1986年，全省有县级以上科研机构399个，职工3.1万人，其中科技人员1.5万人。
1991年，全省县级以上政府部门属独立自然科学研究与开发机构发展到408个，其中部属19个，省属90个，市（地）属197个，县（市、区）属102个；拥有职工3.4万人，其中，科技人员2.12万人，占62.35%。
“八五”时期，全省400多家独立科研机构中，有2/3以上的人员从事生产经营活动和成果示范性推广，建立各种经济实体400多个。1995年，创产值3.4亿元，利税4000多万元；横向收入占收入总额的比重达到63.1%，政府拨款所占比重由“七五”时期的33%下降到23%；与企业合作探索出了自我转化型、吸纳企业型、科企联合型、进入企业型、整体改制型五种有效形式；有51个科研机构参与或成为行业技术开发中心，57个与企业建立固定技术合作联系，46个进入企业或企业集团，承包、兼并了76家企业。
2005年底，通过科技“双放”政策的实施，全省有县级以上政府部门属研究与开发机构247个，其中，部属7个，省属101个，计划单列市属14个，市属125个。
表1-3 2005年山东省科研机构人员和经费情况表
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┃ │ │ │经费 │经费 ┃
┃ │机构数 ├─────┬───────────┼──────┬──────┼─────┬─────┨
┃ │(个) │从业人 │单位在职 │ 收入总额 │ │ 支出总额 │ ┃
┃ │ │员总数 ├──────┬────┤ (千元) │政府资金 │ (千元) │科技经费支┃
┃ │ │(人) │ 人员 │科学家 │ │ │ │出 ┃
┠─────────┼──────┼─────┼──────┼────┼──────┼──────┼─────┼─────┨
┃合计地方部门属 │ 247 │ 19049 │ 13461 │ 9478 │ 3030544 │ 1186210 │ 2618465 │166124 ┃
┃省级部门属 │ 240 │ 17248 │ 12069 │ 8324 │ 2596748 │866036 │ 2157762 │ 1249937 ┃
┃计划单列市部门属地│ 101 │ 10357 │ 7478 │ 5466 │ 1891420 │646316 │ 1539147 │915623 ┃
┃市级部门属 │ 14 │ 642 │ 459 │ 337 │ 70879 │ 35892 │ 77042 │ 47265 ┃
┃ │ 125 │ 6249 │ 4132 │ 2521 │634449 │183828 │541573 │287049 ┃
┠─────────┼──────┼─────┼──────┼────┼──────┼──────┼─────┼─────┨
┃中央部门属中国科学│ 7 │ 1801 │ 1392 │ 1154 │433796 │320174 │460703 │411304 ┃
┃院 │ 1 │ 581 │ 436 │ 357 │117120 │103817 │189816 │180727 ┃
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表1-4 2005年山东省各类科研机构情况表
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┃ │政府部门属研究与开发机构 │非政府部门属研│ ┃
┃ ├─────────────────────────┬──────┤究与开发机构和│ ┃
┃ │县级以上部 │ │综合技术服务业│转制机构 ┃
┃ ├──────┬─────┬──────┬─────┤县属研究与开│有 R&D 活动的 │ ┃
┃ │门属研究 │自然科学和│社会与人文科│科技信息和│发机构 │事业单位 │ ┃
┃ │与开发机构合│技术领域 │学领域 │文献机构 │ │ │ ┃
