一、自然科学哲学问题综合研究1996年，马来平等著《科学认识论》（吉林人民出版社）对于费耶阿本德哲学的思想来源做了新探索，该书获全国高等学校人文社会科学研究成果奖二等奖、全国社科基金优秀成果奖二等奖。
2002年，王家忠《科学创新的中介范式》（《东岳论丛》2002年第4期）提出了全面准确地理解和把握唯物辩证法的中介思想，自觉运用中介思维发现新的科学生长点，促进科学研究的发展和深入，这可以称之为科学创新的“中介范式”。
2004年，王书明《科学、批判与自由——费耶阿本德有限理性论研究》（黑龙江人民出版社）是国内第一部研究费耶阿本德哲学的学术专著。该书对国内外的研究现状做了客观评述，并对费耶阿本德哲学做了新的探索。铁省林《分界问题和归纳问题——波普尔科学哲学思想的基础和出发点》（《河南师范大学学报（哲学社会科学版）》2004年第4期）指出了分界问题和归纳问题是波普尔科学哲学思想的基础和出发点。
2005年，刘冠军、邢润川《科学是“魔鬼般的价值库”——一种劳动价值论视域的解读》（《自然辩证法通讯》2005年第3期）指出从劳动价值论的视域来审视，科学不是“魔鬼”却是“魔鬼般”的负载着人类科学劳动创造的价值，它为人类提供了一个“用之不竭、取之不尽”的“价值库”，因此科学所形成的“价值库”即“科学价值库”，是“魔鬼般的价值库”。刘冠军其他论文还有《论科学价值库理论的意义》《科学价值的“库存”模型和孵化机制研究》《科学实在论的系统解读》。
1996—2005年，自然科学哲学问题研究的其他主要成果还有：马来平《理解科学——多维视野下的自然科学》《科学日记》《中国现代科学主义核心命题刍议》，王善波《科学合理性：在困境与转向之间》《历史与境中的科学合理性：中西方科学合理性之间的差异及其解释》《引发“索卡尔事件”的三重文化背景》，李章印《海德格尔对科学与哲学关系的思考》《科学是如何产生的——一种存在论的考察》《科学的本质与追思——海德格尔的历史性分析》，杜建国《科学的层次性理论与辩证法的基本规律》，戴汝为《开展“系统复杂性”研究任重而道远》，肖德武《当代科学家的社会责任》等。
二、科学与哲学的关系问题研究2001年，刘冠军《论哲学和科学的关系何以可能——兼论科学问题哲学解的意义》（《自然辩证法研究》2001年第2期）指出了科学问题哲学解与哲学问题科学解奠定了哲学和科学发生关系可能的基础。另有《科学问题辨析》《论科学问题的哲学解——兼对“科学终结”论的质疑》《科学问题的定义新探》等多篇论文，对科学问题有独到的见解。
相关论文还有：何中华《“科玄论战”与20世纪中国哲学走向》，马来平《论哲学对科学的作用》，周勇、林美卿《从系统的复杂性看系统科学向哲学的回归》等。
三、具体科学方面的哲学问题研究数学哲学方面的论文有：王善波《论拉卡托斯从数学哲学到科学哲学的转向》，郭玉刚、范辉《论计算学科方法论的作用及构建》，李章印《探照灯与数学因素——对波普尔与海德格尔科学诠释学思想的比较》等。
物理学哲学方面的论文有：王善波《贝尔的中轴原理及其理论意义》，肖德武《隧道之灯——读〈现代物理学中的“实在”与“时间”问题〉》，苗建新《物理学的困境与“塑造论哲学”》等。
化学哲学方面的论文有燕平、常瑞生《化学理论与化学哲学》（《曲阜师范大学学报（自然科学版）》2000年第4期），该论文论述了化学哲学的定义及化学哲学的研究内容，并对化学科学理论性问题做了哲学分析。
天文学哲学方面的论文有韩民青《现代宇宙观的演变及趋势》（《学术研究》2004年第5期）。该文认为人类对宇宙认识的视野是不断扩大的，先前的“宇宙整体”终会演变成后来的“宇宙部分”，从而认识到更大的宇宙视野，形成更大更深远的宇宙新观念。现代宇宙观仍然在遵循着这样一个认识规律，并不断演变和拓展。
生命科学哲学问题研究的论文有：何中华《“现代性”征候与SARS》，李章印《SARS与生存》等。
人工智能及思维科学问题研究方面的论文有杜金亮《论人的思维方式的现代化转变》等。
