一、种子工程
1995—2005年，国家批准并投资建设全省种子工程非经营性项目14项，其中部级种子质量检测中心（济南）1处，国家级原种场1处（胶河农场），国家种子储备库2处（济南、青州），国家农作物品种区试站7处（烟台、潍坊、德州、省站、临沂、济宁、滨州）；小麦、玉米种子基地2处（禹城、长清），农业综合开发良种推广项目2处（高密、冠县）；建设经营性项目10项，其中蔬菜种子加工中心1处（山东省种子总公司），粮食种子加工中心9处。
1995年，省政府办公厅印发《关于农业良种产业化开发的实施意见》，启动实施农业良种产业化工程（简称良种工程），要求紧紧围绕开发高产、优质、高效农业，增加农民收入，保障社会供给，充分发挥科技优势，通过良种的率先突破和更新换代，推动农业和农村经济不断跃上新台阶，目标是在3~6年内研究选育出50个有较大突破的高产、优质、高效新品种并提供配套栽培技术，使单位面积产量平均提高10%以上，在全省大面积推广；重点领域良种3年内更换60%以上，至2000年普遍更新一次；科技进步因素在农业增产中的作用达到50%；确保粮食增产50亿公斤；提出重点围绕“选、繁、推”三个关键环节，抓好小麦、玉米、棉花、花生、蔬菜、肉牛、瘦肉猪、羊、林木、水产十大攻关、十大繁育、十大示范样板工程。
1995年6月，省科委、省财政厅、省农业厅联合下发《关于印发小麦、玉米、棉花良种产业化实施方案和建立海南种子繁育工作站的通知》，确定当年从省财政拿出2200万元专款扶持农业良种产业化开发，从1996年开始每年增加到3200万元。
1996年3月，省农业厅制订《山东省种子产业化“九五”实施计划和二○一○年发展规划》，提出选育、引进、推广一批优良品种，争取主要农作物主推品种基本上更换一次；提高良种在粮棉增产中的份额；提高统一供种能力，县以上种子公司供种率达到35%以上，质量达到国标二级以上，其中一级种子占60%以上。
2003年，省农业良种产业化开发工程已经实施了9年，省财政累计投入研发经费2.78亿元。各市也仿照省里做法进行良种产业化开发，累计带动市、县配套投入近10亿元。良种工程从实施起，共选育出小麦、玉米、棉花、花生、果树、蔬菜等大宗农作物新品种（系）2500余个，主要农产品实现了阶段性更新换代，农作物良种普及率达96%以上；累计增产粮食7000万吨，果菜6000万吨，水产1万吨。其中，培育出的冬小麦矮秆、多抗、高产新种质“矮孟牛”、小麦济南17号、19号、玉米鲁单50、花生鲁花14号等一系列优良品种和品系，分别获国家技术发明一等奖1项，国家科技进步奖2项，省部级科技进步一等奖4项、二等奖7项。
2004年，省农业良种产业化工程投入财政专项资金3200万元，突出自主知识产权品种的开发、优势产业的培植和重点学科带头人的培养三大重点，首次实行了项目网上申报、受理和重大项目网上公示制度，研究确定了超级小麦、名优蔬菜、专用玉米、优质林木、出口花生和名贵海珍品育种等6个重大专项。通过良种工程的实施，全省创新和引进种质资源3000多份，共有70多个小麦、300多个玉米、30多个棉花、20多个花生新品种（系）进入各级试验阶段，共育成新品种50余个；创出了高赖氨酸玉米、超强筋小麦、高亚油比花生、高抗病抗虫棉花、高抗逆蔬菜等一大批育种新材料；利用胚胎技术繁育牛、羊良种5000余头（只）；建立各类新品种优势高效示范基地133.33万平方百米；建立了国内第一个荷斯坦种公牛场，年生产优质高产奶牛胚胎5000枚、冻精80万份，牛、羊胚胎移植成功率分别达到55%和60%，年推广优质肉羊冻精100万支，杂交改良肉羊60万只；开发地方优质小型肉鸡和麻鸭新品种500万只。
2005年，省农业良种产业化工程专项资金由上年的3200万元增长至万元。为进一步加强和规范省农业良种工程项目和资金管理，积极整合全省农业科技资源，省科技厅会同省财政部门研究出台了《山东省农业良种工程项目管理办法》和《山东省农业良种工程资金管理办法》。根据两个办法的要求，结合山东省农业发展的实际需求，按照集中力量重点支持大学、科研单位等新品种创新源头的原则，全年省农业良种工程共安排21个重大课题，补助经费2670万元，占全年良种工程总经费的70%以上，重点开展山东省大宗农产品（包括小麦、玉米、花生、棉花、林果、中药材、畜牧、水产等）的新品种选育及相关技术研究。同时根据专家评审结果遴选确立了62个重点课题，共安排补助经费1030万元，占良种工程总经费的30%，重点支持具有区域优势特色农产品品种的研发。