┃ │计 │ │ │ │ │ │ ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃机构数 ( 个) │ 247 │ 209 │ 14 │ 24 │ 60 │ 4 │ 48 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃职工总数 ( 人) │ 19049 │ 17338 │ 700 │ 1011 │ 833 │ 642 │ 6018 ┃
┃ 从事科技活动人员 │ 13461 │ 12021 │ 538 │ 902 │ 564 │ 233 │ 3042 ┃
┃ 科学家工程师 │ 9478 │ 8386 │ 446 │ 646 │ 305 │ 207 │ 2093 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃R&D 人员 ( 人年) │ 3858 │ 3525 │ 265 │ 68 │ 17 │ 145 │ 709 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃科技经费筹集额 ( 千元) │1740548 │1582793 │59422 │98333 │25601 │ 31230 │229673 ┃
┃政府拨款 │1186210 │1048592 │58524 │79094 │13362 │ 1022 │62116 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃科技经费内部支出 ( 千元) │1663915 │1497813 │65657 │97771 │ 16473 │ 29395 │217420 ┃
┃资产构建支出 │325038 │291343 │11464 │22231 │ 1788 │ 2996 │53919 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃R&D 经费内部支出 ( 千元) │ 483635 │ 457244 │ 23496 │ 2895 │ 1260 │ 28654 │ 106080 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃资产合计 ( 千元) │ 6095740 │ 5615555 │ 82976 │ 397209 │ 47160 │ 243486 │ 2270291 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃课题数 ( 个) │ 2410 │ 2176 │ 173 │ 61 │ 34 │ 26 │ 175 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃ 课题经费支出 ( 千元) │399987 │380245 │ 11626 │ 8116 │ 2611 │ 25945 │112334 ┃
┃ R&D 课题经费支出 │241701 │234054 │ 6242 │ 1405 │ 500 │ 25766 │74683 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃课题投入人员 ( 人年) │ 6412 │ 5734 │ 394 │ 284 │ 92 │ 145 │ 968 ┃
┃R&D 课题投入科学家工程师 │ 2597 │ 2342 │ 224 │ 31 │ 10 │ 122 │ 482 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃专利申请受理 ( 项) │ 336 │ 332 │ 0 │ 4 │ 7 │ 10 │ 65 ┃
┠─────────────┼──────┼─────┼──────┼─────┼──────┼───────┼─────┨
┃专利授权 ( 项) │ 146 │ 142 │ 0 │ 4 │ 5 │ 0 │ 75 ┃
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┃科技论文 ( 篇) │ 5287 │ 4394 │ 645 │ 248 │ 120 │ 125 │ 379 ┃
