一、山东省科技领导小组
1991年6月，省委第136次常委会决定将山东省人民政府科技领导小组更名为山东省科技领导小组，省委副书记任组长。领导小组办公室设在省科委。
1996年7月，省委、省政府下发通知成立山东省科技领导小组，确定其主要职责是:在省委、省政府的领导下，组织实施科教兴鲁战略，贯彻落实国家科技法律、法规和方针政策；研究制定加速科技进步的规划和政策；协调解决科技改革和发展中的重大问题。省委副书记、省长任组长。领导小组办公室设在省科委。
2003年6月，省政府办公厅下发《关于调整山东省科技教育领导小组组成人员的通知》，省委副书记、省长任组长，领导小组办公室主任由省政府办公厅副主任兼任。
二、省科委
（一）职能配置和内设机构
1987年6月，省科委机关处室有10个，分别是综合计划处、工交处、农医处、政策管理处、科技成果处、条件财务处、办公室、人事处、纪检组、科技干部局。
1987年2月6日，省科干局组建引进国外智力办事机构，增加行政编制3人。8月26日，为加强省级科研事业费管理，增加行政编制2人。8月31日，省科委设立科技保密办公室，与省科委办公室合署办公，增加行政编制2人，省科委机关行政编制增至97人。
1988年11月15日，为加强技术市场管理工作，省科委政策管理处增挂省技术市场管理办公室牌子，增加行政编制2人，省科委机关行政编制增至99人。
1990年1月1日，省科干局由省科委成建制移交省人事局。省科委机关行政编制核减为79人。
1990年12月15日，省科委设立山东省高新技术办公室（简称省高新办），承担省政府发展高新技术领导小组的日常工作，增加行政编制6人。
1996年，省政府办公厅下发《关于印发山东省科学技术委员会职能配置、内设机构和人员编制方案的通知》，规定省科委设办公室、人事处、政策管理处、综合计划处、条件财务处、科技成果处（对外可使用省科技保密工作办公室名称）、省高新技术办公室、工业科技处、农业医学科技处9个职能处室和机关党委，编制95人。配备主任1人，副主任4人。主要职责是:（1）贯彻执行党和国家有关科技工作的方针、政策、法规，研究拟定全省科技发展和科技促进经济、社会发展的有关政策和法规，会同有关部门制定全省科技体制改革的总体规划和具体措施并组织实施。（2）组织制定全省科技发展战略，编制全省科学技术中长期发展规划和年度计划。（3）负责组织重大基础性项目、高新技术研究、农业和社会发展科技攻关计划及星火、火炬等开发计划及软科学研究计划的制定与实施。（4）管理国家和省级高新技术产业开发区。（5）负责技术合同法实施工作的监督检查，制定技术市场管理办法，培育完善技术市场；负责管理科技成果鉴定、登记、奖励、推广及科技保密工作；协调知识产权保护工作。（6）编制和组织实施省属科研单位科研基础设施、中试基地、重点实验室建设的规划和计划，指导民营科技工作。（7）归口管理全省科技外事工作，组织开展对外科技合作交流，协同有关部门组织技术出口、技术引进和消化、吸收、创新工作。（8）管理全省软科学研究、科技宣传、科技信息工作，统筹协调全省科学技术普及工作，指导科技第三产业发展，负责省科委管理范围内的科技统计工作。（9）协同有关部门制定有关科技人员的政策，参与指导全省科技管理干部培训工作。（10）指导协调省政府各部门和市（地）的科技管理工作，协同有关部门推动行业的科技进步。（11）归口管理省科学院和指导省农科院、省医科院的科研工作。（12）承办省委、省政府交办的其他事项。理顺与省计委有关工作的关系。现由省科委管理的科技三项费用继续由省科委管理（以1996年为基数），以后省里每年递增的部分和向国家计委争取的资金由省计委合理平衡分配。
2000年4月19日，根据《中共山东省委、山东省人民政府关于山东省人民政府机构改革实施意见》，山东省科学技术委员会更名为山东省科学技术厅。
表1-1 1986—2000年省科委历任负责人一览表
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┃ 姓 名 │ 职 务 │ 任职时间 ┃
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┃ 李 范 │党组书记、主任 │ 1983.061986.03 ┃
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┃ │党组书记、主任 │ 1986.031997.12 ┃
┃ 何宗贵 ├────────────────┼────────────┨
┃ │主任 │ 1997.121984.04 ┃
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┃ │党组书记 │ 1997.121998.07 ┃
┃ 董昭和 ├────────────────┼────────────┨
┃ │党组书记、主任 │ 1998.072000.04 ┃
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┃ 赵光明 │党组成员、副主任 │ 1981.101988.05 ┃
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┃ │党组副书记、副主任 │ 1983.061994.09 ┃
┃ 迟范民 ├────────────────┼────────────┨
┃ │纪检组组长(兼) │ 1984.031992.09 ┃
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┃ 丁学超 │党组成员、副主任 │ 1986.091993.06 ┃
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┃ 陆巽生 │党组成员、副主任 │ 1988.051994.09 ┃
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┃ 鞠庆麒 │副主任(挂职) │ 1990.051993.03 ┃