第二节 科学哲学研究
一、自然科学哲学问题综合研究1996年，马来平等著《科学认识论》（吉林人民出版社）对于费耶阿本德哲学的思想来源做了新探索，该书获全国高等学校人文社会科学研究成果奖二等奖、全国社科基金优秀成果奖二等奖。
2002年，王家忠《科学创新的中介范式》（《东岳论丛》2002年第4期）提出了全面准确地理解和把握唯物辩证法的中介思想，自觉运用中介思维发现新的科学生长点，促进科学研究的发展和深入，这可以称之为科学创新的“中介范式”。
2004年，王书明《科学、批判与自由——费耶阿本德有限理性论研究》（黑龙江人民出版社）是国内第一部研究费耶阿本德哲学的学术专著。该书对国内外的研究现状做了客观评述，并对费耶阿本德哲学做了新的探索。铁省林《分界问题和归纳问题——波普尔科学哲学思想的基础和出发点》（《河南师范大学学报（哲学社会科学版）》2004年第4期）指出了分界问题和归纳问题是波普尔科学哲学思想的基础和出发点。
2005年，刘冠军、邢润川《科学是“魔鬼般的价值库”——一种劳动价值论视域的解读》（《自然辩证法通讯》2005年第3期）指出从劳动价值论的视域来审视，科学不是“魔鬼”却是“魔鬼般”的负载着人类科学劳动创造的价值，它为人类提供了一个“用之不竭、取之不尽”的“价值库”，因此科学所形成的“价值库”即“科学价值库”，是“魔鬼般的价值库”。刘冠军其他论文还有《论科学价值库理论的意义》《科学价值的“库存”模型和孵化机制研究》《科学实在论的系统解读》。
1996—2005年，自然科学哲学问题研究的其他主要成果还有：马来平《理解科学——多维视野下的自然科学》《科学日记》《中国现代科学主义核心命题刍议》，王善波《科学合理性：在困境与转向之间》《历史与境中的科学合理性：中西方科学合理性之间的差异及其解释》《引发“索卡尔事件”的三重文化背景》，李章印《海德格尔对科学与哲学关系的思考》《科学是如何产生的——一种存在论的考察》《科学的本质与追思——海德格尔的历史性分析》，杜建国《科学的层次性理论与辩证法的基本规律》，戴汝为《开展“系统复杂性”研究任重而道远》，肖德武《当代科学家的社会责任》等。
二、科学与哲学的关系问题研究2001年，刘冠军《论哲学和科学的关系何以可能——兼论科学问题哲学解的意义》（《自然辩证法研究》2001年第2期）指出了科学问题哲学解与哲学问题科学解奠定了哲学和科学发生关系可能的基础。另有《科学问题辨析》《论科学问题的哲学解——兼对“科学终结”论的质疑》《科学问题的定义新探》等多篇论文，对科学问题有独到的见解。
相关论文还有：何中华《“科玄论战”与20世纪中国哲学走向》，马来平《论哲学对科学的作用》，周勇、林美卿《从系统的复杂性看系统科学向哲学的回归》等。
三、具体科学方面的哲学问题研究数学哲学方面的论文有：王善波《论拉卡托斯从数学哲学到科学哲学的转向》，郭玉刚、范辉《论计算学科方法论的作用及构建》，李章印《探照灯与数学因素——对波普尔与海德格尔科学诠释学思想的比较》等。
物理学哲学方面的论文有：王善波《贝尔的中轴原理及其理论意义》，肖德武《隧道之灯——读〈现代物理学中的“实在”与“时间”问题〉》，苗建新《物理学的困境与“塑造论哲学”》等。
化学哲学方面的论文有燕平、常瑞生《化学理论与化学哲学》（《曲阜师范大学学报（自然科学版）》2000年第4期），该论文论述了化学哲学的定义及化学哲学的研究内容，并对化学科学理论性问题做了哲学分析。
天文学哲学方面的论文有韩民青《现代宇宙观的演变及趋势》（《学术研究》2004年第5期）。该文认为人类对宇宙认识的视野是不断扩大的，先前的“宇宙整体”终会演变成后来的“宇宙部分”，从而认识到更大的宇宙视野，形成更大更深远的宇宙新观念。现代宇宙观仍然在遵循着这样一个认识规律，并不断演变和拓展。
生命科学哲学问题研究的论文有：何中华《“现代性”征候与SARS》，李章印《SARS与生存》等。
人工智能及思维科学问题研究方面的论文有杜金亮《论人的思维方式的现代化转变》等。