2005年1月21日，国内首个通过审定并获国家品种保护权的天然高白度优质小麦新品种“山农优麦3号”选育成功，成为山东省“农业良种产业化开发工程”重大专项所取得的重大成果。
至2005年底，省农业良种产业化工程专项资金累计投入财政专项资金亿元，围绕大农业中农、林、牧、渔等行业内12个主要领域，搜集、引进、保存作物种质资源1.5万份，畜禽、水产种质1000余份，创造优异种质材料4000余份；育成作物新品种（系）500余个，畜禽（猪、鸡、牛、羊、蚕）新品种30个（套），审（认）定作物品种450个。在优质专用玉米和小麦、冬枣和加工型苹果、蔬菜和食用菌、生态林木和地方名优花卉等方面选育出一批具有自主知识产权的名优特新品种。
二、种子基地
1985年，省果树研究所在泰安承担建立国家果树种质泰安核桃、板栗圃的任务。在此基础上，2002年建立山东省核桃、板栗、枣、樱桃、石榴种质资源圃，主要开展北方落叶果树种质资源收集、保存、创新利用研究，向社会提供果树种质资源，对北方落叶果树生产发展起到较大促进作用。
1990年，省农科院蔬菜研究所实施马铃薯原原种基地项目，通过马铃薯原原种基地建设加速新育成品种和适合出口的专用品种的繁殖，为山东省及中原地区各省市及广东、福建省提供无病源优质种薯。研究人员利用防虫网室和温室多层次架置育苗盘，无土栽培周年工厂化生产脱毒苗和微型薯原原种。基地共繁育新品种7个，年繁育原原种20吨，原种500吨，良种1000吨，并取得成果5项，其中马铃薯一号品种的选育获省科技进步二等奖。1991 ， ，年开始 山东省种子加工工作进入快速发展时期 围绕提高种子精选加工率、包衣率、包装和标牌销售率，做了大量工作，种子生产、经营和销售朝着标准化、商品化发展，并逐步被纳入法制化轨道。截至2001年底，粮棉菜主要农作物种子精选率达95%，小包装率98%，棉花种子包衣率90%。
1993年，省农科院作物研究所在济南市建设农业部大豆原原种基地，建成种子库等近1000平方米，原种繁殖基地450亩，形成了年产原原种5吨、原种30吨、良种50吨的生产能力。扩繁了鲁豆4号等12个品种，累计提供原原种60吨，原种360吨，良种6000吨，推广面积300万亩，增产4.5万吨。获科技成果奖5项。
1994年，山东棉花研究中心筹建棉花原原种基地，重点进行棉花新品种的原原种繁育，提供高纯度原种，确保生产用种质量。研究培育的鲁棉11号、鲁棉研15号等14个棉花品种，先后成为基地扩繁原原种或杂交种的亲本。“鲁棉研”系列转基因抗虫棉新品种的种植面积占山东省棉花面积的50%以上，在江苏省占到同类品种面积的近70%，在安徽省占到近50%。
l999年，省农科院玉米研究所建设玉米良种繁育圃，繁育新品种12个，年繁育原原种8吨，原种750吨，良种6万吨，年推广面积2400万亩，年新增社会效益5亿元。同年，省花生研究所在莱西建立国家花生原原种扩繁基地，先后选育出花育18号、花育19号、花育20号、花育21号、花育22号等花生新品种，提供种子28.87万吨。其中，原原种720吨，原种4.8万吨，良种24万吨。为加快花生新品种原原种的繁殖，改双粒密植栽培为单粒播种、稀植，并结合地膜覆盖、配方施肥、化学调控、机械化播种等，提高了原原种的繁殖系数。
2003年，农业部在济南立项建设小麦原原种基地，至2005年计划建设小麦原原种繁育基地600亩，改造实验室等3240.6平方米，建设种子仓库1036.06平方米，完善田间工程，购置仪器设备34台（套）。项目总投资650万元，年生产小麦原原种300吨。
至2005年，山东省选育推广济麦19号、掖单13号、鲁花9号、鲁棉11号、烟农19号等一大批小麦、玉米、花生、棉花新品种，全省农业良种覆盖率达到97%以上，主要农作物完成了新品种更新换代。
