一、孔子研究1999年，杨佐仁、宋均平《孔子传》（齐鲁书社）是一部历史文学传记，在坚持保持真实性的基础上，力求实现艺术真实与历史真实的统一。同时，该书又通过必要的文学虚构和合理的想象，绘声绘色地填补了孔子生活中的许多细节，使孔子的形象更加丰满，人物事迹的发展更合情理。2002年，该书由齐鲁书社再版。
2002年，骆承烈《孔学研究》（齐鲁书社）对孔子研究另辟蹊径，重点对孔子是怎样成为封建社会中的“圣人”的、孔子思想中“永恒的范畴”、孔子思想的社会价值等问题做了探讨。孙熙国《论孔子思想的实践指归》（《哲学研究》2002年第12期）指出，“仁”和“礼”虽然都是孔子思想中的重要范畴，但并不足以构成孔子思想的实质和核心，因为孔子评价“仁”和“礼”的标准是以治国安民为主要内容的社会实践，也就是“行”；“行”是孔子思想的最终目的和归宿，也是孔子方法论的根本。
2003年，张宗舜、李景明《孔子大传》（山东友谊出版社）涵盖了孔子的诞生、没落殷人贵族的后裔、贫贱好学的少年、艰难的自学自立、维护礼的尊严、齐国岁月、政坛流星等21章内容，对孔子的生平事迹及其思想学说做了详细的阐述。
2004年，杨朝明等《孔子的智慧》（人民日报出版社）从圣人境界、与时偕行、德主刑辅、先义后利、推己及人、和而不同、化行天下等方面阐述了孔子思想的内涵及其当代价值。
1996—2005年，颜炳罡《五十年来孔子研究的回顾与展望》，杨朝明《孔子的现代价值》《孔子文化与当代中国》，郭墨兰《孔子“欲居九夷”探析》等，对孔子的思想及其当代价值做了多方面的研究；杜振吉《试论孔子的道德教育思想》《孔子的信德思想略论》，杨朝明《孔子的道德学说及其历史启示》《重新认识孔子的道德学说》对孔子的伦理道德思想进行了研究；裴传永《简论孔子的人权思想》《人的价值和人的权利：孔子人学的两大发现》对孔子的权利观念进行了研究；路德斌《面对君权：儒家的思考、理想及其困境──试论儒家政治观念之根本误区和盲点》，裴传永《“礼运大同”思想之我见》，傅永聚《儒家“天人合一”的政治学阐释》等对孔子的政治思想进行了专题研究。
二、孔门弟子研究1997年，济宁市政协文史资料委员会和嘉祥县政协文史资料委员会编辑的《曾子家世》（齐鲁书社）全面介绍了曾子的生平、事迹、思想、著述以及封赠、奉祀、文物古迹。
2004年，杨朝明、修建军《孔子与孔门弟子研究》（齐鲁书社）收录了曲阜师范大学十几位儒学研究学者有关孔子与孔门弟子研究的30多篇论文。
1996—2005年，杨朝明《子夏及其传经之学考论》《子思的诚信与内修理论与诚信学说》《曾子与思孟学派学术关联申说》《子贡在孔门弟子中的特殊》《从孔子弟子到孟、荀异途——由上博竹书〈中弓〉思考孔门学术分别》，孔德立《始者近情，终者近义——子思诠释仁义的理论基础》，《〈孔丛子〉与子思生年问题》，颜炳罡《从颜氏之儒的思想特质看其与易学的关系》，裴传永《论子夏在中国经学史上的地位——从〈史记·孔子世家〉“六艺”的本义说起》等，对孔门弟子进行了专题研究。
三、早期儒学研究1996年，王其俊《亚圣智慧——孟子新论》（山东人民出版社）对孟子及孟子思想进行了深入研究。
1997年，张富祥《从王官文化到儒家学说——关于儒家起源问题的推索和思考》（《孔子研究》1997年第1期），指出上古王官文化起于原始宗教祭祀，至西周开始逐渐摆脱神学面貌，成为特定历史条件下儒学发生的文化主源。
2002年，杨朝明《儒家文献与早期儒学研究》（齐鲁书社）认为，儒学的不少关键问题都需要重新认真考虑，而这些问题又无一不与对儒学典籍的重新认识密切相连。早期儒学或称为“原始儒学”，也像中国古代文明那样，存在着一个“需要重新估价”的问题。
2003年，韩钟文《先秦儒家教育哲学思想研究》（齐鲁书社）以先秦儒家学派的代表人物孔子、孟子、荀子的教育哲学思想为重点，对先秦儒家教育哲学思想做了系统地梳理与研究。
1996—2005年，主要研究成果有：颜炳罡《先秦儒家的义理开合与逻辑建构》，刘厚琴《先秦儒家“顺天”自然观的生态学价值》主要对孔子与早期儒家的天道观、宇宙观、世界观、人生观、方法论、认识论等哲学问题进行了研究讨论；安作璋《说“孝”》，刘厚琴《先秦孝道的生存功利精神》，孙聚友《先秦儒家之人道观探析》，曾振宇《儒家孝文化及其影响》，丁原明《儒家“孝”文化的现代诠释》对早期儒家的孝道进行了研究；郑杰文《孟子对墨学的非自觉继承》，李瑞星、李旭东《试论孟子的义利观》，裴传永《孟子的“仁政”理想述论》，苗润田《理智与情感之辨——孟子非以禽兽喻杨墨论》对孟子思想进行了研究；郑杰文《荀子对孔学的继承和发展》，蔡德贵《孔子、孟子、荀子：早期儒家三大师思想之演变》，冯浩菲《孟子对孔子仁学的捍卫与发扬》等，对孔、孟、荀进行了比较研究。