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┃科技专著 ( 种) │ 182 │ 118 │ 54 │ 10 │ 5 │ 2 │ 9 ┃
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一、中央驻鲁科研机构
2005年底，全省有中央驻鲁科研机构7个，其中，农业部2个，国土资源部1个，铁道部1个，国家海洋局1个，中华全国供销合作总社1个，中国科学院1个；从业人员1801人，其中，在职科技活动人员1392人，占从业人员总数的77.3%。
中国科学院海洋研究所，是中国学科最全、规模最大的综合性海洋科研机构，主要进行中国海和邻近大洋的海洋环境、海洋资源综合调查研究和资源合理开发利用以及海洋环境保护研究，同时开展海洋科学各重要领域的基础理论研究，取得了许多开创性和奠基性成果。2005年，有两院院士6人，博士生导师61人。
中国水产科学院黄海水产研究所，主要进行黄海、渤海渔业资源调查和区划研究，在海洋水产养殖生物学等方面成绩突出，解决了渔业生产中诸多关键技术问题。至2005年底，获较高学术水平和应用价值的重大科研成果200多项，其中2项获国家科技进步一等奖，有中国工程院院士3人。
中国北方机动车辆工业集团公司四方车辆研究所，主要从事铁道车辆及零部件的研究设计、国内外车辆技术信息、铁道车辆及零部件的性能试验和检测等。设有信息、研究、试验3个中心和减震技术公司、制动技术公司等7个技术公司，有磁悬浮列车、地铁制动等专题研究室和客车通讯等4个重点试验台。2005年底，有专业技术人员186人，高级专业技术人员65人。铁道部产品质量监督检验中心车辆检验站挂靠该所。
中华全国供销合作总社济南果品研究院，是专业从事果蔬采后工程技术研究的国家级科研机构，先后主持承担“六五”至“十一五”国家科技支撑项目、国家高新技术产业化项目和农业科技成果转化资金项目、国家标准制修订等项目300多项，获国家和省部级科技奖励30多项。拥有行业技术服务平台9个，分别是中华全国供销合作总社济南果蔬及制品质量监督检验测试中心、中国果品流通协会贮藏加工专业委员会、国际果汁保护协会（SGF）中国办公室、供销总社行业特有工种职业技能鉴定站、供销总社果蔬冷链物流工程技术研究中心、山东省食品科学技术学会、《中国果菜》杂志、北京中合金诺认证中心济南办事处、国家苹果工程中心采后实验室。
农业部动物检疫所，是承担全国动物防疫检疫综合性技术研究的正局级事业单位。设有国家动物流行病学研究中心、国家动物血清库、国家动物疫病诊断液制备中心、动物及动物产品卫生质量监督检验测试中心、全国动物检疫标准化技术委员会秘书处、动物疫病防治研究中心及动物卫生法学所等业务机构。从事动物疫病诊断技术研究及诊断液制备、动物疫病流行病学及防治技术研究、动物及动物产品卫生质量检测和绿色动物性产品的质量认证、动物疫病标准制修订和动物卫生法学研究，以及《中国动物检疫》和《国外动物疫情简报》的编辑出版工作。
青岛海洋地质研究所，隶属于国土资源部中国地质调查局，是以海洋区域地质调查研究为基础，以海洋矿产资源（油气、水合物及固体矿产）、海岸带及近海海域海洋环境地质调查研究为重点，以中国管辖海域为主要工作区，属基础研究和应用开发并重的海洋地质科学研究单位。内设海洋区域地质室、海洋油气与水合物资源室、海洋环境地质室、海洋固体矿产室、海洋地质调查方法室、海洋地质实验检测中心、信息资料室。国土资源部海洋油气资源与环境地质重点实验室、中国地质调查局海岸带地质及大陆架地质研究中心、中国地质调查局中荷海岸带地质研究中心挂靠该所。该所主办的学术刊物《海洋地质与第四纪地质》和《海洋地质动态》，均为中国科技核心期刊。
国家海洋局第一海洋研究所，始建于1958年，主要从事中国近海、邻近大洋和极地海域自然环境要素分布及变化规律、海洋多种资源分布及形成机制、海洋灾害发生及预测预报和海洋生态环境变化规律及控制技术等海洋科学基础研究；从事海洋遥感、遥测和海洋资源开发等高新技术研究；从事海洋测绘、海洋工程勘察设计、海洋环境影响评价和污染治理等服务研究，以及海洋生物制品和海洋环保产品等产业开发活动。拥有国际先进水平的科研仪器设备、大型实验室分析设备，设有地面卫星站和计算机工作站等计算、通讯、网络设施。承担了国家“973”项目、国家“863”项目、国家科技攻关项目、国家重大和重点基金项目、大型国际合作项目和海洋工程勘察开发项目等大量国家重大科技专项。研究所由物理海洋、地球流体力学、海洋地质、海岸带与海港、海洋遥感、海洋化学和海洋生物7个研究室以及环境测试中心、计算机中心、科技信息中心及国家海洋局海洋工程勘探设计和环境开发集团中心组成。编辑出版的学术刊物有《黄渤海海洋》和《海岸工程》。
