一、国家级高新区
1996年，国家科委归口管理和协调指导国家级高新区建设。国家级高新区所在的省、市人民政府是当地高新区的领导机关，主要职责是:把握高新区的办区方向，落实国家关于高新区的有关政策，制定促进高新区快速、健康发展的地方性扶持政策；制定高新区发展战略和规划，推动高新区综合改革，对高新区重大事项进行决策；建立有利于发展的高新区管理体制和动员各有关部门支持高新区的建设。
省、自治区、直辖市、计划单列市科技主管部门对当地国家级高新区行使以下管理职责:对高新区发展方向、规划、计划、政策法规等实施情况进行监督和指导；参与高新区的决策和领导；审查、认定高新技术企业并定期进行复核；协助高新区引进人才和项目；办理新建高新区的申报工作。
高新区管理委员会是所在市人民政府的派出机构，行使省、自治区、直辖市、计划单列市人民政府授予的省市级规划、土地、工商、税务、财政、劳动人事、项目审批、外事审批等经济管理权限和行政管理权限。主要职责是:贯彻落实国家和地方有关高新区的政策、法规；健全高新区管理体制，优化运行机制；拟定、实施高新区的高新技术产业发展规划和建设发展规划，并纳入当地总体规划；推进高新区的综合配套改革，建立适应社会主义市场经济和高新技术产业发展要求的现代企业制度、劳动人事制度、分配制度、社会保障制度、风险投资机制等；招商引资，吸引人才，办好创业服务中心、大学科技园区、科技一条街等；建立完善的统计、信息系统和高新技术产业发展所需要的支撑服务体系。
二、省级高新区
1992年2月，省政府印发《山东省高新技术产业开发区暂行管理办法》，明确省科委是省政府管理开发区的主管机关，所在市科委对开发区进行归口管理和具体指导；开发区所在市政府设立开发区管理委员会，作为开发区建设与管理的决策机构。管委会由政府负责人及科委、计委、经委、经贸委、财政、税务等有关部门负责人组成，负责贯彻落实国家关于开发区工作的方针政策，制定本开发区的规划、计划和有关政策；开发区可设立开发总公司，开发总公司是管委会领导下的企业法人，具体负责开发区的建设，为企业提供各种有偿服务，并通过多种形式开发高新技术产品。开发区要创办高新技术创业服务中心和逐步建立以信贷、物资、保险、法律、外贸、专利、技术市场、信息咨询、人才交流与培训、计算、测试、会计等为主要内容的服务体系，以促进开发区的建设与发展。开发区应成为深化改革的试验场，要对人事、分配、社会保障等制度及管理体制进行改革，要精简机构、减少层次、提高办事效率，建立新型的管理体制和运行机制。为促进高新技术产业的国际化进程，开发区应建立技术进出口公司，逐步加入国际贸易咨询、法律事务、股市行情、运输、卫星通信、金融等方面的国际化业务体系。
第一节 管理体制
一、国家级高新区
1996年，国家科委归口管理和协调指导国家级高新区建设。国家级高新区所在的省、市人民政府是当地高新区的领导机关，主要职责是:把握高新区的办区方向，落实国家关于高新区的有关政策，制定促进高新区快速、健康发展的地方性扶持政策；制定高新区发展战略和规划，推动高新区综合改革，对高新区重大事项进行决策；建立有利于发展的高新区管理体制和动员各有关部门支持高新区的建设。
省、自治区、直辖市、计划单列市科技主管部门对当地国家级高新区行使以下管理职责:对高新区发展方向、规划、计划、政策法规等实施情况进行监督和指导；参与高新区的决策和领导；审查、认定高新技术企业并定期进行复核；协助高新区引进人才和项目；办理新建高新区的申报工作。
高新区管理委员会是所在市人民政府的派出机构，行使省、自治区、直辖市、计划单列市人民政府授予的省市级规划、土地、工商、税务、财政、劳动人事、项目审批、外事审批等经济管理权限和行政管理权限。主要职责是:贯彻落实国家和地方有关高新区的政策、法规；健全高新区管理体制，优化运行机制；拟定、实施高新区的高新技术产业发展规划和建设发展规划，并纳入当地总体规划；推进高新区的综合配套改革，建立适应社会主义市场经济和高新技术产业发展要求的现代企业制度、劳动人事制度、分配制度、社会保障制度、风险投资机制等；招商引资，吸引人才，办好创业服务中心、大学科技园区、科技一条街等；建立完善的统计、信息系统和高新技术产业发展所需要的支撑服务体系。
二、省级高新区
1992年2月，省政府印发《山东省高新技术产业开发区暂行管理办法》，明确省科委是省政府管理开发区的主管机关，所在市科委对开发区进行归口管理和具体指导；开发区所在市政府设立开发区管理委员会，作为开发区建设与管理的决策机构。管委会由政府负责人及科委、计委、经委、经贸委、财政、税务等有关部门负责人组成，负责贯彻落实国家关于开发区工作的方针政策，制定本开发区的规划、计划和有关政策；开发区可设立开发总公司，开发总公司是管委会领导下的企业法人，具体负责开发区的建设，为企业提供各种有偿服务，并通过多种形式开发高新技术产品。开发区要创办高新技术创业服务中心和逐步建立以信贷、物资、保险、法律、外贸、专利、技术市场、信息咨询、人才交流与培训、计算、测试、会计等为主要内容的服务体系，以促进开发区的建设与发展。开发区应成为深化改革的试验场，要对人事、分配、社会保障等制度及管理体制进行改革，要精简机构、减少层次、提高办事效率，建立新型的管理体制和运行机制。为促进高新技术产业的国际化进程，开发区应建立技术进出口公司，逐步加入国际贸易咨询、法律事务、股市行情、运输、卫星通信、金融等方面的国际化业务体系。