第一节 孔子与早期儒学研究
一、孔子研究1999年，杨佐仁、宋均平《孔子传》（齐鲁书社）是一部历史文学传记，在坚持保持真实性的基础上，力求实现艺术真实与历史真实的统一。同时，该书又通过必要的文学虚构和合理的想象，绘声绘色地填补了孔子生活中的许多细节，使孔子的形象更加丰满，人物事迹的发展更合情理。2002年，该书由齐鲁书社再版。
2002年，骆承烈《孔学研究》（齐鲁书社）对孔子研究另辟蹊径，重点对孔子是怎样成为封建社会中的“圣人”的、孔子思想中“永恒的范畴”、孔子思想的社会价值等问题做了探讨。孙熙国《论孔子思想的实践指归》（《哲学研究》2002年第12期）指出，“仁”和“礼”虽然都是孔子思想中的重要范畴，但并不足以构成孔子思想的实质和核心，因为孔子评价“仁”和“礼”的标准是以治国安民为主要内容的社会实践，也就是“行”；“行”是孔子思想的最终目的和归宿，也是孔子方法论的根本。
2003年，张宗舜、李景明《孔子大传》（山东友谊出版社）涵盖了孔子的诞生、没落殷人贵族的后裔、贫贱好学的少年、艰难的自学自立、维护礼的尊严、齐国岁月、政坛流星等21章内容，对孔子的生平事迹及其思想学说做了详细的阐述。
2004年，杨朝明等《孔子的智慧》（人民日报出版社）从圣人境界、与时偕行、德主刑辅、先义后利、推己及人、和而不同、化行天下等方面阐述了孔子思想的内涵及其当代价值。
1996—2005年，颜炳罡《五十年来孔子研究的回顾与展望》，杨朝明《孔子的现代价值》《孔子文化与当代中国》，郭墨兰《孔子“欲居九夷”探析》等，对孔子的思想及其当代价值做了多方面的研究；杜振吉《试论孔子的道德教育思想》《孔子的信德思想略论》，杨朝明《孔子的道德学说及其历史启示》《重新认识孔子的道德学说》对孔子的伦理道德思想进行了研究；裴传永《简论孔子的人权思想》《人的价值和人的权利：孔子人学的两大发现》对孔子的权利观念进行了研究；路德斌《面对君权：儒家的思考、理想及其困境──试论儒家政治观念之根本误区和盲点》，裴传永《“礼运大同”思想之我见》，傅永聚《儒家“天人合一”的政治学阐释》等对孔子的政治思想进行了专题研究。
二、孔门弟子研究1997年，济宁市政协文史资料委员会和嘉祥县政协文史资料委员会编辑的《曾子家世》（齐鲁书社）全面介绍了曾子的生平、事迹、思想、著述以及封赠、奉祀、文物古迹。
2004年，杨朝明、修建军《孔子与孔门弟子研究》（齐鲁书社）收录了曲阜师范大学十几位儒学研究学者有关孔子与孔门弟子研究的30多篇论文。
1996—2005年，杨朝明《子夏及其传经之学考论》《子思的诚信与内修理论与诚信学说》《曾子与思孟学派学术关联申说》《子贡在孔门弟子中的特殊》《从孔子弟子到孟、荀异途——由上博竹书〈中弓〉思考孔门学术分别》，孔德立《始者近情，终者近义——子思诠释仁义的理论基础》，《〈孔丛子〉与子思生年问题》，颜炳罡《从颜氏之儒的思想特质看其与易学的关系》，裴传永《论子夏在中国经学史上的地位——从〈史记·孔子世家〉“六艺”的本义说起》等，对孔门弟子进行了专题研究。
三、早期儒学研究1996年，王其俊《亚圣智慧——孟子新论》（山东人民出版社）对孟子及孟子思想进行了深入研究。
1997年，张富祥《从王官文化到儒家学说——关于儒家起源问题的推索和思考》（《孔子研究》1997年第1期），指出上古王官文化起于原始宗教祭祀，至西周开始逐渐摆脱神学面貌，成为特定历史条件下儒学发生的文化主源。
2002年，杨朝明《儒家文献与早期儒学研究》（齐鲁书社）认为，儒学的不少关键问题都需要重新认真考虑，而这些问题又无一不与对儒学典籍的重新认识密切相连。早期儒学或称为“原始儒学”，也像中国古代文明那样，存在着一个“需要重新估价”的问题。
2003年，韩钟文《先秦儒家教育哲学思想研究》（齐鲁书社）以先秦儒家学派的代表人物孔子、孟子、荀子的教育哲学思想为重点，对先秦儒家教育哲学思想做了系统地梳理与研究。
1996—2005年，主要研究成果有：颜炳罡《先秦儒家的义理开合与逻辑建构》，刘厚琴《先秦儒家“顺天”自然观的生态学价值》主要对孔子与早期儒家的天道观、宇宙观、世界观、人生观、方法论、认识论等哲学问题进行了研究讨论；安作璋《说“孝”》，刘厚琴《先秦孝道的生存功利精神》，孙聚友《先秦儒家之人道观探析》，曾振宇《儒家孝文化及其影响》，丁原明《儒家“孝”文化的现代诠释》对早期儒家的孝道进行了研究；郑杰文《孟子对墨学的非自觉继承》，李瑞星、李旭东《试论孟子的义利观》，裴传永《孟子的“仁政”理想述论》，苗润田《理智与情感之辨——孟子非以禽兽喻杨墨论》对孟子思想进行了研究；郑杰文《荀子对孔学的继承和发展》，蔡德贵《孔子、孟子、荀子：早期儒家三大师思想之演变》，冯浩菲《孟子对孔子仁学的捍卫与发扬》等，对孔、孟、荀进行了比较研究。