》，刘翠萍《深化中国农产品流通体制改革的思考》等。
乡镇企业的研究。郑贵斌《加快推进乡镇企业创新发展的思路与对策》（《山东农业大学学报（社会科学版）》2005年第1期）通过剖析乡镇企业创新发展的趋势和特点，提出在新的环境条件下，乡镇企业必须采用集成创新的战略模式，走集成创新求发展之路。其他成果有：綦好东等《中国乡镇企业之发展效应与对策构想》，牟少岩、张绍江《乡村集体企业产权制度创新中的委托代理关系分析》等。
乡镇财政研究。2003年，史建民、胡继连编著2003年中国青年农经学者年会论文集《小康社会与农民、农业、农村》（中国农业出版社），收录全国农经学者的100多篇优秀论文，从农村小康社会、农村劳动力转移与城市化、农业产业化与农民组织、农业竞争力与食品安全、农村土地、税费改革、财政与金融、农村发展等方面进行深入探讨。2005年，史建民《新阶段农业政策绩效分析》（《山东农业大学学报（社会科学版）》2005年第2期）评价了新阶段农业政策的绩效，并就建立国家年度农业法案审定制度和农业政策评估制度进行探讨。其他成果还有：杨智山等《山东省农村社会化服务体系建设的现状与对策》，靳相木《农业社会化有待继续破题》，樊丽明、李齐云等著《中国地方财政运行分析》，许先《美国农业社会化服务体系发展的经验与启示》，赵梦涵《山东省乡镇财政现状及改革对策分析》，陈盛伟、韩晓翠《山东省落实“一减三补”政策的调查与思考》等。