1994—2005年，省科委受科技部委托管理并实施国家级科研项目，同时立足地方需求，瞄准国家目标，对区域内海洋科技力量进行统筹联合，一大批海洋科技“863”计划、“973”计划、国家重大科技攻关项目、自然科学基金重大项目和面上项目在山东省实施，山东省海洋科技的整体源头创新能力在全国始终保持领先地位。
一、国家攀登计划项目
1993年，省科委向国家科委提出《关于发展海洋生物技术研究开发的实施意见》。1994年1月，省科委统筹组织国家驻鲁海洋科技力量联合申报了海水增养殖生物优良种质和抗病力的基础研究，被国家科委列入国家工程与技术科学重大基础性研究项目（国家攀登计划B类项目）第一批安排的10个项目中，成为唯一列入国家攀登计划的海洋项目，也是唯一由地方科技部门主管的国家攀登计划项目。中国科学院院士曾呈奎任首席科学家，项目共7个课题，21个专题，由中科院海洋研究所、青岛海洋大学、中国水产科学院黄海水产研究所、国家海洋局第一海洋研究所共同承担。1999年12月25日，该项目在青岛通过科技部组织的专家验收。专家认为，此项研究不仅对全国海水增养殖业的持续发展有重要指导作用，也为全国海洋生物技术的研究开发奠定了理论与方法学基础，整体水平处于国内领先地位，部分进入国际前沿，在国际同领域研究中占有一席之地。这是国家将海洋列为基础研究重要领域之后，首次由地方科委组织实施的国家级项目，项目的组织管理为地方管理国家重大研究项目积累了经验。
二、国家“863”计划项目
1996年11月，国家科委组织驻鲁国家海洋科研院校和省属有关科研单位，共同承担国家“863”计划项目，并在省科委成立“863”海洋领域海洋生物技术主题办公室（即819主题办公室）。819主题项目共设有8个专题，资助了67项研究课题，同时设立青年基金和专家基金。该主题项目的实施，完成国家“863”计划重大项目1项、重大产业化项目6项，建立了成果产业化基地3个（其中山东省2个）、中试和产业化基地28个。
至2005年底，全省共承担国家“863”计划（高技术研究发展计划）海洋项目121项，总经费14121.13万元。这些项目的研究内容基本覆盖“863”计划所有海洋学科领域。
三、国家“973”计划项目
1999年，国家重大基础研究发展计划（“973”计划）开始启动海洋领域项目，首批3个项目全部落在山东省，分别是中国水产科学研究院黄海水产研究所唐启升院士主持的“东、黄海生态系统动力学与生物资源可持续利用”、中国科学院海洋研究所相建海研究员主持的“海水重要养殖生物病害发生和抗病力的基础研究”和国家海洋局第一海洋研究所袁业立院士主持的“中国近海环流形成变异机理、数值预测方法及对环境影响的研究”。
2005年，全省有2个海洋项目列入“973”计划，分别是中国海洋大学吴德星教授任首席科学家的“中国东部陆架边缘海海洋物理环境演变及其环境效应”和中国水产科学院黄海水产研究所唐启升院士任首席科学家的“我国近海生态系统食物产出的关键过程及其可持续机理”，分别获得资助经费3100万元和3169万元。在研项目4项，总经费9449.8万元。
至2005年底，在海洋领域中国家已经批准的10个“973”计划项目中，山东省占9项。
四、国家自然科学基金项目
1986—2005年，全省共承担国家自然科学基金海洋项目200项，总经费5339.8万元。山东省在海洋原始性创新方面在全国保持领先地位。
第三节 组织实施国家重大海洋科技项目
1994—2005年，省科委受科技部委托管理并实施国家级科研项目，同时立足地方需求，瞄准国家目标，对区域内海洋科技力量进行统筹联合，一大批海洋科技“863”计划、“973”计划、国家重大科技攻关项目、自然科学基金重大项目和面上项目在山东省实施，山东省海洋科技的整体源头创新能力在全国始终保持领先地位。
一、国家攀登计划项目
1993年，省科委向国家科委提出《关于发展海洋生物技术研究开发的实施意见》。1994年1月，省科委统筹组织国家驻鲁海洋科技力量联合申报了海水增养殖生物优良种质和抗病力的基础研究，被国家科委列入国家工程与技术科学重大基础性研究项目（国家攀登计划B类项目）第一批安排的10个项目中，成为唯一列入国家攀登计划的海洋项目，也是唯一由地方科技部门主管的国家攀登计划项目。中国科学院院士曾呈奎任首席科学家，项目共7个课题，21个专题，由中科院海洋研究所、青岛海洋大学、中国水产科学院黄海水产研究所、国家海洋局第一海洋研究所共同承担。1999年12月25日，该项目在青岛通过科技部组织的专家验收。专家认为，此项研究不仅对全国海水增养殖业的持续发展有重要指导作用，也为全国海洋生物技术的研究开发奠定了理论与方法学基础，整体水平处于国内领先地位，部分进入国际前沿，在国际同领域研究中占有一席之地。这是国家将海洋列为基础研究重要领域之后，首次由地方科委组织实施的国家级项目，项目的组织管理为地方管理国家重大研究项目积累了经验。
二、国家“863”计划项目
1996年11月，国家科委组织驻鲁国家海洋科研院校和省属有关科研单位，共同承担国家“863”计划项目，并在省科委成立“863”海洋领域海洋生物技术主题办公室（即819主题办公室）。819主题项目共设有8个专题，资助了67项研究课题，同时设立青年基金和专家基金。该主题项目的实施，完成国家“863”计划重大项目1项、重大产业化项目6项，建立了成果产业化基地3个（其中山东省2个）、中试和产业化基地28个。
至2005年底，全省共承担国家“863”计划（高技术研究发展计划）海洋项目121项，总经费14121.13万元。这些项目的研究内容基本覆盖“863”计划所有海洋学科领域。
三、国家“973”计划项目
1999年，国家重大基础研究发展计划（“973”计划）开始启动海洋领域项目，首批3个项目全部落在山东省，分别是中国水产科学研究院黄海水产研究所唐启升院士主持的“东、黄海生态系统动力学与生物资源可持续利用”、中国科学院海洋研究所相建海研究员主持的“海水重要养殖生物病害发生和抗病力的基础研究”和国家海洋局第一海洋研究所袁业立院士主持的“中国近海环流形成变异机理、数值预测方法及对环境影响的研究”。
2005年，全省有2个海洋项目列入“973”计划，分别是中国海洋大学吴德星教授任首席科学家的“中国东部陆架边缘海海洋物理环境演变及其环境效应”和中国水产科学院黄海水产研究所唐启升院士任首席科学家的“我国近海生态系统食物产出的关键过程及其可持续机理”，分别获得资助经费3100万元和3169万元。在研项目4项，总经费9449.8万元。
至2005年底，在海洋领域中国家已经批准的10个“973”计划项目中，山东省占9项。
四、国家自然科学基金项目
1986—2005年，全省共承担国家自然科学基金海洋项目200项，总经费5339.8万元。山东省在海洋原始性创新方面在全国保持领先地位。