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┃ 石明泉 │党组成员、副主任 │ 1992.062000.04 ┃
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┃ │党组成员、纪检组组长(副厅级) │ 1992.091994.09 ┃
┃ 于希光 ├────────────────┼────────────┨
┃ │监察专员 │ 1993.061994.09 ┃
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┃ │党组成员、副主任 │ 1992.121993.05 ┃
┃ 宋存胜 ├────────────────┼────────────┨
┃ │党组副书记、副主任 │ 1993.051998.06 ┃
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┃ 唐加农 │党组成员、副主任 │ 1993.062000.01 ┃
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┃ 郭庆惠 │党组成员、副主任 │ 1994.091998.01 ┃
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┃ 孙 伟 │党组成员、纪检组组长、监察专员 │ 1994.092000.09 ┃
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┃ 姜代晓 │党组副书记、副主任(正厅级) │ 1997.062000.09 ┃
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┃ 翟鲁宁 │党组副书记?副主任(正厅级) │ 1999.042000.09 ┃
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┃ 王正璋 │助理巡视员 │ 1999.042000.09 ┃
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┃ 毛建丰 │助理巡视员 │ 1999.042000.09 ┃
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（二）直属事业单位
1986年，省科委有直属事业单位10个，分别是山东省科学技术情报研究所、山东省科学技术干部学校、山东海洋技术开发中心、山东省对外科技交流中心、山东省棉副产品综合利用技术开发中心、山东省科学技术开发服务中心、山东省科学器材服务公司、山东省科学技术发展战略研究中心、技术市场信息报社、山东省专利管理局（与山东省专利服务处、中国专利局济南代办处合署办公，三个机构一套班子）。
1987年5月，省科委设立山东省软科学办公室，负责全省软科学研究计划的制订和组织协调等工作；省棉副产品综合利用技术开发中心挂山东省科委星火计划办公室牌子，承担组织实施全省星火计划工作。10月，省科委设立外事处，与省对外科技交流中心合署办公，负责全省的科技外事管理工作。
1987年11月21日，省科委设立海洋处，与山东海洋技术开发中心合署办公，履行全省海洋科技工作的行政管理职能。1998年9月11日，省政府下发《山东省人民政府关于建立山东海洋工程研究院的通知》，批准建立山东海洋工程研究院。山东海洋工程研究院是组织协调省内和中央驻鲁海洋科技力量，从事海洋科学技术研究开发和服务的事业单位，由省科委管理，其办公室与山东海洋技术开发中心合署办公，一个机构两块牌子。山东海洋工程研究院由山东省和中央驻鲁海洋科研、教学单位共同建设，共同管理。
1999年3月23日，山东海洋工程研究院实行理事会领导下的院长负责制，院长、副院长由有关方面在职领导干部兼任，配备1名副厅级专职副院长负责日常工作。1999年10月30日，山东海洋技术开发中心与山东海洋工程研究院办公室合署办公，配备主任1人，副主任3人。
1989年10月，山东省科学技术发展战略研究中心由省科委划归省科学院，更名为山东省科技发展战略研究所。
1991年5月6日，山东省专利管理局调整为副厅级事业单位，仍归省科委管理。
1992年4月，技术市场信息报社更名为山东科技信息报社，仍为独立核算、自负盈亏、实行企业化管理的事业单位，编制21人。
1993年12月30日，山东省技术市场设立，为实行企业化经营的处级事业单位，编制10人。
三、省科技厅
（一）职能配置和内设机构
2000年8月，省政府办公厅下发《关于印发山东省科学技术厅职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》，规定省科技厅是主管全省科技工作的省政府组成部门，内设办公室、人事处、政策法规处、发展计划处、条件财务处、国际合作处、高新技术发展及产业化处（挂省高新技术办公室牌子）、农村与社会发展处（挂海洋处牌子）、科技成果处（对外可使用省科技保密工作办公室名称）9个职能处室和机关党委。机关行政编制67人，配备厅长1名，副厅长4名。主要职责是:（1）研究拟定全省科技发展和科技促进经济与社会发展的政策、法规。（2）会同有关部门制定并组织实施全省科技体制改革和科技创新体系总体规划。（3）研究提出科技发展的优先领域，编制并组织实施全省科技发展中长期规划和年度计划。（4）合理配置科技经费，负责归口管理的省级科学事业费、科技三项费用等有关费用的预、决算。（5）制定并组织实施加强高新技术发展的政策措施，负责高新技术发展计划、科技攻关计划、科技创新工程和社会发展计划的制订与组织实施工作。（6）研究制定加强高新技术发展的政策措施并组织实施；指导科技成果转化；制订并组织实施火炬计划、星火计划、成果推广计划；管理国家和省级高新区及可持续发展综合试验区；负责认定高新技术企业和高新技术成果转化项目，参与管理全省高新技术风险投资。