一、中医文献研究
1986年，山东中医学院中医文献研究所以中医经典理论的现代诠释与应用、经方理论与实践为主攻方向，在全国率先开展中医经典理论研究。至2005年，该所设有三个研究室（中医文献教研室、医学信息管理教研室、医学信息工程教研室）和中医药文化研究中心、海外中医药信息研究与交流中心，有中医药、文史哲、信息管理等专业。共承担省部级以上科研项目28项（获省部级科技奖励6项），出版论著83部，发表学术论文233篇。提出中医理论框架“近代模式”及理论体系重构的基本思路和方法；开展中医临床文献整理与应用研究，初步构建了临床疑难病证古代文献数据库和方药智能化数理分析平台；创新中医临床文献研究方法，填补中医病证类辞书编纂、宋代方书研究等空白；开展中医药文献数字化研究，创建了中医药文献知识表示体系。“十五”时期，中医医史文献和中医基础理论专业被列为国家级重点学科；《中医文献学概论》入选省级精品课程；《中医药信息工程学》和《医学信息学》等入选国家创新教材。省中医大中医药经典理论实验室成为省部（教育部）共建重点实验室。该所专业图书资料室藏书3万余册。
1986年12月，山东省部分医学院校相继建立中医文献研究兼职队伍。全省先后整理出版《针灸甲乙经校释》《黄帝内经素问校释》《黄帝内经素问吴注校点》《六因条辩校点》《灵枢经语释》《黄帝内经素问语释》《伤寒论语释》《金匮要略语释》等中医著作。1988年，山东省完成《寒温条辨》《本草丛新》等13部中医古籍整理研究成果，在国内外产生较大影响。
1991年，山东省组织《中医验案精选》编撰和优秀中医学术论文评选，选出68篇优秀论文。
二、全息生物医学创立与争鸣
1986年，山东大学张颖清据其所发现的第二掌骨侧全息穴位群，提出穴位分布全息律，进而概括为生物全息律，定义了全息胚的概念，细胞为全息胚之特例，宣告全息生物学理论创立。该理论认为，生物体各个相对独立的部分均存在向新整体发育或向某方向转化的规律。该理论适用于农业、兽医学、园艺学、古生物学等领域，应用于医学基础研究领域，称为“全息生物医学”或“全息胚医学”。其渊源是中医的全息观和微针系统的穴位全息现象，包括全息生理学、病理学、诊断学、治疗学、生物化学、形态学等内容，如人体全息胚律、生物全息诊疗法、穴位全息律、泛胚论、全息胚针灸理论等。该理论创立后，引起学术界的关注和争鸣。
该理论在国内外临床应用92万余例，治疗疾病160多种，有效率和诊断符合率在90%以上。
三、基础理论研究成果
1987年，山东中医学院陈连尧等人合编的《针灸穴位解剖图谱》获全国优秀科技书目奖。
1989年6月—1992年12月，山东中医学院和山东医科大学（简称山医大）完成肝气逆、肝气郁两证本质的人群与动物模型研究，认为证候为其病因与发病机理之本质，提出“气血潜在不畅”“多情交织共同致病，首先伤肝”等新观点，“五志伤五脏”的传统模式非当今临床所取；创造“情志刺激为主多因素致病”造模方法；创制“肝气逆/郁”两证大鼠模型；揭示经前期紧张综合症E2、P两分泌峰缺失的病理改变；研制出药物“经前平”，疗效确切。1995年获省科技进步二等奖。
1990年，山东省中医药研究所（简称省中药所）陈少宗阐述了神经—内分泌—免疫网络学说及针灸效应的四大规律，提出腧穴的取穴原则和针刺效应与针刺时间的相关规律，依机能亢奋时区内针刺产生的抑制性效应为主。1993年和1996年，分别发现针刺效应与机能状态之间的数量关系和针刺效应与针刺时机的相关规律，构成现代针灸学框架。1993—1998年，据拉卡托斯科学分界标准，提出现代时间针灸学和现代针灸学，均为针灸学的重大发展。2004年，建议将腧穴特异性的概念修正为“相同或相近的神经节段支配区内的穴位在诊治作用上与之相距较远的神经节段支配区内的穴位的差异，相同或相近的神经节段支配区内的穴位具有类同的作用”，拓展了全息生物医学与现代时间针灸学的理论体系。