第一节 农业良种产业化工程
一、种子工程
1995—2005年，国家批准并投资建设全省种子工程非经营性项目14项，其中部级种子质量检测中心（济南）1处，国家级原种场1处（胶河农场），国家种子储备库2处（济南、青州），国家农作物品种区试站7处（烟台、潍坊、德州、省站、临沂、济宁、滨州）；小麦、玉米种子基地2处（禹城、长清），农业综合开发良种推广项目2处（高密、冠县）；建设经营性项目10项，其中蔬菜种子加工中心1处（山东省种子总公司），粮食种子加工中心9处。
1995年，省政府办公厅印发《关于农业良种产业化开发的实施意见》，启动实施农业良种产业化工程（简称良种工程），要求紧紧围绕开发高产、优质、高效农业，增加农民收入，保障社会供给，充分发挥科技优势，通过良种的率先突破和更新换代，推动农业和农村经济不断跃上新台阶，目标是在3~6年内研究选育出50个有较大突破的高产、优质、高效新品种并提供配套栽培技术，使单位面积产量平均提高10%以上，在全省大面积推广；重点领域良种3年内更换60%以上，至2000年普遍更新一次；科技进步因素在农业增产中的作用达到50%；确保粮食增产50亿公斤；提出重点围绕“选、繁、推”三个关键环节，抓好小麦、玉米、棉花、花生、蔬菜、肉牛、瘦肉猪、羊、林木、水产十大攻关、十大繁育、十大示范样板工程。
1995年6月，省科委、省财政厅、省农业厅联合下发《关于印发小麦、玉米、棉花良种产业化实施方案和建立海南种子繁育工作站的通知》，确定当年从省财政拿出2200万元专款扶持农业良种产业化开发，从1996年开始每年增加到3200万元。
1996年3月，省农业厅制订《山东省种子产业化“九五”实施计划和二○一○年发展规划》，提出选育、引进、推广一批优良品种，争取主要农作物主推品种基本上更换一次；提高良种在粮棉增产中的份额；提高统一供种能力，县以上种子公司供种率达到35%以上，质量达到国标二级以上，其中一级种子占60%以上。
2003年，省农业良种产业化开发工程已经实施了9年，省财政累计投入研发经费2.78亿元。各市也仿照省里做法进行良种产业化开发，累计带动市、县配套投入近10亿元。良种工程从实施起，共选育出小麦、玉米、棉花、花生、果树、蔬菜等大宗农作物新品种（系）2500余个，主要农产品实现了阶段性更新换代，农作物良种普及率达96%以上；累计增产粮食7000万吨，果菜6000万吨，水产1万吨。其中，培育出的冬小麦矮秆、多抗、高产新种质“矮孟牛”、小麦济南17号、19号、玉米鲁单50、花生鲁花14号等一系列优良品种和品系，分别获国家技术发明一等奖1项，国家科技进步奖2项，省部级科技进步一等奖4项、二等奖7项。
2004年，省农业良种产业化工程投入财政专项资金3200万元，突出自主知识产权品种的开发、优势产业的培植和重点学科带头人的培养三大重点，首次实行了项目网上申报、受理和重大项目网上公示制度，研究确定了超级小麦、名优蔬菜、专用玉米、优质林木、出口花生和名贵海珍品育种等6个重大专项。通过良种工程的实施，全省创新和引进种质资源3000多份，共有70多个小麦、300多个玉米、30多个棉花、20多个花生新品种（系）进入各级试验阶段，共育成新品种50余个；创出了高赖氨酸玉米、超强筋小麦、高亚油比花生、高抗病抗虫棉花、高抗逆蔬菜等一大批育种新材料；利用胚胎技术繁育牛、羊良种5000余头（只）；建立各类新品种优势高效示范基地133.33万平方百米；建立了国内第一个荷斯坦种公牛场，年生产优质高产奶牛胚胎5000枚、冻精80万份，牛、羊胚胎移植成功率分别达到55%和60%，年推广优质肉羊冻精100万支，杂交改良肉羊60万只；开发地方优质小型肉鸡和麻鸭新品种500万只。
2005年，省农业良种产业化工程专项资金由上年的3200万元增长至万元。为进一步加强和规范省农业良种工程项目和资金管理，积极整合全省农业科技资源，省科技厅会同省财政部门研究出台了《山东省农业良种工程项目管理办法》和《山东省农业良种工程资金管理办法》。根据两个办法的要求，结合山东省农业发展的实际需求，按照集中力量重点支持大学、科研单位等新品种创新源头的原则，全年省农业良种工程共安排21个重大课题，补助经费2670万元，占全年良种工程总经费的70%以上，重点开展山东省大宗农产品（包括小麦、玉米、花生、棉花、林果、中药材、畜牧、水产等）的新品种选育及相关技术研究。同时根据专家评审结果遴选确立了62个重点课题，共安排补助经费1030万元，占良种工程总经费的30%，重点支持具有区域优势特色农产品品种的研发。