二、省属科研机构
1988年，全省共有省属科研机构88个。1998年底，省属科研机构有101个，职工总数11000多人，其中，科技人员7900多人，占71.8%；硕士以上学位、省以上拔尖人才和享受政府特殊津贴的高层次人才1500人，占13.6%。省属科研机构按行业划分为:农业23个，制造业35个，建筑业5个，卫生业16个，社会服务业13个，其他9个；按隶属关系划分为:省科学院管理10个，省农科院管理18个，省医科院管理10个，省直部门管理63个；按1987年科学事业费拨款制度改革的分类划分为:技术开发类36个，社会公益类65个；按不同的拨款渠道划分为:省科委渠道51个，其他渠道50个。
2000年，省属科研机构共有97个，按科技活动分类划分为:社会公益事业研究类39个、农业科学研究类21个、技术开发类37个。共有职工10302人，其中科技人员7783人，占职工总数的75.5%。省属科研机构固定资产原值总额11.1亿元，其中，科研仪器设备占42.3%，图书资料占2.9%，当年新增固定资产1.37亿元，各类负债总额4.74亿元。
2005年，省属科研机构共有101个，从业人员10357人，在职科技活动人员7478人，科学家5466人。经费收入189142万元，其中，政府资金64132万元。经费支出153914.7万元，其中，科技经费支出91562.3万元。山东省科学院建于1979年，设有海洋仪器仪表研究所、激光研究所、计算中心、分析测试中心、自动化研究所、能源研究所、新材料研究所、生物研究所、战略研究所、情报研究所、中日友好生物技术研究中心、中试基地、生产力促进中心13个独立研发单位。研究领域涉及信息技术、生物工程、新材料、新能源及节能技术、自动化与智能仪表、海洋环境监测、激光应用、分析测试、软科学等诸多方面。建有国家科技成果推广中心2个、省级科技成果研究推广中心4个、省级科研重点实验室7个、山东省工程技术研究中心3个。建有中国—白俄罗斯高科技园，被授予国际科技合作基地称号。有8个省级专业技术学会，编辑出版6种省级学术期刊。事业编制1600人，其中科技人员占87%。1986—2005年，共取得科技成果740项，获各级科技奖励386项，其中，国家级科技奖励12项，省部级奖励95项；已授权专利175项；有10项研究课题列入国家“973”“863”“科技攻关”“自然基金”等重大科技计划。
山东省农业科学院建于1946年，是省政府直属综合性省级农业科研机构。建有国家工程技术研究中心1个、国家农作物改良分中心4个、农业部质量检验检测中心7个、农业部原种基地6个、国家果树种质资源圃1个、农业部重点野外科学观测试验站2个、省级重点实验室8个、省级工程技术研究中心3个、省级科研中试基地2个和省级农业高新技术示范园1个。设有19个研究试验单位、3个试验站和7个分院，有14个市农业科学研究院（所）加挂山东省农业科学院分院的牌子。建立了博士后科研工作站和省级农业高新技术示范园。主要研究领域涉及粮经作物、果树、蔬菜、畜禽、土肥、植保、农业生物技术、信息技术等50余个学科。至2005年底，有在职高级专业技术人员495人，博士生导师5人、硕士生导师32人，博士94人、硕士240人。其中，享受政府特殊津贴101人，国家有突出贡献的中青年专家7人，山东省有突出贡献的中青年专家9人，2人进入国家“百千万人才工程”第一、二层次和成为首届“新世纪百千万人才工程”国家级人选。获各级各类科技奖励442项，其中，国家级科技奖励13项，省级科技进步奖227项。