1993年9月—1996年12月，山东中医药大学（简称省中医大）完成针刺对实验动物软脑膜微循环的影响及应用研究，首次证实针刺治疗中风的机理既能解除脑血管痉挛、增加脑微循环灌流量，亦能改善脑组织缺血和缺氧状态；提出针刺治疗从急性期下手；作出腧穴针刺可预防此类疾病的评价，改进闭合式颅窗法及局部判定标准。1999年获省科技进步一等奖。
1998年12月—2002年10月，省中医大附属医院（简称省中医大附院）完成寒邪与气象因子相关性分析，首次研究中医寒邪概念与现代气象学中气象因子的关系，得出寒邪与气象因子的相关系数及回归方程，对疾病的预报预防、制作寒邪的动物模型等有应用和学术价值。2004年获省科技进步二等奖。
2000年1月—2002年2月，山东省体育科学研究中心完成中医学脉诊、舌诊在运动员机能评定中的应用研究，将中医模糊的经验判断诊治进行科学分级定量，准确性高、快捷直观、无创伤性；制定出适应运动训练要求的运动员机能评定标准，研制出“便携式运动员机能评定计算机系统中医诊断包”。2003年获省科技进步二等奖。
2000年9月—2003年6月，省中医大和中国科学院完成五脏生理病理变化的客观化评价标准和检测指标体系研究，建立古代医案数据库，令111个中医常见证候统计规范化；发现肾对五脏的重要调节作用；论证了既往所建立的五脏精气生理模型的可靠性、进行人体无创连续检测可实现中医证候的直接辨识；获得区别虚实寒热证候的不同频谱等。2004年获省科技进步二等奖。
2001年1月—2004年12月，省中医大和省中医大附院等单位完成经前期综合征病证动物模型标准化及其应用研究，首次建立猕猴不同脑区差减cDNA文库，筛选出PMS相关基因。创造“情志刺激为主多因素造模法”；建立PMS肝气逆、肝气郁两证大鼠模型，研制出数字化造模装置；建立造模技术和评价标准。研发出国内首类治疗PMS两证新药（经前平颗粒、经前舒颗粒）及经前平颗粒换代产品五类新药“百香丹胶囊”，取得2个新药证书及生产批件、3项发明专利。共发表24篇论文，2005年获省科技进步二等奖。
第一节 中医基础
一、中医文献研究
1986年，山东中医学院中医文献研究所以中医经典理论的现代诠释与应用、经方理论与实践为主攻方向，在全国率先开展中医经典理论研究。至2005年，该所设有三个研究室（中医文献教研室、医学信息管理教研室、医学信息工程教研室）和中医药文化研究中心、海外中医药信息研究与交流中心，有中医药、文史哲、信息管理等专业。共承担省部级以上科研项目28项（获省部级科技奖励6项），出版论著83部，发表学术论文233篇。提出中医理论框架“近代模式”及理论体系重构的基本思路和方法；开展中医临床文献整理与应用研究，初步构建了临床疑难病证古代文献数据库和方药智能化数理分析平台；创新中医临床文献研究方法，填补中医病证类辞书编纂、宋代方书研究等空白；开展中医药文献数字化研究，创建了中医药文献知识表示体系。“十五”时期，中医医史文献和中医基础理论专业被列为国家级重点学科；《中医文献学概论》入选省级精品课程；《中医药信息工程学》和《医学信息学》等入选国家创新教材。省中医大中医药经典理论实验室成为省部（教育部）共建重点实验室。该所专业图书资料室藏书3万余册。
1986年12月，山东省部分医学院校相继建立中医文献研究兼职队伍。全省先后整理出版《针灸甲乙经校释》《黄帝内经素问校释》《黄帝内经素问吴注校点》《六因条辩校点》《灵枢经语释》《黄帝内经素问语释》《伤寒论语释》《金匮要略语释》等中医著作。1988年，山东省完成《寒温条辨》《本草丛新》等13部中医古籍整理研究成果，在国内外产生较大影响。
1991年，山东省组织《中医验案精选》编撰和优秀中医学术论文评选，选出68篇优秀论文。
二、全息生物医学创立与争鸣