2005年1月21日，国内首个通过审定并获国家品种保护权的天然高白度优质小麦新品种“山农优麦3号”选育成功，成为山东省“农业良种产业化开发工程”重大专项所取得的重大成果。
至2005年底，省农业良种产业化工程专项资金累计投入财政专项资金亿元，围绕大农业中农、林、牧、渔等行业内12个主要领域，搜集、引进、保存作物种质资源1.5万份，畜禽、水产种质1000余份，创造优异种质材料4000余份；育成作物新品种（系）500余个，畜禽（猪、鸡、牛、羊、蚕）新品种30个（套），审（认）定作物品种450个。在优质专用玉米和小麦、冬枣和加工型苹果、蔬菜和食用菌、生态林木和地方名优花卉等方面选育出一批具有自主知识产权的名优特新品种。
二、种子基地
1985年，省果树研究所在泰安承担建立国家果树种质泰安核桃、板栗圃的任务。在此基础上，2002年建立山东省核桃、板栗、枣、樱桃、石榴种质资源圃，主要开展北方落叶果树种质资源收集、保存、创新利用研究，向社会提供果树种质资源，对北方落叶果树生产发展起到较大促进作用。
1990年，省农科院蔬菜研究所实施马铃薯原原种基地项目，通过马铃薯原原种基地建设加速新育成品种和适合出口的专用品种的繁殖，为山东省及中原地区各省市及广东、福建省提供无病源优质种薯。研究人员利用防虫网室和温室多层次架置育苗盘，无土栽培周年工厂化生产脱毒苗和微型薯原原种。基地共繁育新品种7个，年繁育原原种20吨，原种500吨，良种1000吨，并取得成果5项，其中马铃薯一号品种的选育获省科技进步二等奖。1991 ， ，年开始 山东省种子加工工作进入快速发展时期 围绕提高种子精选加工率、包衣率、包装和标牌销售率，做了大量工作，种子生产、经营和销售朝着标准化、商品化发展，并逐步被纳入法制化轨道。截至2001年底，粮棉菜主要农作物种子精选率达95%，小包装率98%，棉花种子包衣率90%。
1993年，省农科院作物研究所在济南市建设农业部大豆原原种基地，建成种子库等近1000平方米，原种繁殖基地450亩，形成了年产原原种5吨、原种30吨、良种50吨的生产能力。扩繁了鲁豆4号等12个品种，累计提供原原种60吨，原种360吨，良种6000吨，推广面积300万亩，增产4.5万吨。获科技成果奖5项。
1994年，山东棉花研究中心筹建棉花原原种基地，重点进行棉花新品种的原原种繁育，提供高纯度原种，确保生产用种质量。研究培育的鲁棉11号、鲁棉研15号等14个棉花品种，先后成为基地扩繁原原种或杂交种的亲本。“鲁棉研”系列转基因抗虫棉新品种的种植面积占山东省棉花面积的50%以上，在江苏省占到同类品种面积的近70%，在安徽省占到近50%。
l999年，省农科院玉米研究所建设玉米良种繁育圃，繁育新品种12个，年繁育原原种8吨，原种750吨，良种6万吨，年推广面积2400万亩，年新增社会效益5亿元。同年，省花生研究所在莱西建立国家花生原原种扩繁基地，先后选育出花育18号、花育19号、花育20号、花育21号、花育22号等花生新品种，提供种子28.87万吨。其中，原原种720吨，原种4.8万吨，良种24万吨。为加快花生新品种原原种的繁殖，改双粒密植栽培为单粒播种、稀植，并结合地膜覆盖、配方施肥、化学调控、机械化播种等，提高了原原种的繁殖系数。
2003年，农业部在济南立项建设小麦原原种基地，至2005年计划建设小麦原原种繁育基地600亩，改造实验室等3240.6平方米，建设种子仓库1036.06平方米，完善田间工程，购置仪器设备34台（套）。项目总投资650万元，年生产小麦原原种300吨。
至2005年，山东省选育推广济麦19号、掖单13号、鲁花9号、鲁棉11号、烟农19号等一大批小麦、玉米、花生、棉花新品种，全省农业良种覆盖率达到97%以上，主要农作物完成了新品种更新换代。