山东省医学科学院是省政府直属综合性医学科研机构，集医药科研、临床医疗、疾病防治、研究生教育和科技支撑管理与服务为一体。下属有省职业卫生与职业病防治研究院、省肿瘤防治研究院、省医药卫生科技信息研究所、省医科院基础医学研究所、省药物研究所、省眼科研究所等13个科研机构。有1个省部共建国家重点实验室培育基地、1个卫生部重点实验室、5个省级重点实验室、3个省医药卫生重点实验室和7个省医药卫生重点学科。主办《中华肿瘤防治杂志》《国际肿瘤学杂志》等医学杂志。至2005年，有在职职工1931人，其中，专业技术人员1670人，博士64人、硕士249人；有高级专业技术人员600人，中国工程院院士1人，国家“百千万人才工程”第一、二层次人选1人，国家有突出贡献的中青年专家1人，卫生部有突出贡献的中青年专家1人，山东省有突出贡献的中青年专家3人，“泰山学者”特聘专家（教授）2人，享受政府特殊津贴专家53人。
1986—2005年，省医科院获发明专利18项、实用新型专利11项；开发各类新药22种，获新药证书8张、保健食品证书6张；获国家科技进步奖8项、山东省科技进步奖199项。
三、市（地）、县（市、区）属科研机构
1988年，全省有市（地）属科研机构179个，县（市、区）属科研机构104个。2000年6月，全省共有市属科研机构205个，职工总数13856人。2005年，全省有市属科研机构125个，从业人员6249人，其中，在职科技活动人员4132人，占从业人员总数的66.1%。
1989年，全省有县（市、区）属科研机构111个，职工总数1428人。其中，科技人员858人。2005年，全省有县属科研机构60个。
四、高等院校科研机构
1986年，全省高等院校有研究所（室）81个。1990年有268个，其中理工农医类研究所（室）227个。1995年有250个。
五、厂办科研机构
1987年，全省有县（市、区）属以上工业企业科研机构462个，职工总数11000人，其中科技人员5000人。1995年有1131个，从业人员8.7万人，其中工程技术人员5.8万人。1998年有1128个。
六、民办科研机构
1987年，全省民办科研机构从1986年的170个发展到319个，从业人员2262人。
1988年，经县以上科委批准、同级工商部门登记注册的民办科研机构有937个，从业人员9950人。
1990年，按照国家科委、国家工商局《关于加强科技开发企业登记管理的暂行规定》要求，民办科技机构被纳入科技开发企业的管理范围，实行登记管理。全省有民办科技机构900多家，从业人员1.2万多人，其中科技人员占40%，承担各种课题近500项，年技术经营额1.7亿元，纯收入4000多万元，上缴利税900多万元。
1991年，全省民办科研机构发展到1143家，从业人员1.4万人，其中科技人员占40%，承担各种课题近600项，年技术经营额近2亿元，上缴利税1000多万元。
1992年，全省民办科技机构发展到2520家，其中，集体所有制1638家、私营261家、个体588家、中外合资33家；从业人员3.72万人，其中科技人员1.78万人；创产值13.4亿元，利税2.9亿元，出口创汇948万美元，引进外资750万美元，利用贷款1.6亿元。
1993年，按照国家科委、国家体改委《关于大力发展民营科技型企业若干问题的决定》，科技开发企业、民办科技机构作为民营科技企业的一种形式，统一在民营科技企业的范围内进行登记管理。
七、科技类民办非企业机构
2001年6月，省科技厅和省民政厅印发《山东省科技类民办非企业单位管理暂行办法》，规定了设立科技类民办非企业单位的必备条件、企业性质分类、最低开办资金、企业类型划分，以及登记审查管理、设立申报批准程序及法律责任等。科技类民办非企业单位按其从事的业务范围划分为六种类型:（1）主要从事科学研究与技术开发业务的科学技术研究院（所、中心）；（2）主要从事科技成果孵化、转让、扩散业务的科学技术转移（促进）中心；（3）主要从事科技咨询、服务和培训业务的科技咨询中心、技术服务中心（部）和技术培训中心（部）；（4）主要从事科技成果、管理要素、知识要素等无形资产评估业务的科技评估事务中心（所）；（5）主要从事科学技术知识普及、交流、传播业务的科技普及（传播）中心；（6）其他从事科学技术活动的科技类民办非企业单位。
2002年，全省成立民办非企业单位30家，从业科技人员320人。其中，医药卫生类6家，机电一体化类4家，新材料类2家，生物医药类4家，信息化类3家，能源类1家，其他10家。2005年，全省民办非企业单位发展到200家，业务范围涉及医药、农业、海洋等多个领域。