1986年，山东大学张颖清据其所发现的第二掌骨侧全息穴位群，提出穴位分布全息律，进而概括为生物全息律，定义了全息胚的概念，细胞为全息胚之特例，宣告全息生物学理论创立。该理论认为，生物体各个相对独立的部分均存在向新整体发育或向某方向转化的规律。该理论适用于农业、兽医学、园艺学、古生物学等领域，应用于医学基础研究领域，称为“全息生物医学”或“全息胚医学”。其渊源是中医的全息观和微针系统的穴位全息现象，包括全息生理学、病理学、诊断学、治疗学、生物化学、形态学等内容，如人体全息胚律、生物全息诊疗法、穴位全息律、泛胚论、全息胚针灸理论等。该理论创立后，引起学术界的关注和争鸣。
该理论在国内外临床应用92万余例，治疗疾病160多种，有效率和诊断符合率在90%以上。
三、基础理论研究成果
1987年，山东中医学院陈连尧等人合编的《针灸穴位解剖图谱》获全国优秀科技书目奖。
1989年6月—1992年12月，山东中医学院和山东医科大学（简称山医大）完成肝气逆、肝气郁两证本质的人群与动物模型研究，认为证候为其病因与发病机理之本质，提出“气血潜在不畅”“多情交织共同致病，首先伤肝”等新观点，“五志伤五脏”的传统模式非当今临床所取；创造“情志刺激为主多因素致病”造模方法；创制“肝气逆/郁”两证大鼠模型；揭示经前期紧张综合症E2、P两分泌峰缺失的病理改变；研制出药物“经前平”，疗效确切。1995年获省科技进步二等奖。
1990年，山东省中医药研究所（简称省中药所）陈少宗阐述了神经—内分泌—免疫网络学说及针灸效应的四大规律，提出腧穴的取穴原则和针刺效应与针刺时间的相关规律，依机能亢奋时区内针刺产生的抑制性效应为主。1993年和1996年，分别发现针刺效应与机能状态之间的数量关系和针刺效应与针刺时机的相关规律，构成现代针灸学框架。1993—1998年，据拉卡托斯科学分界标准，提出现代时间针灸学和现代针灸学，均为针灸学的重大发展。2004年，建议将腧穴特异性的概念修正为“相同或相近的神经节段支配区内的穴位在诊治作用上与之相距较远的神经节段支配区内的穴位的差异，相同或相近的神经节段支配区内的穴位具有类同的作用”，拓展了全息生物医学与现代时间针灸学的理论体系。
1993年9月—1996年12月，山东中医药大学（简称省中医大）完成针刺对实验动物软脑膜微循环的影响及应用研究，首次证实针刺治疗中风的机理既能解除脑血管痉挛、增加脑微循环灌流量，亦能改善脑组织缺血和缺氧状态；提出针刺治疗从急性期下手；作出腧穴针刺可预防此类疾病的评价，改进闭合式颅窗法及局部判定标准。1999年获省科技进步一等奖。
1998年12月—2002年10月，省中医大附属医院（简称省中医大附院）完成寒邪与气象因子相关性分析，首次研究中医寒邪概念与现代气象学中气象因子的关系，得出寒邪与气象因子的相关系数及回归方程，对疾病的预报预防、制作寒邪的动物模型等有应用和学术价值。2004年获省科技进步二等奖。
2000年1月—2002年2月，山东省体育科学研究中心完成中医学脉诊、舌诊在运动员机能评定中的应用研究，将中医模糊的经验判断诊治进行科学分级定量，准确性高、快捷直观、无创伤性；制定出适应运动训练要求的运动员机能评定标准，研制出“便携式运动员机能评定计算机系统中医诊断包”。2003年获省科技进步二等奖。
2000年9月—2003年6月，省中医大和中国科学院完成五脏生理病理变化的客观化评价标准和检测指标体系研究，建立古代医案数据库，令111个中医常见证候统计规范化；发现肾对五脏的重要调节作用；论证了既往所建立的五脏精气生理模型的可靠性、进行人体无创连续检测可实现中医证候的直接辨识；获得区别虚实寒热证候的不同频谱等。2004年获省科技进步二等奖。
2001年1月—2004年12月，省中医大和省中医大附院等单位完成经前期综合征病证动物模型标准化及其应用研究，首次建立猕猴不同脑区差减cDNA文库，筛选出PMS相关基因。创造“情志刺激为主多因素造模法”；建立PMS肝气逆、肝气郁两证大鼠模型，研制出数字化造模装置；建立造模技术和评价标准。研发出国内首类治疗PMS两证新药（经前平颗粒、经前舒颗粒）及经前平颗粒换代产品五类新药“百香丹胶囊”，取得2个新药证书及生产批件、3项发明专利。共发表24篇论文，2005年获省科技进步二等奖。