（7）归口管理科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场和科技信息，协调组织与科技相关的知识产权保护工作，负责《中华人民共和国合同法》中有关技术合同规定的实施和监督检查工作。（8）参与编制省级重大科学工程等科技基地的建设规划编制，编制实施重点实验室、中试基地、工程技术研究中心等科技基地的计划，负责新建和调整科研机构的审核工作，负责民营科技企业的认定、审批和管理工作。（9）归口管理全省科技外事工作，组织开展对外科技合作与交流，协同有关部门组织技术出口和重大技术引进、消化、创新工作。（10）负责科技宣传、科技统计、科技信息和科技期刊管理工作，统筹协调全省科普工作，指导科技咨询、招标评估等科技中介服务机构的工作，负责科技统计工作。（11）协同有关部门研究有关科技人员的政策，负责全省科技管理人员的教育培训工作。（12）承办省自然科学基金委员会的日常工作。（13）指导协调省政府各部门和各市的科技管理工作。
划入的职能:将挂靠原省教育委员会的省自然科学基金委员会，交由省科技厅代管。
下放的职能:将省级科技攻关、新产品试制和星火、火炬、科技成果推广计划中一般项目的管理工作，指导性科技计划项目的具体实施管理工作，交市政府、省直有关部门或事业单位、社会中介组织承担。
理顺与有关部门的关系:将省发展计划委员会管理的部分科技三项费用划给省科技厅管理，由省科技厅对现有科技三项费用及其以后每年递增的部分实行统一分配管理。
表1-2 2000—2005年省科技厅历任负责人一览表
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┃ 姓名 │ 职务 │任职时间 ┃
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┃ 董昭和 │党组书记、厅长 │2000.042003.05 ┃
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┃ │党组副书记、副厅长(正厅级) │2000.092003.05 ┃
┃ 姜代晓 ├─────────────────┼────────────┨
┃ │党组书记、厅长 │2003.05 ┃
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┃ 翟鲁宁 │党组副书记、副厅长(正厅级) │2000.09 ┃
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┃ 李乃胜 │党组成员、副厅长(正厅级) │2005.12 ┃
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┃ 王家利 │党组成员、副厅长 │2000.09 ┃
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┃ 孙伟 │党组成员、纪检组组长、监察专员 │2000.09 ┃
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┃ 刘曙光 │党组成员、副厅长 │2000.062002.02 ┃
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┃ 徐茂波 │副厅长 │2002.02 ┃
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┃ 王正璋 │助理巡视员 │2000.092002.07 ┃
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┃ 毛建丰 │助理巡视员 │2000.092003.01 ┃
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┃ 于健樵 │助理巡视员 │2002.10 ┃
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┃ 段晓青 │助理巡视员 │2005.12 ┃
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（二）直属事业单位
2000年8月，增设省科技厅机关服务中心，为处级事业单位，编制12人。9月1日，省专利管理局更名为山东省知识产权局，为副厅级事业单位，履行省专利管理局原有职责。2001年8月17日，省知识产权局内设处室由副处级调整为正处级。
2005年，科技部同意山东省组织筹建青岛国家海洋科学研究中心。年6月，省政府决定设立青岛国家海洋科学研究中心，为省政府直属正厅级公益一类事业单位，同时作为省部共建青岛国家海洋科学研究中心协调领导小组办事机构，业务上接受省科技厅指导。核定事业编制50人，内设4个部室。
至2005年，省科技厅有直属事业单位12个，分别是山东海洋工程研究院、省知识产权局、省科技厅机关服务中心、省科学技术情报研究所、省科学技术干部学校、省科学器材供应服务站、省对外科技交流中心、省科学技术开发服务中心、省科技厅星火计划办公室、省软科学办公室、山东科技信息报社、省技术市场。
四、省直部门科技管理机构
1986—2005年，山东省省级机构历经多次改革。至2005年，省级机构设立科技（科研）处的单位有省发展改革委、省卫生厅、省农业厅、省教育厅、省水利厅、省建设厅、省交通厅、省水产局、省外经贸委、省信息产业厅、省国土资源厅、省广播电视局、省公安厅、省环保局、省煤炭工业局、省畜牧局、省林业局、省地震局、省气象局等省直部门及省科学院、省农科院、省医科院等科研机构，共32个。
五、市（地）、县（市、区）科技管理机构
市（地）、县（市、区）的科委是本级政府主管科技工作的综合部门，工作机构和职能分工明确。1986—2005年，随着科技体制改革的不断深入，全省科技管理体系不断加强。至2005年，全省17个市、140个县（市、区）都设立了科技局。